genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76684320--76684708	94	4.0	98	89	4	587	31	12	30	25	1.93
76684320--76684708	147	2.7	142	85	7	541	31	12	30	25	1.93
76684682--76684772	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
76684919--76685064	37	3.9	37	96	0	256	23	19	30	26	1.98
76686320--76686591	40	6.8	40	90	0	409	22	21	29	26	1.99
76688358--76688536	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
76690449--76690561	37	3.1	37	96	0	199	22	18	30	29	1.97
76692674--76692849	68	2.6	68	78	12	175	33	16	28	21	1.95
76710533--76710918	27	14.3	27	86	1	486	26	13	19	40	1.88
76714116--76714280	46	3.6	46	89	3	242	23	31	12	33	1.91
76714254--76714725	47	10.1	47	93	0	732	26	28	11	33	1.91
76714294--76714725	187	2.3	188	93	0	731	25	28	11	34	1.91
76714294--76714725	234	1.8	235	92	0	740	25	28	11	34	1.91
76719000--76719112	43	2.6	43	84	5	131	24	15	25	34	1.94
76721451--76721602	42	3.6	42	74	5	119	26	26	17	28	1.98
76724478--76724690	27	7.9	27	79	12	224	33	21	25	19	1.97
76724496--76724693	54	3.7	54	94	1	344	33	22	25	18	1.97
76730663--76730843	40	4.6	40	91	2	285	25	22	25	26	2.00
76734194--76734322	49	2.7	47	80	7	134	31	8	32	27	1.87
76736349--76736451	43	2.4	43	98	0	197	22	15	36	25	1.93
76736437--76736506	29	2.4	29	85	4	88	28	14	31	25	1.95
76736819--76737054	40	5.9	40	79	4	192	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76740890--76741018	49	2.7	47	80	7	134	31	8	32	27	1.87
76745903--76745967	27	2.4	27	87	5	87	27	16	16	38	1.91
76745946--76746195	27	9.3	27	78	5	229	31	8	20	39	1.83
76745946--76746204	54	4.8	54	79	4	256	31	8	20	39	1.82
76746534--76746612	28	2.8	28	100	0	158	27	39	15	17	1.90
76748796--76748871	23	3.3	23	75	14	77	31	17	25	26	1.97
76758494--76758527	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
76758477--76758536	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
76760755--76760956	40	5.1	40	86	6	270	24	27	23	24	2.00
76778885--76779016	43	3.1	42	72	12	124	26	27	18	27	1.98
76778984--76779290	48	6.4	48	85	0	409	27	28	18	25	1.98
76781949--76782007	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
76789034--76789069	16	2.2	16	95	0	63	27	30	33	8	1.86
76789351--76789409	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
76799149--76799184	15	2.3	15	90	4	54	22	8	8	61	1.51
76810621--76810658	19	2.0	19	85	10	51	21	21	36	21	1.95
76812942--76813110	48	3.5	48	88	1	259	24	29	20	25	1.99
76812941--76813155	96	2.3	93	84	6	276	26	28	19	26	1.98
76823313--76823485	46	3.7	46	78	11	192	23	20	26	30	1.98
76823309--76823480	93	1.8	93	91	2	283	23	20	27	29	1.99
76823709--76823746	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76830851--76831023	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76830848--76831018	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
76831248--76831285	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76847470--76847525	7	9.0	6	76	18	53	76	1	17	3	1.01
76847472--76847536	18	3.4	18	80	8	67	75	3	15	6	1.12
76854032--76854096	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
76855361--76855394	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
76856410--76856479	29	2.6	27	80	10	79	10	14	7	68	1.38
76856459--76856496	12	3.2	12	84	0	58	15	7	2	73	1.17
76858127--76858191	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
76863725--76863772	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
76863955--76863999	21	2.1	21	87	4	63	33	2	4	60	1.29
76864022--76864047	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
76866412--76866453	17	2.5	17	88	11	61	73	0	19	7	1.05
76867454--76867480	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
76869459--76869490	15	2.1	16	94	5	57	31	0	0	68	0.90
76874438--76874614	40	4.4	40	80	4	198	24	22	25	26	2.00
76874438--76874614	80	2.2	79	87	5	241	24	22	25	26	2.00
76881184--76881238	20	2.8	20	85	0	74	29	14	30	25	1.95
76882183--76882279	42	2.3	42	89	1	142	56	4	23	15	1.56
76882289--76882320	6	5.3	6	96	0	55	34	0	46	18	1.49
76882312--76882381	18	3.9	18	69	0	50	55	0	28	15	1.41
76882306--76882356	24	2.1	24	88	0	75	50	0	31	17	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76882313--76882377	24	2.7	24	78	0	58	55	0	29	15	1.41
76882274--76882371	36	2.7	36	72	0	97	53	0	31	15	1.42
76882374--76882412	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
76887386--76887417	15	2.1	16	94	5	57	68	0	0	31	0.90
76887636--76887683	21	2.3	21	85	3	62	45	20	18	14	1.85
76888756--76888807	21	2.4	22	87	6	70	5	21	0	73	1.04
76893491--76893586	30	3.2	30	76	4	97	28	27	15	29	1.96
76895626--76895801	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
76895623--76895794	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
76898357--76898401	10	4.4	10	83	5	54	48	22	15	13	1.79
76898357--76898404	21	2.3	20	85	3	60	50	22	14	12	1.77
76901143--76901199	23	2.4	25	80	14	66	63	3	22	10	1.42
76907163--76907191	14	2.1	14	100	0	58	27	13	0	58	1.36
76908033--76908308	100	2.7	102	85	7	359	32	25	15	26	1.96
76908024--76908258	50	4.7	50	86	6	332	30	24	17	27	1.97
76911759--76911819	31	1.9	31	83	9	79	13	26	6	54	1.63
76911834--76911933	6	16.8	6	68	12	55	7	19	2	72	1.18
76911885--76911934	17	2.9	18	82	8	59	6	16	6	72	1.25
76911886--76911953	23	3.1	22	77	12	77	5	16	4	73	1.19
76911903--76911938	17	2.1	17	89	0	54	0	13	5	80	0.88
76911836--76911942	5	19.6	5	70	17	56	6	17	2	72	1.18
76911890--76911973	43	1.9	45	80	9	102	7	20	3	69	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76912986--76913057	35	2.1	35	84	10	94	13	9	2	73	1.19
76917734--76917773	20	1.9	22	85	10	57	55	12	7	25	1.63
76919976--76920039	22	2.9	21	75	13	67	34	21	21	21	1.97
76920182--76920303	40	3.0	41	87	2	183	26	29	22	21	1.99
76920541--76920605	27	2.4	27	86	0	85	30	13	20	35	1.91
76920561--76920828	27	10.0	27	82	4	218	30	11	19	38	1.87
76920570--76920767	81	2.4	81	83	1	263	29	10	21	39	1.86
76920761--76920828	26	2.6	27	88	4	102	30	10	19	39	1.85
76922527--76922613	40	2.2	40	93	0	147	36	14	25	22	1.93
76922536--76922614	40	2.0	40	100	0	158	35	12	27	24	1.92
76929848--76930432	47	12.4	47	95	0	981	32	8	29	29	1.87
76930551--76930629	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
76932534--76932607	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76932921--76933112	40	4.8	40	80	5	176	26	21	27	24	2.00
76932921--76933113	80	2.4	81	81	6	214	26	22	26	24	2.00
76936470--76937002	47	11.4	47	93	2	869	33	8	29	29	1.87
76939823--76939874	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
76944312--76944342	7	4.3	7	95	4	53	41	0	58	0	0.98
76946642--76946694	21	2.4	22	84	12	65	66	1	22	9	1.31
76950144--76950204	20	3.0	20	81	9	54	27	13	27	31	1.94
76950168--76950205	20	1.9	20	88	0	58	18	15	34	31	1.92
76953000--76953050	13	3.8	13	94	5	84	11	7	1	78	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76954684--76954721	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
76954661--76954721	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
76954685--76954722	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
76957508--76957538	14	2.2	14	94	0	53	9	29	3	58	1.46
76958177--76958227	17	2.8	18	80	14	61	5	3	11	78	1.06
76959294--76959344	10	5.0	10	85	4	66	13	25	19	41	1.88
76959282--76959344	20	3.1	21	84	4	76	14	26	19	39	1.90
76963370--76963403	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
76975781--76975877	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
76977660--76977756	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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