genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8112417--8112507	39	2.4	38	83	1	101	36	39	13	10	1.80
8120924--8121015	40	2.3	40	81	3	107	33	38	13	15	1.86
8132613--8132785	46	3.7	46	77	10	172	23	21	24	30	1.99
8161045--8161121	37	2.1	37	100	0	154	31	22	25	20	1.98
8162063--8162283	119	1.8	121	83	4	295	30	19	9	40	1.83
8165038--8165081	18	2.4	18	96	0	79	31	31	15	20	1.94
8180133--8180161	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
8181432--8181522	43	2.1	43	86	6	123	32	10	10	45	1.75
8187520--8187574	16	3.4	16	87	0	83	36	7	27	29	1.84
8193158--8193194	18	2.0	18	89	5	56	56	0	8	35	1.29
8198596--8198635	20	2.1	19	85	4	53	37	7	7	47	1.60
8199213--8199262	24	2.1	24	100	0	100	16	18	20	46	1.85
8200680--8200746	33	2.0	33	82	5	82	70	0	0	29	0.88
8204562--8204625	19	3.3	19	81	14	69	40	0	9	50	1.35
8205651--8205679	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8214480--8214558	38	2.1	38	95	0	140	37	20	13	27	1.91
8221929--8221969	18	2.3	18	87	8	57	68	2	4	24	1.22
8225774--8225817	22	2.2	19	88	12	61	43	15	9	31	1.79
8227076--8227107	15	2.1	15	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8227304--8227351	21	2.2	22	88	3	71	64	22	6	6	1.39
8228209--8228357	40	3.7	40	81	2	165	29	20	22	28	1.98
8228209--8228357	80	1.9	80	85	2	210	29	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8231770--8231944	7	24.6	7	70	13	90	22	1	34	42	1.61
8231770--8231944	14	12.3	14	72	12	115	22	1	34	42	1.61
8232186--8232238	20	2.7	20	84	0	70	15	30	33	20	1.93
8233037--8233181	52	2.8	52	81	9	152	29	22	18	28	1.98
8234756--8235001	131	1.9	131	93	0	431	35	18	19	27	1.95
8235229--8235284	28	2.0	27	83	10	69	58	7	8	25	1.53
8245048--8245143	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
8245048--8245153	42	2.5	43	84	3	142	35	26	22	15	1.93
8245370--8245427	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8247081--8247254	46	3.8	46	79	10	192	21	19	29	29	1.97
8247075--8247247	93	1.9	93	90	0	274	21	19	29	29	1.98
8250975--8251045	15	4.7	15	75	18	67	12	15	11	60	1.59
8250966--8251043	30	2.6	30	80	11	79	12	14	14	58	1.63
8258520--8258671	60	2.5	62	74	13	147	27	18	25	28	1.98
8259827--8260001	18	9.3	18	67	14	66	37	15	12	35	1.84
8260175--8260323	45	3.3	45	93	0	246	40	20	19	18	1.91
8261836--8261875	20	2.0	21	90	5	64	5	17	7	70	1.30
8264899--8265144	131	1.9	131	92	0	413	34	19	19	26	1.96
8265771--8265840	30	2.4	28	77	20	72	62	4	4	28	1.33
8272373--8272474	52	2.0	52	86	3	143	30	22	19	27	1.98
8277389--8277423	13	2.6	14	91	8	56	51	5	0	42	1.25
8277390--8277433	13	3.3	13	87	9	54	47	6	0	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8277590--8277929	42	8.1	43	77	7	297	24	15	28	32	1.95
8277660--8277899	124	1.9	124	82	5	297	24	16	27	31	1.96
8277664--8277933	85	3.2	85	75	6	221	25	16	27	30	1.97
8278369--8278444	23	3.3	23	78	12	77	40	19	19	19	1.91
8282190--8282264	20	3.4	20	67	22	60	48	9	8	34	1.65
8283172--8283200	5	5.8	5	100	0	58	37	0	0	62	0.96
8286679--8286725	22	2.0	22	84	8	58	70	0	25	4	1.05
8291160--8291270	38	3.0	37	74	18	106	38	1	1	57	1.20
8291211--8291259	25	1.9	26	83	4	64	38	2	0	59	1.09
8291218--8291271	20	2.8	20	78	13	67	38	1	0	59	1.08
8291517--8291559	3	14.3	3	90	0	68	37	0	0	62	0.95
8291566--8291603	13	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
8292663--8292766	45	2.3	45	88	3	156	21	17	19	42	1.89
8292648--8292767	45	2.5	50	76	18	135	20	18	20	41	1.90
8300858--8300919	27	2.3	27	88	2	99	43	30	4	20	1.73
8303705--8303977	3	89.7	3	70	15	118	31	3	4	61	1.32
8304083--8304149	21	3.2	21	77	8	59	32	1	5	59	1.31
8303773--8304143	164	2.3	163	82	9	408	31	4	6	58	1.42
8304194--8304236	20	2.2	19	95	4	77	39	0	4	55	1.20
8304199--8304236	11	3.6	11	86	13	62	39	0	5	55	1.23
8304249--8304308	25	2.5	24	75	8	59	36	5	1	56	1.31
8308333--8308388	22	2.5	22	85	2	76	26	23	3	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8308367--8308391	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
8316634--8316919	74	3.7	72	79	16	317	29	15	21	34	1.94
8316988--8317212	80	2.7	82	87	5	283	30	18	21	29	1.97
8318653--8318759	3	35.7	3	73	9	76	31	3	2	61	1.28
8319006--8319072	21	3.0	23	77	14	70	32	1	7	58	1.35
8318724--8319045	131	2.5	129	82	7	413	31	3	7	58	1.43
8319018--8319073	23	2.5	22	79	2	67	33	1	8	55	1.42
8319454--8319487	14	2.4	14	85	0	50	41	5	5	47	1.52
8322017--8322075	30	2.0	30	93	0	100	25	5	13	55	1.58
8326832--8326862	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
8330916--8331002	36	2.4	36	98	0	165	31	13	25	29	1.94
8330916--8331008	18	5.2	18	90	0	141	30	15	25	29	1.95
8331553--8331583	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
8332177--8332203	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
8335840--8335878	17	2.4	17	83	8	55	35	0	0	64	0.94
8338681--8338736	17	3.3	17	89	0	94	26	23	14	35	1.93
8340550--8340601	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8342521--8342572	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8345604--8345659	17	3.3	17	87	0	85	26	21	14	37	1.92
8358392--8358463	29	2.4	29	86	6	92	44	16	2	36	1.63
8358747--8358777	4	7.5	4	92	7	53	22	0	0	77	0.77
8358747--8358783	13	2.8	13	92	8	58	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8358791--8358864	22	3.2	22	75	20	80	41	0	4	54	1.19
8358793--8358874	22	3.4	25	74	16	75	40	1	3	54	1.26
8358852--8358908	22	2.6	23	83	10	75	40	1	1	56	1.20
8359212--8359258	11	4.5	10	80	17	51	14	2	2	80	0.89
8359213--8359258	20	2.2	20	88	11	67	15	2	2	80	0.91
8359389--8359422	12	2.8	13	91	8	54	38	0	0	61	0.96
8359699--8359761	30	2.1	31	84	3	83	41	0	4	53	1.22
8359760--8359797	19	2.1	19	95	5	69	63	0	0	36	0.95
8359776--8359809	12	2.8	13	91	8	54	61	0	0	38	0.96
8359760--8359819	31	2.0	30	90	3	93	61	1	0	36	1.06
8359861--8359998	22	6.6	21	70	20	60	75	2	5	17	1.08
8359866--8359921	18	3.1	18	74	23	55	76	1	3	17	1.01
8359860--8359998	12	11.4	12	66	11	61	75	2	5	17	1.08
8360312--8360366	21	2.5	22	88	8	78	58	1	1	38	1.20
8360356--8360428	24	3.2	21	78	16	74	53	4	0	42	1.20
8362715--8362753	20	2.0	20	94	0	69	64	7	7	20	1.45
8363378--8363424	18	2.8	16	81	12	58	63	0	0	36	0.94
8363378--8363424	8	5.6	8	80	16	51	63	0	0	36	0.94
8367005--8367243	72	3.3	72	91	1	374	23	7	14	53	1.66
8385865--8385928	31	2.1	31	96	0	119	23	15	4	56	1.58
8398807--8398858	5	10.2	5	80	12	61	0	26	19	53	1.45
8400074--8400106	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8401813--8401896	42	2.0	42	88	0	123	48	13	10	27	1.75
8401925--8401964	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
8404880--8405003	33	3.8	33	92	0	212	29	41	9	19	1.83
8417025--8417092	33	2.1	33	82	0	82	66	7	8	17	1.42
8419504--8419742	42	5.6	43	80	4	270	30	28	15	25	1.96
8419504--8419742	85	2.8	85	81	7	281	30	28	15	25	1.96
8423556--8423596	21	2.0	21	90	0	64	53	24	2	19	1.57
8423620--8423672	14	3.7	15	74	20	60	47	26	0	26	1.53
8423620--8423672	21	2.5	21	79	11	56	47	26	0	26	1.53
8424160--8424246	38	2.2	39	84	13	117	25	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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