genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7522755--7522926	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
7522782--7522959	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
7528117--7528146	15	2.0	15	93	0	51	20	20	16	43	1.88
7531466--7531498	15	2.1	16	88	5	50	60	36	3	0	1.12
7533468--7533501	3	11.3	3	87	0	50	32	5	0	61	1.20
7533468--7533501	12	2.8	12	95	0	59	32	5	0	61	1.20
7533819--7533859	21	1.9	22	85	5	57	36	12	7	43	1.70
7545995--7546368	46	8.8	42	74	12	189	31	20	21	27	1.98
7546252--7546459	87	2.4	86	86	7	282	32	15	22	28	1.95
7547880--7547914	12	2.8	12	91	4	52	31	8	0	60	1.27
7549965--7550016	27	1.9	27	92	0	86	42	17	5	34	1.73
7558962--7559040	2	41.5	2	85	9	112	50	0	49	0	1.00
7559113--7559190	3	26.3	3	86	2	113	3	32	0	64	1.12
7559403--7559488	30	2.9	30	77	5	86	27	22	17	32	1.96
7564449--7564491	22	2.0	22	81	9	52	58	11	9	20	1.61
7567429--7567495	22	3.1	22	71	4	64	20	25	19	34	1.96
7573643--7573868	9	24.6	9	75	9	143	38	0	12	47	1.48
7573643--7573868	18	12.3	18	76	9	161	38	0	12	47	1.48
7573696--7573868	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
7573619--7573840	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
7574325--7575979	745	2.2	745	98	0	3231	39	9	14	35	1.80
7574325--7575979	373	4.4	373	99	0	3233	39	9	14	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7580209--7580240	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
7580995--7581186	41	4.6	41	68	23	141	26	29	20	23	1.99
7581182--7581291	41	2.7	41	94	2	186	18	22	24	34	1.96
7582504--7582555	26	2.0	26	81	7	61	32	0	7	59	1.26
7590057--7590081	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7590974--7591163	53	3.6	52	79	8	195	33	16	24	24	1.96
7591158--7591222	32	2.0	32	93	0	112	32	18	23	26	1.97
7592414--7592527	23	5.0	22	66	20	65	54	5	8	31	1.53
7593216--7593266	13	3.8	13	80	12	59	21	0	3	74	0.98
7593319--7593357	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
7594506--7594563	30	1.9	30	89	6	91	44	25	8	20	1.80
7594633--7594681	24	2.0	24	100	0	98	26	24	16	32	1.96
7594683--7594717	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
7594739--7594947	77	2.7	76	84	5	235	34	18	18	28	1.95
7595029--7595203	92	1.9	89	87	6	255	32	18	19	29	1.95
7594804--7595261	167	2.7	166	89	3	688	29	20	19	29	1.97
7595200--7595322	64	1.9	64	93	0	210	23	26	17	32	1.97
7595718--7595751	17	1.9	18	88	5	52	5	20	29	44	1.75
7607559--7607588	12	2.5	12	94	0	51	43	3	6	46	1.46
7607800--7607846	13	3.6	13	77	8	51	51	6	2	40	1.39
7608516--7608564	13	3.7	13	81	10	55	22	0	4	73	1.00
7608615--7608653	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7609657--7609746	41	2.2	41	97	0	171	20	25	32	22	1.98
7610391--7610460	29	2.4	30	78	7	81	58	5	2	32	1.36
7611971--7612011	6	5.9	7	86	13	50	31	0	0	68	0.90
7611986--7612019	16	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
7624520--7624560	21	1.9	21	85	5	55	39	17	9	34	1.82
7624531--7624609	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
7624531--7624603	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
7624533--7624619	36	2.4	35	81	5	120	35	14	10	39	1.81
7626554--7626587	16	2.2	16	89	5	52	67	0	32	0	0.91
7626558--7626626	29	2.4	28	70	15	68	65	0	34	0	0.93
7627131--7627794	153	4.4	152	91	2	1023	56	9	7	26	1.58
7632352--7632517	82	2.0	82	98	0	323	30	16	18	33	1.94
7637158--7637190	16	2.1	16	100	0	66	63	12	0	24	1.28
7637007--7637309	42	7.5	42	84	9	373	51	10	5	33	1.58
7637200--7637232	16	2.1	16	100	0	66	63	12	0	24	1.28
7637245--7637269	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
7637289--7637350	13	5.1	12	81	13	74	66	12	0	20	1.25
7637286--7637348	16	3.7	16	71	22	56	66	11	0	22	1.22
7637289--7637365	36	2.1	36	90	4	120	66	14	1	18	1.32
7637423--7637479	26	2.2	26	87	6	80	0	35	0	64	0.93
7637402--7637475	38	2.0	37	82	12	89	2	31	0	66	1.06
7637539--7637603	27	2.4	27	86	0	94	20	38	26	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7637741--7637782	22	1.9	22	90	0	66	16	2	4	76	1.07
7638361--7638438	16	5.3	15	73	17	56	38	0	2	58	1.12
7647883--7647990	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7654584--7654613	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
7654716--7654853	69	2.0	69	98	0	267	52	14	16	15	1.74
7656918--7657803	443	2.0	443	95	0	1610	36	13	16	33	1.89
7657976--7658219	130	1.9	127	91	2	398	35	18	18	27	1.94
7657981--7658247	130	2.1	130	87	1	385	35	17	17	28	1.93
7658729--7658761	12	2.8	12	86	13	50	66	0	0	33	0.92
7659170--7659204	17	2.0	18	94	5	63	68	0	5	25	1.11
7659262--7659307	3	15.3	3	90	0	74	65	2	2	30	1.16
7661787--7662049	46	5.7	46	91	1	395	22	23	14	38	1.92
7661787--7662049	91	2.9	92	89	2	395	22	23	14	38	1.92
7661780--7662049	137	2.0	138	89	2	418	22	24	15	38	1.92
7664473--7664530	29	2.0	30	86	3	82	27	20	3	48	1.66
7666197--7666245	24	2.0	24	100	0	98	46	12	0	40	1.41
7667272--7667535	46	5.7	46	93	0	431	21	24	15	38	1.92
7669959--7670016	29	2.0	30	86	3	82	27	20	3	48	1.66
7675769--7675813	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
7684863--7684904	18	2.4	18	84	4	59	14	19	47	19	1.82
7686538--7686571	15	2.3	15	100	0	68	41	5	0	52	1.25
7688145--7688195	23	2.2	24	86	10	70	41	1	0	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7689389--7689462	34	2.2	34	85	4	96	47	4	1	47	1.29
7694829--7694870	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
7697135--7697167	11	3.1	11	86	4	50	39	0	0	60	0.97
7697158--7697182	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7697112--7697196	36	2.3	37	82	13	104	48	0	0	51	1.00
7697816--7697886	38	1.9	36	82	5	88	12	7	4	76	1.14
7698087--7698119	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
7698175--7698233	20	3.1	19	80	11	59	47	3	0	49	1.18
7698244--7698386	21	7.8	21	61	30	69	59	2	0	38	1.09
7698210--7698411	35	5.8	35	94	2	338	58	1	0	39	1.09
7698380--7698456	23	3.4	23	78	8	86	50	3	0	45	1.20
7698467--7698517	9	5.4	9	82	13	59	78	5	1	13	1.02
7699915--7699994	40	2.0	40	87	0	115	45	20	3	31	1.68
7707179--7707203	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
7707348--7707405	27	2.1	27	83	6	71	48	1	1	48	1.22
7707516--7707569	26	2.1	26	86	10	76	55	1	1	40	1.21
7708295--7708326	3	10.7	3	93	0	55	34	31	34	0	1.58
7708326--7708359	9	4.0	8	85	14	50	73	0	26	0	0.83
7712241--7712306	22	3.1	20	81	14	78	36	1	4	57	1.28
7712255--7712320	11	5.5	11	72	13	51	34	1	1	62	1.14
7712282--7712347	25	2.7	24	83	9	71	34	1	0	63	1.04
7712971--7713047	36	2.1	36	95	0	136	48	2	12	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7714000--7714040	5	8.0	5	89	5	64	80	0	2	17	0.82
7714000--7714040	16	2.6	16	92	3	66	80	0	2	17	0.82
7714419--7714481	31	2.0	31	100	0	126	25	34	9	30	1.88
7718491--7718524	10	3.3	10	84	8	50	85	0	2	11	0.71
7719746--7719817	23	3.2	22	69	9	56	34	15	25	25	1.94
7719853--7719927	23	3.2	23	72	10	80	26	13	29	30	1.94
7726282--7726315	16	2.1	16	100	0	68	26	5	20	47	1.73
7734054--7734244	95	2.0	94	92	1	319	48	10	4	36	1.58
7738185--7738228	3	14.7	3	90	0	52	0	9	34	56	1.31
7742909--7742943	17	2.1	16	89	5	52	5	5	11	77	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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