genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  210  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67003937--67004121	79	2.3	80	81	7	207	24	22	27	25	2.00
67003990--67004154	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
67023590--67023831	50	4.8	50	78	4	229	29	26	19	25	1.98
67050038--67050188	42	3.6	42	87	1	203	29	15	25	29	1.96
67054935--67055105	62	2.8	62	92	0	297	30	24	16	28	1.96
67054933--67055105	31	5.6	31	91	2	267	30	24	16	29	1.96
67055312--67055393	24	3.4	24	88	8	105	25	23	21	29	1.99
67055424--67055454	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
67056202--67056285	27	3.1	27	87	3	116	20	25	23	30	1.98
67056324--67056656	27	12.3	27	79	5	208	31	9	20	39	1.84
67056421--67056615	81	2.4	80	83	5	241	29	8	20	41	1.82
67056431--67056642	80	2.6	80	83	4	257	30	8	20	40	1.83
67056324--67056656	54	6.1	54	75	7	253	31	9	20	39	1.84
67056634--67056764	27	4.9	27	83	3	156	40	7	21	30	1.81
67056608--67056764	54	2.9	53	81	3	145	39	7	21	31	1.81
67059065--67059205	31	4.5	31	93	0	237	28	26	17	27	1.98
67059410--67059491	24	3.4	24	88	8	105	25	23	21	29	1.99
67059522--67059552	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
67060300--67060383	27	3.1	27	87	3	116	20	25	23	30	1.98
67060422--67060832	27	15.2	27	80	5	240	33	8	20	37	1.83
67060449--67060740	80	3.6	80	77	6	268	30	8	19	41	1.81
67060422--67060899	54	8.9	54	76	6	243	33	8	20	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67060706--67060854	27	5.6	27	83	2	167	41	6	18	33	1.76
67060732--67060888	80	2.0	81	80	3	183	40	7	21	31	1.80
67063178--67063317	31	4.5	31	90	0	219	28	25	18	27	1.98
67064386--67064463	27	2.9	26	81	14	95	21	19	21	37	1.95
67064481--67064813	27	12.3	27	77	6	210	30	8	20	40	1.83
67064454--67064799	81	4.3	80	74	8	261	29	9	19	41	1.83
67064481--67064813	54	6.1	54	76	8	273	30	8	20	40	1.83
67064791--67064918	27	4.9	27	86	6	165	41	7	22	28	1.80
67064765--67064885	54	2.2	54	83	2	145	38	7	20	33	1.81
67067352--67067532	40	4.6	40	86	3	242	25	22	24	26	2.00
67071065--67071281	40	5.5	40	83	6	237	22	21	28	27	1.99
67074705--67074876	31	5.6	30	91	4	272	29	26	16	27	1.97
67075082--67075162	24	3.4	24	88	6	103	24	22	23	29	1.99
67075971--67076053	27	3.1	27	77	10	89	22	24	21	31	1.98
67076165--67076411	27	9.1	27	78	7	184	29	8	21	40	1.82
67076178--67076359	81	2.3	80	81	11	203	29	9	20	40	1.84
67076204--67076411	80	2.6	81	81	5	226	29	8	21	40	1.83
67076093--67076425	27	12.3	27	76	5	181	30	9	21	38	1.85
67076095--67076425	54	6.1	54	74	10	210	30	9	21	38	1.85
67076403--67076503	27	3.9	27	84	8	129	41	6	22	28	1.80
67088359--67088594	27	8.7	27	84	1	260	38	21	10	30	1.86
67088338--67088608	81	3.4	79	78	7	260	38	21	10	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67088614--67088774	27	6.0	27	83	1	180	37	16	20	25	1.93
67088604--67088773	81	2.1	81	82	7	213	38	15	20	25	1.92
67090765--67090843	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
67092731--67092826	25	3.6	25	77	14	84	18	18	15	46	1.84
67092728--67092798	31	2.3	31	95	0	124	19	15	15	49	1.80
67092728--67092840	6	18.3	6	69	18	72	19	17	15	47	1.82
67092728--67092831	31	3.6	29	75	15	90	19	18	14	48	1.82
67094819--67095070	27	9.3	27	82	2	258	37	21	10	30	1.87
67095070--67095287	27	8.1	27	84	4	235	35	17	21	26	1.95
67095066--67095288	81	2.8	80	82	2	275	36	17	20	25	1.94
67095692--67095769	31	2.8	28	84	11	90	17	20	15	46	1.84
67095690--67095760	31	2.3	31	97	0	133	19	16	15	47	1.82
67095690--67095802	6	18.3	6	68	18	63	19	18	14	47	1.82
67095721--67095788	25	2.7	25	86	0	91	19	19	13	48	1.81
67099203--67099229	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
67108277--67108448	93	1.8	93	93	0	299	28	29	21	20	1.98
67108270--67108445	46	3.8	46	77	12	189	29	28	21	20	1.98
67115843--67116017	46	3.8	46	76	13	178	29	28	20	21	1.98
67115851--67116021	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
67121587--67121818	40	5.8	40	82	4	306	25	28	21	25	1.99
67121567--67121817	80	3.2	80	94	0	423	26	27	21	24	1.99
67124701--67124878	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67124702--67124857	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67124698--67124878	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67132868--67133179	40	7.8	40	80	4	387	25	28	21	24	1.99
67132848--67133178	80	4.2	80	95	0	565	26	28	20	24	1.99
67138754--67138888	70	1.9	70	98	0	261	31	27	11	29	1.92
67143675--67143724	18	2.8	18	90	0	73	36	16	18	30	1.92
67157250--67157313	30	2.2	29	91	2	101	25	18	23	32	1.97
67157266--67157323	30	1.9	30	86	6	82	24	22	20	32	1.98
67164492--67164555	30	2.2	29	91	2	101	26	18	20	34	1.96
67167268--67167328	30	2.1	29	93	3	104	47	14	4	32	1.66
67170663--67170719	18	3.2	18	79	0	69	40	14	7	38	1.73
67170867--67170970	53	2.0	53	90	0	163	43	25	14	17	1.86
67172042--67172081	19	2.2	18	86	8	55	2	27	0	70	1.01
67173348--67174545	398	3.0	397	92	0	1964	28	13	31	26	1.93
67175191--67175236	22	2.1	22	91	0	74	32	17	30	19	1.95
67175870--67175990	27	4.5	27	89	5	183	20	22	23	33	1.97
67175870--67176020	27	5.6	27	85	5	173	19	23	21	34	1.97
67194359--67194420	27	2.3	27	82	0	70	37	16	17	29	1.92
67194372--67194423	27	1.9	27	88	0	77	32	17	19	30	1.95
67194564--67194645	27	3.0	27	82	3	94	19	23	21	35	1.96
67194794--67194931	33	4.3	33	81	12	155	27	21	23	27	1.99
67197089--67197182	43	2.2	43	83	7	111	30	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67200456--67200565	27	4.1	28	82	5	115	36	21	21	20	1.95
67200456--67200565	55	2.1	51	83	10	132	36	21	21	20	1.95
67201766--67201820	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
67208284--67208389	27	3.8	28	80	5	126	34	19	23	21	1.96
67208284--67208390	55	1.9	56	84	5	146	35	19	23	21	1.96
67209586--67209640	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
67213152--67213178	13	2.1	13	100	0	54	44	7	33	14	1.73
67215152--67215191	17	2.3	18	86	4	55	47	17	17	17	1.83
67215493--67215651	27	5.9	27	75	2	140	40	19	13	25	1.89
67216618--67216829	47	4.7	47	83	10	280	30	15	24	30	1.95
67216709--67216782	38	2.0	37	94	2	130	29	16	27	27	1.97
67216661--67216836	85	2.1	85	94	0	307	29	14	24	31	1.95
67219208--67219285	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
67219238--67219739	174	2.9	174	96	0	905	29	13	24	32	1.94
67227553--67227762	40	5.3	40	91	0	305	24	20	28	26	1.99
67227553--67227797	80	3.1	80	85	2	244	25	20	28	25	1.99
67234460--67234669	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
67234407--67234669	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
67234407--67234669	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
67234460--67234704	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
67237519--67237596	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
67237549--67238050	174	2.9	174	96	0	932	30	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67243614--67243801	45	4.2	45	88	1	279	23	20	27	28	1.99
67243614--67243801	90	2.1	90	92	2	315	23	20	27	28	1.99
67245653--67245870	40	5.5	40	90	3	282	23	24	27	24	2.00
67247865--67248050	40	4.7	40	85	5	209	26	25	22	25	2.00
67252744--67252785	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
67255035--67255325	38	6.9	38	70	20	179	29	13	25	31	1.94
67255062--67255285	47	4.9	48	76	16	215	31	13	22	32	1.93
67255112--67255313	85	2.4	86	91	5	347	30	13	24	31	1.93
67262078--67262275	40	5.2	40	83	9	261	26	27	22	23	1.99
67263571--67263604	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295