genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75369125--75369329	39	5.5	38	86	11	273	27	27	20	25	1.99
75391133--75391196	30	2.2	29	88	2	92	35	20	15	28	1.93
75398799--75398942	27	5.3	27	85	0	180	27	22	9	40	1.84
75398959--75399073	27	4.3	27	80	6	90	39	23	10	26	1.87
75398974--75399097	27	4.6	27	83	6	144	42	22	7	27	1.80
75398974--75399154	54	3.3	55	80	4	161	42	20	7	29	1.79
75399075--75399160	27	3.1	27	73	17	86	40	17	8	33	1.79
75399201--75399278	27	2.9	27	74	11	79	37	19	20	23	1.95
75399984--75400070	20	4.3	20	91	2	131	40	9	18	32	1.82
75400120--75400241	25	5.0	26	80	9	150	27	22	21	27	1.99
75400132--75400223	48	1.9	47	97	2	175	29	23	21	25	1.99
75400303--75400353	24	2.1	24	85	10	68	17	19	33	29	1.95
75400421--75400526	31	3.4	31	90	0	167	30	16	25	28	1.96
75403643--75403676	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
75405047--75405155	28	3.9	28	82	1	128	25	14	33	25	1.94
75405047--75405156	56	1.9	57	87	1	159	26	14	33	25	1.94
75405454--75405739	27	10.7	27	84	5	287	40	19	8	31	1.82
75405463--75405700	53	4.5	53	84	4	266	40	21	7	30	1.81
75405453--75405708	80	3.2	80	84	2	291	41	19	8	30	1.82
75405463--75405739	80	3.5	80	83	2	270	40	20	8	30	1.83
75414713--75414757	21	2.2	20	92	4	72	31	15	17	35	1.92
75414713--75414757	10	4.4	10	91	5	72	31	15	17	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75424562--75425313	47	15.7	47	93	2	1207	33	8	29	29	1.87
75424562--75425313	96	7.9	94	94	1	1207	33	8	29	29	1.87
75425432--75425532	37	2.7	37	98	0	193	24	18	31	24	1.98
75426667--75426711	10	4.4	10	86	5	63	31	13	17	37	1.89
75426762--75426838	38	2.0	38	100	0	154	36	15	15	32	1.89
75430777--75430821	22	2.0	22	95	0	81	20	0	37	42	1.52
75438907--75438962	25	2.2	26	79	17	73	62	0	3	33	1.12
75440974--75441113	27	5.1	27	82	4	165	34	18	26	20	1.96
75442168--75442200	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
75444192--75444300	28	4.0	28	85	2	132	33	21	25	19	1.96
75444190--75444294	55	1.9	55	88	3	158	35	19	25	20	1.95
75445209--75445241	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
75451940--75452047	28	4.0	28	85	3	132	34	20	25	19	1.96
75465032--75465114	41	2.0	41	90	0	130	19	27	10	42	1.84
75468025--75468192	40	4.2	40	80	1	149	25	26	23	25	2.00
75468048--75468192	40	3.6	40	82	4	157	23	24	24	26	2.00
75474100--75474155	27	2.1	27	86	0	76	66	0	26	7	1.18
75476911--75476970	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
75485520--75485583	30	2.2	29	91	2	101	34	23	15	26	1.95
75487685--75487727	21	2.0	22	81	4	52	51	0	6	41	1.29
75493323--75493368	23	2.0	23	95	0	83	23	13	15	47	1.80
75493325--75493374	23	2.2	23	88	0	73	26	14	14	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75499245--75499461	40	5.4	40	90	2	296	24	28	23	23	2.00
75519184--75519279	47	2.0	47	93	0	165	29	23	8	38	1.84
75524327--75524456	47	2.8	45	79	11	138	24	30	18	26	1.98
75526966--75527030	28	2.3	28	89	0	103	16	44	20	18	1.87
75528215--75528383	48	3.5	47	79	4	171	22	28	21	27	1.99
75533258--75533360	32	3.2	32	75	5	100	35	21	18	24	1.95
75533350--75533427	27	2.9	27	73	3	68	41	20	17	20	1.91
75533339--75533441	54	1.9	54	82	7	129	40	18	17	23	1.91
75533430--75533491	22	2.8	22	72	0	52	40	22	17	19	1.91
75538643--75538676	17	1.9	17	88	5	50	14	41	29	14	1.86
75548658--75548720	26	2.4	26	92	7	101	38	25	7	28	1.84
75548825--75548936	27	4.2	27	78	17	126	20	21	20	37	1.94
75548824--75548929	55	2.0	52	85	10	142	21	21	18	37	1.94
75556677--75556784	27	4.0	27	83	8	132	19	24	22	34	1.97
75559766--75559841	38	2.0	38	92	0	125	35	13	17	34	1.88
75571184--75571362	46	3.9	45	80	5	180	27	26	21	24	1.99
75571192--75571363	93	1.8	93	86	2	247	27	26	22	23	1.99
75580100--75580918	438	1.9	440	83	3	1096	38	11	13	36	1.81
75582737--75582775	18	2.1	19	90	4	62	5	33	0	61	1.18
75585469--75585508	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
75586703--75586795	23	3.8	26	69	13	81	41	1	4	52	1.28
75586772--75586932	8	21.8	8	68	27	65	32	4	0	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75586825--75586930	3	34.0	3	70	23	69	31	4	0	63	1.21
75586769--75586960	15	13.1	15	69	18	50	32	4	1	61	1.23
75586828--75586961	58	2.3	59	80	17	145	30	4	1	63	1.23
75586773--75586936	12	13.4	12	72	19	92	33	4	0	60	1.22
75586886--75586942	11	4.6	12	78	18	55	36	0	0	63	0.95
75586946--75587003	11	5.5	11	70	25	54	27	3	6	62	1.37
75586988--75587078	31	2.8	32	80	11	89	42	0	6	50	1.28
75588434--75588529	19	5.1	19	84	12	110	47	0	0	52	1.00
75588483--75588536	19	3.2	16	87	10	65	50	0	0	50	1.00
75590521--75590638	40	3.0	40	94	0	209	28	30	19	21	1.97
75595062--75595110	7	7.4	7	78	19	52	44	0	0	55	0.99
75595062--75595110	13	3.8	13	78	15	57	44	0	0	55	0.99
75595060--75595110	18	2.6	19	84	9	68	45	0	0	54	0.99
75596293--75596443	43	3.5	43	80	9	148	32	24	17	25	1.97
75602304--75602363	29	2.1	29	100	0	120	40	10	13	36	1.78
75602912--75602970	24	2.4	24	78	18	59	42	15	5	37	1.69
75613340--75613374	18	1.9	18	94	0	61	17	28	42	11	1.83
75616398--75616519	43	2.9	43	83	7	144	29	25	16	28	1.97
75623075--75623336	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
75631081--75631340	39	6.7	40	86	9	319	25	22	27	24	2.00
75631081--75631340	76	3.3	78	87	8	329	25	22	27	24	2.00
75648876--75648948	11	6.7	11	81	9	87	16	4	8	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75648877--75648948	32	2.2	31	85	7	90	16	4	8	70	1.27
75648876--75648947	21	3.3	22	84	7	94	16	4	8	70	1.27
75648919--75648963	12	3.6	12	84	6	54	11	11	4	73	1.23
75649713--75649752	21	1.9	20	85	10	53	22	22	20	35	1.96
75650371--75650426	27	2.1	26	90	9	87	39	17	8	33	1.81
75652392--75652431	6	6.7	6	97	0	62	10	17	0	72	1.11
75655463--75655557	27	3.5	27	82	5	111	42	22	7	28	1.80
75655562--75655641	27	3.0	27	87	7	117	32	21	6	40	1.78
75655653--75655714	27	2.3	27	88	0	88	45	24	4	25	1.73
75655732--75655844	27	4.0	27	74	15	102	31	15	23	28	1.96
75655747--75655809	32	2.0	32	87	6	92	30	14	26	28	1.95
75656240--75656318	6	12.8	6	77	15	81	17	17	15	49	1.80
75656240--75656318	31	2.5	31	91	0	122	17	17	15	49	1.80
75656240--75656318	19	4.3	18	74	17	81	17	17	15	49	1.80
75658329--75658364	10	3.6	10	88	0	54	25	30	13	30	1.94
75658330--75658376	20	2.3	20	85	0	67	25	25	17	31	1.97
75662136--75662179	12	3.7	12	81	0	52	11	29	0	59	1.32
75663191--75663223	11	2.8	12	86	9	50	15	12	6	66	1.42
75671632--75671696	28	2.3	28	91	0	103	35	26	7	30	1.84
75671802--75671891	28	3.2	27	81	7	101	21	22	23	33	1.97
75674827--75675255	47	9.1	47	94	1	714	33	8	28	29	1.87
75675371--75675609	47	5.1	47	90	0	352	31	9	31	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75682978--75683010	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
75685258--75685326	29	2.4	29	78	4	77	27	31	11	28	1.92
75685432--75685499	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
75685606--75685673	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
75685775--75685853	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
75685257--75685822	174	3.3	174	97	0	1060	30	25	14	29	1.95
75689928--75690112	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
75689909--75690112	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
75692141--75692312	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
75692134--75692309	46	3.8	46	80	14	218	29	30	20	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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