genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77318623--77318753	54	2.4	54	87	0	172	37	19	17	25	1.94
77319486--77319547	31	2.0	31	84	9	81	20	25	19	33	1.96
77326192--77326337	27	5.4	27	82	3	177	35	19	20	24	1.95
77336095--77336482	49	8.1	49	92	3	630	32	8	30	28	1.87
77336601--77336679	37	2.1	37	86	4	106	25	16	31	26	1.96
77339626--77339693	28	2.4	29	85	2	93	57	7	5	29	1.50
77345238--77345262	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
77346318--77346354	18	2.1	18	100	0	74	56	0	16	27	1.40
77348943--77348975	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
77349105--77349153	25	2.0	25	91	0	80	36	16	16	30	1.91
77351595--77351683	28	3.3	27	76	10	85	33	12	25	28	1.92
77351710--77351909	51	3.9	51	92	1	330	32	13	24	29	1.93
77356097--77356214	43	2.8	42	75	7	130	30	26	20	22	1.98
77357001--77357354	183	1.9	183	95	0	645	29	14	23	32	1.94
77358876--77359025	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
77358848--77359025	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
77358849--77359004	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
77386669--77386741	28	2.7	26	80	15	78	46	0	1	52	1.09
77390542--77390656	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
77390542--77390675	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
77397821--77397867	23	2.0	23	87	8	67	61	0	4	34	1.15
77407971--77408189	94	2.3	93	82	3	269	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77407971--77408192	47	4.8	46	74	10	191	28	19	28	22	1.98
77408167--77408235	33	2.1	33	100	0	138	26	26	30	17	1.97
77408123--77408271	80	1.9	79	83	10	196	25	23	31	19	1.98
77411432--77411462	15	2.1	15	94	5	55	51	0	16	32	1.44
77413834--77413882	24	2.0	24	100	0	98	20	26	8	44	1.79
77415585--77415660	39	1.9	40	86	5	109	34	15	18	31	1.92
77416517--77416555	20	2.0	20	85	10	53	30	17	10	41	1.83
77420817--77420859	20	2.0	22	86	8	63	34	4	2	58	1.32
77427147--77427180	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
77427301--77427361	30	2.0	30	90	0	95	55	11	6	26	1.59
77432120--77432370	47	5.4	47	87	2	328	31	9	32	26	1.89
77432501--77432580	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
77439197--77439344	48	3.1	48	92	0	242	29	24	8	37	1.84
77441665--77441708	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
77447436--77447586	42	3.5	42	80	9	164	25	18	25	30	1.98
77447436--77447594	43	3.7	43	80	4	178	24	18	26	30	1.98
77461038--77461077	16	2.6	16	92	4	64	52	0	0	47	1.00
77462387--77462436	25	2.0	26	84	11	68	40	16	8	36	1.77
77464052--77464081	5	6.0	5	100	0	60	40	40	0	20	1.52
77464430--77464476	21	2.2	21	85	7	60	36	19	2	42	1.63
77464786--77464822	18	2.0	19	94	5	67	37	10	8	43	1.69
77468223--77468274	27	1.9	27	88	0	77	40	17	0	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77471330--77471356	12	2.2	12	100	0	54	74	7	0	18	1.05
77477732--77477764	17	1.9	18	88	11	52	54	0	9	36	1.32
77478513--77478588	30	2.5	30	80	4	82	32	21	19	26	1.97
77484819--77484851	13	2.5	13	90	9	50	57	0	0	42	0.98
77488041--77488139	36	2.8	36	93	0	162	19	12	45	23	1.83
77488173--77488227	15	3.5	15	72	13	56	29	7	50	12	1.67
77488158--77488234	33	2.3	33	90	0	127	25	7	49	16	1.73
77488164--77488216	15	3.2	17	69	15	56	24	3	52	18	1.62
77491988--77492042	27	2.1	26	83	10	67	47	3	1	47	1.30
77492027--77492083	21	2.6	21	83	5	60	49	3	5	42	1.42
77492759--77493470	247	2.9	249	89	3	1033	30	20	12	37	1.89
77503032--77503071	16	2.4	16	88	12	55	2	22	0	75	0.93
77503972--77504055	34	2.5	35	86	2	100	29	16	11	41	1.84
77505106--77505148	11	3.8	11	81	3	50	55	2	2	39	1.25
77506158--77506193	17	2.1	18	94	5	65	47	0	0	52	1.00
77506428--77506483	15	3.7	15	83	4	69	57	0	0	42	0.99
77515901--77515957	23	2.5	23	80	5	62	64	3	8	22	1.37
77522812--77522942	41	3.2	41	80	4	131	22	19	5	51	1.67
77533816--77533889	25	2.8	26	81	10	87	77	2	5	14	1.07
77533804--77533889	6	14.5	6	74	13	72	76	2	5	15	1.07
77533804--77533893	31	2.8	32	75	14	96	76	2	5	15	1.07
77538745--77538777	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77541392--77541423	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
77541411--77541454	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
77541449--77541478	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
77559583--77559703	36	3.4	36	87	0	161	18	9	25	46	1.80
77559581--77559721	72	2.0	72	82	2	176	18	11	24	45	1.82
77561546--77561587	19	2.2	20	79	12	52	45	0	14	40	1.45
77561558--77561596	19	2.1	19	100	0	78	41	0	15	43	1.46
77561739--77561834	24	3.9	24	81	2	75	22	21	20	34	1.97
77561765--77561827	24	2.6	24	87	0	81	20	20	22	36	1.95
77561789--77561840	24	2.2	24	86	3	70	21	19	21	38	1.94
77563130--77563634	171	2.9	176	83	8	634	22	23	29	24	1.99
77565018--77565074	24	2.4	24	79	5	62	71	1	1	24	1.04
77564988--77565076	28	3.3	26	71	17	76	69	2	3	24	1.15
77565477--77565505	11	2.6	11	100	0	58	13	0	6	79	0.93
77570944--77571058	25	4.6	25	77	10	92	28	21	19	30	1.97
77570944--77571058	50	2.3	50	81	3	124	28	21	19	30	1.97
77576257--77576291	18	1.9	18	100	0	70	20	5	28	45	1.73
77578824--77578867	19	2.3	19	96	0	79	63	9	2	25	1.35
77580359--77580417	31	1.9	31	92	0	100	25	6	8	59	1.51
77588965--77589012	17	2.9	17	81	3	62	22	18	10	47	1.79
77589984--77590108	66	1.9	66	83	0	160	28	19	20	31	1.97
77604978--77605026	19	2.5	20	83	6	64	18	34	32	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77606910--77607039	49	2.7	49	83	4	172	23	29	19	28	1.98
77612473--77612708	49	4.8	49	81	5	287	25	16	26	30	1.97
77612472--77612708	99	2.4	96	83	3	294	25	16	27	30	1.97
77612472--77612754	148	1.9	147	84	5	383	26	16	27	29	1.97
77616328--77616805	243	2.0	242	92	1	796	35	19	20	24	1.95
77624078--77624193	41	2.8	41	93	0	187	21	27	6	44	1.75
77643348--77643500	43	3.6	42	73	10	100	28	21	24	26	1.99
77649210--77649235	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
77650741--77650876	26	5.2	26	92	0	209	36	24	5	33	1.79
77652255--77652304	22	2.3	22	96	0	91	30	22	18	30	1.97
77653346--77653391	24	1.9	24	81	0	56	39	6	36	17	1.76
77672033--77672084	25	2.1	25	92	0	86	38	23	15	23	1.92
77674341--77674373	16	2.1	16	94	0	57	57	9	0	33	1.30
77677626--77677650	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
77681408--77681436	14	2.1	14	100	0	58	20	20	27	31	1.98
77683912--77684093	28	6.5	28	91	1	267	28	12	25	34	1.92
77689386--77689431	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
77689393--77689437	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
77691434--77691526	40	2.3	40	85	3	125	26	26	20	25	1.99
77699074--77699166	40	2.3	40	83	3	125	26	26	20	25	1.99
77707664--77707709	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
77707671--77707715	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77717699--77717961	39	6.7	40	85	7	301	25	26	22	25	2.00
77724076--77724107	16	2.0	16	93	0	55	46	9	18	25	1.79
77734876--77734994	36	3.3	36	86	0	157	17	10	25	47	1.79
77734876--77735029	36	4.3	35	80	4	139	17	12	25	44	1.85
77734874--77735014	72	2.0	72	81	2	167	17	11	25	45	1.82
77737012--77737079	24	2.8	24	81	4	73	25	23	20	30	1.98
77737038--77737100	24	2.6	24	87	0	81	20	20	22	36	1.95
77738403--77738907	171	2.9	176	83	8	634	22	23	29	23	1.99
77740291--77740347	24	2.4	24	79	5	62	71	1	1	24	1.04
77740261--77740349	28	3.3	26	71	17	76	69	2	3	24	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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