genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85958062--85958129	11	6.0	11	77	6	73	35	1	7	55	1.37
85958066--85958171	22	5.0	22	75	18	107	33	0	5	59	1.27
85958066--85958171	13	8.6	13	69	24	70	33	0	5	59	1.27
85958066--85958276	50	4.6	48	71	18	139	34	7	4	54	1.47
85958102--85958176	37	2.0	37	85	12	100	36	0	4	60	1.16
85958227--85958270	23	1.9	23	85	0	61	29	9	4	56	1.50
85958511--85958587	34	2.3	34	82	8	86	32	6	6	54	1.52
85961129--85961171	23	1.9	23	85	4	61	53	4	9	32	1.53
85961166--85961249	31	2.7	31	75	10	75	53	0	0	46	1.00
85965941--85966032	46	2.0	46	97	0	175	32	17	16	33	1.92
85975471--85975575	25	4.2	25	93	2	183	22	24	3	48	1.67
85975471--85975575	51	2.1	50	94	1	183	22	24	3	48	1.67
85976318--85976389	36	2.0	36	97	0	135	40	11	29	19	1.86
85978320--85978522	66	3.1	67	82	5	252	43	16	23	17	1.87
85984705--85984729	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
85984927--85984959	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
85986548--85987020	3	158.0	3	68	13	111	59	2	9	28	1.40
85986607--85986686	20	3.8	21	76	18	60	57	0	13	28	1.37
85986915--85987012	17	5.4	17	75	19	65	59	1	9	30	1.35
85993488--85993537	24	2.1	24	96	0	91	40	18	10	32	1.83
85999016--85999108	18	5.2	18	85	0	132	32	17	23	26	1.96
86004044--86004102	16	3.7	16	73	15	50	15	3	13	67	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86004025--86004056	16	2.0	16	93	0	55	15	0	21	62	1.32
86006248--86006351	47	2.2	47	89	1	156	16	14	16	52	1.74
86008862--86008961	30	3.3	30	67	25	91	19	17	23	41	1.90
86008844--86008964	62	2.0	62	100	0	242	17	18	23	41	1.90
86021350--86021394	21	2.1	22	87	4	65	62	8	8	20	1.51
86021311--86021360	3	16.7	3	91	0	82	68	4	0	28	1.08
86021560--86021612	24	2.2	24	86	0	70	62	9	5	22	1.47
86022451--86022484	11	2.9	12	91	8	52	88	0	8	2	0.62
86036123--86036222	30	3.3	30	67	25	91	19	17	23	41	1.90
86036105--86036225	62	2.0	62	100	0	242	17	18	23	41	1.90
86048630--86048691	29	2.1	29	82	5	72	61	1	6	30	1.31
86048852--86048897	23	1.9	23	82	8	56	60	2	2	34	1.21
86048868--86048908	16	2.6	16	88	3	57	56	2	2	39	1.26
86048853--86048929	39	2.0	39	84	5	102	58	2	2	36	1.26
86049235--86049297	25	2.5	24	80	10	65	63	0	7	28	1.22
86053501--86053545	23	1.9	23	90	4	72	24	0	13	62	1.31
86053502--86053549	24	2.1	23	84	7	62	25	0	16	58	1.38
86053715--86054032	127	2.5	127	90	0	474	26	17	19	36	1.93
86053716--86054076	127	2.8	124	81	8	395	26	16	19	37	1.92
86054884--86054931	25	1.9	25	87	8	71	29	4	0	66	1.10
86055842--86055936	9	10.4	9	73	13	70	67	3	0	29	1.06
86055841--86055988	9	15.7	10	69	17	52	66	3	0	30	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86055866--86055936	27	2.7	26	79	14	81	67	2	0	29	1.05
86055842--86055936	28	3.5	26	77	16	77	67	3	0	29	1.06
86055841--86055986	37	4.1	37	72	20	102	67	3	0	29	1.07
86055850--86056261	10	43.7	9	65	23	86	59	4	2	33	1.30
86056006--86056057	21	2.5	21	81	12	54	53	3	3	38	1.37
86056110--86056175	27	2.4	28	80	10	73	57	6	4	31	1.43
86056223--86056273	22	2.3	23	86	6	70	58	0	0	41	0.98
86056853--86056885	18	1.9	18	88	11	52	33	0	0	66	0.92
86058380--86058407	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
86062502--86062540	14	2.7	14	80	4	51	48	0	5	46	1.24
86066773--86066810	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
86082158--86082314	53	3.0	52	79	6	172	43	19	21	15	1.88
86083508--86083593	43	2.0	45	81	9	106	33	13	29	23	1.93
86083484--86083807	163	2.0	163	84	3	429	33	18	22	25	1.97
86084133--86084193	13	4.7	13	76	10	54	78	9	1	9	1.03
86084146--86084193	13	3.8	13	78	13	55	79	12	0	8	0.94
86097518--86097557	21	1.9	21	89	0	62	32	35	5	27	1.79
86104827--86104869	17	2.4	19	85	11	56	37	2	0	60	1.10
86108094--86108124	15	2.0	16	93	6	55	70	0	3	25	1.02
86108627--86108675	26	2.0	24	84	8	62	36	0	6	57	1.24
86108617--86108678	24	2.6	22	78	16	61	35	0	8	56	1.29
86109796--86109859	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86110074--86110242	23	7.1	23	87	6	230	28	21	21	28	1.99
86110301--86110357	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86110289--86110359	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
86110294--86110348	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
86111590--86111685	27	3.6	28	84	8	112	26	25	18	30	1.98
86111602--86111685	27	3.1	27	87	3	116	25	26	17	30	1.97
86111727--86111959	27	8.7	27	80	5	204	30	8	20	41	1.81
86111725--86111959	81	2.9	81	81	8	282	30	8	20	41	1.81
86111726--86111959	54	4.4	53	80	6	229	30	8	20	41	1.81
86111951--86112081	27	4.9	27	85	0	154	40	8	22	29	1.83
86111737--86112000	81	3.3	81	81	6	223	32	8	19	38	1.83
86116563--86116620	23	2.5	23	91	0	89	13	18	15	51	1.76
86117398--86117455	19	3.3	18	72	18	59	51	1	8	37	1.43
86119177--86119209	16	2.0	17	88	5	50	66	3	3	27	1.21
86120185--86120209	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
86121885--86122181	159	1.9	158	83	6	395	29	13	11	45	1.78
86122034--86122242	87	2.4	86	77	11	208	33	12	11	42	1.80
86125682--86125745	10	6.3	10	80	12	69	18	1	1	78	0.92
86125680--86125752	15	4.7	15	80	17	71	20	1	1	76	0.93
86125709--86125755	19	2.5	19	89	6	69	21	2	0	76	0.89
86125680--86125748	25	2.8	25	82	14	81	20	1	1	76	0.94
86126564--86126603	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86130861--86130903	20	2.2	20	87	8	61	34	4	6	53	1.49
86132473--86132601	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
86132481--86132620	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
86137763--86138012	48	5.2	48	92	0	374	32	24	6	37	1.81
86149968--86150324	179	2.0	179	100	0	714	25	14	30	29	1.94
86151881--86151951	25	2.8	25	73	4	79	52	5	7	35	1.52
86152160--86152200	21	2.0	21	85	9	57	60	7	2	29	1.36
86152546--86152590	20	2.2	20	88	7	65	60	6	0	33	1.23
86152714--86152897	3	61.0	3	69	13	92	59	3	5	30	1.37
86152482--86152740	136	1.9	135	83	10	332	59	5	3	30	1.37
86153442--86153475	16	2.1	16	94	0	59	8	5	64	20	1.43
86153455--86153479	13	1.9	13	100	0	50	16	8	60	16	1.58
86153512--86153536	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
86154118--86154286	86	1.9	89	86	4	245	38	20	15	26	1.92
86154191--86154573	73	5.2	72	89	5	552	33	20	16	29	1.95
86162849--86162893	22	2.0	22	91	0	72	44	4	22	28	1.72
86167082--86167147	21	3.0	21	74	14	62	56	7	3	33	1.43
86167091--86167145	21	2.5	20	83	13	65	56	7	3	32	1.44
86167155--86167227	27	2.7	26	79	10	76	52	5	8	34	1.55
86167462--86167524	27	2.3	27	81	10	76	61	6	0	31	1.21
86167410--86167672	138	1.9	142	85	7	376	59	5	3	31	1.36
86167649--86167824	3	58.0	3	72	10	117	61	2	6	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86167649--86167717	16	4.4	16	82	8	81	63	2	2	30	1.23
86169305--86169372	26	2.7	26	80	14	90	39	23	22	14	1.91
86171882--86171912	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
86172128--86172161	12	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
86174035--86174117	31	2.6	33	81	9	109	37	33	0	28	1.58
86179884--86179912	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
86180216--86180287	34	2.1	34	100	0	144	43	13	8	34	1.75
86182397--86182449	24	2.2	24	83	9	65	49	1	1	47	1.23
86192030--86192065	10	3.4	10	92	7	54	86	0	13	0	0.58
86195476--86195510	18	2.0	17	94	5	61	34	0	22	42	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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