genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29627566--29627727	39	4.1	39	90	2	193	32	30	20	17	1.95
29627800--29627881	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90
29629728--29629767	18	2.1	20	90	9	66	20	17	0	62	1.33
29632023--29632070	5	9.6	5	100	0	96	81	0	0	18	0.70
29636490--29636521	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
29636491--29636521	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
29640978--29641008	14	2.2	14	94	0	53	77	0	9	12	0.99
29642337--29642606	88	3.1	88	85	1	346	24	22	19	33	1.97
29642548--29642687	70	2.0	70	87	2	201	26	19	20	33	1.96
29642651--29642885	44	5.3	44	67	18	157	18	25	24	32	1.97
29642618--29643196	88	6.7	88	90	1	789	20	22	22	34	1.97
29642373--29643124	245	3.0	244	82	8	929	22	22	21	33	1.97
29643550--29643801	126	2.0	127	91	0	407	37	21	14	26	1.92
29646000--29646805	177	4.5	177	90	0	1254	28	23	18	30	1.98
29651409--29651452	21	2.1	21	91	0	70	52	9	13	25	1.70
29659636--29659673	17	2.2	18	85	4	51	2	7	10	78	1.04
29664344--29664368	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
29664728--29664758	14	2.2	14	94	0	53	74	0	9	16	1.07
29681184--29681217	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
29681936--29681987	20	2.5	20	81	9	61	69	1	1	26	1.10
29681942--29681987	16	3.0	16	75	18	53	69	2	0	28	1.00
29683693--29683741	21	2.3	21	92	0	80	67	2	2	28	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29687320--29687351	14	2.3	14	94	0	55	56	9	25	9	1.61
29690911--29690963	16	3.4	16	77	15	56	66	9	5	18	1.41
29698467--29698509	22	2.0	22	86	9	61	37	2	4	55	1.33
29721978--29722014	12	3.1	12	92	0	56	43	2	54	0	1.14
29721977--29722012	18	2.0	18	88	0	54	38	2	58	0	1.13
29722511--29722543	12	2.6	13	85	9	50	45	0	0	54	0.99
29731143--29731193	25	2.0	25	88	0	75	41	5	15	37	1.72
29735461--29735511	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
29735464--29735511	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
29739306--29739369	18	3.6	18	75	12	69	71	1	6	20	1.15
29742625--29742684	18	3.4	18	78	15	54	15	18	33	33	1.92
29745500--29745571	35	2.1	35	91	0	117	33	8	12	45	1.72
29751729--29751806	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
29751722--29751806	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
29756391--29756498	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
29756384--29756498	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
29758376--29758424	25	2.0	25	95	0	89	59	8	14	18	1.59
29761827--29761902	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
29761819--29762212	47	8.4	47	93	0	617	31	7	30	29	1.86
29761968--29762043	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
29763788--29763857	28	2.6	26	80	8	86	22	14	14	48	1.79
29765074--29765175	40	2.5	41	81	9	120	31	4	12	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29765074--29765164	20	4.6	20	77	9	87	29	5	14	50	1.65
29767564--29767629	5	13.4	5	76	17	59	80	0	3	16	0.84
29767568--29767632	22	2.8	24	80	17	75	80	0	3	16	0.85
29769290--29769409	51	2.4	51	88	2	170	25	21	12	40	1.89
29770300--29770349	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
29776946--29777065	51	2.4	51	85	2	161	25	20	12	40	1.88
29779913--29780226	46	6.8	46	91	0	405	41	14	23	21	1.89
29781445--29781495	16	3.4	16	73	13	54	54	0	0	45	0.99
29781452--29781501	16	3.1	16	77	13	57	58	0	0	42	0.98
29781787--29781907	3	40.3	3	71	9	86	64	0	6	28	1.24
29781787--29781907	54	2.2	56	83	12	155	64	0	6	28	1.24
29782228--29782303	17	4.9	15	73	21	52	63	1	3	31	1.21
29782274--29782319	4	12.0	4	77	9	51	69	0	2	28	1.00
29782274--29782319	19	2.4	19	85	7	58	69	0	2	28	1.00
29782225--29782299	25	3.0	25	72	14	66	62	1	4	32	1.22
29782345--29782553	3	72.0	3	67	15	55	68	2	6	22	1.24
29782350--29782376	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
29782342--29782405	23	2.9	22	81	9	67	62	4	6	26	1.39
29782451--29782551	8	12.0	8	78	10	69	75	0	5	18	1.00
29782441--29782513	31	2.4	30	81	6	92	76	0	5	17	0.97
29782457--29782524	17	3.7	17	80	20	75	80	0	4	14	0.85
29782530--29782556	14	1.9	14	100	0	54	62	0	7	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29783244--29783273	13	2.2	14	94	5	53	80	0	6	13	0.91
29783707--29783758	26	2.0	26	85	7	70	7	0	38	53	1.30
29784836--29784945	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
29786387--29786457	26	2.7	26	84	4	79	36	22	9	30	1.87
29786563--29786677	27	4.3	26	83	7	140	17	23	22	36	1.95
29786563--29786686	54	2.3	54	84	2	160	17	24	22	35	1.95
29786739--29786778	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
29794046--29794083	13	2.9	13	88	0	58	15	39	34	10	1.82
29794940--29795106	46	3.6	48	86	8	197	23	32	18	25	1.97
29796975--29797139	75	2.2	76	84	5	210	24	21	21	31	1.98
29799080--29799123	21	2.0	22	86	4	63	36	20	0	43	1.52
29806515--29806559	22	2.1	21	87	4	63	64	4	8	22	1.40
29811486--29811570	42	2.0	42	97	0	161	21	22	16	40	1.91
29818824--29818911	45	2.0	45	90	4	142	32	7	11	47	1.68
29821839--29821885	18	2.6	17	83	12	58	34	0	0	65	0.93
29823816--29824003	59	3.2	57	84	6	220	32	6	7	52	1.58
29824187--29824314	67	2.0	64	86	7	177	42	21	1	34	1.62
29825916--29825976	27	2.3	27	85	0	77	21	26	36	16	1.94
29826102--29826174	3	24.7	3	94	2	130	65	0	32	1	1.01
29826173--29826223	3	17.0	3	87	0	75	37	0	60	1	1.08
29826754--29826796	16	2.7	15	82	13	50	69	6	11	11	1.35
29826838--29826862	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29826982--29827057	30	2.8	25	76	17	80	68	3	3	23	1.23
29827138--29827211	12	5.8	12	72	18	51	71	2	0	25	0.99
29826829--29827459	154	4.1	156	89	4	923	59	7	5	27	1.47
29827432--29827485	25	2.2	23	77	9	54	62	0	3	33	1.12
29837495--29837605	45	2.5	45	82	4	145	22	15	27	34	1.94
29838963--29839017	28	1.9	29	88	3	85	14	21	45	18	1.85
29848108--29848387	16	17.4	17	68	21	124	28	15	40	16	1.88
29848198--29848257	18	3.4	18	77	9	61	31	18	33	16	1.93
29848216--29848372	48	3.2	48	83	8	176	26	13	42	17	1.86
29848121--29848370	32	7.8	32	75	7	184	28	14	40	16	1.88
29849746--29849801	16	3.4	16	79	13	53	64	0	3	32	1.11
29849783--29849820	20	1.9	20	88	0	58	52	0	2	44	1.14
29849791--29849901	51	2.2	51	79	11	120	53	1	4	40	1.32
29849871--29849913	20	2.2	20	91	0	68	53	4	4	37	1.43
29850129--29850337	10	21.5	10	64	20	70	38	4	2	55	1.33
29850142--29850254	19	5.8	19	82	5	109	37	7	1	53	1.38
29850143--29850225	19	4.3	19	90	1	112	38	9	0	51	1.35
29850142--29850255	20	5.8	20	81	2	97	36	7	1	54	1.38
29850143--29850307	19	8.4	18	77	11	96	39	5	3	52	1.40
29854645--29854675	16	1.9	16	93	0	53	38	0	29	32	1.57
29854661--29854757	49	1.9	51	83	8	128	30	3	28	37	1.73
29854853--29855012	57	2.7	58	80	13	175	53	4	0	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29854982--29855031	24	2.1	23	82	10	57	60	2	2	36	1.20
29856021--29856196	43	4.1	43	93	0	262	26	17	29	27	1.97
29856248--29856327	31	2.5	31	81	2	88	60	17	5	17	1.54
29857030--29857124	46	2.1	46	95	0	172	54	5	5	34	1.45
29862255--29862313	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
29862256--29862313	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
29862774--29862837	33	1.9	33	87	6	94	45	15	21	17	1.85
29865988--29866071	40	2.1	40	90	0	132	16	21	17	44	1.87
29866070--29866126	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
29866113--29866157	21	2.1	21	83	4	54	51	0	2	46	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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