Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  277  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88239435--88239550
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2.3
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0
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1
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2.0
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0
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0
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1.75
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29
13
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72
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3.3
287
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1525
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1.9
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10
32
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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18
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53
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223
29
13
11
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1.80
88256355--88256782
17
25.0
17
72
12
234
29
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1.79
88256595--88256765
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12
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1.8
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21
1.98
88258466--88258641
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2.0
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2.1
30
90
0
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29
24
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38
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
23
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10
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36
1.65
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2.0
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1.9
40
81
5
93
40
28
3
27
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88347515--88347581
21
3.2
21
80
2
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29
1
22
46
1.61
88347523--88347608
21
4.2
20
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16
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24
1
27
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1.60
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0
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0
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0
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0
1
53
1.11
88368489--88368530
22
1.9
22
85
0
57
47
4
0
47
1.23
88369752--88369817
30
2.2
30
78
13
73
50
4
0
45
1.22
88374527--88374597
35
2.0
35
86
5
99
43
28
5
22
1.76
88374741--88374807
16
4.2
16
70
14
57
47
2
19
29
1.64
88375558--88375608
23
2.3
23
86
3
68
52
0
3
43
1.19
88375777--88375835
28
2.1
28
87
9
84
35
15
8
40
1.77
88377307--88377388
40
2.0
40
97
0
155
20
7
28
43
1.78
88377316--88377383
20
3.4
20
71
15
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17
7
29
45
1.75
88381398--88381440
7
6.1
7
94
0
68
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4
0
39
1.20
88385837--88385866
15
2.0
15
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0
51
63
0
0
36
0.95
88386764--88386797
17
2.0
17
88
0
50
67
2
0
29
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88393254--88393327
25
2.8
25
77
15
78
39
6
0
54
1.27
88393254--88393334
28
3.0
28
82
12
82
38
7
0
54
1.29
88394273--88394297
9
2.8
9
100
0
50
56
0
0
44
0.99
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21
2.7
21
70
20
55
56
5
1
36
1.32
88400536--88400738
46
4.3
48
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7
265
35
14
21
28
1.92
88400470--88400738
98
2.7
98
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0
457
34
14
22
28
1.93
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5.0
37
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1
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37
16
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24
1.93
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29
4.3
29
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6
168
25
14
29
29
1.95
88413556--88413589
13
2.6
13
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0
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20
11
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1.73
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19
2.2
20
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4
68
50
0
0
50
1.00
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22
5.3
22
62
21
61
25
29
11
33
1.91
88422023--88422230
47
4.4
47
89
2
303
26
30
9
33
1.88
88426060--88426149
44
2.0
44
93
0
153
23
14
11
51
1.74
88433200--88433238
15
2.6
14
84
11
51
38
0
15
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1.46
88434326--88434402
19
4.2
19
93
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140
36
15
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37
1.82
88434326--88434396
36
2.0
36
100
0
142
36
14
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38
1.81
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2
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2
100
0
110
0
0
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50
1.00
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50
3.5
50
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2
257
35
16
21
26
1.94
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31
6.5
31
90
0
305
28
19
26
25
1.99
88439584--88439612
7
4.1
7
100
0
58
44
13
27
13
1.82
88439620--88439741
47
2.6
46
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7
140
30
15
25
28
1.96
88441873--88441924
27
1.9
27
88
0
77
42
9
17
30
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88444354--88444397
23
1.9
23
90
0
70
61
4
2
31
1.28
88444358--88444400
11
3.8
11
80
17
52
65
2
2
30
1.18
88449529--88449576
16
3.1
15
90
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69
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2
2
31
1.16
88449525--88449576
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
88449524--88449580
24
2.4
24
79
5
71
64
1
3
29
1.20
88449691--88449744
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2.5
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88449707--88449792
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1
219
21
4
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27
1.68
88453287--88453452
35
4.6
35
83
8
199
31
10
24
33
1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295