genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58890619--58890658	21	2.0	20	85	14	55	15	30	25	30	1.95
58897436--58897973	47	11.4	47	93	0	869	32	8	29	29	1.87
58907810--58907884	38	2.0	38	94	5	134	32	6	18	42	1.76
58911634--58911903	46	5.7	48	77	9	220	25	18	31	24	1.97
58911679--58911904	50	4.7	48	76	12	191	25	18	31	24	1.97
58914416--58914584	46	3.6	45	82	9	164	25	18	32	23	1.97
58914504--58914630	48	2.6	48	83	7	150	26	18	32	22	1.97
58915903--58915942	21	2.0	20	85	14	55	12	32	25	30	1.92
58936964--58937167	40	5.1	40	92	2	322	22	23	27	25	1.99
58947695--58947746	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58947678--58947816	70	2.0	67	84	6	181	18	28	22	30	1.97
58949944--58950031	27	3.3	27	79	1	88	35	20	21	22	1.96
58950371--58950406	8	4.2	8	92	7	54	30	22	36	11	1.89
58950667--58950718	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58952911--58952968	27	2.1	27	87	0	80	39	20	20	18	1.92
58956006--58956035	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
58957281--58957343	28	2.3	27	83	2	72	44	14	17	23	1.85
58957938--58957979	16	2.7	16	85	3	59	38	0	9	52	1.34
58960600--58960673	22	3.3	22	65	10	60	29	9	29	31	1.89
58960588--58960678	45	2.0	45	95	0	164	31	7	28	31	1.85
58965970--58966273	40	7.7	40	88	4	395	26	26	20	25	1.99
58968127--58968188	26	2.3	26	83	2	70	37	27	9	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58968292--58968378	27	3.3	26	82	4	102	19	20	20	39	1.93
58973927--58974044	40	3.0	40	87	2	166	22	26	22	27	1.99
58973909--58974054	40	3.7	39	81	11	163	23	27	21	27	1.99
58981658--58981843	40	4.7	40	92	3	288	23	29	22	25	1.99
58994685--58994798	37	3.1	37	93	2	185	26	30	18	24	1.98
58994928--58995219	48	6.0	48	89	4	426	32	23	6	37	1.80
58994928--58995221	96	3.0	98	91	2	493	32	23	6	37	1.80
58997684--58997782	49	2.0	49	98	0	189	24	25	24	26	2.00
58998837--58998934	29	3.4	29	76	8	101	30	29	16	23	1.96
58998806--58998966	57	2.8	57	87	0	214	31	29	16	22	1.96
58998806--58998962	28	5.6	27	73	8	116	31	28	17	22	1.96
58998994--58999448	40	11.4	40	94	0	786	28	27	19	25	1.99
59000710--59000860	37	4.1	37	93	1	241	27	31	17	24	1.97
59000990--59001279	48	6.0	48	89	2	431	32	23	5	37	1.79
59000990--59001279	96	3.0	96	91	0	481	32	23	5	37	1.79
59012673--59012896	40	5.6	40	85	3	297	24	23	26	25	2.00
59012677--59012896	83	2.7	80	86	5	293	24	24	27	24	2.00
59016312--59016354	19	2.2	19	83	4	50	25	11	2	60	1.43
59031058--59031225	27	6.2	27	82	2	185	36	17	19	25	1.94
59031058--59031205	54	2.7	54	89	4	210	36	17	20	25	1.94
59035160--59035304	27	5.4	27	86	0	182	36	16	20	26	1.93
59035441--59035499	27	2.2	26	82	5	73	22	20	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59035686--59035749	33	1.9	33	87	0	92	25	20	26	28	1.99
59038512--59038549	17	2.1	18	80	19	51	36	10	21	31	1.87
59042213--59042370	38	3.9	38	78	13	181	29	25	15	29	1.96
59042220--59042426	85	2.4	85	93	1	344	31	23	14	30	1.94
59042347--59042465	48	2.5	49	89	5	181	33	21	13	31	1.92
59042262--59042502	132	1.8	132	87	3	360	31	23	14	30	1.94
59055722--59055778	28	2.0	28	100	0	114	33	3	21	42	1.70
59056039--59056063	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
59057803--59057958	84	1.9	84	86	5	226	29	27	16	26	1.97
59057803--59057959	43	3.7	43	81	5	194	29	27	17	26	1.97
59062272--59062350	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
59062456--59062528	25	3.2	25	62	22	68	24	27	15	32	1.95
59062445--59062533	44	2.0	44	100	0	178	26	26	13	32	1.94
59062513--59063082	47	12.5	47	89	5	821	28	30	8	31	1.88
59065643--59066035	191	2.1	191	89	0	597	31	22	13	32	1.93
59083311--59083362	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
59088936--59088963	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
59096116--59096167	23	2.4	22	75	18	54	28	0	26	44	1.55
59098427--59098459	16	2.1	16	100	0	66	39	18	6	36	1.75
59103756--59103815	28	2.1	28	84	0	75	23	23	26	26	2.00
59104163--59104279	54	2.2	54	85	1	155	28	19	16	35	1.93
59104163--59104279	27	4.4	26	82	7	119	28	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59108141--59108296	47	3.3	47	96	0	276	32	8	28	29	1.88
59108262--59108321	25	2.4	25	94	5	104	36	3	28	31	1.74
59108215--59108368	72	2.1	72	95	2	274	33	6	29	30	1.83
59108170--59108418	119	2.1	118	95	3	455	32	7	30	30	1.85
59108287--59108516	47	4.7	47	84	8	291	32	8	30	28	1.87
59108141--59108465	166	1.9	169	92	4	548	32	8	29	29	1.87
59108357--59108465	54	2.0	54	98	0	209	32	8	29	30	1.86
59108310--59108514	101	2.0	101	91	0	329	31	9	30	28	1.88
59108635--59108712	37	2.1	37	88	4	113	25	17	30	25	1.97
59111269--59111361	46	2.0	46	95	0	168	38	9	11	39	1.75
59119318--59119469	42	3.6	42	82	3	180	31	17	23	26	1.97
59122630--59122760	28	4.7	28	93	0	219	28	12	25	33	1.92
59129727--59130066	47	7.1	47	90	3	527	29	28	8	33	1.87
59129727--59130066	96	3.5	96	94	1	558	29	28	8	33	1.87
59129727--59130066	143	2.4	144	94	2	587	29	28	8	33	1.87
59130271--59130429	40	4.0	40	77	9	157	25	27	21	25	1.99
59133792--59134081	40	7.3	40	90	2	410	25	30	21	23	1.99
59133792--59134081	79	3.7	80	90	3	410	25	30	21	23	1.99
59133802--59134081	119	2.4	118	89	3	422	25	30	21	23	1.99
59136223--59136833	47	14.6	45	74	19	419	24	30	9	35	1.87
59136319--59136771	82	5.6	82	72	20	332	23	30	9	36	1.87
59136294--59136756	157	2.8	166	82	14	538	23	30	9	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59136293--59136756	79	5.6	80	74	19	308	23	30	9	35	1.87
59137050--59137138	39	2.3	40	83	12	116	25	26	22	24	2.00
59154432--59154468	19	2.0	18	94	5	65	81	10	5	2	0.96
59158570--59158752	28	6.5	28	92	1	287	27	12	26	33	1.92
59161605--59161683	37	2.1	37	86	4	106	25	29	20	25	1.99
59161802--59162443	96	6.7	96	94	0	1099	28	29	8	32	1.87
59167793--59168050	39	6.6	39	87	1	338	22	20	26	30	1.98
59167793--59168010	117	1.9	118	96	0	402	22	20	27	29	1.98
59187244--59187406	40	4.1	40	86	3	240	23	20	27	28	1.99
59187643--59187684	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
59193401--59193827	44	9.2	44	67	20	208	33	17	21	27	1.96
59193313--59193904	94	6.3	94	88	0	799	33	18	20	27	1.96
59193351--59193879	50	11.2	48	67	19	220	33	18	21	26	1.96
59195724--59195833	54	2.0	54	98	0	211	32	19	9	39	1.83
59196324--59196357	17	2.0	17	100	0	68	47	11	5	35	1.65
59200099--59200603	274	1.8	273	85	6	709	30	13	21	35	1.91
59202976--59203018	21	2.0	21	100	0	86	13	4	30	51	1.62
59204659--59204816	79	2.0	79	100	0	316	27	18	6	46	1.73
59205293--59205710	208	2.0	206	99	0	818	27	17	15	38	1.91
59208698--59208745	21	2.5	20	83	10	55	33	2	8	56	1.41
59208709--59208761	21	2.5	21	85	11	65	28	0	5	66	1.15
59209137--59209324	56	3.3	57	77	6	186	30	13	7	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59209523--59209552	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
59215456--59215721	46	5.7	49	72	15	170	23	29	19	27	1.99
59215455--59215724	94	2.9	91	76	12	253	23	29	20	27	1.99
59219839--59219994	47	3.2	47	84	7	195	33	9	29	27	1.89
59240025--59240314	48	6.0	48	91	0	463	36	6	25	31	1.83
59240455--59240564	37	3.0	37	93	0	184	24	19	30	25	1.98
59247823--59247939	42	2.7	43	77	6	130	34	24	15	25	1.95
59251835--59251918	43	2.0	43	88	4	125	23	16	29	29	1.96
59253382--59253432	23	2.2	23	92	0	84	13	31	31	23	1.93
59255896--59256040	43	3.4	43	80	7	145	25	19	25	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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