genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87577082--87577143	25	2.5	24	75	17	63	33	9	0	56	1.32
87577293--87577523	125	1.8	125	82	1	293	28	16	19	35	1.94
87582850--87582908	30	1.9	31	89	3	93	61	1	0	37	1.07
87582856--87582932	9	7.8	10	75	16	56	63	1	1	33	1.11
87588425--87588529	22	4.7	22	90	1	165	34	19	25	20	1.96
87589961--87590030	20	3.2	22	74	10	72	45	10	17	27	1.80
87589971--87590038	22	3.1	22	75	10	77	45	13	17	23	1.84
87595654--87595712	28	2.1	28	90	0	91	25	30	11	32	1.92
87602158--87602257	40	2.5	41	76	12	107	32	26	18	24	1.97
87602375--87602453	28	2.8	28	82	0	95	27	26	10	35	1.89
87608431--87608514	42	2.0	42	100	0	168	28	7	28	35	1.84
87611663--87611733	37	1.9	37	97	0	133	53	8	1	36	1.40
87611669--87611732	21	3.3	21	64	20	57	53	7	1	37	1.40
87616559--87616874	157	2.0	157	96	0	578	33	20	13	32	1.92
87618450--87618983	141	3.8	141	99	0	1050	34	14	22	28	1.93
87619868--87620939	540	2.0	540	100	0	2144	33	16	14	36	1.89
87632408--87632710	154	2.0	154	92	1	509	28	17	11	41	1.85
87633531--87633558	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
87635292--87636088	132	6.0	132	95	0	1398	28	26	18	26	1.98
87639363--87639702	73	4.6	74	86	4	433	42	8	7	42	1.63
87639362--87639702	148	2.3	148	85	5	460	41	8	7	42	1.63
87639724--87639753	4	7.5	4	100	0	60	0	0	23	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87640659--87640700	15	2.7	15	79	13	50	54	0	11	33	1.37
87643429--87643453	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
87643431--87643539	45	2.4	45	92	0	182	21	19	17	42	1.90
87643416--87643539	45	2.5	50	78	15	150	20	20	18	41	1.91
87643721--87643911	18	10.6	18	75	10	140	35	10	15	38	1.83
87643709--87643991	36	7.6	36	69	15	148	35	11	15	37	1.84
87643709--87643893	72	2.6	72	80	6	171	36	10	15	37	1.82
87656478--87656549	25	2.9	26	76	17	73	36	5	1	56	1.31
87662869--87663070	103	2.0	102	95	1	359	29	19	22	29	1.98
87667468--87667583	24	4.8	24	88	0	160	35	30	14	19	1.92
87667426--87667583	48	3.3	46	80	10	156	34	29	13	22	1.92
87672480--87672512	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
87678208--87678323	24	4.8	24	89	0	169	36	29	13	20	1.91
87690163--87690201	21	1.9	21	89	5	62	15	12	7	64	1.49
87693415--87693522	26	4.2	26	93	0	189	37	23	7	32	1.82
87714178--87714228	25	2.0	25	88	7	77	43	3	11	41	1.60
87726094--87726149	24	2.3	24	90	0	94	12	35	25	26	1.91
87728456--87728485	15	2.0	15	100	0	60	40	26	0	33	1.57
87733560--87733730	45	3.8	45	78	1	164	39	17	25	18	1.92
87734633--87734960	181	1.8	181	83	2	444	23	22	20	34	1.97
87753213--87753261	23	2.1	23	100	0	98	34	20	30	14	1.92
87757005--87757228	40	5.6	40	87	3	297	24	21	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87757005--87757228	83	2.8	80	89	4	308	24	21	26	27	2.00
87761821--87762231	50	8.6	50	77	10	327	23	30	18	27	1.98
87761825--87762231	94	4.3	95	78	10	372	23	30	18	27	1.98
87768406--87768446	19	2.1	20	86	4	57	41	7	7	43	1.60
87770051--87770105	6	9.3	6	75	18	53	63	1	0	34	1.05
87774109--87774133	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
87778690--87778740	25	2.0	25	100	0	102	13	11	35	39	1.82
87782105--87782141	8	4.6	8	93	0	65	16	0	48	35	1.46
87786348--87786423	35	2.2	35	92	4	127	34	21	6	38	1.79
87796059--87796088	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
87796113--87796159	10	4.8	10	84	2	60	29	6	0	63	1.19
87799840--87799896	6	9.2	6	79	11	53	21	1	0	77	0.86
87799840--87799896	17	3.1	19	73	17	57	21	1	0	77	0.86
87799848--87799903	28	2.0	28	82	6	69	23	1	1	73	1.03
87801395--87801424	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
87809607--87809750	18	7.9	18	89	4	211	36	15	11	36	1.84
87809607--87809750	35	4.0	36	89	8	213	36	15	11	36	1.84
87809607--87809750	53	2.7	54	94	3	254	36	15	11	36	1.84
87809866--87809904	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
87825385--87825430	18	2.6	18	85	0	56	50	10	17	21	1.77
87829901--87829937	19	1.9	19	100	0	74	21	27	18	32	1.97
87834300--87834381	25	3.3	25	81	3	85	31	19	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87835381--87835409	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
87836537--87836669	45	3.0	44	74	9	112	24	18	25	32	1.97
87844615--87844725	45	2.6	41	78	7	114	22	18	27	31	1.97
87851568--87851623	28	2.0	28	100	0	112	21	17	21	39	1.93
87854070--87854109	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
87854271--87854310	13	2.9	14	85	7	55	17	7	0	75	1.03
87854271--87854310	7	5.9	7	88	5	55	17	7	0	75	1.03
87860146--87860183	19	2.1	19	85	9	53	44	0	5	50	1.24
87860128--87860184	14	3.6	15	74	21	53	45	1	3	49	1.29
87860225--87860271	18	2.6	18	87	9	69	44	0	2	53	1.12
87860239--87860282	19	2.3	19	84	7	54	47	2	2	47	1.27
87860242--87860303	32	1.9	32	83	6	81	50	1	1	46	1.20
87863453--87863481	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
87863480--87863513	3	11.3	3	87	0	50	32	0	2	64	1.08
87871075--87871115	11	3.7	11	80	0	55	21	14	7	56	1.63
87871152--87871214	30	2.1	30	88	5	92	28	3	11	57	1.49
87871297--87871335	18	2.2	18	86	9	53	17	0	15	66	1.25
87871290--87871336	19	2.5	18	77	19	51	21	0	12	65	1.25
87873105--87873240	66	2.1	66	97	0	254	40	17	16	25	1.90
87878174--87878206	17	1.9	17	93	0	57	75	0	24	0	0.80
87878175--87878209	13	2.8	13	91	4	54	74	0	25	0	0.82
87879122--87879239	51	2.2	53	83	4	141	16	18	22	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87879138--87879239	54	1.9	51	86	5	141	17	17	22	42	1.89
87885665--87885814	38	3.8	39	88	3	205	18	22	26	32	1.97
87885693--87885855	81	2.1	76	79	7	166	20	19	26	33	1.97
87890823--87890847	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
87897434--87897529	25	3.8	25	80	0	93	17	26	18	37	1.93
87897534--87897581	25	1.9	25	86	0	69	27	29	14	29	1.95
87897981--87898064	42	2.0	42	92	0	141	38	15	8	38	1.78
87903108--87903293	20	9.7	19	71	16	100	65	3	0	30	1.14
87903159--87903231	29	2.5	29	84	8	78	63	4	0	32	1.14
87903108--87903381	9	28.6	9	69	13	120	63	3	1	30	1.22
87903223--87903272	26	1.9	26	88	8	75	68	4	2	26	1.18
87903251--87903325	20	3.8	20	76	11	57	65	1	1	32	1.09
87903310--87903371	29	2.1	29	88	5	90	64	1	3	30	1.19
87903309--87903381	29	2.6	27	78	10	74	63	2	4	30	1.27
87903215--87903391	68	2.6	67	79	9	166	63	3	2	30	1.25
87903906--87903946	9	4.9	9	82	17	61	31	0	0	68	0.90
87903872--87903946	8	8.8	8	73	16	53	33	1	1	64	1.11
87903892--87903946	17	3.2	17	82	10	67	30	1	0	67	1.01
87903872--87903947	35	2.2	34	79	13	84	32	1	1	64	1.10
87904892--87905013	65	1.9	65	91	0	199	23	13	18	45	1.84
87909659--87909713	21	2.5	22	82	5	67	58	0	1	40	1.09
87909837--87909864	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87911990--87912025	17	2.1	18	89	5	56	63	8	8	19	1.47
87921897--87922087	82	2.3	82	93	2	319	20	7	26	45	1.78
87924659--87924695	11	3.2	12	85	14	51	5	16	0	78	0.93
87925467--87925503	18	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
87925792--87925864	19	3.9	19	87	7	114	38	15	8	38	1.77
87925804--87925856	17	3.0	17	84	10	79	37	13	9	39	1.77
87925802--87925873	36	2.0	36	86	10	103	38	13	9	37	1.78
87925802--87925873	19	4.0	19	82	8	71	38	13	9	37	1.78
87928040--87928068	11	2.5	12	94	5	51	24	17	0	58	1.38
87930581--87930644	13	4.9	13	79	7	76	32	7	23	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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