genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56086622--56086664	16	2.7	16	88	0	59	51	20	23	4	1.66
56086622--56086664	8	5.4	8	80	0	50	51	20	23	4	1.66
56094954--56095177	40	5.5	40	79	6	202	32	24	15	27	1.95
56095419--56095462	14	2.9	15	90	10	63	40	11	2	45	1.53
56095419--56095464	16	3.0	15	84	12	58	39	13	4	43	1.63
56098136--56098167	16	1.9	17	93	6	57	37	9	9	43	1.69
56099518--56099614	28	3.5	28	68	20	85	27	32	15	23	1.95
56107144--56107238	28	3.4	28	76	16	106	27	31	15	25	1.96
56107144--56107264	56	2.2	56	90	0	188	27	30	15	26	1.96
56107166--56107264	28	3.6	27	73	20	87	27	28	16	28	1.97
56108919--56109047	40	3.2	40	78	6	134	22	15	26	35	1.94
56112635--56112866	39	6.0	39	85	3	290	31	30	19	18	1.95
56112635--56112866	77	3.0	78	86	3	299	31	30	19	18	1.95
56115902--56116108	53	3.8	54	76	3	211	20	23	17	38	1.93
56119279--56119366	44	2.0	44	95	4	160	27	22	11	38	1.88
56122994--56123202	53	3.9	53	80	1	229	19	23	19	37	1.94
56137914--56137945	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
56148241--56148269	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
56148278--56148302	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
56150797--56150830	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
56152402--56152427	8	3.2	8	100	0	52	65	11	11	11	1.48
56158058--56158091	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56159806--56159875	25	3.0	23	73	20	65	42	0	0	57	0.99
56159836--56159874	15	2.6	15	88	11	62	46	0	0	53	1.00
56160047--56160085	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
56162606--56162630	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
56164095--56164150	1	56.0	1	100	0	112	100	0	0	0	0.00
56174644--56174689	16	2.9	15	93	3	56	21	21	36	19	1.95
56174631--56174684	17	3.2	17	92	2	83	22	24	33	20	1.97
56186539--56186901	47	7.7	47	94	1	586	32	9	30	28	1.88
56186560--56186901	187	1.8	188	92	0	587	32	9	30	28	1.88
56187020--56187098	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56188953--56189268	40	7.9	40	81	7	270	24	22	27	25	2.00
56192143--56192506	47	7.7	47	94	0	595	32	9	30	28	1.88
56192625--56192703	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56196387--56196444	20	2.9	20	78	0	71	18	12	34	34	1.88
56200390--56200434	20	2.2	20	84	0	54	20	13	35	31	1.91
56202281--56202306	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
56202946--56202977	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
56205866--56205933	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
56205914--56206023	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
56206149--56206190	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
56206158--56206199	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
56206184--56206371	61	3.1	61	71	11	215	49	7	1	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56206152--56206381	120	1.9	120	99	0	451	50	6	1	41	1.40
56206187--56206370	59	3.1	59	67	17	180	49	7	1	41	1.41
56224168--56224219	13	3.9	13	75	12	52	51	3	1	42	1.31
56224412--56224436	8	3.1	8	100	0	50	72	0	0	28	0.86
56226751--56227032	94	3.0	94	100	0	564	31	19	13	35	1.91
56231953--56232034	29	2.7	31	83	9	107	25	23	19	31	1.98
56233921--56234103	40	4.6	40	92	2	280	24	21	27	26	1.99
56235670--56235717	20	2.3	21	89	3	71	37	18	10	33	1.85
56238446--56238623	40	4.5	39	81	6	182	24	23	28	24	2.00
56238446--56238628	78	2.3	79	80	10	203	24	22	28	25	1.99
56238499--56238661	78	2.1	78	80	8	181	25	20	28	25	1.99
56246318--56246496	79	2.2	79	81	7	202	24	22	28	24	2.00
56246318--56246496	40	4.5	39	81	8	184	24	22	28	24	2.00
56246371--56246535	79	2.1	79	80	6	183	25	20	28	25	1.99
56249849--56249879	15	2.1	15	93	0	53	35	19	0	45	1.51
56250140--56250422	101	2.8	101	93	0	485	30	24	18	26	1.98
56250079--56250417	151	2.2	151	84	6	429	29	25	17	26	1.98
56250079--56250423	50	6.9	50	80	3	388	29	25	18	26	1.98
56250771--56250817	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
56251038--56251096	30	2.0	30	82	0	73	25	25	8	40	1.83
56252071--56252104	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
56254132--56254181	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56256693--56256749	30	1.9	30	85	0	78	28	36	15	19	1.92
56265730--56265813	42	2.0	42	90	0	132	46	11	9	32	1.73
56265844--56265883	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
56273765--56273877	42	2.7	42	83	2	120	29	28	15	27	1.96
56273846--56273968	48	2.6	49	82	2	133	31	26	13	27	1.94
56273908--56274024	47	2.5	47	80	6	121	27	29	15	27	1.96
56284676--56284878	40	5.1	40	79	9	209	25	27	21	25	1.99
56284662--56284879	79	2.7	80	81	7	230	26	27	21	25	1.99
56286637--56286741	50	2.1	51	94	1	185	40	17	10	32	1.83
56288036--56288404	43	8.7	44	78	9	372	30	26	16	26	1.97
56288036--56288403	85	4.3	87	81	8	368	30	26	16	26	1.97
56288039--56288404	128	2.9	126	85	4	468	30	26	16	26	1.97
56299058--56299570	47	10.7	47	94	2	846	32	8	29	29	1.87
56299058--56299570	96	5.4	96	94	1	872	32	8	29	29	1.87
56299058--56299570	143	3.6	143	93	3	863	32	8	29	29	1.87
56299689--56299804	37	3.1	37	92	0	187	22	18	32	26	1.97
56303491--56303671	79	2.3	80	82	8	217	25	28	21	24	1.99
56303470--56303673	40	5.1	40	82	7	229	25	27	21	24	1.99
56306664--56306781	39	3.0	39	94	0	200	22	23	30	23	1.99
56308916--56308942	12	2.2	12	100	0	54	25	44	22	7	1.79
56325664--56325755	37	2.5	37	94	3	159	64	0	3	32	1.10
56326058--56326116	28	2.1	28	83	0	73	44	22	11	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56348615--56348684	21	3.5	19	75	11	59	74	1	17	7	1.11
56348655--56348715	18	3.3	18	69	4	50	70	1	11	16	1.24
56353310--56353367	20	2.7	22	73	7	57	41	13	17	27	1.87
56358846--56358908	6	9.8	6	75	11	54	6	20	1	71	1.16
56359844--56360304	47	9.7	47	94	2	780	31	8	29	30	1.87
56359931--56360011	22	3.5	23	66	11	67	30	9	28	30	1.89
56360422--56360500	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56361799--56361902	52	2.0	52	86	3	147	15	27	31	25	1.95
56367994--56368027	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
56368981--56369014	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
56369968--56370001	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
56371942--56371975	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
56366898--56372819	987	6.0	987	99	0	11684	32	9	23	35	1.86
56373276--56373441	40	4.2	40	91	2	246	23	22	27	26	2.00
56376769--56376799	15	2.1	15	93	0	53	70	0	22	6	1.09
56377187--56377261	36	2.1	36	97	0	141	36	10	20	33	1.87
56385902--56385980	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
56393030--56393066	20	1.9	18	89	10	56	35	18	0	45	1.50
56395921--56396143	39	5.7	40	84	8	257	25	22	27	25	2.00
56395921--56396143	79	2.8	81	83	9	273	25	22	27	25	2.00
56395921--56396176	79	3.3	79	81	10	208	26	21	27	24	2.00
56403088--56403310	39	5.7	40	83	8	248	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56403088--56403310	79	2.8	79	81	11	242	25	21	27	25	2.00
56403142--56403343	79	2.6	79	82	8	200	26	20	27	25	1.99
56406194--56406395	46	4.5	44	79	12	160	23	29	20	26	1.99
56406237--56406397	46	3.5	46	86	5	186	22	29	20	27	1.99
56406320--56406443	46	2.7	46	84	5	151	21	29	20	28	1.98
56408057--56408093	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
56408792--56408912	50	2.4	51	83	6	156	37	14	13	34	1.86
56410931--56411135	50	4.1	50	77	11	206	27	18	25	29	1.98
56418175--56418369	49	3.9	49	82	4	221	25	17	25	31	1.97
56420745--56420774	16	1.9	15	93	6	51	40	13	20	26	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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