genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59255932--59256040	42	2.5	44	80	5	125	25	17	24	32	1.97
59276751--59277053	39	7.7	40	83	8	347	27	22	26	23	2.00
59276751--59277018	79	3.4	80	89	4	368	27	22	27	22	1.99
59276751--59277053	118	2.6	119	83	9	375	27	22	26	23	2.00
59276751--59277053	79	3.8	79	87	6	348	27	22	26	23	2.00
59280586--59280700	31	3.7	31	89	1	178	28	24	16	30	1.96
59280724--59280815	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
59280963--59281032	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
59281842--59281908	27	2.5	26	76	11	64	22	22	19	35	1.96
59281964--59282067	27	3.8	28	78	13	108	30	8	18	42	1.80
59281995--59282084	27	3.3	27	78	12	85	30	7	20	42	1.80
59282124--59282303	54	3.4	54	91	2	274	38	7	24	29	1.82
59282124--59282303	27	6.7	27	85	3	247	38	7	24	29	1.82
59282124--59282340	81	2.7	81	84	2	213	38	8	23	29	1.84
59289617--59289654	10	3.8	10	85	0	58	34	0	36	28	1.58
59290318--59290538	42	5.2	42	82	3	228	33	19	19	27	1.96
59290591--59290624	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
59292657--59292744	9	9.9	9	69	28	64	35	0	20	44	1.52
59292702--59293098	26	16.1	26	83	11	498	32	0	20	46	1.56
59292674--59292785	18	7.6	16	68	30	65	34	0	20	44	1.52
59292662--59293094	19	23.4	19	65	25	109	32	0	20	46	1.56
59292958--59293079	18	6.4	18	67	26	74	35	1	18	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59293135--59293284	73	2.1	73	100	0	300	41	6	1	50	1.37
59293166--59293278	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
59293431--59293501	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
59293430--59293501	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
59293506--59293548	17	2.6	17	96	3	79	37	0	16	46	1.47
59294730--59295046	115	2.8	114	93	1	553	38	18	15	27	1.91
59294795--59294873	40	2.0	40	84	0	104	34	18	16	30	1.94
59294911--59294988	40	2.0	39	82	7	95	34	19	16	29	1.94
59294950--59295121	75	2.3	74	95	2	308	39	18	13	27	1.89
59294835--59295213	189	2.0	189	90	1	589	39	19	14	26	1.90
59295273--59295488	114	1.9	115	86	3	312	31	22	18	26	1.97
59295406--59295551	75	1.9	75	82	5	179	34	21	13	30	1.92
59295998--59296171	7	25.1	7	66	15	51	40	39	3	17	1.66
59296077--59296133	27	2.1	27	100	0	114	38	47	3	10	1.55
59296096--59296148	21	2.6	21	81	3	63	41	43	1	13	1.54
59296639--59296965	113	2.9	112	83	5	388	30	23	20	25	1.99
59296957--59297085	41	3.2	39	75	8	116	21	20	20	36	1.95
59296933--59297085	39	3.8	39	76	5	128	22	19	20	37	1.95
59299551--59299584	15	2.3	15	89	0	50	2	14	0	82	0.79
59299548--59299586	10	3.6	10	83	16	51	2	12	0	84	0.72
59299548--59299594	22	2.1	23	84	4	60	2	19	0	78	0.85
59299755--59299815	22	2.9	22	90	4	99	8	26	11	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59305372--59305426	22	2.3	23	84	12	60	43	16	9	30	1.79
59305386--59305430	22	2.0	22	100	0	90	40	17	11	31	1.85
59305386--59305439	22	2.5	22	90	6	74	40	18	11	29	1.85
59307130--59307337	56	3.7	55	84	3	281	35	25	12	26	1.92
59307130--59307342	112	1.9	111	91	0	345	35	24	12	26	1.92
59317067--59317191	45	2.8	45	82	2	135	33	25	13	27	1.93
59320396--59320752	27	13.3	27	86	0	437	33	17	21	26	1.96
59325222--59325388	46	3.6	46	75	12	171	20	19	28	31	1.97
59325213--59325383	93	1.8	93	89	2	272	21	20	28	29	1.98
59340275--59340444	93	1.8	92	91	1	277	21	20	28	30	1.98
59340279--59340449	46	3.7	46	75	11	170	21	19	28	30	1.98
59343606--59343730	55	2.3	55	87	2	171	32	29	12	25	1.93
59343606--59343730	28	4.6	27	89	2	169	32	29	12	25	1.93
59343633--59343755	56	2.2	56	83	2	149	32	30	12	25	1.92
59351279--59351314	18	1.9	19	88	5	56	27	5	5	61	1.41
59353511--59353613	51	2.0	51	92	0	170	33	30	25	11	1.91
59354093--59354166	27	2.7	27	87	0	94	39	18	14	27	1.90
59368283--59368481	43	4.6	43	92	0	317	10	22	33	34	1.87
59369536--59369630	46	2.1	46	100	0	190	34	21	20	24	1.96
59374584--59374646	31	2.0	31	96	0	117	36	25	19	19	1.94
59381737--59381962	46	4.9	46	78	9	201	28	18	30	22	1.97
59381737--59381964	92	2.5	92	80	9	250	28	18	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59386243--59386273	12	2.7	11	95	5	53	83	0	9	6	0.79
59387120--59387176	30	1.9	30	89	7	89	21	33	31	14	1.92
59390666--59390697	15	2.1	15	100	0	64	50	12	6	31	1.65
59392485--59392547	31	2.0	31	96	0	117	38	7	11	42	1.70
59392675--59392792	62	1.9	63	92	1	202	35	22	6	35	1.80
59399159--59399183	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
59411322--59412208	454	2.0	450	89	2	1375	34	12	17	35	1.87
59432521--59432651	50	2.6	50	89	1	201	26	20	28	24	1.99
59434858--59434890	14	2.2	16	89	10	52	42	0	24	33	1.55
59443983--59444015	14	2.2	16	89	10	52	42	0	24	33	1.55
59449291--59449391	48	2.1	48	92	0	166	28	26	17	26	1.98
59451604--59451668	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
59451812--59451932	41	3.0	41	83	8	156	28	28	19	24	1.98
59452179--59452520	27	12.6	27	79	5	198	30	9	19	40	1.82
59452242--59452504	54	4.9	54	77	3	244	30	7	19	42	1.79
59452217--59452520	81	3.7	82	76	4	278	30	7	19	42	1.80
59452243--59452528	108	2.7	105	81	9	301	30	8	19	41	1.80
59452514--59452565	27	2.0	27	84	3	70	28	17	19	34	1.94
59453788--59453940	42	3.6	42	83	6	168	29	25	15	30	1.95
59457339--59457391	26	2.0	26	92	0	88	22	24	26	26	2.00
59457365--59457496	40	3.3	40	87	2	185	25	27	22	24	2.00
59466430--59466498	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59477194--59477325	65	2.0	65	92	0	219	30	15	20	33	1.94
59483889--59484064	46	3.8	46	76	11	171	21	21	28	28	1.98
59483885--59484057	93	1.9	93	88	2	267	21	21	29	27	1.98
59486987--59487042	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
59489884--59490061	27	6.6	27	79	6	153	27	29	16	26	1.97
59489884--59490060	54	3.3	53	79	9	178	27	29	16	25	1.97
59497848--59498023	27	6.5	27	81	5	158	27	28	17	26	1.97
59514531--59514562	13	2.5	13	100	0	64	15	37	0	46	1.46
59515752--59515990	130	1.8	129	81	4	293	26	19	19	34	1.96
59526970--59527141	93	1.8	93	96	0	317	28	29	20	21	1.98
59526963--59527138	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
59534479--59534650	93	1.8	93	92	0	290	27	29	22	20	1.99
59534472--59534647	46	3.8	46	76	12	189	28	28	21	20	1.98
59537789--59538294	44	11.5	44	88	0	726	28	15	30	25	1.96
59543093--59543309	80	2.7	80	87	3	321	23	27	23	24	2.00
59543093--59543297	40	5.2	40	88	2	281	24	27	23	24	2.00
59565570--59565624	16	3.6	15	85	14	69	27	0	0	72	0.85
59565568--59565624	29	1.9	30	89	10	91	26	0	0	73	0.83
59584985--59585161	27	6.6	27	82	5	196	27	15	27	29	1.96
59584986--59585140	81	1.9	81	86	5	224	27	15	27	29	1.96
59584982--59585161	81	2.2	81	81	4	220	27	15	27	30	1.96
59590778--59590837	30	2.0	30	86	0	84	28	25	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59604895--59604951	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
59605197--59605231	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
59605331--59605372	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
59605084--59605397	154	2.0	156	95	1	569	44	3	5	46	1.41
59605340--59605381	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
59605329--59605625	120	2.5	121	90	6	462	50	5	2	41	1.39
59605450--59605501	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
59605427--59605517	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
59605369--59605552	59	3.1	59	65	21	148	49	7	2	41	1.42
59605586--59605624	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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