genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81114640--81114734	38	2.5	37	81	10	95	46	5	1	47	1.32
81115429--81115485	30	1.9	30	96	0	105	45	10	3	40	1.56
81115797--81115856	30	2.0	30	100	0	120	36	13	16	33	1.88
81118541--81118581	18	2.2	19	86	4	57	41	17	2	39	1.62
81120050--81120082	15	2.2	15	89	10	50	48	3	0	48	1.17
81120092--81120384	58	4.6	68	72	19	276	42	1	1	54	1.19
81120162--81120218	25	2.3	26	81	9	73	38	0	3	57	1.16
81120051--81120384	125	2.7	125	93	0	560	43	1	1	53	1.19
81120234--81120343	25	4.1	26	71	20	82	43	2	0	53	1.15
81120292--81120389	33	2.9	32	79	8	115	41	0	1	57	1.05
81121330--81121374	18	2.5	18	85	7	65	46	8	17	26	1.78
81123855--81124075	47	4.7	46	74	11	171	27	17	29	25	1.98
81128212--81128368	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
81128212--81128368	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
81136035--81136162	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
81136034--81136162	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
81152481--81152555	37	2.0	37	97	0	141	40	9	21	29	1.84
81171642--81171844	40	5.1	40	86	6	236	26	26	21	26	1.99
81178488--81178731	40	6.2	40	90	3	352	25	27	22	24	2.00
81184289--81184395	25	4.3	25	74	1	81	23	28	14	33	1.94
81188184--81188355	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
81188186--81188408	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81188184--81188408	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
81188340--81188417	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81196117--81196339	40	5.6	39	80	5	189	26	27	20	25	1.99
81196271--81196348	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81200608--81200785	27	6.6	27	82	5	198	26	15	28	29	1.96
81200605--81200785	82	2.2	81	84	2	238	27	16	27	29	1.97
81236747--81236844	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
81236775--81236857	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
81236747--81236858	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
81241673--81241765	6	15.2	6	76	12	82	76	0	3	20	0.93
81241690--81241770	5	15.8	5	80	18	53	75	0	2	22	0.92
81241709--81241747	9	4.3	9	87	12	53	71	0	0	28	0.86
81241712--81241744	14	2.4	14	94	0	57	66	0	0	33	0.92
81249049--81249108	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
81249056--81249134	28	2.8	28	84	0	104	29	24	11	35	1.90
81255034--81255066	10	3.4	10	87	4	50	75	0	9	15	1.03
81263543--81263687	40	3.6	40	85	4	184	23	26	24	26	2.00
81274575--81274670	5	18.2	5	77	14	88	76	1	4	18	1.01
81274575--81274670	11	9.1	10	76	15	88	76	1	4	18	1.01
81274575--81274658	6	14.3	6	72	13	59	76	1	4	17	1.03
81274575--81274668	17	5.6	16	72	12	64	76	1	4	18	1.00
81274573--81274669	40	2.6	36	81	14	108	74	2	4	19	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81282677--81282734	28	2.1	28	100	0	116	32	0	20	46	1.51
81282681--81282742	28	2.2	28	94	0	106	35	0	22	41	1.54
81289934--81289983	25	2.0	25	100	0	100	20	36	12	32	1.89
81291945--81292111	27	6.3	27	76	6	126	29	26	15	28	1.96
81293731--81293997	46	5.8	47	76	11	207	23	28	19	29	1.98
81298908--81298940	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
81301675--81301713	19	2.1	19	90	0	60	38	10	2	48	1.51
81303879--81303915	10	3.8	10	89	3	58	75	0	8	16	1.02
81303884--81303918	15	2.4	14	86	9	52	74	0	5	20	1.02
81309985--81310041	30	1.9	30	85	0	78	42	5	24	28	1.76
81317366--81317515	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
81317366--81317515	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
81317367--81317515	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
81325514--81325663	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
81325514--81325663	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
81325515--81325663	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
81331681--81331732	22	2.4	21	78	21	54	28	7	1	61	1.34
81335616--81335646	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
81335613--81335652	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
81335884--81336090	55	3.8	55	79	6	190	22	27	17	32	1.96
81335884--81336082	108	1.8	110	85	4	287	23	26	17	32	1.97
81338956--81338996	17	2.4	16	84	11	55	70	2	21	4	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81348429--81348474	16	2.9	16	75	15	51	41	4	2	52	1.33
81351354--81351575	40	5.6	40	88	2	322	25	29	23	21	1.99
81359421--81359632	38	5.6	38	85	7	263	26	27	21	24	1.99
81359421--81359648	75	3.0	76	82	8	268	29	26	20	23	1.99
81388208--81388385	27	6.6	27	80	7	166	29	28	15	26	1.96
81388229--81388384	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81403541--81403862	46	6.8	48	71	14	188	22	29	20	28	1.98
81408956--81408987	13	2.5	13	100	0	64	12	25	43	18	1.85
81413771--81413869	26	3.8	26	94	0	180	30	8	26	35	1.85
81424696--81424728	17	1.9	17	88	11	50	51	15	3	30	1.58
81437019--81437096	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
81437198--81437263	29	2.3	29	89	5	98	28	10	30	30	1.90
81437049--81437550	174	2.9	174	96	0	932	29	14	24	31	1.95
81441410--81441491	42	1.9	43	85	11	116	21	13	25	39	1.90
81441408--81441522	43	2.7	42	74	11	117	24	16	25	33	1.96
81446127--81446166	20	2.0	20	95	0	71	30	12	20	37	1.89
81451616--81451640	13	1.9	13	100	0	50	24	32	32	12	1.91
81458588--81458748	43	3.8	42	74	8	128	24	16	25	34	1.95
81458921--81458967	20	2.3	20	85	7	60	40	0	23	36	1.55
81459660--81459692	12	2.8	12	95	0	57	27	39	33	0	1.57
81464766--81464922	23	6.7	24	78	7	123	33	19	20	27	1.96
81474901--81474950	25	2.0	26	81	18	61	42	0	4	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81474913--81474962	20	2.7	19	84	9	68	42	0	2	56	1.11
81478877--81479092	47	4.6	47	96	2	396	34	7	28	30	1.84
81478877--81479310	94	4.7	94	89	8	716	33	7	28	30	1.85
81479059--81479125	33	2.0	33	97	0	125	38	0	26	34	1.57
81479068--81479122	16	3.4	16	72	22	60	38	0	27	34	1.57
81478916--81479266	174	2.0	175	96	1	650	34	7	27	30	1.84
81479092--81479310	47	4.7	47	98	0	420	33	7	27	30	1.85
81481725--81481766	21	2.0	21	100	0	84	19	14	14	52	1.75
81485336--81485452	20	5.8	20	63	11	51	39	18	17	24	1.92
81485737--81485822	37	2.3	37	93	0	145	43	22	5	29	1.76
81485926--81486943	344	3.0	344	97	0	1930	35	16	13	33	1.88
81493980--81494007	11	2.5	11	100	0	56	57	25	17	0	1.41
81498284--81498423	55	2.5	53	74	7	118	27	26	27	17	1.98
81499953--81500052	49	2.0	49	94	0	173	25	28	22	25	1.99
81503298--81503471	46	3.8	46	76	13	185	22	21	26	29	1.99
81503294--81503465	93	1.8	93	91	0	281	22	21	27	27	1.99
81506120--81506218	50	2.0	51	85	2	137	34	18	21	26	1.96
81506329--81506401	26	2.8	26	87	2	101	27	16	27	28	1.97
81507775--81507836	20	3.1	20	69	0	61	35	20	22	20	1.96
81507931--81508014	38	2.2	38	85	2	107	41	15	20	22	1.89
81517870--81517935	33	2.0	33	100	0	132	30	12	6	51	1.63
81526049--81526606	49	11.6	49	94	2	922	33	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81526049--81526606	194	2.9	194	93	3	941	33	8	29	29	1.86
81532917--81532961	18	2.5	18	81	0	54	31	13	33	22	1.92
81533117--81533151	18	1.9	18	88	0	52	22	8	34	34	1.85
81532903--81533867	198	4.9	198	72	10	636	30	14	28	26	1.95
81533499--81533543	18	2.5	18	85	0	54	28	13	33	24	1.93
81533419--81533884	198	2.4	198	87	1	675	30	15	27	26	1.96
81534448--81537145	899	3.0	899	91	1	4355	41	15	17	26	1.88
81537426--81537464	19	2.1	19	100	0	78	74	5	0	20	1.01
81537850--81537885	18	2.0	18	88	0	54	41	11	19	27	1.85
81538899--81538954	18	3.1	18	82	5	51	44	10	25	19	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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