genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  190  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60382354--60382388	18	1.9	18	88	11	54	57	28	5	8	1.52
60382353--60382394	18	2.4	18	80	11	52	57	30	4	7	1.47
60397247--60397491	40	6.2	40	94	1	395	27	27	22	23	1.99
60399339--60399408	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
60399339--60399436	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
60403070--60403133	23	2.7	23	92	2	101	25	29	10	34	1.90
60403070--60403144	23	3.2	23	83	5	89	25	29	12	33	1.92
60407582--60407621	20	2.0	20	85	4	55	37	0	5	57	1.21
60408980--60409012	16	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
60420704--60420765	30	2.1	30	100	0	124	16	19	19	45	1.86
60422167--60422389	48	4.8	48	77	11	237	25	17	25	30	1.97
60426173--60426349	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
60426174--60426329	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60426170--60426349	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
60427897--60428018	27	4.5	27	80	0	109	34	13	24	27	1.93
60429833--60430147	47	6.7	45	72	13	176	26	18	30	24	1.98
60429838--60430151	94	3.4	93	78	7	289	26	18	29	24	1.98
60435349--60435453	53	2.0	53	82	0	129	38	20	23	18	1.93
60435844--60435888	22	2.1	21	84	12	56	28	0	8	62	1.25
60438602--60438693	27	3.4	27	71	20	77	44	0	0	55	0.99
60439570--60439618	14	3.8	14	74	20	61	73	18	0	8	1.07
60439568--60439618	24	2.1	24	96	0	93	74	17	0	7	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60448727--60448779	17	3.2	16	77	22	56	58	0	3	37	1.16
60450448--60450493	17	2.5	19	83	16	62	32	8	0	58	1.28
60450450--60450500	20	2.6	21	79	17	56	33	7	0	58	1.27
60453931--60454080	38	3.9	38	85	3	176	15	16	31	36	1.90
60453956--60454028	22	3.6	22	64	21	59	13	19	30	36	1.90
60458903--60459259	47	7.5	47	94	1	570	33	8	29	29	1.87
60462561--60462616	21	2.6	21	85	2	58	30	21	23	25	1.99
60462580--60462623	21	2.2	20	88	8	63	22	20	29	27	1.99
60463622--60463647	11	2.4	11	100	0	52	15	19	30	34	1.93
60465278--60465316	21	1.9	20	84	5	51	12	35	28	23	1.91
60468852--60468886	17	2.0	17	88	5	52	74	2	11	11	1.18
60469624--60469675	27	1.9	27	84	7	70	36	0	26	36	1.57
60469981--60470031	24	2.0	26	82	14	63	49	0	19	31	1.49
60478075--60478139	34	1.9	34	100	0	130	35	7	16	40	1.78
60481075--60481531	47	9.6	47	90	5	686	33	8	28	29	1.86
60481075--60481531	96	4.8	96	91	4	721	33	8	28	29	1.86
60483569--60483916	45	7.7	45	85	6	429	48	14	16	21	1.80
60483709--60483779	22	3.2	22	66	18	56	49	14	15	21	1.79
60501256--60501338	41	2.0	41	97	0	157	18	3	34	43	1.67
60501645--60501722	27	2.9	26	83	9	95	39	16	8	34	1.80
60502507--60502566	27	2.3	26	82	2	66	21	23	20	35	1.96
60511611--60511648	19	2.0	19	100	0	76	21	31	5	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60514961--60515216	43	6.0	43	88	1	334	28	14	26	31	1.95
60514961--60515195	129	1.8	129	89	0	371	28	14	26	31	1.94
60516659--60516696	14	2.9	14	84	11	53	71	7	0	21	1.11
60517189--60517232	19	2.2	19	88	8	61	59	0	2	38	1.10
60517188--60517257	32	2.2	33	79	5	81	58	0	2	38	1.13
60517216--60517257	13	3.5	12	81	9	50	57	0	2	40	1.12
60518912--60519570	44	15.0	44	86	3	830	29	26	14	29	1.95
60529333--60529370	14	2.9	14	84	11	53	71	7	0	21	1.11
60531440--60531648	40	5.2	40	87	2	287	22	20	27	28	1.99
60531441--60531648	81	2.6	80	87	3	294	23	20	27	28	1.99
60562343--60562456	27	4.3	26	80	7	104	21	21	20	36	1.95
60566494--60566575	28	3.0	28	89	5	132	20	23	20	35	1.96
60590974--60591053	38	2.1	38	86	6	110	26	30	18	25	1.98
60591172--60591741	47	12.1	47	94	0	924	28	30	8	31	1.87
60595763--60595878	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
60601267--60601444	46	3.8	46	78	7	207	29	28	20	21	1.98
60601274--60601446	93	1.9	93	92	0	292	28	28	20	21	1.98
60601318--60601448	47	2.8	45	75	11	131	29	29	19	21	1.98
60605061--60605130	21	3.1	22	83	6	70	64	8	8	18	1.47
60612643--60612832	79	2.4	80	82	7	208	25	27	21	25	1.99
60612624--60612827	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
60633774--60633958	79	2.3	80	81	7	207	25	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60633755--60633958	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	24	2.00
60636004--60636068	27	2.4	27	89	0	94	21	26	12	40	1.88
60636125--60636305	31	5.8	31	80	7	188	28	25	17	28	1.97
60636158--60636305	62	2.4	62	87	4	210	27	26	18	27	1.98
60636298--60636409	33	3.4	33	85	4	138	25	24	13	37	1.91
60640217--60640243	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
60642449--60642493	22	2.0	22	95	0	81	44	4	22	28	1.72
60649254--60649292	20	2.0	20	90	10	62	35	2	7	53	1.43
60653397--60653519	22	5.3	22	62	18	61	33	9	29	27	1.89
60653378--60653735	47	7.6	47	92	0	599	34	7	29	28	1.85
60657712--60657752	12	3.4	12	96	0	73	41	7	0	51	1.30
60659942--60659978	16	2.3	16	90	0	56	27	13	0	59	1.35
60660247--60660320	20	3.7	20	71	12	53	62	1	0	36	1.04
60660253--60660302	20	2.4	21	90	9	77	58	0	0	42	0.98
60660294--60660416	18	6.4	18	71	12	59	58	1	8	30	1.38
60660366--60660416	19	2.5	21	81	15	63	62	0	7	29	1.23
60660591--60660651	28	2.2	28	82	5	70	34	0	0	65	0.93
60660591--60660632	18	2.3	19	80	16	52	38	0	0	61	0.96
60660790--60660955	90	1.8	92	83	10	225	31	5	19	43	1.73
60660777--60660979	90	2.2	92	78	9	220	35	6	18	39	1.77
60663264--60663338	28	2.7	28	85	8	107	22	12	34	30	1.91
60664372--60664405	18	1.9	17	88	5	50	41	11	17	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60666749--60666800	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
60666753--60666800	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
60666913--60666961	23	2.1	23	85	7	64	59	2	6	32	1.34
60667037--60667166	23	5.5	24	74	9	106	55	3	6	35	1.40
60666967--60667072	25	4.0	28	68	20	77	59	4	6	29	1.43
60666964--60667166	23	8.4	25	70	14	104	56	4	6	32	1.44
60667115--60667166	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
60667649--60667734	30	2.9	30	92	0	118	18	5	47	27	1.71
60668436--60668919	92	5.4	90	79	10	347	36	18	16	28	1.93
60668407--60668940	87	5.9	88	78	10	394	37	18	16	27	1.92
60668744--60668776	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
60668854--60669236	73	5.2	75	81	6	453	34	19	16	30	1.94
60668869--60669236	146	2.5	146	93	0	610	33	19	16	30	1.94
60669161--60669320	86	1.8	87	82	5	207	35	17	16	30	1.92
60669326--60670050	146	4.6	150	75	15	545	34	20	16	28	1.95
60669327--60669703	75	5.0	75	82	7	426	32	20	16	30	1.95
60669368--60669783	233	1.8	223	86	6	600	33	20	15	31	1.93
60669810--60670051	73	3.3	73	90	1	367	33	21	17	26	1.96
60669967--60670136	91	1.9	89	90	3	268	34	20	17	28	1.94
60672657--60673038	47	8.1	47	94	0	656	24	28	12	34	1.92
60681235--60681294	8	7.5	8	75	14	52	61	3	3	31	1.28
60681409--60681468	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60681532--60681661	23	5.5	24	74	9	106	54	3	6	36	1.41
60681445--60681661	23	8.9	25	68	14	96	56	4	6	32	1.45
60681944--60681982	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
60682153--60682234	30	2.7	30	92	0	128	18	4	48	28	1.68
60682169--60682224	18	3.5	17	68	27	50	19	5	48	26	1.70
60689460--60689549	26	3.8	23	77	12	76	22	24	20	33	1.97
60697550--60697791	50	4.8	50	83	1	304	25	19	26	29	1.98
60697554--60697791	101	2.4	101	84	2	291	24	18	26	29	1.98
60697991--60698022	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
60700759--60700898	23	6.0	23	80	10	135	22	20	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295