genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60014089--60014173	26	3.3	26	83	8	113	28	21	23	27	1.99
60014779--60014813	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
60026865--60026938	24	3.1	24	76	3	78	24	13	29	32	1.93
60032668--60032839	46	3.7	45	77	10	177	21	19	29	29	1.98
60032660--60032831	93	1.8	93	89	0	272	21	20	29	27	1.98
60038441--60038475	18	1.9	18	100	0	70	22	17	14	45	1.84
60048243--60048641	200	2.0	199	97	0	744	40	8	20	30	1.81
60051920--60052099	28	6.5	28	88	2	229	32	28	13	26	1.94
60060103--60060281	28	6.6	27	92	5	270	31	28	13	26	1.94
60060103--60060281	54	3.3	53	91	4	268	31	28	13	26	1.94
60060103--60060281	82	2.2	82	91	2	288	31	28	13	26	1.94
60071954--60072008	25	2.2	25	100	0	110	41	7	21	29	1.80
60079510--60079729	40	5.6	40	78	7	225	26	26	22	24	2.00
60083357--60083534	27	6.6	26	82	6	169	26	15	28	28	1.96
60083358--60083513	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
60083354--60083534	82	2.2	81	81	2	211	27	16	28	28	1.97
60083439--60083545	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
60091345--60091522	27	6.6	26	80	6	160	27	15	28	28	1.96
60091373--60091522	55	2.8	54	82	4	167	28	15	28	28	1.96
60091342--60091522	82	2.2	81	80	4	204	27	16	27	28	1.97
60091427--60091533	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
60097941--60098160	40	5.6	40	82	4	250	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60103803--60103883	40	2.0	40	100	0	162	39	12	19	28	1.88
60103811--60103875	20	3.2	20	64	23	55	41	13	18	26	1.88
60111418--60111593	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.99
60111415--60111586	93	1.8	93	93	0	299	22	22	28	27	1.99
60114531--60114610	15	5.4	15	73	7	65	11	18	13	56	1.67
60120406--60120534	26	5.0	26	88	0	186	38	8	27	24	1.85
60125969--60126118	42	3.5	42	80	3	158	31	13	24	30	1.93
60128782--60128813	12	2.7	12	95	0	55	31	15	40	12	1.85
60131507--60131691	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
60131560--60131724	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
60145103--60145157	16	3.3	16	80	17	51	14	21	40	23	1.90
60149094--60149167	27	2.8	26	84	8	87	22	18	17	40	1.91
60155812--60155919	43	2.5	43	80	5	128	26	13	21	37	1.91
60158257--60158283	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
60163408--60163500	27	3.4	27	81	0	105	30	7	22	39	1.82
60163793--60163866	28	2.6	28	80	2	94	29	32	14	22	1.94
60163793--60163872	29	2.8	27	75	9	79	27	32	17	22	1.96
60164962--60164989	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
60167944--60168034	29	3.2	29	76	6	80	26	31	14	27	1.95
60175777--60175856	40	2.0	40	95	0	142	23	23	26	26	2.00
60178474--60178552	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
60178671--60178950	47	5.7	47	83	10	330	28	31	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60178739--60178902	58	3.0	58	79	19	235	30	31	7	31	1.85
60178671--60178949	151	1.8	152	88	2	427	28	31	8	31	1.87
60185546--60185685	39	3.6	39	91	1	201	27	27	20	24	1.99
60191253--60191298	20	2.2	20	96	3	83	17	43	15	23	1.87
60193784--60193808	13	1.9	13	100	0	50	72	0	12	16	1.13
60195556--60195664	45	2.4	45	89	0	164	19	19	18	43	1.89
60195711--60195735	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
60195853--60195890	18	2.2	18	95	4	69	34	7	15	42	1.76
60195856--60195983	36	3.4	36	67	8	94	35	10	15	37	1.83
60195906--60195987	18	4.6	18	75	1	67	35	9	15	39	1.81
60196152--60196211	30	2.0	30	96	0	111	41	6	15	36	1.73
60200403--60200475	32	2.3	32	78	4	76	30	21	19	28	1.98
60200573--60200636	22	2.9	22	75	9	58	32	20	23	23	1.98
60201077--60201364	27	10.7	27	78	8	219	33	10	15	39	1.83
60201057--60201372	81	3.9	81	78	10	297	32	10	16	39	1.83
60201354--60201409	27	2.1	27	86	0	76	32	21	16	30	1.95
60203050--60203128	37	2.1	37	88	0	113	25	30	20	24	1.98
60203247--60203861	96	6.5	94	90	3	858	28	29	9	32	1.88
60203247--60203853	47	12.7	47	91	3	851	28	29	9	32	1.88
60211844--60212075	40	5.8	40	88	4	324	23	28	21	25	1.99
60211844--60212075	82	2.9	81	90	3	353	23	28	21	25	1.99
60216627--60216804	28	6.4	28	89	2	234	32	28	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60218218--60218402	80	2.3	80	83	10	220	28	27	20	23	1.99
60218220--60218402	40	4.6	40	82	8	196	27	27	20	24	1.99
60226932--60227164	40	5.8	40	85	5	290	24	28	22	24	1.99
60226932--60227164	82	2.9	81	87	2	326	24	28	22	24	1.99
60226932--60227164	122	1.9	122	84	3	317	24	28	22	24	1.99
60231563--60231870	126	2.5	126	87	4	410	36	19	16	27	1.93
60234080--60234185	41	2.6	40	78	8	108	23	21	24	30	1.99
60239469--60239508	21	2.0	20	85	5	53	42	20	0	37	1.52
60245196--60245246	24	2.1	24	100	0	102	50	15	7	25	1.71
60245218--60245268	17	3.1	16	78	16	50	49	13	3	33	1.61
60246932--60247011	38	2.1	38	83	0	97	36	21	13	28	1.92
60248348--60248427	38	2.1	38	85	0	106	35	21	15	28	1.93
60250180--60250482	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
60252952--60253031	38	2.1	38	85	0	106	35	21	15	28	1.93
60254368--60254447	38	2.1	38	85	0	106	35	21	15	28	1.93
60255788--60255867	38	2.1	38	85	0	106	35	21	15	28	1.93
60257208--60257287	38	2.1	38	85	0	106	35	21	15	28	1.93
60258627--60258706	38	2.1	38	85	0	106	35	21	15	28	1.93
60272403--60272473	37	1.9	37	94	0	124	25	32	19	22	1.98
60272614--60272861	48	5.2	48	97	0	451	31	27	6	35	1.81
60275848--60276020	43	4.0	43	78	12	167	24	17	24	32	1.97
60276550--60276575	11	2.4	11	100	0	52	11	7	34	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60276582--60276659	24	3.4	23	77	13	88	17	24	19	38	1.93
60281091--60281391	125	2.4	126	82	1	372	28	14	18	38	1.90
60292472--60292596	64	1.9	65	86	1	180	28	18	17	36	1.94
60292668--60293078	133	3.1	133	85	3	558	30	19	18	30	1.96
60292936--60293546	178	3.4	176	86	4	852	30	18	21	28	1.97
60292936--60293546	177	3.4	176	86	4	850	30	18	21	28	1.97
60293382--60293679	133	2.2	133	93	1	508	30	19	21	28	1.97
60295634--60295953	125	2.5	125	80	6	322	27	14	19	38	1.90
60295731--60295993	125	2.1	125	79	2	278	27	16	18	37	1.92
60316198--60316284	27	3.1	27	63	30	65	36	18	16	28	1.92
60316170--60316284	57	2.0	57	100	0	230	39	19	13	27	1.90
60320934--60321382	47	9.6	47	92	3	726	32	8	29	29	1.86
60327161--60327215	22	2.7	20	77	5	56	52	3	5	38	1.42
60329156--60329210	25	2.2	25	96	0	101	56	7	18	18	1.64
60333078--60333134	25	2.3	26	78	9	64	35	17	17	29	1.93
60341975--60342018	22	2.0	22	100	0	88	45	9	13	31	1.75
60352548--60352701	42	3.6	42	85	3	175	30	14	25	29	1.95
60355853--60355907	23	2.4	23	90	6	85	36	18	20	25	1.94
60355896--60355967	24	2.8	26	81	6	94	33	16	23	26	1.96
60357287--60357327	21	2.0	21	90	9	68	14	31	17	36	1.90
60359402--60359501	44	2.3	42	84	3	128	24	18	25	33	1.97
60365068--60365541	47	10.0	47	94	2	797	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60365068--60365541	143	3.3	141	93	2	797	29	29	8	32	1.87
60365068--60365541	190	2.5	188	94	2	797	29	29	8	32	1.87
60368959--60369140	40	4.6	40	80	6	192	23	26	23	26	2.00
60369449--60369527	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
60369509--60369611	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
60371460--60371538	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
60371657--60372132	47	10.1	47	92	1	774	28	30	9	31	1.89
60376568--60376679	42	2.6	44	84	5	149	25	16	25	33	1.95
60376572--60376689	43	2.8	42	79	6	139	23	16	25	33	1.96
60378338--60378387	25	2.0	25	88	0	73	26	32	24	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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