genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91628877--91628912	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
91633054--91633086	12	2.7	13	90	9	52	51	0	48	0	1.00
91633742--91633799	29	1.9	31	89	6	93	32	5	15	46	1.68
91633992--91634033	21	2.0	21	90	0	66	28	0	0	71	0.86
91634008--91634038	16	1.9	16	93	0	53	22	0	0	77	0.77
91635692--91635786	41	2.3	41	83	3	111	26	18	18	35	1.95
91635831--91635936	43	2.5	43	81	6	124	23	17	22	35	1.95
91643484--91643607	42	3.0	42	85	3	153	30	25	13	30	1.94
91643566--91643688	47	2.6	47	81	1	149	30	26	14	29	1.95
91643714--91643862	31	4.8	31	90	3	228	25	27	20	26	1.99
91643838--91643964	50	2.5	50	90	1	191	25	22	14	37	1.93
91647420--91647471	27	1.9	27	84	0	68	51	19	0	28	1.47
91653324--91653354	14	2.2	14	100	0	62	29	19	16	35	1.93
91656214--91656272	25	2.4	25	82	5	66	38	1	8	50	1.43
91661095--91661163	20	3.3	20	74	9	57	49	7	4	39	1.50
91661116--91661163	22	2.1	24	88	7	73	54	6	4	35	1.45
91664126--91664177	23	2.3	23	93	6	88	53	5	15	25	1.63
91664125--91664162	12	3.2	12	77	7	51	60	2	15	21	1.47
91665323--91665455	51	2.6	52	81	6	153	30	24	16	29	1.96
91666890--91666975	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
91666892--91667016	44	2.8	45	81	4	135	34	14	23	28	1.94
91676423--91676508	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91676425--91676549	44	2.8	45	81	4	135	34	14	23	28	1.94
91683637--91683673	16	2.3	16	90	0	56	13	10	0	75	1.04
91692250--91692308	10	6.1	9	77	13	55	55	0	10	33	1.33
91692226--91692321	39	2.5	39	85	8	133	60	0	7	32	1.24
91692260--91692328	31	2.3	29	83	9	86	59	0	8	31	1.28
91692245--91692297	19	2.7	20	73	2	54	54	0	9	35	1.33
91693576--91693615	17	2.4	17	91	0	62	52	2	0	45	1.14
91693587--91693668	27	2.9	30	70	18	84	45	4	2	47	1.37
91701443--91701511	34	2.0	34	100	0	138	23	14	26	36	1.93
91709831--91716712	493	14.1	480	83	5	7902	38	16	16	27	1.91
91716678--91720983	479	9.0	479	83	3	5175	37	16	17	28	1.91
91726385--91726422	17	2.2	17	100	0	76	28	10	28	31	1.90
91731598--91731628	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
91731615--91731683	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
91736651--91736700	20	2.6	19	84	9	66	56	0	0	44	0.99
91737934--91737985	26	2.0	26	100	0	104	38	11	23	26	1.89
91750480--91750553	33	2.2	33	87	0	103	6	8	50	35	1.59
91750543--91750790	48	5.0	48	84	5	262	12	10	50	27	1.73
91750686--91750766	27	3.2	26	66	25	66	13	11	48	27	1.76
91750764--91750825	27	2.3	27	80	5	72	6	14	54	24	1.63
91752572--91752614	22	1.9	23	95	4	79	23	13	4	58	1.55
91756344--91756376	14	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91756430--91756461	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
91769658--91769739	43	1.9	43	89	0	128	24	23	1	51	1.56
91775108--91775154	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
91779179--91779209	15	2.1	15	100	0	62	32	0	6	61	1.21
91786207--91786289	43	1.9	44	90	2	132	46	28	7	16	1.74
91788862--91788891	13	2.3	13	94	0	51	43	26	0	30	1.55
91803872--91804204	131	2.6	130	87	3	451	35	18	17	28	1.94
91804487--91804590	53	2.0	53	100	0	208	52	20	7	19	1.69
91808171--91808205	18	1.9	18	88	11	54	57	20	2	20	1.54
91817680--91817747	33	2.1	32	94	2	118	32	25	14	27	1.95
91822655--91822725	27	2.6	26	77	16	72	49	1	2	46	1.25
91830068--91830556	242	2.0	242	98	0	942	28	25	13	33	1.93
91835044--91835094	25	2.0	26	82	14	63	31	1	7	58	1.37
91837037--91837112	39	1.9	39	100	0	152	26	18	15	39	1.91
91844010--91844049	17	2.3	18	91	8	73	45	12	5	37	1.64
91845853--91845898	23	2.0	23	100	0	92	39	8	17	34	1.80
91848347--91848432	21	4.1	21	86	0	109	37	25	20	16	1.93
91848705--91848746	21	2.0	22	86	13	61	30	23	0	45	1.53
91848802--91848855	15	3.5	15	87	2	81	51	11	0	37	1.37
91850271--91850328	21	2.8	20	84	7	71	58	1	0	39	1.08
91850487--91850533	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
91851326--91851350	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91851696--91851734	19	2.2	19	86	9	55	56	2	5	35	1.35
91851811--91851851	20	2.0	20	85	0	55	46	2	17	34	1.61
91851985--91852031	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
91857430--91857657	46	5.0	46	88	1	305	40	14	23	21	1.90
91857918--91857964	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
91873229--91873262	14	2.5	13	86	9	50	47	2	2	47	1.32
91882463--91882533	28	2.5	29	81	9	83	28	1	2	67	1.13
91888361--91888408	19	2.5	19	93	6	80	20	8	12	58	1.60
91888846--91888883	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
91892933--91893224	103	2.8	105	76	13	286	28	1	15	55	1.49
91893294--91893348	27	2.0	27	89	0	83	30	34	21	12	1.91
91893398--91893457	26	2.3	26	80	11	70	65	1	1	31	1.13
91896780--91896809	14	2.2	14	94	5	53	6	10	0	83	0.81
91902454--91902493	20	2.0	21	85	14	57	57	5	0	37	1.21
91911073--91911191	62	1.9	62	96	0	220	31	19	10	39	1.85
91912813--91912843	14	2.2	14	94	0	53	22	6	32	38	1.80
91916251--91916329	35	2.2	36	93	2	133	43	18	17	20	1.89
91916362--91916515	78	2.0	77	94	1	272	27	20	20	31	1.98
91918958--91919189	125	1.9	125	86	3	333	30	16	18	34	1.93
91925570--91925675	28	3.8	28	74	17	80	63	2	0	33	1.16
91925589--91925737	9	15.9	9	68	18	65	59	4	2	33	1.32
91925685--91925733	19	2.7	18	87	3	62	53	6	6	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91929212--91929249	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
91929518--91929566	14	3.4	15	80	8	57	71	0	4	24	1.03
91932640--91932688	24	2.0	24	84	7	64	30	16	20	32	1.94
91935020--91935056	19	1.9	19	89	10	58	37	2	10	48	1.52
91935615--91935657	20	2.2	20	91	0	68	41	4	9	44	1.57
91935668--91935715	19	2.5	19	76	10	53	39	20	6	33	1.78
91936144--91936169	12	2.2	12	100	0	52	46	23	0	30	1.53
91938723--91938768	20	2.3	20	92	0	83	36	17	8	36	1.81
91938784--91938828	22	2.0	22	86	0	63	33	13	8	44	1.75
91938963--91938997	6	5.8	6	86	0	52	48	17	17	17	1.81
91946865--91946893	12	2.3	13	94	5	51	17	13	0	68	1.20
91951602--91951654	20	2.6	19	80	11	61	52	9	11	26	1.67
91959798--91959863	25	2.6	25	92	0	105	21	19	18	40	1.91
91962960--91963012	15	3.5	14	78	14	52	64	3	3	28	1.28
91965117--91965220	3	35.3	3	74	18	94	62	0	37	0	0.95
91965134--91965220	16	5.7	16	81	13	94	60	0	39	0	0.97
91965117--91965220	33	3.3	31	78	16	108	62	0	37	0	0.95
91966787--91966848	29	2.2	28	83	13	74	58	0	0	41	0.98
91966787--91966850	27	2.2	28	78	15	69	57	0	0	42	0.98
91968905--91969156	123	2.0	123	100	0	504	33	13	23	28	1.93
91970092--91970136	19	2.4	19	84	0	63	44	11	22	22	1.84
91971925--91971949	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91972392--91972417	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
91973406--91973456	19	2.6	19	81	9	59	35	1	5	56	1.35
91973406--91973463	20	3.0	20	80	10	66	37	1	6	53	1.38
91973923--91974011	31	3.0	30	78	4	99	34	10	13	41	1.78
91974153--91974211	29	2.0	30	90	3	93	47	15	6	30	1.71
91977315--91977366	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
91982599--91982718	60	2.0	60	93	0	204	47	18	18	15	1.83
91982599--91982739	60	2.3	60	87	2	176	48	17	19	14	1.81
91987367--91987484	61	1.9	61	85	0	164	38	6	15	39	1.74
91991546--91991602	19	3.0	19	75	14	64	36	0	8	54	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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