genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12877187--12877341	42	3.7	41	71	17	120	27	21	21	29	1.99
12877187--12877418	86	2.7	86	89	3	324	27	21	22	28	1.99
12877379--12877531	43	3.5	42	74	5	144	29	20	26	24	1.99
12877067--12877520	216	2.1	213	78	7	452	27	19	25	27	1.99
12877917--12877957	21	2.1	20	82	13	50	24	48	17	9	1.76
12878836--12878894	27	2.1	28	96	3	111	22	11	16	49	1.78
12886327--12886352	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
12887237--12887351	27	4.3	27	80	9	128	31	9	18	40	1.82
12887237--12887351	54	2.1	54	85	4	153	31	9	18	40	1.82
12887344--12887527	27	6.8	27	86	2	226	36	9	25	28	1.87
12887239--12887392	80	1.9	81	81	1	184	35	9	18	36	1.84
12887524--12887598	27	2.8	27	84	6	82	30	9	18	41	1.82
12890345--12890408	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
12890602--12890771	25	7.0	24	83	9	202	26	22	21	28	1.99
12890817--12890884	20	3.4	20	93	0	118	33	22	10	33	1.88
12890822--12890876	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
12890924--12890971	25	1.9	25	82	0	60	22	18	25	33	1.97
12891817--12891912	33	2.9	33	80	1	102	25	20	27	27	1.99
12903123--12903267	27	5.4	27	78	0	128	36	20	17	25	1.94
12903894--12904051	72	2.3	67	84	11	212	20	27	20	32	1.97
12911252--12911395	27	5.4	27	80	4	134	36	18	19	25	1.95
12911253--12911381	54	2.4	54	85	5	165	36	19	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12912047--12912098	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
12912030--12912186	72	2.3	67	85	5	206	21	26	20	32	1.97
12926326--12926440	56	2.1	56	98	0	221	42	15	10	31	1.81
12929930--12930037	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
12931624--12931734	27	4.2	26	84	6	132	18	24	20	36	1.95
12931628--12931733	55	2.0	52	87	5	149	19	24	18	36	1.94
12937944--12938051	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
12939230--12939259	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
12939649--12939760	27	4.2	26	82	7	116	16	23	23	36	1.94
12939649--12939760	54	2.1	54	83	3	136	16	23	23	36	1.94
12942137--12942325	27	7.0	27	84	0	234	35	18	20	25	1.95
12942130--12942321	54	3.6	54	87	2	262	35	17	20	26	1.94
12942936--12943012	27	2.8	27	80	3	73	22	22	19	36	1.95
12943135--12943222	6	14.3	6	71	17	65	19	18	13	48	1.80
12943138--12943201	25	2.6	25	92	0	101	18	21	14	45	1.85
12947762--12947790	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
12949798--12949837	11	3.3	13	73	20	50	27	15	40	17	1.89
12949792--12949837	23	2.0	23	100	0	92	26	17	39	17	1.91
12950732--12950783	6	8.8	6	78	4	52	76	0	7	15	0.99
12950732--12950785	18	3.1	18	83	5	65	75	0	9	14	1.03
12954179--12954218	21	1.9	21	100	0	80	50	12	17	20	1.78
12954207--12954297	44	2.1	44	100	0	182	51	15	8	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12954526--12954603	34	2.3	34	86	4	104	29	21	21	26	1.99
12956622--12956770	76	2.0	76	94	0	262	41	26	4	27	1.75
12973338--12973365	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
12980016--12980139	43	2.9	43	91	0	185	33	25	13	26	1.93
12986848--12987071	40	5.6	40	85	5	290	25	25	23	24	2.00
12986848--12987071	83	2.8	80	86	4	299	25	25	23	24	2.00
12994755--12994822	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
13009870--13009942	38	1.9	38	86	5	103	28	12	26	32	1.92
13014284--13014360	28	2.8	28	79	0	91	28	10	31	29	1.90
13016346--13016495	81	1.9	81	86	0	219	35	20	21	22	1.96
13016323--13016477	27	5.8	27	86	3	215	36	21	20	21	1.96
13016633--13016705	27	2.7	28	85	4	87	21	21	23	32	1.98
13019129--13019246	26	4.7	25	81	8	125	16	26	22	33	1.96
13019135--13019273	48	2.8	50	74	12	135	17	26	23	32	1.97
13021915--13021939	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
13025548--13025645	39	2.5	39	94	0	169	24	23	28	23	2.00
13029090--13029297	53	3.8	55	76	2	170	20	23	18	37	1.94
13043044--13043221	40	4.5	40	95	2	297	24	28	23	23	1.99
13055976--13056054	40	2.0	40	82	0	95	32	21	17	27	1.96
13056199--13056256	17	3.6	16	75	15	57	51	10	0	37	1.36
13056217--13056256	15	2.5	17	84	12	57	50	10	0	40	1.36
13057032--13057066	16	2.3	15	95	5	61	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13058368--13058418	16	3.0	17	77	8	50	52	0	0	47	1.00
13061723--13061806	28	3.0	29	85	5	118	20	3	28	47	1.66
13062036--13062096	21	2.9	22	78	9	74	16	24	26	32	1.96
13063178--13063346	46	3.5	48	75	15	152	25	14	28	30	1.95
13102800--13102832	14	2.3	15	89	5	50	75	18	6	0	1.00
13103256--13103288	17	1.9	17	93	0	57	15	0	3	81	0.80
13105747--13105789	13	3.4	12	81	9	50	30	0	0	69	0.88
13106920--13106951	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
13111393--13111457	32	2.0	32	100	0	130	38	21	24	15	1.92
13113476--13113519	20	2.2	20	88	4	63	38	0	4	56	1.20
13115342--13115398	15	3.5	15	73	17	60	50	0	0	49	1.00
13120593--13120632	16	2.4	16	87	4	53	37	0	0	62	0.95
13126707--13126749	4	10.5	4	80	5	50	23	2	2	72	1.08
13127205--13127258	8	7.7	7	78	17	51	27	1	1	68	1.10
13127217--13127260	3	15.3	3	81	9	56	29	0	2	68	1.02
13127773--13128022	136	1.8	137	81	7	312	35	17	13	33	1.89
13132663--13132725	1	63.0	1	74	0	54	87	7	4	0	0.67
13132663--13132738	20	3.9	19	83	14	93	85	7	6	0	0.74
13132663--13132738	18	3.5	22	77	17	70	85	7	6	0	0.74
13132666--13132751	6	14.2	6	75	16	52	82	6	10	0	0.84
13132665--13132749	13	6.4	12	75	16	62	83	7	9	0	0.81
13132675--13132751	18	4.4	17	80	13	59	81	6	11	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13132699--13132748	23	2.2	23	85	7	66	80	4	16	0	0.87
13133962--13134002	18	2.3	18	100	0	82	39	0	34	26	1.57
13135846--13136110	143	1.9	143	82	1	343	29	20	22	27	1.98
13136132--13136508	143	2.6	143	88	0	540	32	16	20	29	1.95
13138036--13138082	4	11.5	4	81	4	58	21	2	4	72	1.12
13138560--13138629	3	24.0	3	73	5	63	32	2	1	62	1.18
13139155--13139206	17	3.1	17	94	0	86	51	9	15	23	1.72
13142686--13142746	21	3.0	20	72	13	63	11	21	24	42	1.86
13142662--13142762	39	2.6	39	88	0	148	11	24	24	38	1.89
13147912--13147971	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
13149461--13149516	5	11.8	5	74	24	50	78	0	1	19	0.84
13149466--13149515	9	5.9	9	81	13	54	76	0	2	22	0.89
13149465--13149517	24	2.2	22	81	18	70	77	0	1	20	0.87
13149649--13149690	20	2.1	20	100	0	84	21	14	14	50	1.78
13153237--13153276	20	2.0	20	90	0	62	70	2	5	22	1.19
13156390--13156438	3	16.7	3	78	4	55	26	0	8	65	1.20
13156392--13156434	9	4.8	9	100	0	86	23	0	9	67	1.19
13158020--13158064	18	2.5	18	88	0	63	44	6	15	33	1.73
13161190--13161266	39	2.0	39	86	0	109	14	24	24	36	1.93
13168561--13168700	1	140.0	1	97	0	262	0	0	0	98	0.12
13170531--13170754	40	5.6	40	85	3	288	24	24	25	25	2.00
13170535--13170754	83	2.7	80	87	5	293	23	24	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13173263--13173304	20	2.1	20	95	0	75	42	9	16	30	1.80
13187478--13187540	18	3.4	18	74	8	63	14	26	25	33	1.94
13196993--13197216	40	5.6	40	86	3	288	24	23	26	25	2.00
13196998--13197216	83	2.7	80	87	4	298	24	23	26	25	2.00
13199837--13199938	39	2.5	39	84	7	125	30	28	10	30	1.91
13199897--13200064	47	3.6	46	87	3	210	30	26	14	27	1.95
13200086--13200203	31	3.8	31	87	0	155	27	27	19	25	1.99
13200186--13200307	50	2.4	51	91	2	201	27	22	13	36	1.92
13202467--13202517	20	2.4	22	84	12	63	43	0	7	49	1.32
13204643--13204681	19	2.1	19	100	0	78	43	0	10	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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