genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76370511--76371452	96	9.7	94	88	7	1330	32	8	29	29	1.86
76370511--76371400	143	6.1	142	83	12	1187	32	7	29	30	1.86
76370925--76370964	20	2.0	20	100	0	80	35	0	30	35	1.58
76370782--76371107	163	2.0	162	95	2	591	32	7	29	30	1.85
76370829--76371060	116	2.0	116	100	0	464	32	6	29	31	1.84
76370735--76371154	210	2.0	209	95	1	761	32	7	29	30	1.85
76370878--76371013	69	2.0	67	94	2	236	33	5	29	31	1.81
76371571--76371649	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
76375310--76375477	43	4.0	43	72	11	132	32	23	16	27	1.96
76376908--76377149	90	2.7	89	81	5	281	38	14	22	24	1.91
76377074--76377146	31	2.4	30	81	4	83	43	12	20	23	1.85
76376896--76377147	30	8.4	30	70	9	138	39	13	22	24	1.90
76382756--76382807	25	2.1	25	88	0	77	40	13	15	30	1.86
76384617--76384716	29	3.4	29	88	1	137	35	12	27	26	1.91
76388016--76388100	30	2.8	30	81	0	116	41	9	27	22	1.84
76394737--76394844	24	4.6	23	71	17	87	11	23	2	62	1.40
76397037--76397064	14	2.0	14	100	0	56	14	7	7	71	1.29
76399901--76399965	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
76401829--76401894	29	2.4	27	87	10	89	12	18	0	69	1.18
76401795--76401894	12	8.5	12	67	24	52	12	19	3	66	1.37
76401828--76401939	17	6.5	17	72	12	59	10	18	1	68	1.27
76401807--76401959	68	2.2	67	80	9	175	10	18	3	67	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76402962--76403040	28	2.8	29	75	11	76	8	16	5	69	1.32
76403033--76403058	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
76405177--76405252	29	2.6	28	79	10	82	27	14	27	30	1.95
76405206--76405706	174	2.9	174	97	0	948	29	14	24	31	1.94
76408173--76408237	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
76410364--76410403	19	2.1	19	90	9	64	55	15	27	2	1.53
76414407--76414520	39	2.9	39	89	5	160	25	20	26	28	1.99
76418879--76419318	94	4.7	94	96	0	799	31	10	17	40	1.84
76419353--76419416	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
76421723--76421753	16	1.9	16	93	0	53	35	6	22	35	1.80
76428344--76428581	49	4.8	49	83	3	305	29	26	17	26	1.97
76428355--76428581	100	2.3	98	87	2	310	29	27	17	25	1.97
76431339--76431372	15	2.2	16	94	5	61	58	17	11	11	1.62
76434126--76434355	49	4.7	49	80	6	266	30	26	17	25	1.97
76434126--76434355	100	2.3	98	84	3	291	30	26	17	25	1.97
76435003--76435062	29	2.0	29	84	9	77	30	26	6	36	1.82
76439325--76439383	12	4.5	13	76	17	59	72	3	8	15	1.21
76439316--76439383	12	5.4	12	74	19	50	73	4	7	14	1.21
76439364--76439435	29	2.7	26	80	16	83	68	8	13	9	1.40
76440306--76440340	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
76449188--76449284	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
76453952--76454018	34	2.0	33	82	8	82	32	20	23	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76459487--76459762	51	5.5	49	69	14	179	28	20	22	28	1.99
76459539--76459714	51	3.5	50	76	4	192	29	21	21	27	1.99
76459482--76459770	101	2.9	101	89	2	413	28	21	22	28	1.99
76463575--76463639	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
76463575--76463643	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
76467261--76467287	13	2.1	13	100	0	54	22	25	29	22	1.99
76469404--76469441	12	3.5	11	82	10	51	86	2	0	10	0.66
76483496--76483526	16	2.0	15	93	6	53	48	0	19	32	1.49
76487380--76487449	25	2.8	25	91	0	113	27	22	24	25	2.00
76487495--76487533	10	3.8	10	90	6	60	33	15	17	33	1.92
76487495--76487534	21	1.9	21	94	0	71	32	15	17	35	1.91
76487573--76487620	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
76489203--76489309	30	3.6	31	75	6	105	28	28	16	25	1.97
76493492--76493566	24	3.2	24	69	19	61	34	16	25	24	1.95
76502687--76502740	27	1.9	27	85	7	72	68	7	9	14	1.38
76502747--76502774	14	2.0	14	100	0	56	71	7	7	14	1.29
76505036--76505089	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
76520037--76520090	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
76520037--76520110	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
76520037--76520101	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
76521679--76521703	9	2.8	9	100	0	50	8	12	0	80	0.92
76534546--76534656	27	4.2	26	83	10	127	28	15	16	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76549168--76549435	50	5.6	50	73	13	195	24	27	19	29	1.98
76549220--76549755	138	3.8	140	88	3	683	23	28	19	28	1.98
76549264--76549755	46	10.6	46	72	12	287	23	28	19	28	1.98
76551065--76551093	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
76552819--76552910	27	3.4	27	90	0	139	27	21	8	42	1.82
76552902--76553044	27	5.3	26	75	10	119	37	22	11	28	1.88
76552900--76553043	54	2.7	54	77	9	152	38	22	11	28	1.88
76552942--76553065	27	4.6	27	82	7	146	42	22	7	27	1.80
76552942--76553122	54	3.3	54	81	7	188	42	20	7	29	1.79
76553077--76553128	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
76553173--76553245	26	2.8	26	75	6	76	36	21	19	21	1.95
76554054--76554123	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
76554079--76554150	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
76554343--76554425	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
76558804--76558981	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
76558825--76558980	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.96
76558804--76558980	54	3.3	53	81	9	196	29	28	15	25	1.96
76566689--76566866	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
76566710--76566865	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
76568908--76568933	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
76570722--76570803	9	9.1	9	78	5	85	37	0	20	41	1.53
76570731--76570823	45	2.1	45	91	0	150	38	0	18	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76571345--76571384	17	2.4	17	82	0	53	55	0	12	32	1.38
76571872--76571912	20	2.0	20	90	0	64	36	19	9	34	1.85
76572177--76572282	35	3.3	35	70	20	120	48	12	13	26	1.77
76572159--76572282	62	2.0	62	98	0	239	47	11	13	27	1.77
76578344--76578492	28	5.3	28	87	1	192	26	11	27	34	1.91
76586323--76586473	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
76588851--76588969	7	17.0	7	68	10	55	44	31	2	21	1.65
76588851--76588924	21	3.5	20	78	7	76	43	35	4	17	1.68
76588834--76588924	42	2.2	42	88	4	130	42	32	4	19	1.71
76593020--76593123	39	2.6	39	84	4	120	26	19	19	34	1.95
76592951--76593124	41	4.3	42	72	12	132	27	16	20	36	1.94
76606852--76606912	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76614191--76614352	27	6.0	27	78	8	152	37	19	11	31	1.87
76614195--76614352	81	2.0	81	84	5	212	38	18	11	31	1.86
76615771--76615811	17	2.3	18	84	12	50	36	9	17	36	1.82
76620466--76620502	18	2.1	17	90	5	56	43	0	16	40	1.48
76636977--76637128	39	4.0	39	85	10	194	25	27	23	23	2.00
76641569--76641608	21	1.9	21	89	0	62	17	12	40	30	1.86
76644198--76644297	29	3.4	29	70	8	94	36	11	29	24	1.89
76644285--76644340	29	1.9	29	92	0	94	37	14	26	21	1.92
76644198--76644326	58	2.2	59	88	1	197	36	11	28	23	1.90
76644547--76644612	21	3.2	20	68	23	57	25	12	22	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76644553--76644630	40	2.0	40	100	0	156	24	11	23	41	1.87
76646484--76646729	40	6.2	40	93	0	413	28	26	21	23	1.99
76650953--76651121	43	4.0	43	75	10	168	25	18	27	28	1.98
76666869--76667123	55	4.8	54	76	7	220	34	16	25	22	1.95
76666879--76667076	108	1.8	110	85	2	283	32	16	26	24	1.96
76667316--76667348	4	8.2	4	93	0	57	48	0	21	30	1.50
76667315--76667346	16	2.0	16	100	0	64	50	0	18	31	1.48
76681498--76681599	44	2.4	42	85	8	125	30	14	20	34	1.93
76682202--76682380	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
76684320--76684708	47	8.1	47	87	5	526	31	12	30	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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