Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  278  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88453287--88453457
75
2.4
75
86
7
230
31
10
23
33
1.89
88460782--88460913
35
3.6
37
82
10
164
32
11
23
32
1.90
88462504--88462582
24
3.3
24
66
13
72
31
6
8
53
1.57
88462505--88462644
48
2.9
48
93
1
228
32
5
9
53
1.54
88462529--88462606
24
3.2
24
65
20
63
32
2
8
56
1.44
88463180--88463220
18
2.3
18
86
0
55
2
26
43
26
1.67
88463859--88463888
14
2.1
14
93
0
51
50
6
6
36
1.55
88465411--88465440
15
1.9
16
93
6
53
83
0
0
16
0.65
88465496--88465555
29
2.1
29
96
0
111
65
16
0
18
1.28
88465510--88465576
14
4.5
16
69
16
54
65
13
0
20
1.26
88465501--88465576
29
2.6
29
85
6
91
64
14
0
21
1.29
88465849--88465905
15
3.9
15
82
13
75
1
38
0
59
1.08
88487559--88487636
40
2.0
40
92
0
129
41
6
20
32
1.78
88487644--88487678
18
1.9
18
100
0
70
34
14
17
34
1.90
88488346--88488384
16
2.4
16
86
0
51
30
25
7
35
1.84
88490221--88490276
26
2.1
27
83
3
69
23
8
3
64
1.38
88491646--88491875
126
1.8
125
91
2
381
27
15
16
40
1.89
88492676--88492735
26
2.3
26
97
0
111
25
18
15
41
1.89
88498955--88499036
32
2.6
32
88
0
119
28
1
17
53
1.51
88511776--88511953
27
6.6
26
79
6
160
26
16
28
28
1.97
88511777--88511932
82
1.9
81
85
3
215
26
16
28
28
1.97
88511773--88511953
82
2.2
81
81
2
211
27
16
27
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88525282--88525322
14
2.9
14
79
13
57
46
0
0
53
1.00
88534189--88534360
93
1.8
93
95
2
310
28
29
20
20
1.98
88534182--88534357
46
3.8
46
79
14
209
29
29
20
20
1.98
88540520--88540560
18
2.2
17
84
16
55
73
0
7
19
1.07
88542391--88542428
17
2.2
17
86
9
51
21
5
5
68
1.29
88545766--88545823
29
2.0
29
96
0
107
51
13
18
15
1.76
88563486--88563547
16
3.9
16
86
0
88
40
1
29
29
1.66
88563486--88563555
32
2.2
32
94
0
122
40
2
27
30
1.71
88563502--88563556
16
3.4
16
87
0
74
43
3
23
29
1.71
88563541--88563628
44
2.0
45
86
6
126
34
5
22
37
1.78
88563793--88563832
21
2.0
20
90
5
62
55
2
0
42
1.13
88563856--88563900
22
2.1
22
88
8
67
64
2
0
33
1.06
88564005--88564037
13
2.6
13
95
4
59
66
0
6
27
1.15
88567352--88567407
24
2.3
24
87
6
78
12
7
14
66
1.44
88567362--88567411
24
2.1
24
100
0
100
12
4
16
68
1.35
88568400--88568429
15
1.9
16
93
6
53
26
0
0
73
0.84
88585210--88585254
23
2.0
23
100
0
90
17
8
8
64
1.47
88596683--88596736
14
3.4
16
74
20
51
53
11
0
35
1.36
88599970--88600031
33
1.9
32
86
3
88
27
22
17
32
1.97
88600080--88600165
33
2.6
33
84
0
118
30
23
11
34
1.90
88605725--88605771
22
2.0
24
92
8
80
17
6
2
74
1.12
88605729--88605778
22
2.2
21
82
10
55
14
6
4
76
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88614702--88614742
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
88621523--88621612
29
2.8
32
88
11
123
34
16
0
48
1.47
88621542--88621616
36
2.1
36
92
7
125
32
16
0
52
1.44
88621553--88621610
18
3.2
18
65
26
50
32
17
0
50
1.46
88623942--88623999
28
2.1
28
96
0
107
46
13
6
32
1.70
88625720--88625747
11
2.5
11
100
0
56
53
0
0
46
1.00
88627541--88627625
42
2.0
42
97
0
161
47
4
11
36
1.61
88627888--88627959
30
2.4
30
77
9
74
43
0
6
50
1.29
88630872--88631109
42
5.7
42
90
3
365
33
21
21
24
1.97
88630872--88631177
84
3.7
83
83
5
366
33
20
20
25
1.97
88630872--88631158
126
2.3
125
86
4
393
32
20
21
25
1.97
88631225--88631258
14
2.4
14
95
0
59
52
20
8
17
1.71
88631482--88631552
21
3.4
21
80
0
79
2
45
18
33
1.64
88634282--88634446
7
19.0
9
65
32
69
33
0
20
45
1.52
88634296--88634713
18
21.6
19
66
24
82
32
0
20
46
1.56
88634327--88634732
26
16.1
26
87
6
579
32
0
20
46
1.56
88634327--88634732
51
8.0
51
88
6
571
32
0
20
46
1.56
88634502--88634728
19
12.5
19
67
23
100
32
0
19
46
1.56
88634769--88634916
74
2.0
74
100
0
296
40
6
1
51
1.37
88637196--88637247
27
1.9
27
88
0
77
50
9
0
40
1.35
88637315--88637351
10
3.7
10
92
0
65
43
13
0
43
1.44
88638250--88638426
82
2.2
82
97
0
336
35
20
15
28
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88638566--88638759
41
4.7
41
80
5
205
38
22
23
16
1.93
88638566--88638761
82
2.4
82
97
1
367
38
21
23
16
1.93
88659421--88659470
11
4.5
11
87
0
64
10
4
12
74
1.21
88662123--88662212
45
2.0
45
97
0
171
30
22
11
36
1.89
88665578--88665653
37
2.0
38
85
12
104
42
3
0
53
1.19
88665604--88665729
63
2.0
63
98
0
243
46
11
2
40
1.52
88669299--88669323
6
4.2
6
100
0
50
32
52
0
16
1.44
88669744--88669802
29
2.0
29
83
0
73
25
5
10
59
1.50
88669959--88670005
6
7.7
6
80
4
58
4
17
2
76
1.04
88678916--88679002
25
3.6
23
69
17
61
50
2
3
43
1.31
88678934--88679024
47
2.0
47
91
4
141
53
3
3
39
1.33
88678936--88679018
12
6.9
12
71
23
50
53
3
2
40
1.32
88678935--88679042
47
2.3
47
84
9
123
54
4
2
37
1.36
88680601--88680634
16
2.1
16
88
0
50
73
2
5
17
1.16
88685649--88686015
46
7.6
49
85
10
449
34
13
22
29
1.92
88685649--88686004
98
3.6
98
95
0
604
34
13
21
29
1.92
88685979--88686124
37
4.0
37
91
1
233
36
16
22
24
1.94
88687379--88687522
49
2.9
49
90
1
207
22
15
30
31
1.94
88690647--88691013
46
7.6
49
85
10
449
34
13
22
29
1.92
88690647--88691002
98
3.6
98
95
0
604
34
13
21
29
1.92
88690977--88691122
37
4.0
37
91
1
233
36
16
22
24
1.94
88693947--88693988
20
2.0
20
90
4
66
61
2
0
35
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88693946--88693992
20
2.4
20
82
3
60
65
2
0
31
1.04
88693950--88694049
29
3.4
29
74
9
80
60
2
0
38
1.09
88703027--88703407
190
2.0
190
96
0
699
34
21
17
26
1.95
88704640--88704721
23
3.7
21
84
11
101
69
8
1
20
1.22
88705226--88705282
26
2.2
25
81
3
69
63
8
1
26
1.34
88714578--88714608
3
10.3
3
100
0
62
67
0
32
0
0.91
88714644--88714679
6
6.2
6
87
6
56
0
16
0
83
0.65
88718658--88718687
13
2.3
13
100
0
60
23
0
30
46
1.52
88720515--88720960
222
2.0
223
92
4
734
34
12
20
32
1.90
88727044--88727114
33
2.2
33
85
10
92
52
9
12
25
1.70
88740538--88740610
22
3.4
22
72
22
66
49
1
5
43
1.34
88741536--88741603
26
2.8
26
76
13
81
36
0
0
63
0.95
88741907--88741970
3
21.7
3
80
12
53
73
0
26
0
0.84
88741899--88741977
14
6.2
12
75
15
70
73
0
26
0
0.84
88741898--88741973
23
3.0
23
80
14
71
72
0
27
0
0.85
88745594--88745680
33
2.6
33
85
0
111
16
44
11
27
1.81
88745878--88746018
76
1.9
75
86
1
201
29
6
7
56
1.51
88749162--88749223
27
2.3
27
80
5
72
29
29
19
22
1.98
88749266--88749325
28
2.1
29
90
6
97
71
0
0
28
0.86
88755448--88755480
16
2.1
16
100
0
66
24
18
21
36
1.95
88757047--88757093
17
2.8
17
84
15
62
65
0
8
25
1.20
88757142--88757211
6
11.5
6
86
3
50
60
1
5
32
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88757235--88757405
65
2.6
66
86
7
233
62
1
9
26
1.33
88757159--88757636
3
159.0
3
68
10
215
61
1
8
27
1.36
88760708--88760800
39
2.5
37
80
7
98
27
29
22
20
1.98
88761156--88761206
3
17.0
3
83
0
66
58
5
0
35
1.22
88761160--88761208
18
2.7
18
93
0
80
55
8
0
36
1.30
88761156--88761206
12
4.2
12
92
0
75
58
5
0
35
1.22
88761860--88761885
11
2.4
11
100
0
52
0
42
7
50
1.31
88762243--88762285
21
2.0
21
81
0
50
58
6
0
34
1.25
88764189--88764360
42
4.1
42
77
4
168
43
19
15
22
1.88
88764189--88764366
84
2.1
84
83
4
216
43
18
15
22
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295