genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  183  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57882299--57882347	23	2.1	23	100	0	98	30	14	0	55	1.40
57885671--57885840	93	1.8	93	87	0	250	30	27	20	21	1.98
57891154--57891282	46	2.8	46	91	0	204	30	27	21	20	1.98
57894318--57894360	17	2.4	17	80	7	50	9	23	44	23	1.82
57894579--57894642	27	2.4	26	82	10	67	40	17	15	26	1.89
57902208--57902331	37	3.4	37	80	0	149	26	15	25	33	1.95
57904726--57904776	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
57904726--57904989	98	2.7	98	95	1	467	18	23	21	35	1.95
57904824--57904989	48	3.4	48	62	12	113	18	23	22	35	1.96
57917630--57917680	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
57928436--57928821	48	8.0	48	92	0	619	35	6	26	31	1.81
57928962--57929064	37	2.8	37	95	0	179	23	18	32	26	1.97
57936520--57936700	40	4.6	40	78	6	181	24	20	28	27	1.99
57944342--57944420	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57944539--57944984	47	9.4	47	94	1	766	29	29	8	32	1.87
57944539--57944984	96	4.7	94	94	2	766	29	29	8	32	1.87
57944539--57944984	143	3.1	143	95	0	788	29	29	8	32	1.87
57949358--57949540	79	2.3	81	83	7	223	25	22	27	24	2.00
57949359--57949542	40	4.6	40	82	9	207	25	22	28	24	1.99
57949411--57949565	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
57951577--57951619	19	2.3	19	84	11	54	51	23	0	25	1.49
57956558--57956735	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57956559--57956714	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
57956555--57956735	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
57964018--57964252	27	8.7	27	84	4	226	39	20	9	29	1.85
57964018--57964251	54	4.4	54	83	4	249	39	20	9	29	1.84
57964248--57964465	27	8.4	27	77	10	179	28	21	7	42	1.80
57964232--57964346	54	2.1	54	82	3	133	33	15	9	41	1.80
57964234--57964392	81	2.0	81	83	0	201	30	18	8	42	1.79
57964252--57964473	54	4.3	54	77	9	208	30	19	7	42	1.79
57964371--57964407	19	1.9	19	94	0	65	27	29	0	43	1.55
57964350--57964439	46	2.0	46	88	0	135	28	25	3	42	1.71
57964290--57964476	100	1.9	100	88	0	284	29	20	6	42	1.78
57964390--57964474	27	3.1	27	84	0	116	30	23	5	40	1.78
57964742--57964800	27	2.2	26	84	3	73	22	22	18	37	1.94
57964920--57964995	31	2.5	31	82	4	82	23	18	10	47	1.79
57968340--57968370	9	3.3	9	95	4	53	0	12	0	87	0.55
57968338--57968378	14	2.9	14	89	7	57	0	17	0	82	0.66
57969477--57969526	25	2.0	25	92	0	82	32	24	18	26	1.97
57969566--57969605	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
57972006--57972047	18	2.3	19	88	12	70	23	40	21	14	1.90
57978692--57978877	43	4.3	41	83	7	192	27	20	22	30	1.98
57978692--57978877	86	2.1	87	84	6	236	27	20	22	30	1.98
57980568--57980675	39	2.7	40	84	8	157	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57980568--57980689	40	3.1	40	79	13	144	27	21	27	24	1.99
57980573--57980708	39	3.5	39	78	12	127	25	21	27	25	1.99
58004987--58005030	5	8.6	5	95	5	79	18	0	0	81	0.68
58004987--58005030	21	2.1	21	100	0	88	18	0	0	81	0.68
58005549--58005837	9	32.6	9	80	6	270	46	17	0	35	1.52
58005511--58005848	63	5.6	63	72	16	203	45	18	0	35	1.52
58008407--58009150	384	1.9	384	99	0	1479	32	12	17	37	1.87
58014553--58014725	46	3.7	46	77	10	190	21	21	27	29	1.98
58014550--58014721	93	1.8	93	92	0	290	21	21	28	28	1.99
58020106--58020281	46	3.8	46	77	11	189	21	19	27	31	1.97
58020103--58020274	93	1.8	93	91	2	283	21	19	27	30	1.98
58029262--58029331	27	2.6	26	84	8	86	42	21	7	28	1.79
58029336--58029424	27	3.3	27	91	0	151	31	24	6	37	1.82
58029349--58029515	27	6.2	27	82	1	138	36	25	7	31	1.83
58029336--58029488	54	2.8	54	82	3	164	36	24	6	32	1.81
58029405--58029544	27	5.1	27	80	4	129	38	25	7	28	1.83
58029403--58029515	54	2.1	54	86	0	154	40	24	7	27	1.81
58029527--58029668	27	5.3	27	87	2	187	35	18	20	26	1.95
58029473--58029669	81	2.4	82	79	5	206	36	19	17	27	1.94
58029527--58029668	54	2.6	54	91	2	214	35	18	20	26	1.95
58030051--58030132	6	13.3	6	73	19	71	19	18	14	47	1.82
58030054--58030124	25	2.8	25	83	12	85	19	19	14	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58030051--58030123	31	2.4	31	88	0	110	19	19	13	47	1.82
58032082--58032414	27	12.6	27	76	6	119	37	21	8	32	1.83
58032181--58032296	54	2.1	54	93	0	196	31	23	7	37	1.83
58032183--58032360	54	3.3	54	81	4	162	35	23	6	33	1.81
58032179--58032352	81	2.1	81	82	0	204	35	22	7	34	1.82
58032289--58032417	54	2.4	54	81	2	143	41	20	8	29	1.82
58032399--58032540	27	5.3	27	88	3	178	35	18	19	26	1.95
58032923--58033010	6	14.3	6	73	17	74	18	17	15	48	1.81
58032923--58033001	31	2.5	31	91	0	122	17	17	15	49	1.80
58032923--58033010	19	4.8	18	72	18	74	18	17	15	48	1.81
58040103--58040332	98	2.3	98	93	0	388	28	20	20	30	1.97
58040089--58040332	24	10.0	24	86	4	319	28	20	21	30	1.98
58040089--58040332	74	3.3	72	86	5	328	28	20	21	30	1.98
58040381--58040447	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
58040381--58040436	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
58057376--58057425	25	2.0	25	100	0	100	44	12	32	12	1.78
58065378--58065555	40	4.5	40	91	3	263	25	28	22	23	1.99
58070316--58070484	48	3.6	46	79	9	180	29	19	26	24	1.98
58071156--58071193	18	2.1	18	90	0	58	26	5	26	42	1.76
58075968--58076115	40	3.5	42	76	12	144	26	15	27	31	1.96
58078707--58078793	24	3.6	24	75	3	93	24	16	33	26	1.95
58083644--58083974	27	12.3	27	83	2	414	27	22	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58083986--58084174	27	7.0	27	86	0	243	34	20	20	24	1.96
58084372--58084455	27	3.2	26	86	5	96	20	21	20	38	1.94
58084546--58084601	22	2.5	22	82	0	67	19	25	21	33	1.97
58084766--58084839	27	2.8	27	83	6	80	17	22	21	37	1.94
58084957--58085076	6	19.8	6	70	20	81	21	15	14	48	1.81
58084963--58085011	19	2.7	18	87	9	64	22	16	14	46	1.82
58084982--58085076	30	3.2	30	93	3	165	22	14	13	49	1.78
58084957--58085076	24	4.7	25	73	16	102	21	15	14	48	1.81
58103895--58104073	40	4.5	40	80	6	195	24	22	28	24	1.99
58103948--58104112	79	2.1	79	80	6	183	25	20	28	25	1.99
58106697--58107361	40	16.6	40	94	0	1152	24	27	19	27	1.99
58116053--58116183	40	3.3	40	88	2	192	23	19	27	29	1.99
58116000--58116180	80	2.3	81	84	7	228	24	20	27	27	1.99
58117579--58118163	40	14.6	40	94	0	1001	24	27	19	27	1.99
58123852--58124030	40	4.5	39	80	8	175	24	22	28	24	1.99
58123907--58124069	79	2.1	79	80	6	179	25	19	28	25	1.99
58155961--58156222	39	6.6	39	87	6	311	24	27	22	25	2.00
58159444--58159625	40	4.6	40	90	2	269	23	21	26	28	1.99
58168171--58168353	40	4.6	40	79	10	196	25	27	21	24	1.99
58168171--58168353	79	2.3	81	82	7	214	25	27	21	24	1.99
58171015--58171199	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
58171016--58171199	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58171068--58171232	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
58173692--58173873	40	4.6	40	89	2	251	24	21	26	26	2.00
58177606--58177697	27	3.4	27	84	0	103	35	18	19	26	1.95
58178350--58178401	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58180854--58180932	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58181051--58181418	47	7.7	47	93	2	619	29	30	8	32	1.87
58181051--58181418	96	3.9	96	94	2	636	29	30	8	32	1.87
58181051--58181418	143	2.6	141	93	2	619	29	30	8	32	1.87
58184244--58184458	40	5.4	40	94	1	362	24	27	23	24	2.00
58201776--58201861	26	3.3	26	82	8	111	17	23	20	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295