genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34579970--34580004	12	3.0	12	95	4	63	34	0	0	65	0.93
34580130--34580192	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
34580850--34580882	16	2.1	16	100	0	66	51	0	0	48	1.00
34582679--34582742	30	2.2	30	85	2	85	31	7	4	56	1.49
34584553--34584656	46	2.3	46	88	3	147	26	17	25	29	1.97
34584971--34585008	20	1.9	20	88	0	58	23	2	18	55	1.55
34586022--34586046	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
34587262--34587299	19	2.0	20	89	5	60	34	13	18	34	1.89
34595350--34595420	35	2.0	35	89	5	108	28	30	23	16	1.97
34596190--34596219	13	2.4	12	89	10	51	0	10	0	90	0.47
34596144--34596211	30	2.3	29	78	16	77	10	8	2	77	1.08
34596170--34596256	36	2.4	35	81	9	86	9	9	5	75	1.17
34602953--34603022	35	2.0	35	94	0	122	31	32	21	14	1.93
34604326--34604670	50	6.9	50	77	3	309	30	25	19	25	1.98
34604387--34604568	101	1.8	101	82	2	240	31	24	18	26	1.97
34604329--34604660	151	2.2	151	94	1	585	30	24	19	25	1.98
34608397--34608504	26	4.2	26	90	2	164	32	7	24	36	1.83
34610776--34610960	79	2.3	82	80	7	202	24	28	22	24	1.99
34610776--34610960	40	4.7	40	79	6	198	24	28	22	24	1.99
34613262--34613402	27	5.2	27	79	13	157	18	22	23	35	1.96
34613262--34613402	54	2.6	54	89	7	207	18	22	23	35	1.96
34613329--34613420	27	3.4	26	77	19	91	21	25	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34613262--34613420	81	2.0	80	80	10	182	19	23	22	35	1.96
34614889--34614918	15	2.0	15	93	0	51	53	0	23	23	1.46
34618529--34619007	20	24.1	20	65	10	155	15	27	19	37	1.91
34618529--34618975	40	11.2	40	85	1	540	15	27	19	38	1.91
34619746--34619801	20	2.8	19	83	5	58	51	3	23	21	1.63
34624931--34624975	21	2.1	21	84	8	56	31	2	17	48	1.59
34626811--34626868	27	2.1	28	83	3	73	32	20	24	22	1.98
34626799--34626947	66	2.2	67	92	5	250	29	22	29	18	1.97
34627526--34627579	27	2.0	26	82	3	63	27	20	22	29	1.98
34628744--34628806	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
34629065--34629141	3	27.0	3	70	15	56	37	0	5	57	1.21
34629049--34629106	24	2.4	23	78	13	64	43	0	3	53	1.17
34629065--34629141	12	6.2	12	76	11	66	37	0	5	57	1.21
34629267--34629312	3	15.7	3	78	13	51	39	0	2	58	1.10
34629266--34629312	13	3.7	13	82	2	60	40	0	2	57	1.11
34630485--34630573	18	5.1	18	75	16	73	43	0	22	33	1.53
34630483--34630577	12	8.1	13	72	19	59	42	0	23	34	1.54
34631769--34631901	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
34632677--34633068	119	3.3	117	84	4	491	21	21	27	29	1.99
34632660--34633048	39	9.9	39	86	2	456	20	21	28	29	1.98
34639756--34639790	12	2.8	13	83	16	56	40	5	0	54	1.24
34640036--34640080	20	2.2	20	84	8	54	68	2	11	17	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34640799--34641017	40	5.5	39	79	4	226	15	28	17	38	1.91
34642623--34642724	43	2.4	42	80	6	114	18	25	30	25	1.98
34669319--34669365	17	2.6	17	86	6	58	48	8	14	27	1.73
34670297--34670368	23	3.2	21	63	14	54	48	8	16	26	1.74
34670293--34670384	46	2.0	46	100	0	184	47	6	15	30	1.70
34675391--34675419	13	2.2	13	100	0	58	44	17	0	37	1.49
34689957--34690003	23	2.0	23	100	0	94	29	4	12	53	1.58
34694967--34695015	23	2.2	22	92	3	80	71	0	6	22	1.08
34695723--34695771	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
34697523--34697621	44	2.2	44	83	0	126	30	19	15	35	1.92
34697587--34697816	94	2.4	94	81	4	259	28	17	18	35	1.94
34697483--34698155	231	2.9	232	82	5	756	28	18	17	35	1.94
34697832--34698076	94	2.6	94	85	2	316	28	18	20	33	1.96
34697919--34698119	44	4.4	44	71	9	134	28	16	18	36	1.92
34701468--34701502	6	5.8	6	96	0	52	34	40	8	17	1.80
34705285--34705559	45	6.0	45	82	5	311	26	18	29	24	1.98
34707543--34707568	11	2.4	11	100	0	52	30	30	0	38	1.58
34720660--34720707	25	1.9	25	91	0	78	68	0	10	20	1.18
34720846--34720871	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
34731134--34731210	40	1.9	40	91	0	127	15	15	32	36	1.89
34733321--34733357	16	2.3	17	81	13	51	37	2	0	59	1.12
34733845--34733892	20	2.3	21	89	3	71	37	35	6	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34733946--34734033	35	2.5	34	83	8	106	48	23	2	25	1.62
34734060--34734105	21	2.2	21	84	0	56	50	23	2	23	1.61
34734109--34734166	20	2.9	19	80	14	55	43	39	3	13	1.61
34734125--34734206	34	2.4	33	82	8	85	40	36	3	19	1.69
34736836--34736876	7	5.6	7	85	8	55	63	2	0	34	1.08
34736828--34736876	14	3.4	14	86	8	62	65	2	0	32	1.04
34736825--34736883	8	7.5	8	81	7	59	64	1	1	32	1.13
34737010--34737201	27	7.7	25	77	11	155	56	4	4	34	1.39
34737010--34737199	48	3.8	52	77	15	172	56	3	4	34	1.38
34737006--34737213	25	8.4	25	75	14	80	56	3	4	35	1.37
34737312--34737355	18	2.4	18	88	3	70	61	0	0	38	0.96
34737402--34737466	15	4.1	16	75	18	55	60	3	6	30	1.37
34741760--34741917	49	3.2	50	82	5	180	28	21	27	22	1.99
34741672--34741848	90	2.0	88	86	4	248	28	21	29	20	1.98
34744849--34745076	46	5.0	46	91	1	323	21	24	14	39	1.91
34746824--34746885	29	2.1	29	100	0	124	29	24	0	46	1.53
34747122--34747155	10	3.4	10	95	0	59	0	23	0	76	0.79
34747431--34747479	14	3.3	15	80	16	57	51	2	0	46	1.12
34748548--34748580	16	2.1	16	94	0	57	6	15	15	63	1.49
34750823--34750891	33	2.1	33	91	0	111	34	1	11	52	1.47
34750930--34750971	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
34750921--34750962	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34751185--34751244	16	3.8	16	90	0	93	25	36	1	36	1.66
34751185--34751247	32	2.0	32	93	0	108	25	36	1	36	1.66
34756012--34756333	50	6.7	50	77	9	296	28	19	27	23	1.98
34756052--34756334	95	2.9	95	81	5	300	29	19	28	22	1.98
34756063--34756331	144	1.9	143	85	3	371	28	19	28	23	1.98
34762273--34763069	47	16.6	47	92	3	1252	33	8	28	29	1.87
34762273--34763069	96	8.3	94	94	1	1252	33	8	28	29	1.87
34763187--34763325	37	3.8	37	95	0	233	23	17	31	26	1.97
34767997--34768116	29	4.2	28	83	6	134	29	31	14	25	1.94
34783765--34783807	22	2.0	21	86	4	59	55	0	0	44	0.99
34789811--34789925	7	16.1	7	74	10	90	39	39	0	20	1.59
34789963--34790009	7	6.7	7	80	0	58	46	25	0	27	1.53
34789963--34790014	14	3.7	14	84	0	68	48	23	0	28	1.51
34796428--34796583	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
34803758--34803913	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
34810680--34810772	47	2.0	48	80	6	109	18	22	19	39	1.92
34813311--34813371	18	3.4	18	75	8	70	42	21	8	27	1.81
34813309--34813389	36	2.2	36	88	0	117	44	20	7	27	1.78
34813640--34813717	29	2.8	28	90	5	113	51	15	3	29	1.61
34815265--34815315	23	2.2	24	82	10	61	33	1	1	62	1.17
34825959--34826075	58	2.0	58	96	0	216	29	32	11	25	1.92
34836714--34836752	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34839755--34839897	33	4.3	33	68	10	103	32	20	24	22	1.97
34839920--34840045	45	2.8	45	88	0	180	38	17	23	21	1.93
34840051--34840160	46	2.4	46	83	1	141	44	13	22	19	1.85
34845493--34845530	15	2.3	18	73	26	55	36	7	5	50	1.54
34845497--34845530	15	2.3	15	100	0	68	35	5	5	52	1.50
34866917--34866956	21	2.0	21	90	5	64	22	25	40	12	1.89
34867075--34867130	28	2.0	28	82	10	69	23	42	16	17	1.88
34867439--34867500	30	2.1	30	93	0	106	58	25	3	12	1.50
34868190--34868318	49	2.6	49	81	3	152	26	28	18	26	1.98
34873567--34873600	6	5.7	6	92	0	59	14	14	17	52	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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