genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15815274--15815333	29	2.1	29	84	6	77	33	25	0	41	1.55
15817813--15817856	22	2.0	22	100	0	88	40	18	4	36	1.71
15829593--15829686	46	2.0	46	97	0	179	40	10	11	37	1.77
15837507--15837676	43	4.0	43	77	9	177	27	14	25	32	1.94
15840320--15840350	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
15840293--15840350	9	6.4	9	89	0	62	67	13	0	18	1.23
15841052--15841101	20	2.5	20	86	3	64	18	26	4	52	1.63
15841052--15841107	10	5.5	10	76	4	58	17	30	3	48	1.65
15841240--15841316	38	2.0	38	100	0	154	42	7	10	38	1.68
15842030--15842083	26	2.1	26	100	0	108	38	14	3	42	1.64
15845359--15845449	46	2.0	46	100	0	182	48	17	4	29	1.67
15854094--15854133	17	2.4	16	88	8	62	47	12	15	25	1.80
15854097--15854258	18	9.1	17	68	17	73	48	11	12	26	1.76
15855704--15855818	30	3.9	29	79	5	124	42	1	22	33	1.64
15855688--15855818	59	2.2	59	79	2	156	41	1	21	35	1.62
15859372--15859730	79	4.6	77	84	6	449	29	18	19	32	1.96
15859372--15859730	157	2.3	154	86	4	495	29	18	19	32	1.96
15859920--15859962	18	2.4	19	80	11	54	79	0	2	18	0.85
15859966--15860074	30	3.7	30	78	6	123	28	19	3	48	1.65
15860049--15860104	29	1.9	29	81	0	67	33	17	8	39	1.81
15869068--15869163	18	5.4	18	70	14	74	50	11	11	27	1.73
15870644--15870760	30	3.9	31	80	5	118	41	3	24	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15870629--15870759	59	2.2	59	78	2	147	41	3	23	31	1.72
15870775--15870803	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
15877327--15877360	14	2.5	14	95	4	61	55	0	0	44	0.99
15878355--15878408	19	2.8	20	81	10	69	55	9	0	35	1.32
15878403--15878442	17	2.3	18	86	4	55	57	5	2	35	1.34
15879205--15879245	22	1.9	21	90	5	64	14	4	9	70	1.30
15879924--15879988	33	2.0	33	93	3	114	38	10	6	44	1.64
15899462--15899546	41	2.1	41	88	0	125	22	30	27	20	1.98
15902911--15902960	16	3.1	16	88	2	73	12	32	38	18	1.87
15905086--15905139	25	2.2	25	86	0	72	33	1	22	42	1.64
15907278--15907335	31	2.0	28	86	10	80	67	5	1	25	1.21
15911343--15911387	20	2.2	20	84	7	56	26	4	8	60	1.46
15915108--15915148	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
15931050--15931097	22	2.2	22	82	14	55	54	4	2	39	1.32
15933015--15933063	18	2.6	19	73	26	59	34	4	4	57	1.37
15933024--15933059	16	2.1	18	90	10	58	41	5	0	52	1.24
15934774--15934823	24	2.1	24	82	14	59	24	4	2	70	1.15
15935285--15935358	37	2.0	37	100	0	148	27	13	8	51	1.69
15936134--15936638	131	3.9	129	76	8	382	26	19	19	34	1.96
15939525--15939634	44	2.5	44	95	0	202	31	21	14	31	1.94
15947260--15947420	51	3.2	51	97	0	295	31	22	12	33	1.91
15948937--15948967	16	1.9	16	100	0	62	16	32	0	51	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15950261--15950298	9	4.1	9	90	6	58	73	0	0	26	0.83
15951183--15951232	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
15951246--15951283	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
15954180--15954477	3	100.3	3	78	6	234	63	2	5	29	1.27
15956028--15956082	21	2.7	21	78	13	60	54	0	5	40	1.23
15959594--15959640	25	1.9	24	91	4	76	17	19	12	51	1.77
15960477--15960623	40	3.7	40	83	0	195	34	18	21	26	1.96
15960655--15960840	99	1.9	99	85	0	255	32	17	20	29	1.96
15961137--15961272	7	19.4	7	72	11	82	24	0	27	47	1.57
15961137--15961272	14	9.7	14	75	9	107	24	0	27	47	1.57
15961260--15961307	21	2.2	22	85	3	62	12	0	41	45	1.42
15961267--15961321	14	3.9	14	79	9	58	14	0	43	41	1.45
15962050--15962395	115	3.0	112	81	5	367	28	15	22	34	1.94
15964096--15964184	16	5.6	16	87	0	79	38	6	28	26	1.82
15964097--15964184	32	2.7	33	80	5	108	38	6	27	27	1.82
15971569--15971799	42	5.4	43	83	6	267	27	16	25	29	1.97
15971569--15971799	85	2.7	85	84	5	297	27	16	25	29	1.97
15972006--15972038	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
15972162--15972221	30	2.0	30	87	6	86	58	10	3	28	1.46
15972254--15972283	14	2.1	14	93	0	51	53	13	13	20	1.72
15972260--15972300	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
15977999--15978036	6	6.5	6	81	6	51	0	0	21	78	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15977999--15978039	11	3.6	11	93	3	64	0	0	21	78	0.76
15979073--15979124	26	2.0	26	96	0	95	23	28	7	40	1.82
15987297--15987584	89	3.3	89	89	2	413	24	24	20	30	1.98
16002638--16002713	38	2.0	38	100	0	152	34	23	21	21	1.97
16005160--16005187	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
16007965--16007994	16	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
16009847--16009891	21	2.2	20	84	11	56	20	0	2	77	0.87
16012912--16013203	36	8.4	36	69	11	133	36	14	12	35	1.84
16013001--16013191	18	10.6	18	75	10	167	37	16	12	34	1.86
16013002--16013203	72	2.8	71	80	5	219	37	15	12	34	1.85
16015585--16015687	47	2.2	47	92	0	170	40	24	19	15	1.90
16015724--16015748	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
16017278--16017322	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
16017822--16017880	30	2.0	31	83	6	77	55	6	1	35	1.36
16018225--16018282	29	2.0	29	93	0	98	31	3	27	37	1.73
16018231--16018290	29	2.1	29	87	6	86	33	6	21	38	1.80
16018361--16018414	19	2.7	21	75	16	60	42	1	1	53	1.22
16021639--16021956	48	6.6	49	79	7	296	24	28	18	27	1.98
16021683--16021959	96	2.9	94	84	3	349	24	29	19	26	1.98
16021639--16021969	144	2.3	144	85	2	432	25	29	18	26	1.98
16027150--16027197	24	2.0	24	100	0	96	37	12	8	41	1.73
16028159--16028351	17	11.3	17	70	17	98	26	4	4	65	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16028274--16028350	14	5.9	13	73	19	56	29	1	2	66	1.13
16028159--16028351	3	64.7	3	72	16	116	26	4	4	65	1.29
16028451--16028487	17	2.2	16	90	4	56	21	13	0	64	1.27
16030972--16031120	46	3.2	46	81	4	174	35	16	24	22	1.95
16031515--16032187	44	14.6	45	69	12	271	30	17	21	29	1.97
16031519--16032199	185	3.7	185	85	2	857	30	18	21	29	1.97
16031712--16032197	87	5.3	86	70	14	269	30	17	22	29	1.96
16033555--16033842	3	96.0	3	70	16	161	28	4	3	63	1.29
16034498--16034540	22	1.9	22	81	13	52	48	9	16	25	1.75
16036145--16036202	27	2.1	27	84	6	73	37	15	8	37	1.78
16036245--16036318	26	2.8	26	79	6	78	41	18	9	29	1.82
16036167--16036589	27	15.7	26	79	7	179	35	21	9	33	1.86
16036304--16036481	54	3.3	54	83	0	203	32	22	7	37	1.83
16036302--16036480	81	2.2	81	85	0	259	33	21	7	36	1.83
16036513--16036724	54	4.0	51	79	13	139	36	16	17	29	1.91
16036574--16036769	27	7.3	27	89	0	257	34	16	21	26	1.95
16036972--16037041	25	2.8	25	88	0	95	27	22	22	27	1.99
16036997--16037068	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
16037263--16037345	31	2.7	30	87	7	123	30	14	25	30	1.95
16039253--16039286	18	1.9	18	88	5	52	52	5	0	41	1.25
16040058--16040117	30	2.0	31	87	9	88	38	0	1	60	1.07
16040003--16040147	66	2.2	65	78	10	152	42	1	0	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16040130--16040200	24	3.0	23	78	13	81	32	0	1	66	1.01
16042926--16042966	14	3.1	14	75	13	50	34	0	0	65	0.93
16043779--16043836	30	1.9	30	100	0	116	56	1	3	37	1.26
16046028--16046080	17	3.1	17	86	2	70	50	1	7	39	1.41
16048656--16048709	28	1.9	28	84	0	72	61	5	1	31	1.30
16051427--16051452	8	3.2	8	100	0	52	11	15	34	38	1.83
16053051--16053079	14	2.1	14	100	0	58	6	24	34	34	1.82
16053199--16053334	68	2.0	68	100	0	272	30	11	8	48	1.70
16053206--16053351	68	2.1	68	92	2	240	32	11	6	49	1.66
16056131--16057284	576	2.0	576	100	0	2308	41	14	9	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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