genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76979846--76979894	13	3.8	13	94	5	91	77	6	0	16	0.96
76979846--76979891	12	3.8	12	97	2	83	80	6	0	13	0.89
76979846--76979894	25	2.0	25	100	0	98	77	6	0	16	0.96
76991153--76991204	27	1.9	27	88	0	77	67	5	9	17	1.38
76991156--76991234	14	5.8	13	69	16	54	73	3	11	11	1.22
76993530--76993586	23	2.4	25	80	14	66	63	3	22	10	1.42
77003146--77003254	26	4.2	26	92	0	182	32	8	23	35	1.85
77004438--77004474	8	4.6	8	86	0	56	48	27	21	2	1.63
77004846--77004985	27	5.2	27	84	10	189	17	25	23	33	1.96
77004843--77004985	53	2.7	54	94	3	245	17	25	23	33	1.96
77006247--77006347	30	3.4	30	69	4	87	27	26	13	31	1.94
77007160--77007244	19	4.3	19	68	19	57	29	27	18	24	1.98
77007148--77007245	30	3.3	31	68	7	85	28	26	17	27	1.98
77035993--77036179	55	3.5	52	76	13	164	35	17	25	21	1.95
77035994--77036192	108	1.8	110	85	4	287	36	16	25	22	1.94
77036308--77036352	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
77036431--77036461	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
77039275--77039443	39	4.3	39	88	0	248	24	26	18	30	1.98
77043746--77043803	28	2.1	28	80	6	64	48	17	15	18	1.82
77044223--77044309	27	3.3	27	82	7	81	27	11	16	44	1.81
77044233--77044473	27	9.1	26	78	9	193	31	12	19	37	1.88
77044264--77044475	53	4.0	54	80	5	225	31	11	19	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77044265--77044479	106	2.0	106	83	5	274	31	11	20	37	1.88
77046509--77046616	27	4.0	27	88	0	144	31	16	22	29	1.96
77046521--77046696	54	3.3	52	77	10	133	35	17	15	31	1.91
77046601--77046685	27	3.2	27	96	1	154	38	14	9	37	1.78
77046679--77046884	27	7.7	27	79	3	209	42	20	8	28	1.82
77046601--77046756	54	2.9	52	82	3	150	39	19	9	32	1.84
77046706--77046859	80	1.9	81	85	6	215	41	19	9	29	1.82
77046679--77046886	107	1.9	108	82	2	258	41	20	8	29	1.82
77047322--77047372	22	2.3	23	83	10	70	25	23	19	31	1.98
77048835--77048895	21	2.9	21	90	0	68	37	16	13	32	1.87
77048834--77048908	10	7.1	11	74	7	57	33	18	13	34	1.90
77048848--77048896	21	2.3	21	92	0	71	36	20	10	32	1.86
77049052--77049145	27	3.4	27	86	2	143	23	23	17	36	1.95
77049022--77049146	27	4.6	28	81	5	141	27	23	14	35	1.93
77049020--77049163	55	2.6	55	83	5	177	26	21	15	36	1.94
77049201--77049514	27	11.6	27	88	1	387	31	8	19	39	1.83
77055848--77055952	47	2.2	47	93	0	174	27	30	6	35	1.83
77060618--77060879	39	6.6	39	88	6	320	24	27	22	25	2.00
77068644--77068904	39	6.6	39	84	7	293	24	27	21	26	2.00
77073312--77073380	30	2.3	30	84	0	93	21	23	33	21	1.97
77076310--77076474	40	4.2	40	85	5	212	28	26	21	23	1.99
77083084--77083386	40	7.6	40	89	2	387	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77088150--77088312	23	6.9	23	71	18	95	25	23	20	30	1.98
77091222--77091403	28	6.5	28	92	1	276	28	12	26	33	1.92
77099398--77099551	28	5.5	28	92	1	229	28	12	25	33	1.92
77110384--77110511	39	3.3	38	91	3	202	32	28	20	17	1.96
77116966--77117120	39	4.0	38	84	4	184	32	30	20	17	1.95
77123122--77123306	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
77123103--77123306	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
77128502--77128726	40	5.7	39	86	3	263	26	28	22	23	1.99
77128502--77128726	79	2.8	78	83	4	263	26	28	22	23	1.99
77133139--77133221	28	3.0	28	96	0	148	30	21	27	20	1.98
77133330--77133391	28	2.2	28	91	0	97	32	8	27	32	1.86
77148415--77148445	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
77148374--77148466	49	1.9	48	82	10	118	45	2	3	49	1.30
77148673--77148706	15	2.1	16	89	10	52	67	0	32	0	0.91
77148672--77148710	16	2.3	18	82	13	55	69	0	30	0	0.89
77149568--77149683	40	2.9	39	89	6	162	38	12	15	33	1.84
77149573--77149708	40	3.4	37	81	11	137	36	11	18	33	1.87
77152071--77152178	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
77156703--77156732	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
77156839--77157020	41	4.5	41	83	1	206	35	18	25	19	1.95
77162982--77163521	47	11.4	47	93	1	873	32	8	29	29	1.87
77162982--77163521	143	3.8	141	95	0	918	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77162982--77163521	190	2.9	188	92	2	900	32	8	29	29	1.87
77163639--77163717	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
77171798--77171905	45	2.5	41	80	7	117	21	17	29	31	1.96
77178800--77178893	40	2.3	41	82	7	113	27	17	28	26	1.97
77183464--77183512	20	2.5	20	83	10	64	55	24	0	20	1.44
77186970--77187065	43	2.2	43	88	3	149	35	16	13	34	1.88
77191711--77191946	39	6.1	39	90	3	359	21	23	30	24	1.99
77197393--77197612	24	9.2	24	89	1	334	28	19	22	29	1.98
77197393--77197613	48	4.6	48	94	1	372	28	19	23	29	1.98
77197393--77197613	95	2.3	96	93	0	372	28	19	23	29	1.98
77197663--77197701	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
77197664--77197708	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
77197745--77197794	25	2.0	25	88	0	73	26	16	24	34	1.95
77200297--77200392	43	2.2	43	88	3	149	35	16	13	34	1.88
77202327--77202486	43	3.8	43	78	9	168	31	26	16	25	1.97
77203621--77203649	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
77214484--77214567	42	2.0	42	97	0	159	21	15	33	29	1.94
77217176--77217201	11	2.4	11	100	0	52	15	23	30	30	1.95
77219861--77220072	50	4.2	50	86	2	309	43	20	10	25	1.83
77220147--77220302	41	3.9	41	69	13	108	33	27	18	19	1.96
77222428--77222499	36	2.0	36	94	0	126	40	18	16	25	1.91
77227448--77227705	50	5.2	50	90	0	408	41	21	10	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77242423--77242463	17	2.4	17	100	0	82	34	24	4	36	1.77
77245707--77245877	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	22	1.99
77245702--77245874	46	3.7	46	76	10	190	29	26	20	23	1.99
77252561--77252598	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
77252827--77252994	46	3.6	45	77	14	173	29	28	19	22	1.98
77252828--77252998	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
77254196--77254405	27	7.8	26	80	9	190	40	19	8	31	1.81
77254196--77254404	54	3.9	53	81	9	217	41	19	8	31	1.81
77254196--77254404	81	2.6	80	84	3	249	41	19	8	31	1.81
77254415--77254466	27	1.9	27	84	7	70	38	13	13	34	1.84
77254521--77254584	27	2.4	27	84	5	85	35	20	23	20	1.96
77255387--77255522	52	2.7	51	89	5	206	28	20	23	27	1.99
77255387--77255522	26	5.3	26	85	3	172	28	20	23	27	1.99
77255655--77255746	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
77255770--77255848	31	2.5	31	95	0	140	29	18	25	26	1.98
77257092--77257196	43	2.4	43	81	7	115	29	27	17	25	1.97
77257783--77257812	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
77271480--77271553	35	2.1	35	84	0	94	32	13	22	31	1.93
77276741--77276912	40	4.3	40	90	4	233	26	21	26	26	2.00
77276769--77276919	79	1.9	79	89	4	232	27	21	26	25	1.99
77284955--77285126	40	4.3	40	88	4	224	27	20	25	26	1.99
77284983--77285133	79	1.9	79	86	4	214	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77289090--77289293	40	5.1	40	82	7	245	24	21	28	25	1.99
77289091--77289307	79	2.7	79	80	11	248	24	21	28	25	1.99
77296284--77296439	40	3.9	40	82	8	176	25	21	26	26	2.00
77296284--77296468	40	4.7	40	78	14	170	25	22	26	25	2.00
77296284--77296501	79	2.8	76	79	11	199	26	21	25	26	2.00
77300549--77300629	35	2.3	35	84	0	99	29	16	18	35	1.92
77302469--77302523	29	1.9	28	88	3	83	18	21	27	32	1.96
77306298--77306395	43	2.3	43	94	0	169	28	14	24	32	1.94
77312161--77312204	20	2.2	20	95	0	79	47	15	4	31	1.66
77318622--77318767	27	5.4	26	81	4	148	36	19	18	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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