genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11394877--11395011	47	2.8	45	81	12	146	7	23	8	60	1.52
11401140--11401190	24	2.1	24	92	0	84	39	23	13	23	1.91
11405503--11405620	58	2.0	59	90	1	184	22	19	19	38	1.93
11411445--11411690	90	2.7	90	91	0	384	36	15	23	25	1.93
11415729--11415767	20	2.0	20	100	0	78	46	5	0	48	1.24
11416209--11416243	3	12.0	3	93	6	63	34	34	0	31	1.58
11420030--11420055	12	2.2	12	100	0	52	26	7	38	26	1.83
11423964--11423997	17	1.9	18	88	5	52	26	2	2	67	1.19
11427244--11427287	21	2.1	21	100	0	88	25	27	13	34	1.93
11435657--11435733	31	2.5	31	80	14	79	62	1	1	35	1.12
11443540--11443582	14	2.9	15	75	6	52	39	2	2	55	1.25
11450146--11450202	21	2.7	21	89	5	71	15	19	15	49	1.80
11450703--11450755	23	2.1	27	83	13	69	33	1	24	39	1.66
11454513--11454561	19	2.7	18	74	3	53	51	10	4	34	1.55
11456249--11456310	25	2.5	25	81	0	61	22	29	17	30	1.97
11456275--11456330	25	2.2	25	84	6	69	16	32	19	32	1.94
11456350--11456416	25	2.7	25	85	0	89	22	31	20	25	1.98
11456444--11456481	17	2.2	17	100	0	76	36	7	21	34	1.82
11460177--11460228	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
11464868--11464902	17	2.0	18	88	5	54	11	40	28	20	1.87
11474500--11474597	33	3.0	33	83	5	119	16	28	7	47	1.72
11479130--11479450	46	7.0	46	90	2	448	38	14	24	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11484058--11484082	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
11486628--11486659	15	2.1	15	94	0	55	50	6	3	40	1.43
11494114--11494219	53	2.0	53	96	0	194	41	7	22	28	1.81
11494310--11494351	11	3.6	11	81	12	57	59	2	0	38	1.10
11494718--11494759	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
11494970--11494995	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
11500593--11500701	46	2.4	46	83	6	132	28	18	31	22	1.97
11500775--11500896	49	2.5	49	80	6	131	30	18	27	22	1.98
11502889--11503041	51	3.0	51	85	0	198	41	17	22	18	1.90
11506567--11506738	48	3.6	47	85	7	220	26	31	17	25	1.97
11515859--11515883	10	2.5	10	100	0	50	8	20	8	64	1.46
11518030--11518412	126	3.0	126	92	0	624	34	18	19	27	1.95
11521129--11521391	41	6.5	41	94	2	408	31	24	24	18	1.97
11521429--11521476	23	2.1	23	85	11	64	50	22	0	27	1.50
11521691--11521726	15	2.5	15	90	4	56	27	0	27	44	1.55
11521943--11521996	22	2.5	22	82	11	67	27	1	20	50	1.59
11521550--11522185	282	2.3	271	82	8	716	33	2	19	45	1.62
11522380--11522424	6	7.0	6	85	10	54	77	4	0	17	0.92
11522385--11522426	13	3.4	12	81	15	50	78	2	0	19	0.86
11522385--11522424	19	2.1	19	95	0	71	80	2	0	17	0.83
11527126--11527300	43	4.1	43	85	1	208	26	17	26	28	1.98
11530377--11530414	18	2.1	18	95	0	67	44	10	21	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11532008--11532114	48	2.3	47	79	9	119	51	8	9	30	1.64
11532274--11532305	11	2.9	11	95	0	55	34	0	21	43	1.53
11534106--11534153	15	3.2	14	82	11	60	64	2	0	33	1.05
11535593--11535687	44	2.2	44	84	3	120	30	18	18	31	1.96
11541043--11541150	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
11542028--11542062	9	3.9	9	84	0	52	2	17	0	80	0.84
11542028--11542067	18	2.2	19	90	4	64	2	15	2	80	0.93
11542071--11542143	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
11542072--11542114	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
11542078--11542142	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
11543480--11543528	24	2.1	23	81	11	64	71	16	12	0	1.14
11543482--11543526	22	2.0	24	91	8	76	68	17	13	0	1.20
11549037--11549082	24	1.9	24	81	0	56	15	21	15	47	1.81
11552969--11553071	52	1.9	54	81	11	124	60	3	6	29	1.40
11561501--11561852	177	2.0	177	89	0	533	28	18	17	35	1.93
11563419--11563468	22	2.5	20	78	15	57	16	44	22	18	1.87
11563420--11563462	22	2.0	22	86	9	61	16	46	20	16	1.84
11564101--11564129	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
11564257--11564290	13	2.7	13	90	4	52	79	5	0	14	0.91
11564125--11565442	146	9.1	143	87	5	1697	59	8	5	26	1.49
11564679--11564719	15	2.8	15	82	14	50	65	2	2	29	1.18
11564125--11565445	287	4.6	287	85	7	1743	59	8	5	26	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11571750--11571905	78	2.0	77	98	1	303	50	13	0	35	1.42
11571907--11571948	22	1.9	22	85	9	59	4	26	0	69	1.08
11572026--11572084	27	2.2	27	81	0	64	13	32	33	20	1.91
11572040--11572097	27	2.1	27	100	0	116	8	39	31	20	1.83
11572696--11572758	31	2.0	31	81	6	74	36	14	14	34	1.86
11572987--11573054	31	2.2	31	89	2	102	30	4	16	48	1.65
11582274--11582329	28	2.0	28	96	0	103	17	23	5	53	1.64
11591422--11591454	6	5.7	6	89	3	50	15	0	12	72	1.12
11592087--11592167	22	3.5	22	73	18	65	59	2	0	38	1.11
11592121--11592160	19	2.1	19	85	4	53	60	5	0	35	1.19
11603365--11603437	17	4.3	17	74	6	58	46	17	6	28	1.74
11603519--11603550	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
11604811--11604861	26	2.0	26	96	0	93	27	25	11	35	1.91
11611028--11611092	28	2.3	28	89	0	103	21	23	18	36	1.95
11611028--11611100	28	2.6	28	86	0	92	23	23	19	34	1.97
11614115--11614139	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
11618251--11618563	156	2.0	156	97	0	590	28	29	12	30	1.93
11624049--11624134	26	3.2	26	90	4	136	45	2	12	39	1.55
11625157--11625239	41	2.0	41	95	0	148	36	20	15	27	1.93
11626637--11626684	22	2.1	22	88	3	69	60	10	27	2	1.41
11626722--11626816	37	2.6	37	83	3	120	41	17	18	22	1.91
11629264--11629288	9	2.8	9	100	0	50	12	32	12	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11635659--11635699	21	1.9	22	90	5	66	39	12	9	39	1.76
11637211--11637251	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
11638460--11638578	48	2.5	46	82	9	134	24	31	15	28	1.96
11639883--11639929	23	1.9	25	83	12	62	31	21	12	34	1.91
11646907--11646980	31	2.4	30	84	2	94	44	16	9	29	1.79
11650953--11651032	34	2.4	33	82	4	106	30	23	18	27	1.98
11665861--11665909	24	2.0	24	100	0	98	16	42	8	32	1.77
11667554--11667659	28	3.7	27	73	21	90	27	17	28	26	1.98
11669966--11670002	19	1.9	19	94	0	65	48	0	0	51	1.00
11670669--11670753	19	4.3	20	70	8	57	58	1	2	37	1.18
11670711--11670763	19	2.7	19	80	13	63	56	0	1	41	1.10
11670669--11670763	21	4.8	18	71	14	64	58	1	2	37	1.17
11670704--11670763	10	6.0	10	76	5	59	56	0	1	41	1.09
11671119--11671162	18	2.4	19	88	11	65	31	4	0	63	1.14
11676130--11676180	20	2.5	20	74	0	57	47	33	0	19	1.50
11676348--11676386	14	2.8	14	92	0	60	56	30	0	12	1.37
11676509--11676542	7	4.9	7	92	0	59	58	26	0	14	1.36
11677072--11677262	41	4.6	41	89	0	265	28	27	18	25	1.98
11681248--11681290	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
11693182--11693225	20	2.2	21	80	15	58	52	18	27	2	1.57
11698398--11698815	208	2.0	209	97	0	793	45	18	9	26	1.80
11699945--11700039	39	2.4	38	79	8	111	29	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11700028--11700176	39	3.8	39	92	1	237	28	26	20	24	1.99
11700011--11700168	78	2.0	78	89	4	239	29	27	19	23	1.98
11706210--11706335	51	2.5	49	84	2	162	32	17	16	33	1.93
11706062--11706377	145	2.2	145	78	5	327	30	19	17	32	1.95
11706454--11706719	44	5.9	44	79	6	271	30	20	17	31	1.96
11706408--11706675	140	1.9	140	86	3	387	30	19	16	33	1.94
11711349--11711721	48	7.8	48	93	0	602	31	27	6	34	1.82
11726456--11726563	46	2.4	47	87	7	163	39	13	8	37	1.75
11749374--11749637	103	2.5	104	91	0	422	29	30	20	19	1.97
11755422--11755450	4	7.2	4	100	0	58	27	0	24	48	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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