genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16060081--16060169	44	2.0	44	91	0	142	46	20	10	23	1.81
16072508--16072556	21	2.3	21	89	6	73	20	30	30	18	1.96
16073827--16073990	42	3.9	42	84	4	170	30	17	23	29	1.97
16075965--16076045	3	27.0	3	82	9	67	24	2	7	65	1.31
16075965--16076045	30	2.7	30	82	3	101	24	2	7	65	1.31
16082471--16082521	24	2.1	25	85	10	70	27	0	11	60	1.31
16083051--16083076	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
16095766--16095799	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
16096183--16096220	5	7.8	5	91	8	53	34	0	0	65	0.93
16102850--16102916	34	1.9	35	84	3	91	32	10	13	43	1.78
16102865--16102903	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
16104260--16104329	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
16107202--16107226	8	3.1	8	100	0	50	60	24	16	0	1.36
16108027--16108099	24	3.0	24	87	0	110	38	4	45	12	1.61
16109537--16109652	45	2.6	45	84	2	153	44	17	15	22	1.86
16110644--16110674	13	2.5	13	94	5	55	0	22	0	77	0.77
16112431--16112722	89	3.3	89	77	6	247	30	22	15	31	1.95
16112412--16112722	44	7.0	44	78	7	270	30	21	15	32	1.95
16115066--16115217	44	3.4	44	88	1	214	28	23	14	33	1.94
16120696--16120757	22	2.8	22	77	0	70	19	25	16	38	1.92
16135167--16135204	7	5.4	7	100	0	76	28	42	0	28	1.56
16136865--16136899	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16137013--16137072	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
16137054--16137190	25	5.8	23	76	14	111	56	5	5	32	1.45
16137062--16137241	70	2.6	70	79	5	195	55	5	5	34	1.45
16137050--16137182	22	5.7	23	72	16	76	56	5	5	33	1.44
16137080--16137256	48	3.8	46	75	13	132	56	4	5	33	1.41
16137207--16137258	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
16137740--16137823	18	5.3	18	66	30	66	20	7	48	23	1.74
16137735--16137833	30	3.3	30	91	0	171	17	6	50	26	1.69
16138479--16138796	88	3.6	88	76	13	282	38	18	14	28	1.91
16138705--16139330	71	8.2	76	82	10	651	34	20	16	28	1.95
16138716--16139330	229	2.7	220	82	8	659	33	20	17	28	1.95
16138651--16139400	155	4.8	151	79	13	592	34	20	16	28	1.95
16139424--16139742	77	4.3	74	83	7	360	33	20	16	29	1.94
16139466--16139808	77	4.4	76	82	10	369	32	21	15	30	1.94
16139911--16139957	13	3.5	13	85	5	67	68	2	10	19	1.30
16139733--16140027	100	3.0	101	86	3	409	39	17	17	24	1.91
16139946--16140158	73	2.9	73	86	4	284	30	22	18	29	1.97
16147110--16147144	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
16147259--16147318	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
16147272--16147505	25	9.5	25	70	11	117	55	4	6	33	1.45
16147274--16147505	50	4.7	49	74	11	154	55	4	6	33	1.45
16147460--16147511	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16147979--16148077	30	3.3	30	89	0	162	19	6	48	26	1.72
16149210--16149243	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
16150829--16150889	25	2.5	25	81	7	72	31	0	1	67	1.01
16150879--16150918	20	2.0	20	95	0	71	42	0	2	55	1.13
16159939--16160242	79	3.8	80	84	6	395	25	28	22	23	1.99
16159939--16160242	119	2.6	119	94	2	513	25	28	22	23	1.99
16159920--16160242	40	8.1	40	82	6	390	25	28	22	24	1.99
16178328--16178441	43	2.7	43	83	5	133	31	16	23	28	1.96
16178596--16178697	43	2.3	45	76	6	111	29	15	23	31	1.95
16178243--16178875	219	2.9	219	87	1	838	31	17	24	26	1.97
16178595--16179298	177	4.0	177	88	2	977	30	17	24	27	1.97
16178949--16179052	43	2.4	43	79	6	102	29	17	25	27	1.97
16178993--16179621	311	2.0	311	83	5	779	31	17	23	27	1.97
16179170--16179414	134	1.8	134	84	3	332	31	16	22	29	1.95
16179170--16179449	134	2.1	134	81	2	330	31	17	21	29	1.97
16179326--16179649	177	1.8	178	89	0	506	31	18	24	25	1.97
16181179--16181217	18	2.0	19	85	14	53	12	5	5	76	1.11
16181458--16181488	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
16181593--16181625	17	1.9	17	93	0	57	27	6	9	57	1.53
16186873--16186943	35	2.0	35	97	0	133	29	8	18	43	1.79
16190801--16190831	11	2.9	11	95	4	55	22	0	0	77	0.77
16190827--16190873	10	4.5	10	75	19	51	38	0	2	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16190823--16190877	23	2.4	23	81	6	76	36	0	1	61	1.06
16190862--16190922	16	3.7	17	66	16	56	34	1	1	62	1.15
16190916--16190962	23	2.1	22	84	11	60	68	2	0	29	1.02
16193317--16193352	19	2.0	18	89	10	56	55	0	0	44	0.99
16193913--16193949	17	2.1	19	85	10	51	54	10	5	29	1.57
16197778--16197802	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16200407--16200444	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
16201950--16202691	44	17.4	44	88	6	1116	21	31	17	28	1.96
16201950--16202691	172	4.4	171	86	6	1021	21	31	17	28	1.96
16201950--16202705	216	3.6	214	90	3	1160	21	31	17	29	1.96
16214784--16214821	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
16215982--16216025	16	2.7	16	85	3	52	6	6	0	86	0.71
16217635--16217739	19	5.3	19	68	24	58	32	2	1	62	1.20
16217635--16217756	41	3.0	41	73	17	121	31	2	2	63	1.21
16217720--16217780	30	1.9	32	87	12	90	40	1	1	55	1.19
16225590--16225623	17	1.9	18	94	5	61	64	0	2	32	1.08
16227334--16228134	45	17.7	44	69	11	285	27	19	19	32	1.96
16227587--16227941	88	4.0	87	76	9	331	28	21	17	32	1.96
16227455--16227941	269	1.8	269	91	0	812	28	21	18	32	1.96
16227858--16228138	144	2.0	143	87	3	413	27	19	19	33	1.97
16229820--16229899	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
16231592--16231737	46	3.2	46	87	3	197	26	26	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16231592--16231777	91	2.0	92	80	5	207	25	24	15	34	1.94
16232575--16232628	24	2.2	24	84	12	67	16	0	7	75	1.01
16234099--16234135	19	1.9	19	88	0	56	64	5	10	18	1.43
16236093--16236137	19	2.3	20	85	7	58	44	13	20	22	1.85
16238212--16238275	17	3.9	16	78	12	67	67	0	4	28	1.11
16238468--16238543	23	3.2	22	77	15	80	60	3	2	32	1.29
16238425--16238543	53	2.3	50	82	5	132	57	5	5	31	1.44
16238425--16238543	26	4.7	26	77	9	111	57	5	5	31	1.44
16242708--16242754	24	2.0	24	91	0	76	36	0	40	23	1.55
16243709--16243798	19	4.9	19	83	15	127	36	12	14	36	1.84
16244085--16244119	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
16247099--16247129	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
16247209--16247239	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
16254659--16255248	220	2.7	220	92	1	957	32	18	21	26	1.97
16255190--16255484	78	3.8	78	89	1	430	32	20	23	24	1.98
16255498--16255697	45	4.5	45	83	1	258	32	15	28	24	1.95
16256406--16256439	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
16270541--16270723	48	3.9	48	70	15	164	26	20	25	27	1.99
16272007--16272083	31	2.5	31	91	0	118	23	32	25	18	1.97
16276164--16276193	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
16280802--16280865	22	3.0	22	83	2	85	15	20	20	43	1.87
16281449--16281483	9	3.9	9	92	0	61	37	0	31	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16281531--16281605	20	3.9	19	80	18	93	46	4	2	46	1.35
16281530--16281604	37	2.0	37	94	0	132	48	4	2	45	1.35
16281624--16281672	25	2.0	25	84	8	64	48	4	4	42	1.40
16282832--16282888	26	2.2	26	83	0	69	31	0	5	63	1.17
16283794--16283820	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
16284419--16284457	15	2.6	15	87	0	60	33	25	35	5	1.78
16292847--16292892	13	3.6	13	85	5	67	21	10	23	43	1.84
16295550--16295597	21	2.3	21	85	0	60	45	20	0	33	1.52
16295559--16295597	5	7.6	5	82	5	51	41	25	0	33	1.56
16295559--16295600	21	2.0	21	95	0	75	40	26	0	33	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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