genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11756131--11756191	30	2.1	30	81	9	72	50	1	3	44	1.28
11761079--11761161	40	2.1	40	100	0	166	65	9	0	25	1.23
11761346--11761388	22	2.0	22	90	0	68	65	18	9	6	1.44
11762345--11762382	16	2.4	16	86	0	58	42	0	5	52	1.24
11763901--11763943	11	3.8	11	80	17	52	27	2	2	67	1.15
11764718--11764754	19	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
11765008--11765090	18	4.1	21	80	10	68	42	15	7	34	1.75
11765008--11765065	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
11765044--11765134	19	4.9	19	89	8	152	36	15	9	38	1.81
11765044--11765146	54	1.9	53	90	5	163	36	13	10	38	1.80
11765261--11765302	22	1.9	22	85	9	59	11	0	14	73	1.09
11770533--11770580	23	2.1	23	84	7	62	68	6	0	25	1.12
11774934--11774959	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
11781417--11781462	22	2.1	22	100	0	92	32	30	8	28	1.87
11781716--11781775	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
11781730--11781801	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
11786733--11787088	57	6.2	57	91	1	561	30	35	16	17	1.92
11787627--11787721	45	2.1	45	94	0	163	40	27	8	24	1.84
11792289--11792431	39	3.6	40	89	3	227	30	24	16	28	1.97
11800656--11800695	18	2.3	18	86	4	55	15	27	42	15	1.86
11802776--11803021	122	2.0	121	92	0	411	22	17	19	39	1.92
11803740--11803783	20	2.2	20	84	8	54	45	6	6	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11808450--11808502	27	2.0	27	81	7	63	43	1	1	52	1.23
11812278--11812551	145	1.9	142	81	7	329	42	14	13	28	1.84
11813398--11813460	34	2.0	33	82	14	80	46	6	14	33	1.70
11817974--11818021	24	2.0	24	100	0	96	29	25	12	33	1.92
11818562--11818649	23	3.6	23	65	14	59	59	25	5	10	1.52
11820999--11821046	17	2.6	19	77	16	55	47	0	10	41	1.37
11821272--11821333	18	3.5	17	72	14	54	48	0	27	24	1.51
11821410--11821467	29	2.0	29	82	3	71	39	0	41	18	1.51
11829989--11830029	20	2.2	18	86	8	55	51	0	0	48	1.00
11829989--11830025	18	2.0	18	89	5	56	48	0	0	51	1.00
11837572--11837617	18	2.5	19	79	10	51	58	0	6	34	1.24
11837740--11837831	11	8.5	11	72	18	59	57	8	1	32	1.36
11837751--11837831	21	3.6	22	79	12	67	59	8	0	32	1.28
11837748--11837821	21	3.3	22	81	9	78	60	9	0	29	1.28
11840630--11840668	7	5.6	7	93	0	51	46	0	23	30	1.53
11841818--11841850	17	2.0	17	88	5	50	36	12	0	51	1.39
11842131--11842538	46	8.9	46	86	3	500	20	23	14	41	1.90
11842136--11842541	92	4.4	92	90	1	557	20	23	14	41	1.89
11846140--11846179	20	2.0	20	95	0	71	60	7	15	17	1.57
11846284--11846317	14	2.4	14	90	0	50	82	2	0	14	0.79
11846945--11847197	45	5.6	45	75	5	235	26	22	20	31	1.98
11846701--11847237	179	3.0	177	80	7	536	27	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11846912--11847237	89	3.6	89	77	5	316	27	21	19	30	1.98
11847402--11847447	10	5.0	9	80	15	58	84	2	0	13	0.71
11847403--11847447	16	2.8	16	80	12	56	84	2	0	13	0.72
11847405--11847447	21	2.1	20	86	4	59	83	2	0	13	0.74
11849281--11849330	26	1.9	26	95	0	91	18	32	14	36	1.90
11853789--11853869	29	2.8	29	81	3	101	25	13	24	35	1.92
11854808--11854843	17	2.2	16	90	5	54	36	8	25	30	1.85
11870010--11870034	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
11870010--11870066	16	3.5	16	77	15	55	77	1	1	19	0.95
11872113--11872192	39	2.1	39	97	0	151	25	27	10	37	1.88
11874020--11874054	18	1.9	18	88	0	52	31	8	0	60	1.27
11878066--11878102	17	2.2	17	95	0	65	21	18	21	37	1.94
11879573--11879614	13	3.1	13	89	6	57	19	0	2	78	0.86
11880624--11880672	21	2.3	21	89	0	71	46	2	20	30	1.62
11886507--11886942	137	3.2	137	93	2	696	33	8	29	27	1.87
11886507--11886942	47	9.4	47	85	7	599	33	8	29	27	1.87
11895463--11895691	79	2.9	79	86	2	293	31	20	16	31	1.95
11895657--11895833	40	4.4	40	82	2	167	36	20	12	30	1.90
11896795--11896872	18	4.3	18	83	0	102	38	12	8	39	1.75
11897204--11897260	16	3.5	15	75	25	53	36	14	3	45	1.61
11897209--11897261	19	3.0	18	82	17	67	37	13	3	45	1.61
11900336--11900369	11	3.2	10	88	12	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11902949--11902985	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
11904094--11904125	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
11905721--11905817	45	2.2	45	96	0	176	28	10	32	27	1.90
11907479--11907520	21	2.0	21	100	0	84	23	19	38	19	1.93
11907956--11908015	30	2.0	30	93	0	102	58	15	0	26	1.37
11912494--11912579	44	2.0	44	100	0	172	37	15	19	27	1.92
11912628--11912711	15	5.7	15	75	6	64	59	14	16	9	1.60
11917248--11917275	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
11917574--11917599	13	2.0	13	100	0	52	30	15	46	7	1.74
11917968--11918124	44	3.6	42	76	6	125	31	23	17	28	1.97
11918167--11918232	33	2.0	33	100	0	132	33	27	9	30	1.88
11918282--11918632	44	8.0	44	75	4	249	29	19	17	34	1.94
11918279--11918585	132	2.3	133	88	0	436	28	19	17	35	1.94
11924771--11924796	12	2.2	12	100	0	52	38	15	7	38	1.76
11926309--11926353	19	2.3	20	88	7	67	48	6	17	26	1.72
11927674--11927846	86	2.0	86	98	0	337	34	17	17	30	1.93
11930415--11930459	10	4.3	11	78	18	51	68	0	2	28	1.01
11933085--11933292	102	2.0	103	82	6	251	31	17	12	38	1.87
11937780--11937823	20	2.1	21	87	4	63	25	2	2	70	1.10
11937787--11937839	21	2.5	20	82	11	61	28	1	3	66	1.20
11937942--11937989	21	2.3	21	82	3	62	47	10	10	31	1.71
11939584--11939650	29	2.3	29	84	5	82	40	10	8	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11940338--11940363	11	2.4	11	100	0	52	19	7	26	46	1.77
11945496--11945563	30	2.3	29	79	2	82	33	23	2	39	1.70
11945811--11945844	15	2.3	15	94	0	59	67	17	2	11	1.34
11957639--11958147	72	7.1	72	83	8	529	31	16	19	32	1.94
11958074--11958243	92	1.8	92	86	2	243	26	21	20	31	1.98
11958144--11958511	80	4.7	78	78	8	286	28	17	18	35	1.94
11958144--11958618	153	3.0	153	79	9	406	27	17	19	35	1.94
11958867--11958955	29	3.1	28	77	6	81	34	19	2	43	1.63
11958909--11958965	29	2.0	29	86	6	80	38	17	0	43	1.49
11959182--11959216	15	2.3	15	95	0	61	68	17	2	11	1.31
11961998--11962033	13	2.6	14	86	8	56	69	25	0	5	1.10
11975085--11975154	34	2.1	34	100	0	140	35	17	14	32	1.90
11976914--11976943	15	2.0	15	93	0	51	26	16	20	36	1.93
11982633--11982879	26	9.3	27	74	12	158	31	6	2	60	1.32
11982633--11982698	28	2.5	28	85	7	84	28	6	1	63	1.27
11982694--11982807	51	2.2	51	81	7	124	34	7	1	57	1.36
11982789--11982835	13	3.4	14	75	18	53	29	4	2	63	1.25
11982633--11983152	24	20.6	25	69	16	186	31	6	3	58	1.39
11982842--11982918	25	3.0	25	70	9	66	28	6	3	61	1.39
11982940--11983011	22	3.2	21	74	14	65	36	4	2	56	1.33
11983104--11983194	26	3.6	25	76	11	78	28	4	7	59	1.45
11984630--11984672	6	7.3	6	86	5	61	2	13	11	72	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11985173--11985216	19	2.3	19	84	7	54	20	20	13	45	1.85
11989327--11989425	44	2.2	44	80	1	108	33	22	25	19	1.97
11989438--11989553	44	2.6	44	80	9	128	31	17	24	27	1.97
11993319--11993598	3	93.7	3	71	13	134	31	7	2	58	1.38
11993570--11993606	11	3.5	11	82	17	51	24	0	0	75	0.80
12009508--12009866	196	1.8	196	82	5	458	56	6	5	30	1.50
12011084--12011109	7	3.7	7	100	0	52	0	0	23	76	0.78
12015189--12015227	18	2.2	18	86	9	53	79	2	15	2	0.95
12022389--12022444	23	2.4	24	80	14	64	25	7	1	66	1.27
12022432--12022470	15	2.6	14	80	11	51	38	2	2	56	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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