genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65163234--65163303	23	3.0	24	91	8	126	37	4	38	20	1.72
65164670--65164751	26	3.4	25	81	11	98	17	24	20	37	1.93
65164670--65164730	24	2.6	24	87	10	90	16	22	24	36	1.94
65164670--65164751	23	3.4	24	83	11	96	17	24	20	37	1.93
65181988--65182106	29	4.2	30	76	8	115	26	29	13	30	1.94
65181990--65182102	58	2.0	58	82	5	140	25	30	14	30	1.95
65187033--65187083	26	2.0	26	84	3	68	49	0	1	49	1.12
65187035--65187091	14	4.3	14	82	14	50	50	0	1	47	1.11
65187031--65187086	25	2.2	24	81	9	67	50	0	1	48	1.11
65187405--65187433	12	2.4	12	100	0	58	17	20	34	27	1.95
65188713--65188786	37	2.0	37	100	0	148	56	21	0	21	1.42
65190574--65190615	21	1.9	23	85	9	61	40	0	7	52	1.29
65198203--65198260	29	2.0	28	90	3	89	24	31	15	29	1.95
65200939--65201021	26	3.2	26	98	0	157	36	26	6	31	1.81
65203502--65203612	56	2.0	56	90	0	177	28	12	23	35	1.91
65204652--65204788	46	3.0	46	91	0	211	25	30	8	35	1.86
65204762--65205042	47	6.0	47	92	0	429	25	28	11	33	1.91
65204921--65204998	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
65204899--65204973	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
65220818--65220855	13	2.9	13	96	0	67	26	23	26	23	2.00
65230345--65230565	40	5.6	40	82	4	261	26	28	22	23	1.99
65238749--65238966	39	5.6	40	84	5	277	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65238749--65238966	79	2.8	79	87	2	298	27	28	21	22	1.99
65238785--65238966	40	4.7	36	78	14	159	26	29	21	22	1.99
65242426--65242499	25	3.0	25	98	2	141	36	4	39	20	1.71
65243909--65244019	27	4.1	27	87	1	143	15	24	22	37	1.93
65256562--65257009	69	6.5	68	85	2	527	22	24	22	30	1.99
65256559--65257009	207	2.2	207	85	2	591	22	24	23	30	1.99
65274319--65274366	21	2.2	22	88	3	71	50	0	0	50	1.00
65274463--65274500	14	2.5	15	83	12	51	65	0	0	34	0.93
65277002--65277082	1	81.0	1	95	0	144	2	0	0	97	0.17
65277113--65277171	1	59.0	1	82	0	73	6	0	1	91	0.48
65292384--65292489	53	2.0	53	100	0	212	37	13	15	33	1.86
65297504--65297609	54	2.0	54	94	0	185	28	16	16	39	1.89
65303073--65303176	25	4.2	25	77	2	102	32	18	27	21	1.96
65316181--65316299	25	4.8	25	80	6	116	34	14	28	22	1.93
65316181--65316299	50	2.4	50	80	2	132	34	14	28	22	1.93
65323532--65323773	40	6.1	40	85	3	303	24	27	23	24	2.00
65331675--65331916	40	6.1	40	86	2	303	24	28	23	23	2.00
65344248--65344417	93	1.8	93	89	2	270	29	27	21	22	1.99
65344240--65344461	46	4.8	46	79	6	243	29	27	20	22	1.99
65344240--65344461	93	2.4	90	77	8	252	29	27	20	22	1.99
65353809--65353915	55	1.9	55	82	0	133	28	28	28	15	1.96
65354383--65354434	27	1.9	27	84	0	68	34	15	9	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65361652--65361730	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65361849--65362275	47	9.1	47	93	2	678	28	30	8	31	1.88
65362093--65362165	23	3.2	23	64	21	62	32	31	4	31	1.77
65361849--65362275	189	2.3	187	91	1	676	28	30	8	31	1.88
65366141--65366219	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
65368102--65368180	37	2.1	37	85	0	104	27	30	17	24	1.97
65368299--65368794	47	10.6	47	94	0	782	29	30	8	31	1.86
65372647--65372759	27	4.1	27	88	7	149	32	23	23	21	1.98
65377501--65377571	35	2.0	35	100	0	142	33	11	32	22	1.90
65377536--65377876	47	7.1	47	92	2	529	31	8	30	28	1.87
65377536--65377876	96	3.6	96	93	2	542	31	8	30	28	1.87
65379900--65380002	43	2.4	43	96	0	188	21	14	36	27	1.92
65379984--65380057	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
65380409--65380513	39	2.6	39	84	4	138	27	22	27	21	1.99
65380370--65380513	40	3.6	40	80	10	143	26	23	27	22	1.99
65380488--65380564	40	1.9	40	91	0	127	24	23	29	22	1.99
65384046--65384116	35	2.0	35	97	0	133	35	11	32	21	1.89
65384081--65384457	47	7.9	47	93	1	583	31	9	31	28	1.88
65383995--65384464	94	5.1	94	89	5	635	32	8	30	28	1.88
65392738--65392811	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
65395174--65395237	33	1.9	33	83	0	83	26	25	23	25	2.00
65395430--65395509	27	3.0	26	77	8	81	37	20	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65395657--65395782	27	4.7	27	79	1	119	24	19	20	35	1.95
65399287--65399321	1	35.0	1	94	0	61	97	0	0	2	0.19
65399274--65399321	17	2.8	17	90	6	71	91	4	0	4	0.50
65399274--65399324	19	2.6	19	82	14	68	90	3	0	5	0.56
65401336--65401414	28	2.8	28	88	0	113	27	25	12	34	1.92
65405776--65406108	27	12.6	26	82	8	331	29	21	9	40	1.83
65417295--65417319	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
65417865--65418043	27	6.6	27	82	6	191	27	15	27	29	1.96
65417867--65418017	82	1.9	81	87	4	223	27	15	27	28	1.96
65417863--65418043	82	2.2	81	80	4	213	28	14	27	29	1.96
65425195--65425219	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
65425767--65425945	27	6.6	27	82	6	191	27	15	27	29	1.96
65425769--65425919	82	1.9	81	87	4	223	27	15	27	28	1.96
65425765--65425945	82	2.2	81	80	4	213	28	14	27	29	1.96
65428433--65428475	21	2.1	20	83	12	52	30	27	20	20	1.98
65428657--65428688	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
65439139--65439216	29	2.7	28	82	11	95	25	15	30	28	1.96
65439169--65439496	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	31	1.94
65446115--65446148	17	2.0	17	88	0	50	55	2	5	35	1.39
65447466--65447642	24	7.4	24	87	2	230	22	15	31	31	1.94
65448762--65448825	30	2.2	29	91	2	101	26	15	21	35	1.94
65455984--65456040	30	1.9	30	96	0	105	28	15	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65465211--65465398	49	3.8	49	85	2	268	25	18	27	29	1.98
65465206--65465393	100	1.9	100	94	0	331	24	19	27	29	1.98
65469681--65469713	16	2.0	17	88	5	50	30	3	9	57	1.45
65469809--65469892	44	1.9	44	85	2	116	25	16	25	33	1.96
65477058--65477175	42	2.8	44	78	11	127	22	19	27	30	1.98
65479830--65479885	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
65482279--65482454	46	3.8	46	76	14	173	22	19	27	30	1.98
65482276--65482444	93	1.8	93	88	2	259	23	20	27	28	1.98
65483400--65483516	6	18.8	6	71	16	78	48	11	17	22	1.79
65483400--65483516	19	6.3	18	69	17	78	48	11	17	22	1.79
65483405--65483516	31	3.6	31	85	1	125	48	12	16	22	1.80
65483653--65483762	27	4.2	26	80	9	98	38	20	21	20	1.94
65483653--65483762	54	2.1	52	81	3	121	38	20	21	20	1.94
65483913--65483977	22	3.0	21	73	13	60	32	21	24	21	1.98
65484405--65484733	27	12.2	27	85	2	394	25	22	19	32	1.97
65484432--65484733	81	3.7	81	86	0	442	25	22	19	32	1.97
65484783--65484874	27	3.4	27	81	3	105	33	9	17	39	1.83
65484837--65485085	27	9.2	27	85	0	309	32	10	18	38	1.85
65484754--65485085	54	6.1	54	79	2	281	32	9	19	37	1.85
65488934--65489086	56	2.8	56	81	5	179	18	16	33	30	1.94
65495433--65495563	39	3.3	39	84	5	165	45	16	24	13	1.84
65495426--65495563	59	2.3	59	86	4	181	45	17	23	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65495426--65495563	20	7.0	20	81	6	156	45	17	23	13	1.83
65510244--65510372	29	4.5	29	89	2	172	33	25	12	28	1.92
65511476--65511518	23	1.9	22	86	13	61	4	23	2	69	1.18
65527992--65528052	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
65533866--65534014	43	3.5	43	73	16	123	28	20	24	26	1.99
65545742--65545793	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
65546305--65546346	21	2.0	21	100	0	84	19	19	9	52	1.72
65547464--65547626	27	6.0	27	80	5	152	38	20	9	30	1.85
65547470--65547626	54	2.9	54	83	3	183	40	19	8	31	1.83
65547468--65547626	81	2.0	81	84	0	210	39	19	10	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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