genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23554570--23554661	33	2.8	34	68	24	79	28	9	15	46	1.77
23555287--23555382	2	48.0	2	97	0	183	50	48	0	1	1.07
23559278--23559337	18	3.4	17	73	13	59	23	25	1	50	1.59
23566513--23566748	40	5.9	40	86	4	305	24	22	27	25	2.00
23570072--23570383	47	6.6	47	91	1	462	32	8	30	29	1.87
23581166--23581242	39	2.0	39	94	0	136	35	5	18	41	1.73
23584155--23584195	20	2.0	20	95	0	73	41	17	14	26	1.88
23588365--23588446	42	2.0	42	100	0	164	26	20	20	31	1.98
23590359--23590510	43	3.5	42	80	4	153	25	15	26	32	1.95
23590359--23590509	44	3.5	43	77	6	146	25	15	26	32	1.96
23594239--23594282	6	7.5	6	89	5	72	0	15	0	84	0.63
23603829--23603904	40	1.9	40	86	0	107	38	27	13	21	1.90
23610281--23610310	11	2.6	11	94	5	51	36	20	0	43	1.52
23611459--23611498	20	2.0	20	95	0	71	15	32	32	20	1.93
23614009--23614058	15	3.1	16	83	11	75	50	10	12	28	1.71
23614009--23614060	17	3.2	17	78	10	72	50	11	11	26	1.73
23614369--23614421	26	2.0	26	100	0	106	43	18	22	15	1.87
23622822--23622896	23	3.1	23	77	12	64	72	4	4	20	1.18
23627941--23627978	19	2.0	19	90	10	60	71	0	7	21	1.11
23634605--23634682	3	26.0	3	89	0	120	71	0	28	0	0.86
23635875--23636008	58	2.3	58	97	0	241	29	17	27	24	1.98
23641715--23641921	70	3.0	69	87	3	299	25	14	26	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23643283--23643332	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
23645149--23645209	12	5.2	11	72	20	52	72	1	1	24	1.03
23645139--23645202	20	3.2	20	78	15	69	71	1	3	23	1.08
23645148--23645212	10	6.8	10	69	20	50	70	1	1	26	1.04
23645164--23645240	35	2.2	35	81	4	93	74	1	3	20	1.06
23650981--23651046	33	2.0	33	100	0	132	21	9	9	60	1.54
23659139--23659212	30	2.5	30	93	2	123	22	31	33	12	1.91
23659793--23659858	34	1.9	34	85	11	91	1	31	0	66	1.01
23659797--23659888	31	2.9	31	80	18	84	1	31	1	66	1.06
23659860--23659900	21	1.9	22	90	5	66	0	36	2	60	1.10
23659830--23659902	16	4.2	17	69	17	60	0	32	1	65	1.01
23663899--23663959	30	2.0	30	90	0	95	22	34	24	18	1.96
23665657--23665706	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
23668635--23668703	32	2.2	32	84	7	88	42	14	14	28	1.85
23672968--23673027	23	2.7	23	80	7	63	50	1	0	48	1.11
23674699--23674977	43	6.6	43	80	4	316	29	25	19	24	1.98
23674700--23674977	86	3.3	85	83	5	348	29	25	19	24	1.99
23674702--23674977	125	2.2	127	84	3	351	30	25	19	25	1.98
23680871--23681034	9	18.7	9	71	10	92	33	0	18	46	1.54
23680885--23681003	36	3.1	36	87	8	148	34	0	18	46	1.55
23680918--23681026	43	2.5	43	96	0	200	33	0	18	48	1.48
23681182--23681236	15	3.7	15	78	4	67	49	0	3	47	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23681175--23681238	29	2.2	29	94	0	110	50	0	3	46	1.17
23681376--23681427	15	3.5	15	80	15	72	50	1	0	48	1.12
23681040--23681510	194	2.4	194	92	2	795	49	6	9	34	1.62
23681798--23681843	24	1.9	24	86	0	65	45	6	21	26	1.76
23682960--23683002	22	2.0	22	95	0	77	30	4	16	48	1.66
23684229--23684254	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
23684599--23684669	21	3.3	21	71	13	63	19	2	29	47	1.64
23684685--23684799	59	1.9	59	83	13	148	25	1	26	46	1.62
23684774--23684821	14	3.4	14	88	8	62	18	0	31	50	1.48
23684641--23684845	21	9.5	21	66	21	70	24	2	27	45	1.65
23684750--23684828	14	5.5	13	75	14	59	21	1	30	46	1.59
23684572--23684879	152	2.0	152	81	6	347	23	2	25	47	1.66
23684890--23684947	22	2.6	23	76	13	59	24	0	27	48	1.51
23685164--23685588	40	10.8	40	71	8	243	29	20	19	30	1.97
23685164--23685383	120	1.8	120	89	1	343	30	21	19	28	1.98
23685429--23685589	79	2.0	80	84	1	207	26	21	21	30	1.98
23686236--23686284	24	2.0	24	100	0	98	55	12	4	28	1.55
23687764--23691285	554	6.4	552	87	2	4832	26	22	10	41	1.85
23691278--23694501	558	5.8	553	86	4	4309	26	21	10	42	1.84
23695967--23696123	43	3.7	43	84	3	210	33	24	15	27	1.95
23698082--23698120	17	2.3	17	100	0	78	38	23	15	23	1.92
23697341--23699767	553	4.4	552	88	3	3436	26	20	10	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23702615--23702640	7	3.7	7	100	0	52	30	0	26	42	1.56
23703285--23703324	20	1.9	21	85	10	55	47	0	25	27	1.52
23707531--23707572	18	2.3	19	87	4	59	28	23	2	45	1.66
23707864--23707896	17	1.9	17	88	11	50	30	3	0	66	1.06
23708866--23708901	10	3.6	10	92	7	56	22	8	0	69	1.15
23721033--23721078	23	2.0	23	100	0	92	21	8	13	56	1.63
23722492--23722530	21	1.9	21	89	5	62	61	7	30	0	1.24
23733979--23734009	16	1.9	16	93	0	53	12	9	0	77	0.99
23738282--23738319	18	2.1	18	100	0	76	52	5	10	31	1.58
23739697--23739731	17	2.0	18	88	5	54	31	0	0	68	0.90
23747779--23747818	18	2.2	19	86	4	55	35	0	0	65	0.93
23748735--23748856	57	2.1	58	90	4	194	25	20	5	48	1.71
23773365--23773475	27	4.1	27	92	1	170	16	24	22	36	1.94
23775521--23775679	26	6.2	26	87	1	239	33	7	23	35	1.83
23775521--23775679	51	3.1	52	92	1	266	33	7	23	35	1.83
23775758--23775841	42	2.0	42	100	0	168	30	19	14	35	1.91
23777207--23777259	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
23779967--23780270	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
23780121--23780242	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
23782827--23783196	40	9.1	40	85	8	451	24	21	27	25	2.00
23782827--23783196	79	4.5	80	83	10	451	24	21	27	25	2.00
23782898--23783146	130	1.9	130	88	3	376	25	21	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23782859--23783188	170	1.9	170	87	2	484	24	21	26	26	2.00
23786528--23786831	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
23786682--23786803	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
23789981--23790011	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
23792703--23792733	15	2.1	15	100	0	62	38	6	41	12	1.69
23794898--23795006	26	4.2	26	91	0	182	33	6	23	36	1.81
23799968--23800103	3	45.0	3	75	15	102	26	5	3	64	1.31
23804827--23805147	48	6.7	48	76	1	284	23	27	20	28	1.99
23804826--23805159	96	3.5	96	82	1	382	23	27	20	28	1.99
23804827--23805096	144	1.9	144	81	0	333	21	27	21	28	1.99
23806147--23806203	28	2.0	28	100	0	114	33	21	10	35	1.87
23812614--23812895	48	5.9	48	81	2	264	22	30	20	26	1.98
23812614--23812893	96	2.9	96	82	1	321	22	30	20	26	1.98
23812614--23812895	144	2.0	143	84	3	370	22	30	20	26	1.98
23814695--23814734	21	1.9	21	89	0	62	12	22	45	20	1.84
23816072--23816105	11	3.4	10	88	11	52	35	0	26	38	1.57
23817020--23817301	50	5.6	50	81	3	282	26	15	25	32	1.95
23817071--23817252	101	1.8	101	92	0	310	25	17	26	29	1.98
23830722--23830837	39	3.0	39	90	0	196	15	23	28	32	1.95
23832896--23833064	40	4.2	40	88	5	227	27	27	20	24	1.99
23840904--23841072	40	4.3	39	85	5	214	27	27	20	24	1.99
23852543--23852726	67	2.8	64	76	8	194	29	17	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23857110--23857152	20	2.2	20	91	0	68	55	6	20	16	1.64
23859356--23859437	31	2.7	31	83	3	87	51	3	0	45	1.19
23859722--23859762	21	2.0	21	90	0	64	41	7	0	51	1.30
23859767--23859808	18	2.1	21	83	12	54	35	0	9	54	1.33
23860427--23860464	20	1.9	20	84	10	51	34	18	15	31	1.92
23860537--23860596	18	3.2	18	85	4	75	68	0	1	30	0.99
23860532--23860597	10	6.8	10	76	13	57	66	0	1	31	1.01
23860852--23860943	9	10.1	8	78	13	51	30	2	2	65	1.16
23860839--23860901	9	6.9	9	79	12	58	33	3	1	61	1.21
23860850--23860907	20	3.0	20	85	7	66	32	3	1	62	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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