genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  261  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83568443--83568738	140	2.1	140	82	0	340	22	20	25	31	1.98
83570446--83570500	24	2.4	23	82	14	69	36	29	16	18	1.92
83570488--83570591	45	2.3	45	83	12	124	35	24	13	26	1.92
83570570--83570948	94	4.0	94	98	0	733	40	18	10	30	1.85
83578315--83578353	19	2.1	19	100	0	78	33	5	10	51	1.58
83578403--83578464	24	2.6	24	87	7	83	33	29	16	20	1.94
83578489--83578538	24	2.1	24	88	0	73	34	30	12	24	1.91
83578494--83578869	94	4.0	94	96	0	680	40	19	10	30	1.85
83583501--83583631	47	2.8	47	84	0	154	35	27	14	22	1.93
83586244--83586283	19	2.1	19	95	0	71	32	10	0	57	1.32
83587924--83588089	46	3.6	46	80	8	151	28	20	28	22	1.98
83588112--83588219	49	2.2	49	83	3	137	28	18	27	25	1.98
83589346--83589382	13	2.8	13	91	0	56	29	24	37	8	1.84
83590904--83590935	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
83593493--83593530	18	2.1	18	95	0	67	21	28	23	26	1.99
83601048--83601086	12	3.3	12	85	3	53	82	0	10	7	0.86
83602697--83602867	35	4.9	35	80	5	175	21	12	28	37	1.90
83604626--83604696	37	1.9	37	88	0	106	26	33	18	21	1.96
83604837--83605222	48	8.0	48	89	0	574	30	25	6	37	1.81
83609756--83609787	9	3.7	9	95	4	57	43	12	31	12	1.80
83611340--83611443	42	2.4	43	87	4	140	32	25	15	25	1.95
83611287--83611443	85	1.8	85	80	2	190	33	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83611287--83611452	43	3.9	43	75	5	140	33	24	12	28	1.92
83619982--83620033	27	1.9	27	92	0	86	42	7	25	25	1.81
83626040--83626144	40	2.6	40	83	8	133	22	17	26	33	1.96
83630663--83630701	19	2.1	19	100	0	78	25	35	10	28	1.89
83632121--83632175	25	2.2	26	93	3	94	52	9	3	34	1.50
83636037--83636107	32	2.2	32	84	0	88	18	33	29	18	1.95
83636110--83636167	24	2.4	24	97	0	107	29	32	20	17	1.95
83644058--83644104	23	2.0	23	83	0	58	53	2	2	42	1.25
83644593--83644634	22	1.9	22	90	0	66	61	7	7	23	1.47
83650180--83650228	19	2.5	19	78	15	55	30	8	4	57	1.47
83652381--83652744	131	2.8	129	78	4	343	33	18	19	28	1.95
83654684--83654761	39	2.0	39	100	0	156	38	12	15	33	1.85
83657439--83657485	22	2.1	22	88	7	69	34	31	4	29	1.77
83657807--83657832	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
83661900--83661924	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
83662191--83662229	10	3.8	10	83	6	51	41	0	0	58	0.98
83662414--83662447	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
83664780--83664829	26	2.0	24	84	7	64	62	6	0	32	1.20
83664770--83664858	21	4.1	21	73	17	65	68	6	0	24	1.13
83666671--83666719	18	2.6	19	81	15	57	6	20	2	71	1.18
83668752--83668795	14	2.7	18	70	26	51	15	11	9	63	1.51
83670614--83670639	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83671117--83671252	51	2.7	51	76	0	146	40	5	12	41	1.67
83672971--83673225	96	2.7	96	94	1	440	36	18	34	10	1.86
83674132--83674267	51	2.7	51	76	0	146	40	5	12	41	1.67
83675708--83675784	40	1.9	40	81	5	93	33	32	18	15	1.92
83676586--83676644	29	2.0	29	90	0	91	35	25	15	23	1.94
83678142--83678177	19	1.9	18	88	5	54	55	8	5	30	1.52
83678354--83678398	18	2.5	18	79	13	56	60	2	6	31	1.35
83678391--83678444	19	2.9	17	82	15	63	59	11	1	27	1.42
83678465--83678514	21	2.4	21	79	0	64	64	2	4	30	1.23
83678573--83678665	33	2.7	34	76	14	93	60	6	3	30	1.38
83678578--83678666	23	3.9	22	70	16	56	60	6	2	30	1.34
83678636--83678674	9	4.1	9	86	6	51	56	7	0	35	1.28
83678742--83678776	12	2.9	12	91	8	54	62	0	0	37	0.95
83678817--83678868	13	3.8	13	78	9	50	57	3	1	36	1.28
83678742--83678871	15	9.2	14	70	20	62	57	3	3	34	1.35
83679493--83679522	12	2.5	12	100	0	60	30	0	0	70	0.88
83679500--83679539	21	1.9	22	90	10	66	32	0	2	65	1.06
83683455--83683525	16	4.4	16	85	0	88	30	26	4	38	1.76
83683455--83683525	32	2.2	32	89	0	106	30	26	4	38	1.76
83684811--83684866	16	3.5	16	85	4	78	39	7	25	28	1.82
83689927--83689952	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
83696837--83696941	40	2.7	40	92	1	176	45	5	38	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83701244--83701273	13	2.3	13	94	0	51	46	6	20	26	1.75
83701532--83701582	20	2.6	21	76	14	56	52	0	1	45	1.12
83720989--83721039	20	2.5	21	80	6	68	23	9	11	54	1.66
83721667--83721695	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
83722454--83722521	33	2.1	33	88	5	102	16	52	16	14	1.74
83723584--83723609	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
83723600--83723663	3	20.3	3	78	9	65	29	7	1	60	1.34
83725099--83725149	15	3.5	15	81	13	70	60	0	9	29	1.28
83727421--83728394	44	22.1	43	75	8	796	29	25	16	27	1.97
83727417--83728394	132	7.4	132	86	3	1022	29	25	16	27	1.97
83727701--83728394	309	2.2	310	92	1	1142	29	25	17	27	1.97
83728509--83728761	45	5.4	45	64	20	124	29	22	18	29	1.97
83728507--83728795	95	3.0	95	96	0	533	28	22	19	30	1.98
83728697--83728972	134	2.1	134	94	1	482	29	23	19	27	1.98
83728920--83729183	86	3.1	86	91	0	411	26	24	21	26	2.00
83733288--83733331	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
83740741--83740788	24	2.0	24	100	0	96	33	4	8	54	1.50
83742960--83742997	20	2.0	20	84	5	51	15	5	2	76	1.08
83743044--83743075	16	1.9	16	93	6	55	75	3	3	18	1.08
83743670--83743756	3	29.7	3	69	17	58	28	6	2	62	1.34
83743672--83743717	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
83743683--83743756	14	5.3	15	71	18	52	27	8	2	62	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83743745--83743783	19	2.0	20	85	5	53	35	7	2	53	1.43
83743836--83743874	12	3.2	12	85	3	51	35	0	10	53	1.35
83744012--83744175	21	7.9	19	73	22	86	34	3	3	58	1.31
83744013--83744113	12	8.6	12	66	19	52	33	2	2	60	1.27
83744062--83744115	22	2.5	22	81	6	74	31	0	1	66	1.02
83744041--83744101	18	3.3	18	78	17	63	34	1	1	62	1.15
83744058--83744170	44	2.6	43	80	14	126	35	2	2	59	1.26
83744177--83744214	18	2.1	19	90	5	60	21	0	26	52	1.47
83744181--83744215	16	2.1	17	89	5	54	22	0	25	51	1.48
83744363--83744424	29	2.1	29	88	5	90	35	4	6	53	1.48
83748092--83748137	19	2.4	19	100	0	92	56	10	4	28	1.53
83752079--83752125	22	2.1	23	88	4	69	70	4	21	4	1.22
83752070--83752124	27	1.9	30	82	17	73	72	3	18	5	1.18
83753533--83753606	21	3.5	21	86	1	94	13	21	27	37	1.91
83762744--83763337	75	8.0	74	87	4	721	30	17	19	32	1.95
83762740--83763337	299	2.0	297	83	3	754	30	17	18	32	1.95
83763303--83763370	33	2.1	33	91	0	109	23	20	19	36	1.95
83763229--83763428	108	1.9	107	88	1	301	28	19	20	32	1.97
83763336--83763485	72	2.0	75	88	3	225	28	19	22	30	1.98
83763154--83763516	182	2.0	182	83	5	466	28	18	19	33	1.96
83763444--83763602	87	1.8	87	86	2	230	29	18	18	32	1.96
83763588--83763623	13	2.8	13	91	0	54	25	11	2	61	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83764406--83764497	43	2.2	43	98	2	177	40	15	25	19	1.90
83765270--83765357	3	29.7	3	69	15	58	28	6	2	62	1.33
83765272--83765317	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
83765436--83765474	12	3.2	12	85	3	51	35	0	10	53	1.35
83765594--83765666	20	3.5	20	72	18	58	36	4	5	53	1.43
83765644--83765698	18	3.2	16	78	21	58	34	1	1	61	1.17
83765646--83765698	16	3.2	15	80	17	52	33	1	1	62	1.17
83765608--83765776	59	2.7	65	80	14	176	35	3	2	57	1.31
83765659--83765700	19	2.3	18	91	4	66	35	0	0	64	0.94
83765659--83765776	21	5.5	22	78	15	104	35	2	2	59	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295