genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56420956--56421085	65	2.0	65	98	0	251	22	9	23	44	1.81
56423328--56423515	49	3.8	49	84	2	250	27	18	25	29	1.98
56423327--56423515	100	1.9	100	93	0	324	26	17	25	29	1.98
56423327--56423548	100	2.2	100	86	3	286	27	17	26	28	1.98
56428499--56428744	49	4.9	50	77	3	237	26	18	25	29	1.98
56431161--56431428	40	6.7	40	96	0	473	30	20	27	22	1.98
56438446--56438713	40	6.7	40	96	0	473	30	20	27	22	1.98
56440746--56440922	46	3.8	46	76	4	194	29	27	20	22	1.98
56442840--56442907	15	4.6	14	78	5	64	55	16	17	10	1.67
56442848--56442919	15	4.8	16	72	17	73	55	15	18	11	1.68
56442851--56442928	15	5.2	15	75	9	70	55	16	16	11	1.69
56445821--56445992	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
56445813--56445988	46	3.8	46	79	10	205	29	29	19	21	1.98
56445818--56446008	46	4.1	46	72	15	135	29	29	19	20	1.98
56447474--56447560	27	3.2	27	86	0	111	29	16	14	39	1.88
56447547--56447907	27	13.7	27	76	10	318	30	10	20	38	1.86
56447516--56447907	81	5.0	81	81	5	376	30	10	20	38	1.86
56447842--56447927	27	3.2	28	79	11	81	32	9	18	39	1.83
56447743--56447927	99	1.9	99	83	8	243	31	10	20	37	1.87
56448226--56448331	28	3.8	28	82	1	122	25	33	14	27	1.94
56451122--56451151	10	3.0	10	95	0	51	73	0	6	20	1.05
56452810--56452848	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56454743--56454777	18	1.9	18	94	0	61	65	2	11	20	1.37
56457992--56458051	30	2.0	31	86	3	86	16	25	16	41	1.89
56460566--56460659	25	3.8	25	91	2	154	25	24	22	27	2.00
56460565--56460672	24	4.4	25	80	13	127	27	23	22	26	1.99
56460906--56460970	31	2.1	31	85	5	87	30	13	24	30	1.94
56462779--56462880	28	3.6	28	86	0	141	25	15	33	25	1.95
56462779--56462898	56	2.1	57	84	1	152	29	15	31	24	1.95
56465459--56465509	13	3.7	14	76	10	52	68	1	25	3	1.17
56465447--56465494	19	2.5	19	78	18	55	66	4	25	4	1.27
56470293--56470621	27	12.2	27	83	3	394	27	22	9	40	1.85
56470626--56470805	54	3.3	54	85	6	229	37	18	17	26	1.93
56470626--56470821	27	7.3	27	85	0	203	36	18	18	26	1.94
56470661--56470822	54	3.0	54	88	3	236	37	19	19	24	1.94
56471020--56471099	27	3.0	26	85	3	97	21	22	20	36	1.95
56471190--56471248	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
56471416--56471486	27	2.6	25	82	10	79	18	22	22	36	1.95
56471604--56471823	6	36.3	6	75	12	191	19	17	14	48	1.81
56471606--56471791	85	2.2	85	85	7	245	19	18	14	47	1.82
56471811--56471844	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
56474428--56474955	96	5.7	96	87	7	763	32	8	30	29	1.86
56474428--56474955	47	11.4	47	86	7	742	32	8	30	29	1.86
56474608--56474849	127	1.9	128	95	0	441	33	7	30	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56474651--56474898	80	2.8	85	86	11	344	33	6	29	30	1.84
56474463--56474955	270	1.8	271	93	0	862	32	7	30	29	1.86
56475074--56475152	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
56477017--56477119	43	2.4	43	98	0	197	23	15	34	26	1.94
56477101--56477174	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56477488--56477683	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
56477488--56477684	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
56481211--56481651	96	4.6	96	95	0	794	32	8	29	29	1.87
56481211--56481701	49	10.3	49	89	5	740	32	9	29	28	1.88
56481211--56481701	191	2.6	192	92	1	801	32	9	29	28	1.88
56481820--56481898	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
56485116--56485444	27	12.2	27	83	3	394	27	22	9	40	1.85
56485449--56485628	54	3.3	54	86	6	238	37	19	17	26	1.93
56485449--56485644	27	7.3	27	86	0	212	36	18	18	26	1.94
56485484--56485645	54	3.0	54	88	3	236	37	19	19	24	1.94
56485843--56485922	27	3.0	26	85	3	97	21	22	20	36	1.95
56486013--56486071	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
56486236--56486309	27	2.8	27	83	6	80	17	22	22	36	1.95
56486427--56486625	6	32.8	6	76	13	194	19	18	14	47	1.82
56486429--56486608	85	2.1	85	87	6	258	19	18	14	47	1.83
56487407--56487439	9	3.8	9	88	4	50	18	3	9	69	1.28
56487532--56487654	50	2.4	50	89	2	183	34	15	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56487536--56487681	50	2.9	51	83	6	145	33	15	11	39	1.84
56493927--56494074	67	2.2	66	82	10	167	31	17	28	22	1.96
56495915--56495990	35	2.2	35	95	0	134	21	26	17	35	1.95
56497852--56497877	10	2.6	10	100	0	52	50	7	11	30	1.67
56506717--56506954	49	4.8	49	79	8	266	25	18	26	30	1.98
56506724--56506800	26	3.1	26	65	24	74	24	15	27	32	1.95
56507284--56507642	179	2.0	179	99	0	709	33	22	19	24	1.97
56509053--56509203	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
56509655--56509681	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
56516046--56516074	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
56517397--56517547	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
56517997--56518023	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
56524803--56524871	34	2.0	34	100	0	138	37	8	17	36	1.81
56530483--56530507	7	3.6	7	100	0	50	28	16	0	56	1.41
56530740--56530764	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
56534839--56534880	17	2.3	18	76	8	50	64	0	21	14	1.29
56536538--56536576	21	2.0	21	90	10	64	20	20	20	38	1.94
56536548--56536587	20	2.0	21	85	5	55	20	20	22	37	1.94
56537045--56537182	47	2.9	46	82	4	168	43	13	25	18	1.85
56539204--56539379	46	3.8	46	73	7	149	22	18	27	31	1.97
56545010--56545077	29	2.3	29	82	5	84	29	30	11	27	1.92
56545156--56545306	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56548152--56548205	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
56548224--56548320	27	3.6	26	77	5	86	21	15	21	41	1.90
56549384--56549476	33	3.0	33	72	18	90	26	24	21	26	1.99
56551843--56551918	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
56553107--56553251	40	3.6	40	85	0	191	25	25	26	22	2.00
56556106--56556159	27	2.0	27	85	0	72	38	18	7	35	1.79
56557376--56557420	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
56560088--56560143	21	2.4	24	82	14	73	32	5	23	39	1.77
56562031--56562109	32	2.5	32	89	0	113	25	26	21	26	1.99
56562052--56562119	32	2.4	26	70	25	64	29	25	17	27	1.97
56574140--56574207	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
56575119--56575153	19	1.9	18	88	11	54	37	0	22	40	1.55
56581968--56582028	30	2.0	30	100	0	122	55	13	3	27	1.53
56582313--56582407	42	2.3	41	78	8	104	31	27	15	25	1.96
56583976--56584019	21	2.1	21	83	8	54	50	2	25	22	1.61
56589674--56589703	11	2.7	11	100	0	60	23	16	10	50	1.75
56595205--56595427	39	5.7	39	86	2	281	20	21	29	28	1.98
56603080--56603341	39	6.7	39	90	0	380	20	20	29	30	1.98
56605302--56605385	42	2.0	42	95	0	150	22	25	7	45	1.77
56608969--56609145	40	4.4	40	95	0	327	24	19	27	27	1.99
56617174--56617570	40	9.9	40	94	0	688	23	20	29	26	1.99
56617189--56617596	199	2.0	200	89	0	629	23	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56623369--56623402	17	1.9	18	94	5	61	17	26	8	47	1.77
56625102--56625147	19	2.4	19	96	0	83	21	26	39	13	1.90
56628674--56628793	48	2.5	48	83	2	145	27	21	15	35	1.93
56631349--56631470	26	4.6	27	79	3	97	40	21	9	27	1.85
56631370--56631470	53	1.9	53	82	8	125	39	19	10	29	1.86
56631349--56631470	27	4.6	26	76	7	111	40	21	9	27	1.85
56631456--56631643	27	7.0	27	86	1	252	34	17	21	27	1.95
56631429--56631643	54	4.0	54	85	6	267	34	17	20	27	1.95
56631985--56632044	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
56632163--56632293	6	21.3	6	72	16	90	17	18	15	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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