genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422441--1422532	12	7.7	12	76	9	62	19	41	4	34	1.71
1429598--1429699	28	3.4	28	73	15	105	39	11	8	40	1.73
1429582--1429707	62	2.0	62	98	0	243	41	11	10	37	1.75
1429580--1429677	28	3.2	31	72	16	112	45	10	9	34	1.70
1435413--1435447	18	1.9	18	88	0	52	62	0	0	37	0.95
1435426--1435458	10	3.3	10	95	0	57	72	3	0	24	0.98
1439648--1439761	54	2.1	53	95	1	201	40	6	10	42	1.64
1439967--1440056	47	1.9	47	86	0	126	36	21	10	32	1.86
1447228--1447293	31	2.1	31	86	5	89	39	18	10	31	1.85
1450552--1450600	25	2.0	25	100	0	98	44	10	8	36	1.68
1452245--1452300	29	1.9	30	82	7	71	50	0	5	44	1.25
1452327--1452736	205	2.0	205	99	0	811	54	14	8	22	1.67
1453129--1453164	10	3.7	10	85	7	56	19	0	0	80	0.71
1454350--1454448	42	2.4	42	94	1	173	35	11	15	38	1.83
1465838--1465945	21	5.0	22	81	5	114	15	22	25	37	1.93
1465837--1465945	42	2.5	42	85	2	137	16	22	24	36	1.94
1471288--1471391	51	2.0	51	96	0	190	37	8	25	27	1.86
1474846--1474887	21	2.0	21	95	0	75	52	16	19	11	1.74
1484211--1484241	15	2.1	15	93	0	53	67	0	32	0	0.91
1493060--1493415	46	7.8	46	83	5	384	41	14	23	20	1.89
1494798--1494849	15	3.2	15	73	19	50	38	0	1	59	1.08
1494895--1494948	16	3.4	17	70	12	51	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1494894--1494974	28	2.8	28	78	14	76	54	1	0	44	1.08
1512375--1512404	8	3.9	8	95	4	53	23	0	0	76	0.78
1522016--1522040	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
1522739--1522792	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
1522966--1522990	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1523592--1523616	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
1525147--1525343	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
1525560--1525623	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
1525567--1525640	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
1531268--1531292	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
1532820--1533016	41	4.8	41	91	5	308	29	20	21	27	1.98
1533233--1533296	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
1533240--1533313	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
1539680--1539772	44	2.1	45	84	4	118	52	4	4	38	1.41
1540616--1540736	59	2.1	59	79	6	138	42	4	11	40	1.63
1540927--1541064	71	1.9	71	91	0	222	40	5	10	43	1.62
1542312--1542336	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1548957--1548992	18	1.9	18	88	5	54	30	0	0	69	0.89
1550009--1550039	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
1557734--1557772	19	2.1	19	90	4	62	25	0	7	66	1.18
1557734--1557773	18	2.2	18	86	8	55	27	0	7	65	1.20
1562231--1562278	23	2.1	23	100	0	96	56	14	8	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562612--1562656	19	2.4	19	85	7	56	44	11	4	40	1.60
1563236--1563278	18	2.5	17	76	3	50	27	0	6	65	1.18
1566087--1566144	29	2.0	29	82	0	71	31	5	10	53	1.57
1569819--1569857	21	1.9	20	84	5	51	20	5	10	64	1.44
1572876--1572993	60	2.0	60	100	0	236	42	6	12	38	1.70
1581440--1581492	23	2.2	24	77	9	56	39	7	9	43	1.65
1581537--1581583	10	4.7	10	76	10	51	70	12	0	17	1.17
1581890--1581920	14	2.2	14	100	0	62	45	6	6	41	1.55
1587101--1587136	17	2.1	17	89	0	54	75	0	11	13	1.06
1589618--1589664	24	2.0	24	100	0	94	34	8	12	44	1.73
1591999--1592049	20	2.6	20	69	25	54	45	0	1	52	1.12
1592000--1592028	13	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
1592158--1592242	36	2.3	37	82	11	95	35	2	9	52	1.46
1612044--1612101	1	58.0	1	100	0	116	100	0	0	0	0.00
1617017--1617052	17	2.1	17	89	0	54	75	0	11	13	1.06
1619535--1619581	24	2.0	24	100	0	94	34	8	12	44	1.73
1621920--1621970	20	2.6	20	69	25	54	45	0	1	52	1.12
1621921--1621949	13	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
1622079--1622161	35	2.3	36	82	12	91	36	2	9	51	1.48
1635761--1635815	21	2.7	21	78	13	60	58	3	0	38	1.16
1642394--1642434	22	1.9	22	95	5	75	43	4	14	36	1.67
1651151--1651190	19	2.1	19	86	9	55	75	2	0	22	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651963--1652035	35	2.1	35	94	0	128	28	17	21	31	1.97
1666383--1666548	83	2.0	83	98	0	323	42	22	8	25	1.82
1673358--1673393	16	2.2	16	90	0	54	38	2	0	58	1.13
1681291--1681494	103	2.0	104	94	0	356	31	7	13	47	1.71
1684151--1684200	24	2.1	23	89	10	75	44	0	0	56	0.99
1684151--1684211	24	2.5	25	84	10	65	40	1	1	55	1.19
1684507--1684618	56	2.0	56	100	0	224	46	8	5	39	1.58
1699514--1699570	12	4.5	13	77	16	57	61	7	0	31	1.23
1699641--1699724	18	4.7	18	73	15	68	65	1	3	29	1.17
1699641--1699706	36	2.0	32	83	16	82	62	1	3	33	1.20
1700113--1700177	13	5.6	13	75	25	74	15	0	49	35	1.45
1701400--1701510	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
1703176--1703200	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
1706950--1706984	15	2.3	15	90	0	52	48	5	14	31	1.67
1707112--1707153	14	2.9	14	82	3	57	54	4	7	33	1.49
1707220--1707247	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
1709839--1709922	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
1715712--1715759	25	2.0	24	88	8	71	47	4	25	22	1.69
1718467--1718492	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
1718461--1718504	21	2.1	21	87	8	63	54	0	11	34	1.36
1718486--1718541	12	4.8	12	72	16	55	51	0	12	35	1.40
1718537--1718565	8	3.6	8	100	0	58	37	0	13	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1726379--1726666	50	5.5	50	83	9	360	34	15	22	27	1.94
1726388--1726608	111	2.0	111	94	0	388	33	14	22	28	1.94
1726646--1726704	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
1726659--1726750	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
1726706--1726774	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
1730039--1730117	38	2.1	38	88	4	115	45	1	1	51	1.17
1730859--1730904	23	2.0	23	86	0	65	30	2	6	60	1.34
1732669--1732700	15	2.1	16	88	11	50	50	18	3	28	1.62
1768349--1768427	39	2.0	39	97	0	149	35	10	3	50	1.54
1769715--1769774	13	4.6	13	72	15	61	46	8	5	40	1.56
1769693--1769774	39	2.1	39	100	0	164	43	9	7	39	1.65
1774641--1774695	23	2.5	21	82	11	67	58	1	1	38	1.20
1775314--1775359	23	2.0	22	83	4	56	45	8	6	39	1.61
1777388--1777429	21	2.0	21	100	0	84	14	14	28	42	1.84
1780002--1780304	152	2.0	152	97	0	570	21	16	20	41	1.90
1782250--1782309	12	4.9	12	71	4	57	43	0	1	55	1.10
1782242--1782319	37	2.1	37	100	0	156	50	0	2	47	1.15
1783270--1783372	31	3.4	31	75	2	109	35	14	6	42	1.72
1808098--1808262	42	3.8	42	81	10	188	29	26	13	29	1.95
1808143--1808351	47	4.5	48	81	10	181	30	27	13	28	1.94
1808143--1808351	95	2.3	94	81	8	225	30	27	13	28	1.94
1808373--1808459	31	2.8	31	89	6	140	27	28	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1808435--1808563	50	2.5	51	88	5	190	24	23	16	35	1.95
1812068--1812940	89	10.0	89	76	6	575	22	19	24	32	1.98
1812123--1812750	175	3.6	175	77	6	470	22	19	25	32	1.97
1812526--1812940	173	2.4	173	81	7	448	26	18	21	33	1.97
1822109--1822137	13	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
1822202--1822231	12	2.5	12	94	0	51	80	3	6	10	1.01
1825069--1825115	16	3.0	15	79	14	51	48	0	2	48	1.13
1826105--1826135	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1826814--1826846	17	1.9	17	88	11	50	21	0	6	72	1.05
1833080--1833113	13	2.5	13	90	4	50	23	5	2	67	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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