genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58208106--58208166	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58210080--58210141	31	2.0	32	87	3	90	37	19	22	20	1.95
58210087--58210227	67	2.0	67	86	5	192	32	21	26	18	1.97
58211094--58211221	40	3.2	40	91	2	197	21	21	26	29	1.99
58211094--58211251	80	2.0	80	82	5	194	23	20	25	30	1.99
58221166--58221218	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
58221175--58221273	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
58221175--58221281	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
58221259--58221320	27	2.3	27	85	0	79	37	29	4	29	1.78
58221270--58221464	27	6.8	27	74	12	111	28	24	8	38	1.84
58221294--58221366	38	1.9	38	88	0	110	26	32	4	36	1.75
58221270--58221392	65	1.9	65	86	0	174	27	29	6	36	1.82
58221332--58221466	27	5.0	27	82	3	155	28	20	9	42	1.83
58221457--58221664	54	3.8	53	77	11	163	41	18	8	31	1.80
58221419--58221673	27	9.4	27	76	5	145	37	18	9	34	1.84
58221723--58221790	27	2.5	27	90	4	102	33	20	25	20	1.97
58223040--58223078	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
58223129--58223280	24	6.4	23	87	4	205	30	22	21	25	1.98
58223129--58223280	47	3.2	47	85	3	207	30	22	21	25	1.98
58223129--58223280	71	2.1	71	91	1	241	30	22	21	25	1.98
58223488--58223538	24	2.1	24	88	0	75	35	19	23	21	1.96
58237290--58237412	44	2.8	44	77	7	117	34	27	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58238272--58238317	20	2.3	19	82	10	56	26	8	4	60	1.44
58238517--58238541	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
58242346--58242418	23	3.1	23	70	18	69	38	17	19	24	1.93
58244977--58245021	16	2.8	16	80	13	56	17	6	4	71	1.25
58248181--58248237	30	1.9	30	88	0	87	35	10	22	31	1.88
58261284--58261358	28	2.7	28	87	8	116	22	13	34	29	1.92
58262392--58262425	18	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
58267029--58267103	28	2.7	28	85	8	107	21	13	34	30	1.92
58268138--58268171	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
58270219--58270271	26	2.0	28	85	14	76	64	3	20	11	1.42
58271429--58271500	37	1.9	37	85	0	99	30	29	16	23	1.96
58271640--58272127	48	10.0	48	93	2	814	31	27	6	34	1.81
58271640--58272127	98	5.0	96	93	2	823	31	27	6	34	1.81
58278958--58279071	57	2.0	57	100	0	228	28	8	22	40	1.84
58279839--58279913	2	38.0	2	81	7	91	45	4	2	48	1.35
58280886--58280945	29	2.1	29	100	0	120	35	20	6	38	1.79
58281417--58281454	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
58281684--58281854	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
58281679--58281851	46	3.7	46	78	10	190	30	27	20	22	1.98
58281729--58281870	46	3.1	45	74	18	132	28	28	19	23	1.98
58285874--58285997	22	5.4	22	66	21	74	26	30	9	33	1.89
58285830--58286032	47	4.3	47	89	3	286	27	29	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58289796--58289825	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
58292431--58292595	31	5.3	31	88	5	253	30	25	14	29	1.95
58292431--58292595	62	2.7	62	94	0	294	30	25	14	29	1.95
58292419--58292595	93	1.9	92	91	3	293	30	24	15	29	1.95
58292619--58292710	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
58292859--58292928	25	2.8	25	84	4	88	25	22	25	25	2.00
58293738--58293802	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
58293855--58293940	27	3.1	27	75	17	86	34	8	16	40	1.78
58293918--58294101	27	6.8	27	80	4	174	29	9	19	41	1.83
58294088--58294191	27	3.9	25	81	13	86	40	6	21	31	1.79
58294100--58294191	27	3.4	27	85	8	116	41	5	22	30	1.76
58294081--58294216	54	2.5	53	75	12	125	36	7	22	33	1.82
58299319--58299408	45	2.0	45	95	0	162	45	17	4	32	1.69
58300558--58300587	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
58302231--58302398	40	4.2	40	89	0	203	23	21	29	25	1.99
58302178--58302398	80	2.8	79	82	3	237	24	21	28	25	1.99
58302256--58302435	79	2.3	80	80	5	197	25	20	28	25	1.99
58306346--58306419	29	2.6	29	80	0	85	27	29	14	28	1.95
58312125--58312154	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
58316009--58316113	23	4.5	23	74	2	75	42	18	19	20	1.89
58320192--58320454	47	5.6	44	75	10	179	31	18	27	23	1.97
58320192--58320454	140	1.9	141	82	8	340	31	18	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58323462--58323573	27	4.1	27	86	2	154	33	22	25	19	1.97
58331855--58331887	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
58339174--58339440	47	5.7	45	76	10	184	28	19	28	22	1.98
58341677--58341943	48	5.7	47	75	11	160	25	27	18	27	1.98
58351328--58351595	48	5.6	48	75	10	226	27	20	24	28	1.99
58358107--58358315	54	3.9	54	76	9	203	24	24	15	34	1.94
58366221--58366261	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
58371186--58371296	29	3.9	29	71	5	91	25	15	32	27	1.95
58374070--58374099	15	1.9	16	93	6	53	36	6	16	40	1.75
58375293--58375425	69	1.9	70	89	1	205	33	13	16	36	1.88
58376166--58376419	39	6.5	39	90	3	361	18	22	28	29	1.98
58376166--58376419	77	3.3	78	86	4	361	18	22	28	29	1.98
58376165--58376410	116	2.1	116	88	1	368	18	21	29	30	1.97
58382142--58382228	41	2.1	41	95	0	156	42	26	1	29	1.63
58385942--58386109	47	3.6	47	89	0	246	27	29	8	33	1.87
58388028--58388205	27	6.6	26	80	6	160	26	15	27	29	1.96
58388029--58388179	82	1.9	81	85	4	214	27	16	27	28	1.97
58388110--58388216	27	3.9	27	82	1	79	26	15	27	30	1.96
58396064--58396241	27	6.6	26	80	6	160	26	15	27	29	1.96
58396065--58396215	82	1.9	81	85	4	214	27	16	27	28	1.97
58396146--58396252	27	3.9	27	82	1	79	26	15	27	30	1.96
58397599--58397740	40	3.6	40	80	11	166	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58405442--58405582	70	2.0	70	100	0	282	39	14	12	34	1.84
58405456--58405564	34	3.1	34	66	19	98	38	13	13	33	1.85
58406763--58406832	25	2.7	26	73	10	72	40	0	1	58	1.07
58409687--58409780	47	2.0	47	100	0	188	46	6	8	38	1.60
58411260--58411304	18	2.5	17	80	19	56	44	0	4	51	1.21
58411260--58411314	20	2.9	18	86	10	58	41	0	5	52	1.24
58411267--58411312	19	2.3	21	85	11	69	39	0	6	54	1.26
58411267--58411314	20	2.4	19	89	6	69	37	0	6	56	1.25
58411396--58411426	9	3.4	9	90	0	53	29	9	12	48	1.73
58411796--58411839	18	2.4	18	78	10	54	56	9	2	31	1.43
58411794--58411837	19	2.4	19	85	11	56	56	9	2	31	1.43
58413537--58413578	20	2.2	20	95	4	77	42	0	9	47	1.36
58421590--58421614	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
58427615--58427649	18	1.9	18	88	0	52	51	28	0	20	1.47
58430272--58430336	28	2.3	28	89	0	94	30	27	9	32	1.88
58430958--58430996	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
58444487--58444640	76	2.0	76	94	0	272	35	10	18	36	1.85
58449108--58449222	29	4.0	28	78	4	113	29	27	15	26	1.96
58453632--58453731	29	3.5	29	84	1	121	26	28	18	28	1.98
58453623--58453731	58	1.9	58	86	1	157	26	27	16	29	1.97
58454700--58454861	40	4.1	40	91	1	263	35	28	18	17	1.93
58454700--58454861	79	2.0	80	93	1	281	35	28	18	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58456264--58456361	49	2.0	49	100	0	196	32	10	14	42	1.79
58457212--58457262	24	2.1	24	88	0	75	13	23	15	47	1.82
58457220--58457255	16	2.2	16	90	0	54	16	25	13	44	1.85
58462280--58462370	42	2.1	43	82	8	105	38	24	14	23	1.91
58462245--58462410	43	3.9	42	75	8	138	35	25	15	23	1.94
58470433--58470478	20	2.3	20	96	0	83	15	32	30	21	1.94
58470442--58470483	20	2.2	19	91	8	68	14	23	33	28	1.94
58494743--58494790	24	2.0	24	100	0	96	37	20	8	33	1.83
58494747--58494801	24	2.3	24	87	3	67	36	21	7	34	1.81
58494978--58495129	56	2.7	56	91	2	243	30	25	16	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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