genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38705036--38705173	69	2.0	69	86	0	195	23	18	26	31	1.97
38705160--38705290	50	2.6	50	92	0	208	29	17	25	28	1.97
38705104--38705301	50	3.9	50	79	3	191	27	19	25	28	1.98
38705501--38705532	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
38706525--38706765	43	5.6	42	86	3	279	31	29	16	22	1.96
38706523--38706765	85	2.8	85	85	1	306	32	29	16	22	1.95
38706525--38706765	128	1.9	128	83	1	313	31	29	16	22	1.96
38712177--38712275	7	14.0	7	75	6	56	44	30	1	24	1.60
38712145--38712280	57	2.3	58	89	2	220	44	28	2	24	1.65
38712578--38712676	39	2.5	40	81	3	128	24	23	22	30	1.99
38712457--38712836	154	2.5	155	85	2	494	26	21	22	29	1.99
38712730--38712857	40	3.2	40	84	4	134	21	21	25	32	1.98
38712745--38712873	40	3.2	40	78	6	102	23	24	23	29	1.99
38715444--38715487	15	2.9	15	82	0	52	13	22	15	47	1.81
38718015--38718061	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
38718418--38718708	50	5.7	51	77	4	230	25	18	24	31	1.97
38718908--38718939	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
38719271--38719603	180	1.9	180	87	1	497	39	9	18	32	1.83
38724159--38724206	25	1.9	25	87	8	71	37	10	18	33	1.85
38727913--38728232	96	3.3	95	85	4	378	24	28	20	27	1.99
38727913--38728242	48	6.9	48	76	8	269	24	28	19	27	1.99
38735662--38735894	48	4.9	47	79	10	213	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38735708--38735884	96	1.8	96	85	0	246	25	27	18	27	1.98
38744249--38744385	56	2.4	56	93	0	229	31	24	16	27	1.96
38747270--38747313	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
38754300--38754334	18	2.0	18	94	5	63	45	0	0	54	0.99
38756252--38756366	37	3.1	37	89	2	169	26	28	17	26	1.98
38756496--38757029	48	11.0	48	95	1	879	30	28	6	34	1.82
38763309--38763381	34	2.1	34	87	5	103	27	23	21	27	1.99
38768946--38768983	17	2.2	17	100	0	76	15	5	10	68	1.36
38771699--38771732	16	2.1	16	100	0	68	44	17	11	26	1.83
38788919--38788958	19	2.0	20	90	4	64	40	0	15	45	1.46
38796909--38797004	29	3.3	29	86	1	140	29	30	14	26	1.95
38797062--38797096	18	2.0	18	88	5	54	20	42	22	14	1.88
38801371--38801495	29	4.3	29	92	1	207	29	31	14	24	1.95
38801554--38801587	18	1.9	18	88	5	52	17	44	23	14	1.86
38808574--38808606	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
38814044--38814082	6	6.5	6	96	0	69	15	2	0	82	0.79
38814049--38814105	18	3.1	18	84	5	60	21	3	3	71	1.15
38816988--38817014	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
38818720--38818943	47	4.7	48	78	10	216	23	28	20	28	1.99
38818725--38818943	96	2.3	94	83	7	284	23	28	20	27	1.99
38821106--38821157	20	2.6	20	96	0	95	19	34	32	13	1.90
38827474--38827917	220	2.0	220	99	0	879	25	9	23	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38829531--38829567	14	2.8	13	88	11	58	62	8	5	24	1.44
38829926--38829978	13	4.1	13	90	0	79	18	35	28	16	1.93
38829926--38829978	26	2.0	26	92	0	88	18	35	28	16	1.93
38831032--38831099	24	2.8	24	86	0	100	39	11	22	26	1.88
38831085--38831161	23	3.4	22	75	18	77	31	18	23	27	1.97
38831083--38831169	46	1.9	46	86	6	124	29	19	24	26	1.98
38831080--38831169	23	4.0	22	69	11	65	32	18	23	25	1.97
38832605--38832656	2	26.0	2	92	0	68	44	48	5	1	1.38
38833796--38833867	31	2.4	30	93	4	126	47	12	5	34	1.65
38850959--38851018	17	3.5	17	72	17	52	28	30	8	33	1.86
38851415--38851511	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
38856865--38856916	20	2.6	20	93	0	95	23	32	28	15	1.95
38864184--38864233	23	2.2	22	89	10	75	68	2	0	30	1.01
38864536--38864587	17	3.4	17	67	25	51	36	0	11	51	1.38
38864537--38864607	29	2.4	29	90	0	115	40	0	8	50	1.33
38873665--38873718	22	2.5	22	100	0	108	35	24	20	20	1.96
38886783--38887033	47	5.4	47	87	2	328	31	9	32	26	1.89
38887164--38887243	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
38889040--38889382	40	8.6	40	91	3	523	25	22	27	25	2.00
38893672--38893922	47	5.4	47	87	2	328	31	9	32	26	1.89
38894053--38894132	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
38896769--38896884	44	2.6	43	88	9	171	25	20	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38897412--38897444	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
38898160--38898236	17	4.6	17	71	18	63	68	1	25	3	1.14
38898189--38898261	25	3.0	23	78	11	67	67	1	27	4	1.17
38898355--38898419	21	3.0	21	73	13	60	32	0	1	66	1.01
38898390--38898476	33	2.6	33	77	13	81	32	4	1	62	1.23
38921024--38921104	29	2.9	28	83	3	99	27	17	28	27	1.97
38924648--38924872	40	5.7	40	82	7	226	25	21	28	25	1.99
38924701--38924872	79	2.2	79	84	3	220	25	21	28	25	1.99
38924724--38924905	79	2.3	80	80	4	190	26	21	28	24	1.99
38932507--38932731	40	5.7	40	80	5	134	25	20	27	26	1.99
38932563--38932731	79	2.1	79	81	3	196	26	20	27	26	1.99
38932561--38932729	40	4.3	39	84	5	187	26	20	27	26	1.99
38936313--38936414	29	3.6	29	78	4	100	25	15	29	29	1.96
38938065--38938214	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
38938089--38938272	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
38942845--38942923	6	12.8	6	72	15	63	48	15	17	18	1.82
38942847--38942919	37	2.0	37	88	0	110	47	16	16	19	1.82
38943042--38943101	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
38943069--38943210	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.98
38943140--38943191	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
38943437--38943712	27	10.3	27	85	0	338	26	19	18	35	1.95
38943438--38943704	107	2.5	108	90	0	401	26	19	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38943694--38943776	27	3.1	27	89	0	130	28	6	24	40	1.78
38943440--38943758	81	4.0	82	82	6	285	27	17	18	35	1.94
38946618--38946884	40	6.7	40	96	0	480	23	27	20	28	1.99
38949695--38949758	23	2.8	23	90	0	101	28	20	15	35	1.93
38950024--38950117	18	5.0	18	74	13	82	32	9	20	37	1.85
38949982--38950118	19	7.2	19	69	14	86	35	9	18	35	1.84
38949987--38950118	57	2.3	57	92	1	210	34	9	19	36	1.84
38964086--38964128	19	2.3	18	88	4	59	23	34	27	13	1.93
38971786--38971850	34	1.9	34	83	0	85	27	23	24	24	2.00
38980359--38980391	10	3.3	10	95	0	57	75	0	6	18	1.00
38980360--38980394	15	2.4	14	86	9	52	74	0	5	20	1.02
38991653--38991698	21	2.2	21	92	0	74	8	21	30	39	1.84
38994814--38994980	43	3.9	43	74	5	142	25	15	23	34	1.95
39002382--39002441	28	2.1	28	96	0	111	36	3	23	36	1.71
39003538--39003597	28	2.1	28	96	0	111	36	3	23	36	1.71
39009300--39009388	6	14.3	6	70	23	60	50	15	15	17	1.78
39009309--39009388	31	2.5	31	91	2	124	51	15	16	17	1.77
39009525--39009626	27	3.8	26	87	5	123	36	21	22	19	1.95
39009785--39009849	22	3.0	22	77	8	69	33	21	24	20	1.97
39010299--39011035	27	27.3	27	86	2	935	25	18	19	35	1.95
39011020--39011090	27	2.6	27	88	0	106	29	8	21	40	1.82
39012705--39012850	51	2.9	49	82	4	184	28	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39014960--39015029	15	4.8	14	77	19	63	62	15	11	10	1.53
39018021--39018153	50	2.7	50	85	3	189	28	30	16	24	1.96
39028571--39028599	12	2.4	12	100	0	58	41	17	0	41	1.49
39033246--39033331	45	1.9	45	90	0	136	34	25	15	24	1.94
39035910--39035956	18	2.6	18	89	0	76	36	29	8	25	1.86
39039077--39039156	41	2.0	41	94	0	142	45	10	26	18	1.81
39040881--39041021	43	3.3	42	81	5	131	24	16	26	32	1.96
39046822--39046966	71	2.1	70	96	1	263	30	28	8	31	1.88
39047894--39047926	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
39050856--39050882	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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