genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65674207--65674394	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
65674175--65674404	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
65674291--65674342	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
65674210--65674393	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
65679924--65679967	23	2.0	21	82	8	52	63	2	6	27	1.31
65679994--65680105	27	4.3	25	72	17	77	63	3	6	26	1.35
65680055--65680084	14	2.1	15	93	6	53	76	0	3	20	0.92
65684742--65684804	3	21.0	3	86	0	63	22	0	11	66	1.22
65684741--65684800	12	5.0	12	85	0	75	20	0	13	66	1.24
65690629--65690697	18	3.8	18	75	9	59	13	8	2	75	1.15
65690625--65690687	19	3.2	20	74	19	60	11	9	3	76	1.13
65690703--65690754	17	3.0	17	83	5	68	25	1	1	71	1.07
65690764--65690830	25	2.9	22	79	12	64	44	1	2	50	1.26
65690788--65690943	36	4.4	35	80	13	162	39	2	1	56	1.21
65690786--65690841	23	2.4	25	80	17	66	42	1	0	55	1.10
65690803--65690941	36	4.0	34	83	5	163	38	2	1	56	1.23
65690898--65690955	21	2.8	21	84	10	66	37	1	1	58	1.18
65690907--65690965	21	2.8	22	78	17	70	40	0	0	59	0.97
65690910--65690974	21	3.0	21	82	11	69	43	1	0	55	1.09
65690935--65690993	27	2.1	27	84	6	73	49	1	0	49	1.11
65690973--65691007	13	2.6	14	91	8	56	51	0	0	48	1.00
65690919--65690988	29	2.4	29	79	11	72	47	1	0	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65691084--65691121	13	3.0	13	88	7	60	44	0	0	55	0.99
65691214--65691277	22	2.9	22	88	9	87	57	0	0	42	0.98
65691304--65691348	9	5.0	9	84	10	56	73	4	0	22	1.01
65691369--65691423	19	2.8	19	80	2	74	78	1	9	10	1.05
65692190--65692243	23	2.2	24	87	6	74	29	42	12	14	1.83
65692671--65692696	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
65694010--65694299	40	7.3	40	95	0	474	26	29	20	23	1.99
65694284--65694361	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
65700719--65700745	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
65712032--65712321	40	7.3	40	95	0	474	26	29	20	23	1.99
65712306--65712383	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
65716754--65716861	42	2.6	42	77	0	108	28	25	12	33	1.92
65738542--65738628	43	2.0	43	100	0	174	28	20	20	29	1.98
65744738--65744956	47	4.6	47	72	14	146	26	18	29	25	1.98
65747551--65747624	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
65755607--65755680	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
65757400--65757439	21	2.0	20	90	5	62	12	32	32	22	1.91
65769744--65769804	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
65778372--65778396	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
65783694--65783880	92	2.0	91	96	1	347	39	23	7	29	1.82
65787151--65787302	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
65787151--65787327	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65812210--65812379	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
65820058--65820227	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
65827899--65828067	39	4.3	40	84	2	198	25	29	21	23	1.99
65827897--65828067	79	2.2	79	82	2	209	25	29	21	23	1.99
65841137--65841288	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
65841137--65841313	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
65847850--65847894	23	2.0	23	100	0	90	44	17	6	31	1.75
65857078--65857107	16	1.9	15	93	6	51	10	13	10	66	1.44
65861795--65861945	43	3.5	42	75	4	115	29	15	21	33	1.94
65863749--65863866	25	4.7	25	80	12	109	30	19	16	33	1.94
65863749--65863854	50	2.1	50	85	3	142	31	19	16	32	1.95
65868976--65869015	19	2.1	19	86	9	55	55	5	5	35	1.44
65869384--65869499	37	3.2	36	74	18	98	39	2	3	54	1.31
65871584--65871796	45	4.7	44	73	10	146	43	17	18	20	1.89
65871584--65871747	90	1.8	89	82	10	208	42	18	18	21	1.90
65871686--65871840	45	3.4	43	78	7	148	45	16	18	19	1.86
65874954--65875049	41	2.3	41	83	0	111	17	18	30	33	1.95
65877155--65877209	25	2.2	25	100	0	110	12	25	25	36	1.91
65880525--65880642	25	4.8	25	78	3	132	20	27	19	33	1.97
65882066--65882141	40	1.9	40	94	0	134	25	14	18	42	1.88
65889514--65889593	26	3.2	25	77	7	81	16	26	21	36	1.94
65889523--65889715	25	7.8	25	69	11	98	18	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65889658--65889719	24	2.6	24	80	7	63	17	25	19	37	1.94
65902871--65903179	40	7.7	40	95	0	537	31	20	26	22	1.98
65911392--65911699	40	7.7	40	94	0	526	31	20	25	22	1.98
65932556--65932778	40	5.6	40	82	10	237	25	27	21	25	2.00
65932556--65932779	79	2.8	80	86	7	289	25	27	21	25	2.00
65936193--65936280	43	2.0	43	86	2	122	37	18	21	22	1.94
65936813--65936872	19	3.0	21	83	9	63	55	1	0	43	1.10
65941939--65942006	16	4.2	16	96	0	127	23	0	38	38	1.55
65942129--65942445	157	2.0	157	95	0	571	44	3	4	47	1.41
65942379--65942420	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
65942388--65942429	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
65942377--65942592	107	2.0	109	96	1	400	49	5	1	43	1.36
65942482--65942527	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
65942482--65942536	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
65942416--65942585	37	4.7	35	67	20	100	48	6	1	43	1.39
65942780--65943082	120	2.5	120	96	1	554	51	4	0	43	1.28
65942881--65943064	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
65946832--65946878	20	2.3	21	81	3	60	55	0	0	44	0.99
65952130--65952190	30	2.1	29	96	3	113	36	22	16	24	1.94
65964252--65964295	14	3.0	14	80	6	52	47	0	6	45	1.29
65967208--65967255	23	2.1	23	100	0	96	37	12	20	29	1.90
65974846--65974889	14	3.0	14	80	6	52	47	0	6	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65975036--65975127	45	2.0	45	97	0	175	45	17	11	25	1.82
65975909--65975948	20	2.0	20	100	0	80	35	15	30	20	1.93
65982179--65982375	43	4.6	43	91	0	299	25	19	29	25	1.98
65986109--65986286	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65986130--65986285	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65994280--65994457	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65994301--65994456	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66003021--66003202	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
66012393--66012494	28	3.5	27	73	19	89	24	28	20	26	1.99
66012391--66012531	60	2.4	59	85	9	180	26	26	19	27	1.99
66012847--66012896	26	1.9	26	83	0	64	24	20	24	32	1.98
66013822--66013924	43	2.4	45	82	6	133	33	24	14	27	1.94
66015231--66015269	19	2.1	19	100	0	78	15	20	15	48	1.81
66018080--66018285	53	3.8	53	75	4	189	38	17	24	19	1.93
66019396--66019504	37	2.9	37	95	0	191	28	31	18	22	1.97
66019651--66019785	48	2.8	48	95	0	243	29	28	8	34	1.86
66019801--66019876	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
66019755--66019948	47	4.1	47	91	0	298	26	29	11	32	1.91
66019715--66019948	94	2.5	93	86	4	301	26	29	11	33	1.91
66019870--66019949	25	3.3	25	65	16	60	30	28	8	32	1.87
66023396--66023428	15	2.1	16	88	11	50	48	0	3	48	1.17
66025674--66025723	25	2.0	24	81	14	57	34	26	4	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66028692--66028723	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
66029251--66029405	43	3.6	42	79	5	152	32	24	14	28	1.94
66030295--66030433	61	2.3	61	91	2	217	46	13	19	20	1.83
66030274--66030408	6	22.3	6	76	10	132	46	14	20	19	1.83
66030551--66030608	27	2.2	27	87	3	82	36	24	24	15	1.94
66033491--66033780	50	6.0	49	75	7	232	27	18	28	24	1.98
66033505--66033774	95	2.8	97	82	5	289	27	19	28	24	1.98
66043518--66043677	28	5.7	28	79	7	146	25	29	16	28	1.97
66043546--66043698	56	2.7	56	82	7	168	27	28	15	28	1.96
66043546--66043701	28	5.6	28	80	4	120	26	29	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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