genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62286660--62286883	54	4.1	54	81	6	247	42	20	5	31	1.75
62286392--62286883	81	6.0	81	79	5	274	35	21	6	36	1.80
62286669--62286886	27	8.0	27	77	8	156	42	18	6	31	1.77
62287818--62287886	25	2.8	25	86	4	95	23	26	24	26	2.00
62288033--62288122	42	2.1	42	87	0	126	28	15	21	34	1.94
62288146--62288224	31	2.6	31	95	2	142	29	17	25	27	1.98
62291337--62291370	5	6.8	5	86	0	50	35	0	0	64	0.94
62291341--62291369	10	2.9	10	100	0	58	31	0	0	68	0.89
62291569--62291610	22	1.9	22	90	9	68	78	0	21	0	0.75
62291569--62291603	15	2.5	13	90	9	52	80	0	20	0	0.72
62296866--62296917	25	2.1	25	100	0	104	30	15	19	34	1.93
62316056--62316246	50	3.8	50	88	1	292	26	19	25	28	1.99
62316058--62316140	26	3.3	26	63	24	68	26	15	26	31	1.96
62316056--62316253	101	2.0	101	94	0	351	25	19	25	28	1.99
62316062--62316281	101	2.2	101	87	1	289	26	18	26	28	1.98
62318779--62319354	47	12.3	47	92	0	956	27	30	8	32	1.87
62319136--62319210	22	3.3	22	66	14	62	26	30	10	32	1.90
62329762--62329809	17	2.8	18	81	9	55	39	4	0	56	1.19
62331151--62331202	23	2.3	23	86	6	70	40	5	21	32	1.77
62335446--62335537	17	5.4	17	65	27	52	42	3	3	51	1.34
62335926--62335992	13	5.2	13	92	0	98	17	20	34	26	1.96
62336408--62336433	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62339058--62339106	21	2.3	21	92	3	80	38	2	18	40	1.62
62341590--62341634	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
62344303--62344407	27	3.9	27	80	9	108	34	20	23	20	1.97
62346028--62346135	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
62350606--62350638	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
62371600--62371632	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
62372199--62372305	43	2.5	43	90	1	162	26	28	18	26	1.98
62386045--62386220	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
62387351--62387535	40	4.7	40	83	5	189	23	20	28	28	1.99
62387353--62387507	79	2.0	80	82	6	190	24	20	28	27	1.99
62394009--62394184	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
62395313--62395498	40	4.7	40	82	5	198	24	20	27	26	1.99
62401043--62401102	28	2.2	28	93	3	104	35	21	13	30	1.92
62401588--62401636	17	3.1	17	77	22	61	75	0	0	24	0.80
62401601--62401627	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
62404704--62404771	33	2.1	33	100	0	136	48	8	11	30	1.70
62405930--62405963	6	5.7	6	92	0	59	32	0	32	35	1.58
62409233--62409258	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
62413972--62414033	12	5.0	12	76	18	56	61	3	0	35	1.12
62413968--62414036	9	7.3	9	71	20	52	60	2	0	36	1.11
62413938--62414036	28	3.7	28	77	18	95	59	3	1	36	1.20
62413954--62414075	14	8.8	14	70	20	87	60	2	4	31	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62414110--62414149	16	2.5	16	87	0	53	72	0	2	25	0.97
62414228--62414287	30	2.0	31	90	6	97	66	0	3	30	1.07
62419215--62419243	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
62419844--62420017	87	2.0	87	100	0	348	31	13	14	40	1.86
62436639--62436699	21	2.9	21	83	11	63	16	14	18	50	1.78
62439024--62439094	35	2.0	35	94	0	124	54	11	8	25	1.63
62440768--62441055	49	5.9	50	70	16	167	35	16	21	26	1.95
62443186--62443266	23	3.3	23	70	26	76	20	23	11	44	1.84
62443184--62443280	51	1.9	51	97	0	185	20	22	11	45	1.83
62447255--62447438	43	4.3	43	85	0	215	32	13	20	34	1.90
62450088--62450260	46	3.7	46	78	10	199	30	26	20	23	1.98
62450093--62450263	93	1.8	93	93	0	297	29	27	20	22	1.99
62464467--62464734	40	6.7	40	96	0	473	30	20	27	22	1.98
62472248--62472375	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
62472247--62472375	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
62477504--62477710	47	4.4	47	91	0	315	32	9	30	27	1.89
62477829--62477907	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
62479847--62479889	15	2.7	16	85	7	52	65	16	0	18	1.28
62492165--62492203	20	2.0	20	94	0	69	35	0	12	51	1.40
62496647--62497065	212	2.0	211	91	1	687	32	19	17	30	1.95
62497573--62497613	15	2.7	15	82	14	57	21	4	24	48	1.69
62499128--62499152	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62508750--62508806	3	19.3	3	80	10	55	28	3	5	63	1.33
62510022--62510100	38	2.1	38	97	0	149	26	20	21	31	1.98
62511231--62511274	19	2.3	18	81	11	52	22	27	11	38	1.88
62519509--62519682	95	1.8	95	81	2	215	31	19	20	28	1.97
62519505--62519900	45	8.8	45	73	8	261	31	17	21	28	1.96
62519616--62519890	44	6.2	44	75	9	150	31	17	23	28	1.96
62519652--62519899	133	1.9	131	85	6	340	31	17	22	27	1.97
62532063--62532186	40	3.1	40	82	4	153	43	29	12	14	1.83
62535272--62535404	57	2.3	57	93	2	223	39	10	23	27	1.87
62547389--62547437	24	2.2	23	82	10	57	44	6	4	44	1.47
62547499--62547578	36	2.2	36	97	2	153	33	11	13	41	1.80
62550185--62550215	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
62551806--62551849	21	2.0	21	86	8	61	38	18	6	36	1.77
62551829--62551864	18	1.9	19	94	5	65	36	16	11	36	1.84
62551832--62551872	18	2.3	18	84	12	50	41	12	12	34	1.80
62552219--62552412	45	4.3	45	86	1	246	25	28	13	31	1.94
62552227--62552396	89	1.9	89	87	0	250	27	29	13	29	1.94
62552426--62552719	78	3.8	78	85	4	414	25	22	19	31	1.98
62561670--62561760	35	2.5	36	89	8	139	37	15	9	37	1.81
62561670--62561760	19	4.9	19	89	8	152	37	15	9	37	1.81
62570046--62570124	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
62570053--62570284	49	5.0	40	93	6	160	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62570037--62570366	47	6.9	47	93	2	527	32	8	30	29	1.87
62570485--62570563	37	2.1	37	88	4	115	24	18	30	26	1.98
62571600--62571659	29	2.1	29	96	0	111	38	0	21	40	1.54
62572890--62573028	52	2.7	52	83	5	165	28	18	25	28	1.98
62574048--62574198	51	2.9	52	77	9	155	28	26	17	27	1.97
62580600--62580640	20	2.0	20	90	0	64	12	26	39	21	1.89
62581431--62581573	52	2.7	52	80	6	164	30	23	18	27	1.97
62584579--62584603	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
62584923--62584980	30	1.9	30	96	0	107	31	13	29	25	1.94
62585316--62585581	47	5.7	46	78	13	235	28	18	29	23	1.98
62585316--62585581	140	1.9	141	84	9	357	28	18	29	23	1.98
62590017--62590054	19	2.0	19	94	0	67	52	13	10	23	1.71
62591189--62591239	19	2.6	20	84	6	59	70	3	1	23	1.14
62591110--62591345	119	1.9	124	82	7	297	47	11	5	35	1.62
62591429--62591482	25	2.2	25	90	6	83	64	7	0	27	1.20
62592030--62592079	24	2.1	24	82	14	59	56	2	4	38	1.30
62592175--62592208	11	3.2	11	87	4	52	44	0	11	44	1.40
62593496--62593555	31	1.9	31	90	6	95	21	13	11	53	1.71
62593498--62593569	31	2.3	30	83	9	83	23	11	12	52	1.71
62595905--62595956	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
62597875--62597926	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
62604957--62604995	19	2.1	19	90	0	60	58	12	0	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62611186--62611374	40	4.7	40	95	0	342	25	21	26	25	2.00
62615310--62615343	14	2.4	14	90	9	52	73	14	8	2	1.19
62618071--62618114	19	2.3	19	88	0	61	40	31	6	20	1.79
62620184--62620352	47	3.6	46	77	13	184	23	18	28	29	1.98
62624562--62624613	19	2.7	18	74	11	50	59	5	13	21	1.55
62624562--62624614	20	2.7	18	75	13	52	60	5	13	20	1.53
62625109--62625216	47	2.3	46	82	1	117	31	9	12	47	1.72
62632331--62632389	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
62635642--62635678	17	2.4	16	86	13	51	37	2	8	51	1.46
62642573--62642624	20	2.6	19	76	11	52	67	1	7	23	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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