genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64367364--64367431	26	2.6	27	88	2	102	27	7	20	44	1.78
64367318--64367405	46	1.9	46	88	2	133	27	5	19	47	1.71
64367291--64367431	72	1.9	73	95	1	257	29	6	19	43	1.76
64371811--64371901	46	2.0	46	95	0	164	32	8	24	34	1.86
64372917--64373024	38	2.8	38	88	0	153	17	24	22	36	1.95
64372920--64373057	38	3.6	39	79	5	147	17	23	24	34	1.96
64374762--64374829	34	2.0	33	85	2	91	26	23	22	27	1.99
64380960--64381093	40	3.3	40	90	0	205	23	18	26	32	1.97
64385024--64385173	46	3.3	46	97	0	273	24	32	8	35	1.86
64385190--64385311	22	5.3	22	63	18	59	27	27	12	32	1.92
64385187--64385989	47	17.2	47	94	1	1402	26	28	11	33	1.92
64385357--64385431	23	3.2	23	63	29	59	28	29	10	32	1.90
64391290--64391432	40	3.6	41	82	9	170	23	21	28	25	1.99
64391657--64392161	47	10.6	47	92	2	794	33	8	29	29	1.86
64391657--64392161	96	5.3	96	93	2	838	33	8	29	29	1.86
64391657--64392161	143	3.5	143	94	1	879	33	8	29	29	1.86
64394759--64395194	40	10.9	40	91	0	683	26	26	21	25	1.99
64396608--64396757	46	3.3	46	95	0	264	24	32	8	34	1.86
64396774--64396895	22	5.3	22	66	18	68	27	27	11	33	1.91
64396771--64397109	47	7.2	47	94	0	570	26	28	11	33	1.92
64396796--64396874	25	3.3	24	67	22	67	30	26	8	34	1.87
64396731--64397109	94	4.0	94	92	0	569	26	29	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64396937--64397061	23	5.2	24	62	30	63	28	29	10	31	1.90
64396962--64397036	22	3.3	22	66	23	64	26	30	12	30	1.92
64404934--64404971	18	2.1	18	90	0	58	42	7	5	44	1.56
64406196--64406347	44	3.6	41	76	8	126	30	22	20	26	1.98
64408830--64409690	430	2.0	430	89	1	1305	34	19	11	34	1.88
64415725--64415776	26	2.0	26	100	0	104	30	26	23	19	1.98
64415751--64415843	43	2.2	43	80	7	109	30	19	21	29	1.97
64418678--64418804	46	2.7	46	82	10	152	28	14	30	25	1.95
64420902--64421125	79	2.8	80	82	9	262	24	22	27	25	2.00
64420902--64421125	40	5.6	39	84	7	265	24	22	27	25	2.00
64420908--64421158	119	2.1	119	82	7	296	26	21	26	25	1.99
64428999--64429222	40	5.6	39	84	7	265	24	23	27	24	2.00
64428998--64429255	119	2.2	119	83	6	310	25	22	27	24	2.00
64430576--64430606	13	2.4	13	100	0	62	16	38	35	9	1.81
64451153--64451366	40	5.4	40	86	7	280	24	23	28	23	2.00
64451149--64451334	79	2.4	79	89	6	281	24	22	28	25	1.99
64457632--64457847	40	5.5	40	86	6	282	25	24	27	23	2.00
64459215--64459266	22	2.4	22	80	0	59	38	19	21	21	1.94
64464915--64464990	23	3.3	23	77	14	86	26	26	17	30	1.97
64467174--64467265	28	3.3	28	95	0	157	18	16	38	27	1.92
64467582--64467840	27	9.7	27	80	5	256	39	22	8	29	1.83
64467582--64467840	80	3.2	80	80	5	265	39	22	8	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64471656--64471832	40	4.4	40	92	2	286	25	25	23	24	2.00
64477839--64478033	27	7.2	27	80	8	227	19	25	21	33	1.97
64477836--64478033	54	3.7	54	93	1	335	19	25	21	33	1.97
64480925--64481038	41	2.7	42	82	2	140	30	15	23	29	1.96
64480973--64481079	42	2.5	42	78	3	117	31	20	24	23	1.98
64483365--64483527	43	3.9	41	75	9	132	33	24	14	27	1.94
64487845--64488033	47	4.0	47	94	0	297	34	10	29	25	1.89
64487859--64488118	79	3.1	77	72	19	225	33	11	28	25	1.91
64487845--64488255	94	4.5	94	82	9	521	34	10	28	26	1.90
64487921--64487992	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
64488000--64488065	32	2.1	32	100	0	132	33	18	27	21	1.96
64487906--64488159	126	2.0	126	96	0	463	33	13	27	24	1.93
64488032--64488255	47	4.8	47	92	1	333	33	11	28	25	1.91
64488044--64488165	22	5.3	22	64	24	72	31	12	29	26	1.92
64488065--64488190	25	5.3	25	63	18	79	33	10	27	28	1.90
64487874--64488206	173	1.9	173	95	0	594	34	12	28	24	1.92
64488091--64488212	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
64488229--64488411	46	4.0	46	89	0	258	34	9	31	24	1.87
64493536--64493641	6	17.3	6	77	14	110	48	15	17	18	1.82
64493536--64493641	31	3.5	31	85	6	137	48	15	17	18	1.82
64494784--64494844	27	2.3	26	80	8	68	40	21	9	27	1.85
64494823--64494914	27	3.4	27	84	3	114	29	20	6	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64494913--64495096	54	3.4	54	79	5	185	38	21	9	30	1.85
64494913--64495096	27	6.8	26	85	1	143	38	21	9	30	1.85
64495079--64495153	27	2.8	26	74	8	78	37	20	8	34	1.82
64495135--64495357	27	8.3	27	88	0	284	33	18	21	26	1.97
64495764--64495847	6	13.7	6	75	14	73	20	17	14	47	1.82
64495764--64495838	31	2.4	31	90	0	114	18	18	14	48	1.82
64495835--64495868	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
64496754--64496949	27	7.3	27	88	0	275	24	20	19	35	1.96
64496758--64496949	81	2.4	81	91	0	314	24	21	18	35	1.96
64496934--64497274	27	12.6	27	82	3	202	33	9	21	35	1.86
64496755--64496976	54	4.1	52	79	12	225	25	19	18	35	1.95
64496934--64497274	54	6.3	54	80	4	229	33	9	21	35	1.86
64501443--64501491	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
64506243--64506400	43	3.7	42	73	13	135	22	20	27	29	1.98
64507543--64507601	27	2.2	26	84	3	73	35	20	23	20	1.96
64509889--64510064	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
64509886--64510057	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
64513887--64513933	21	2.2	21	88	0	67	55	2	23	19	1.54
64523690--64523960	94	2.9	91	76	14	284	23	26	21	28	1.99
64530444--64530526	31	2.7	31	92	3	134	28	25	15	30	1.96
64530733--64530816	25	3.4	24	81	12	82	28	22	19	29	1.98
64530746--64530815	25	2.8	25	89	4	97	28	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64531271--64531319	20	2.5	20	93	0	80	16	34	24	24	1.95
64531715--64531898	54	3.4	54	81	3	174	29	10	20	39	1.87
64531715--64531865	27	5.6	27	81	0	176	29	8	21	40	1.83
64531685--64531898	81	2.6	81	79	4	225	28	11	20	39	1.87
64531897--64532042	27	5.4	27	85	6	206	37	6	26	30	1.81
64531897--64532033	54	2.5	54	93	0	238	39	5	24	30	1.79
64532003--64532195	27	7.2	26	74	9	129	33	8	19	38	1.82
64531887--64532069	54	3.4	53	83	8	210	36	7	24	31	1.84
64531888--64532149	81	3.3	80	78	9	221	35	8	22	34	1.84
64532021--64532195	54	3.2	53	73	11	151	32	8	18	40	1.81
64532021--64532195	80	2.2	81	90	2	271	32	8	18	40	1.81
64532039--64532190	54	2.8	53	80	8	191	32	9	17	40	1.81
64534347--64534661	49	6.7	46	74	12	216	22	27	20	29	1.98
64541076--64541121	22	2.0	23	83	4	58	28	34	19	17	1.94
64541744--64541782	12	3.0	13	85	11	53	82	0	15	2	0.79
64541745--64541782	19	2.0	19	90	10	60	84	0	13	2	0.73
64541901--64542058	80	2.0	80	98	0	307	31	20	11	37	1.88
64544165--64544231	3	22.3	3	96	0	125	0	31	0	68	0.90
64544595--64544709	50	2.3	50	95	3	205	37	15	33	13	1.87
64553651--64553680	14	2.1	15	93	6	53	46	3	0	50	1.18
64555600--64555656	29	2.0	29	89	0	87	47	8	3	40	1.52
64555938--64556109	94	1.8	94	97	0	326	40	6	19	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64565616--64568642	153	19.8	153	85	3	3797	37	18	9	34	1.84
64565616--64568642	455	6.6	457	88	3	3815	37	18	9	34	1.84
64568786--64568815	12	2.5	12	100	0	60	26	16	16	40	1.90
64569860--64570183	48	6.8	48	75	4	271	28	19	28	23	1.98
64569854--64570183	96	3.4	96	88	0	464	28	18	28	23	1.98
64572379--64572438	30	2.0	30	100	0	120	23	13	16	46	1.82
64572549--64572671	43	2.9	43	79	9	126	28	17	26	28	1.97
64575632--64575852	40	5.6	41	82	8	271	24	22	25	27	2.00
64576080--64576121	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
64577878--64577930	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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