genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25316420--25316463	11	4.3	11	83	16	67	54	6	0	38	1.27
25316430--25316494	19	3.5	18	80	12	78	58	4	4	32	1.39
25320534--25320616	27	3.1	27	77	6	98	26	19	26	27	1.99
25321962--25322088	63	2.0	63	100	0	254	22	12	22	42	1.87
25322340--25322704	182	2.0	182	97	0	694	21	24	27	25	1.99
25328196--25328281	37	2.3	37	84	4	102	23	20	19	36	1.95
25328398--25328512	28	4.1	28	83	6	117	28	14	15	40	1.87
25334905--25334954	24	2.1	24	100	0	100	24	24	0	52	1.48
25341980--25342125	27	5.4	27	90	0	211	26	21	9	41	1.84
25342115--25342281	27	6.2	26	74	12	106	39	20	10	29	1.86
25342124--25342279	81	1.9	81	85	7	219	41	18	10	29	1.85
25342177--25342337	54	2.9	54	80	6	164	40	18	8	32	1.81
25342157--25342336	27	6.6	27	78	9	118	41	19	8	30	1.81
25342292--25342343	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
25343210--25343240	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
25343271--25343340	25	2.8	25	93	0	113	27	24	22	25	2.00
25343270--25343353	25	3.4	24	83	8	98	29	21	22	26	1.99
25343271--25343365	50	1.9	50	80	8	113	29	23	22	25	1.99
25343488--25343580	42	2.2	43	92	1	152	27	10	21	39	1.87
25345590--25345735	27	5.4	27	88	0	166	26	21	9	42	1.83
25345590--25345735	54	2.7	54	83	0	184	26	21	9	42	1.83
25345767--25345889	27	4.6	27	77	4	106	41	19	8	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25345867--25345952	27	3.1	27	76	17	95	38	16	10	34	1.83
25346926--25347017	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
25348981--25349068	27	3.3	27	85	4	81	32	23	6	36	1.82
25348993--25349137	27	5.4	26	84	4	182	26	22	8	42	1.83
25349169--25349292	27	4.6	26	74	11	88	41	20	7	30	1.79
25349304--25349355	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
25350283--25350376	25	3.8	25	92	1	154	24	24	23	27	2.00
25350283--25350403	25	5.0	23	88	4	116	26	23	23	27	2.00
25350283--25350401	49	2.4	50	83	6	118	26	23	23	26	2.00
25350524--25350615	42	2.2	42	94	0	157	28	11	21	38	1.89
25354716--25354753	18	2.1	19	90	5	60	15	23	0	60	1.35
25356313--25356496	48	3.8	48	87	1	253	30	17	22	29	1.97
25359585--25359851	27	9.9	27	71	12	115	26	21	17	33	1.96
25359600--25359851	26	9.4	26	69	16	106	26	20	18	34	1.96
25361827--25361852	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
25367415--25367446	15	2.3	15	89	10	50	6	21	40	31	1.78
25369701--25369738	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
25383133--25383184	18	2.9	18	94	0	86	36	13	9	40	1.77
25383604--25383868	72	3.7	72	90	2	390	24	5	15	54	1.62
25388095--25388130	3	12.0	3	87	0	54	30	2	36	30	1.72
25396332--25396369	19	2.1	18	95	5	67	47	5	0	47	1.24
25396408--25396458	26	2.0	25	85	11	68	56	11	0	31	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25396408--25396458	25	2.0	26	85	11	70	56	11	0	31	1.35
25400923--25400963	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
25403621--25403671	26	1.9	26	84	11	68	45	1	13	39	1.55
25404802--25404848	24	1.9	25	86	4	69	12	6	31	48	1.66
25404817--25404911	40	2.4	39	82	7	109	14	15	27	42	1.86
25404925--25405148	110	2.1	107	82	4	261	25	19	24	30	1.98
25405834--25406081	128	1.9	129	90	0	399	37	19	16	27	1.93
25408650--25409105	176	2.6	176	82	5	507	23	23	19	34	1.97
25408670--25409127	87	5.2	87	83	6	480	23	22	20	33	1.97
25417011--25417050	21	1.9	21	85	10	55	17	30	10	42	1.82
25420595--25420900	128	2.5	124	81	6	368	35	20	17	26	1.95
25430641--25430686	6	7.5	6	87	4	65	19	2	2	76	1.00
25430641--25430686	19	2.5	19	89	3	67	19	2	2	76	1.00
25430648--25430696	25	2.0	25	83	0	62	20	4	2	73	1.10
25445625--25445860	116	2.0	116	90	0	364	19	18	20	40	1.91
25459485--25459513	13	2.1	14	93	6	51	65	0	6	27	1.18
25461781--25461808	12	2.3	12	100	0	56	78	0	7	14	0.95
25461793--25461844	20	2.5	21	80	20	65	67	1	7	23	1.27
25461895--25461919	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25485968--25486058	45	2.0	45	100	0	182	32	8	19	38	1.83
25489290--25489323	17	2.0	17	88	0	50	61	2	0	35	1.11
25499539--25499563	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25502327--25502370	10	4.1	10	78	16	52	54	29	4	11	1.56
25503126--25503267	42	3.3	41	79	11	133	33	24	16	25	1.95
25503158--25503267	44	2.6	42	80	12	125	34	24	17	23	1.96
25510534--25510567	2	17.0	2	93	0	59	47	50	2	0	1.16
25510576--25510619	16	2.6	18	75	14	56	34	22	0	43	1.54
25510801--25510899	42	2.3	41	81	11	119	33	22	17	27	1.96
25510813--25510894	42	1.9	43	87	7	123	32	23	18	25	1.97
25510790--25510939	43	3.5	42	80	9	135	31	24	18	26	1.97
25522689--25522714	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
25522738--25522828	41	2.2	40	84	3	110	42	20	17	18	1.89
25522829--25523065	41	5.8	41	92	2	379	32	25	24	17	1.97
25523244--25523319	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
25527065--25527104	21	2.0	20	85	5	53	12	7	17	62	1.52
25527064--25527448	133	2.9	133	98	0	743	20	9	18	51	1.73
25529395--25529434	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
25535905--25536151	43	5.7	43	79	5	255	24	20	23	31	1.98
25535993--25536239	43	5.8	42	80	6	203	29	21	21	26	1.99
25535949--25536111	87	1.9	87	89	5	258	25	20	23	30	1.99
25539447--25539583	42	3.2	44	80	5	145	29	16	21	32	1.96
25539779--25539817	19	2.0	20	85	14	55	46	0	15	38	1.46
25539960--25539996	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
25552401--25552468	25	2.6	27	79	11	79	23	26	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25554852--25554884	15	2.1	16	94	5	59	15	18	6	60	1.54
25556415--25556483	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
25557428--25557566	71	1.9	72	95	1	253	26	9	20	43	1.82
25557761--25557788	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
25557871--25557947	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
25557887--25557926	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25557875--25557941	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
25557910--25557949	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
25574757--25574811	21	2.6	22	81	13	62	38	18	1	41	1.61
25579516--25579549	6	5.7	6	86	13	52	82	0	2	14	0.79
25580015--25580054	17	2.3	17	86	4	53	37	0	0	62	0.95
25580015--25580104	9	9.6	9	74	14	58	33	0	3	63	1.11
25580025--25580104	19	4.3	18	77	17	74	33	0	3	62	1.13
25580033--25580195	39	4.2	38	69	18	104	30	0	6	62	1.21
25580013--25580195	10	19.0	9	71	17	77	30	0	6	63	1.18
25580363--25580395	15	2.1	16	88	5	50	42	6	9	42	1.61
25586575--25586948	38	8.9	38	70	18	235	31	14	23	31	1.94
25586651--25586937	85	3.4	85	92	0	495	31	14	23	30	1.94
25586651--25586972	169	1.9	169	90	1	511	31	13	23	31	1.94
25590186--25590226	15	2.7	15	80	0	55	17	14	12	56	1.68
25592080--25592360	69	4.1	68	78	5	217	22	17	23	37	1.94
25598167--25598297	41	3.2	41	85	0	163	25	19	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25599244--25599534	144	2.0	144	96	0	537	33	23	18	24	1.97
25604490--25604569	39	2.1	39	100	0	160	30	15	17	37	1.90
25604960--25604985	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
25609226--25609337	59	1.9	57	92	3	188	29	5	17	47	1.70
25609677--25609721	17	2.6	17	96	0	81	28	6	11	53	1.61
25613979--25614043	33	1.9	35	81	6	80	38	3	3	55	1.31
25614266--25614310	23	2.0	23	86	8	65	40	0	8	51	1.33
25615851--25615895	20	2.4	19	82	10	56	42	2	15	40	1.59
25624405--25624461	28	2.0	28	100	0	114	45	19	10	24	1.81
25629156--25629185	8	3.8	8	90	0	51	40	20	10	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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