genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70508532--70508611	40	2.0	40	100	0	160	32	7	15	45	1.74
70508685--70508733	20	2.5	19	83	6	71	46	0	0	53	1.00
70524251--70524435	40	4.7	40	80	10	159	24	21	27	25	1.99
70532172--70532356	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
70532173--70532356	79	2.3	81	81	7	216	25	22	27	25	2.00
70532225--70532388	79	2.1	78	80	7	181	26	20	27	25	1.99
70536290--70536315	5	5.2	5	100	0	52	0	76	0	23	0.78
70543523--70543590	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
70543412--70543739	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	29	1.94
70543692--70543770	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
70548447--70548502	24	2.3	23	80	14	60	33	1	1	62	1.16
70554115--70554230	48	2.4	47	74	8	110	37	18	22	22	1.94
70554647--70554676	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
70562616--70562641	13	2.0	13	100	0	52	30	38	23	7	1.83
70562629--70562894	38	6.9	38	87	3	363	22	20	25	31	1.98
70562629--70562895	116	2.3	115	89	2	394	22	20	25	31	1.98
70575614--70575775	47	3.5	45	79	10	150	23	29	20	27	1.99
70577381--70577642	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
70583769--70583945	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
70583789--70583944	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70591815--70591992	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70591836--70591991	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70596670--70596892	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
70596670--70596892	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
70596670--70596925	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
70598639--70598702	29	2.2	29	83	2	76	35	25	12	26	1.91
70607630--70607668	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
70609068--70609096	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
70615466--70615639	27	6.4	27	83	1	177	25	15	28	29	1.96
70615466--70615621	82	1.9	81	86	1	222	25	16	29	28	1.96
70615462--70615639	82	2.2	81	81	1	212	26	15	28	29	1.96
70633370--70633763	40	9.8	40	93	2	635	26	21	28	23	1.99
70633370--70633763	82	4.9	81	94	1	659	26	21	28	23	1.99
70633370--70633763	122	3.2	120	93	2	653	26	21	28	23	1.99
70639529--70640280	377	2.0	377	95	0	1362	33	9	22	34	1.87
70645364--70645723	27	13.4	27	82	2	384	38	20	10	30	1.87
70645688--70645766	27	2.9	27	90	3	115	37	17	17	26	1.92
70648543--70648619	28	2.7	28	84	6	93	28	15	32	23	1.95
70648927--70649286	27	13.4	27	80	3	350	38	20	10	31	1.86
70648918--70649286	80	4.6	81	81	5	374	38	19	10	31	1.85
70649262--70649329	27	2.5	27	87	0	91	38	16	17	27	1.91
70654457--70654504	24	2.0	24	100	0	96	29	4	12	54	1.56
70658366--70658473	46	2.3	49	82	6	125	34	18	20	26	1.96
70661773--70661950	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70661774--70661929	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
70661770--70661950	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
70661855--70661961	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
70669808--70669985	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
70669809--70669964	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
70669805--70669985	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
70669890--70669996	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
70689493--70689724	40	5.8	40	92	2	374	26	21	28	22	1.99
70689485--70689724	82	3.0	81	93	1	392	26	21	28	23	1.99
70704124--70704238	53	2.1	54	85	1	151	40	18	8	32	1.81
70704124--70704295	80	2.1	82	79	6	190	40	20	8	30	1.83
70704124--70704300	27	6.6	27	80	6	153	39	19	9	31	1.83
70704289--70704482	27	7.2	27	86	0	244	29	20	8	41	1.81
70704289--70704479	54	3.5	54	86	0	274	30	18	8	42	1.80
70704251--70704419	81	2.1	81	79	0	176	33	18	8	39	1.81
70704915--70704999	6	13.8	6	67	18	50	23	15	12	48	1.79
70704915--70704994	31	2.6	31	79	0	88	23	15	13	47	1.81
70705028--70705109	34	2.4	34	100	0	164	18	19	30	31	1.96
70706903--70706969	27	2.5	27	87	0	89	29	17	23	28	1.97
70706965--70707149	27	6.9	27	82	6	169	39	20	9	30	1.85
70707111--70707186	27	2.8	26	78	11	64	32	26	7	32	1.85
70707098--70707268	81	2.1	81	81	2	191	33	20	7	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70707138--70707331	27	7.2	27	86	2	246	29	20	7	42	1.79
70707790--70707898	6	17.8	6	69	14	62	21	19	11	47	1.81
70707802--70707871	19	3.7	19	72	11	72	20	21	11	47	1.81
70707790--70707877	37	2.4	37	90	0	140	21	20	11	46	1.82
70707803--70707896	43	2.4	37	84	10	107	20	19	11	48	1.79
70710717--70710752	18	2.0	18	100	0	72	50	5	16	27	1.68
70715803--70715924	24	5.0	24	92	1	199	36	4	38	20	1.74
70717538--70717618	33	2.4	34	76	12	87	29	18	23	28	1.98
70728038--70728157	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
70731340--70731517	40	4.5	40	92	2	279	25	29	23	21	1.99
70739437--70739616	39	4.6	40	92	6	289	25	27	22	24	2.00
70739437--70739616	79	2.3	79	92	4	294	25	27	22	24	2.00
70749885--70750422	272	2.0	272	95	0	970	36	27	12	23	1.91
70759689--70759747	30	2.0	30	83	6	75	44	8	11	35	1.72
70767417--70767561	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
70771817--70771997	40	4.6	40	85	2	231	24	23	25	25	2.00
70781928--70781988	26	2.3	26	97	2	113	14	8	34	42	1.76
70783726--70783763	15	2.5	15	100	0	76	26	15	28	28	1.96
70787899--70787942	22	2.0	22	90	0	70	59	2	0	38	1.10
70787899--70787934	12	3.3	11	88	11	56	66	0	0	33	0.92
70787890--70787941	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
70795840--70795896	29	1.9	30	85	3	80	42	24	7	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70797155--70797415	48	5.7	48	76	10	267	31	15	22	30	1.95
70797257--70797466	38	5.0	38	69	19	141	29	14	24	31	1.95
70797203--70797374	85	2.0	86	86	1	238	29	15	23	31	1.95
70797129--70797464	133	2.5	133	91	0	555	30	15	23	30	1.95
70803319--70803463	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
70805566--70805757	38	4.6	38	71	21	159	28	16	25	30	1.96
70805592--70805863	48	5.9	48	78	9	289	30	15	22	30	1.95
70805592--70805863	95	3.0	95	74	12	287	30	15	22	30	1.95
70805562--70805886	133	2.4	133	94	0	569	30	15	23	30	1.95
70805827--70805903	38	2.0	38	90	5	120	32	12	24	29	1.93
70809338--70809464	46	2.8	46	93	0	218	23	32	9	34	1.87
70809484--70809634	47	3.2	47	98	0	284	26	28	10	34	1.90
70809538--70809613	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
70812550--70812788	116	2.1	116	93	0	406	35	14	10	38	1.81
70817519--70817720	40	5.1	40	80	3	192	18	30	18	32	1.95
70817519--70817661	20	7.2	20	72	7	112	18	31	20	30	1.96
70834997--70835178	49	3.7	49	85	2	247	28	26	19	25	1.99
70834990--70835176	100	1.9	99	92	1	311	28	25	20	25	1.99
70843644--70844047	47	8.6	47	91	2	623	29	30	8	32	1.87
70847963--70847994	16	1.9	17	93	6	57	37	12	0	50	1.41
70849254--70849314	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
70852766--70852972	67	3.1	65	77	10	206	22	28	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70860557--70860671	42	2.7	42	78	5	135	27	25	15	31	1.96
70864435--70864486	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
70872613--70872770	40	4.0	40	89	0	235	22	18	28	30	1.97
70872628--70872788	80	2.0	80	81	2	189	22	19	27	29	1.98
70881542--70881702	42	3.7	42	77	6	153	28	26	16	29	1.97
70881507--70881676	84	2.0	84	81	4	200	27	26	17	29	1.97
70886104--70886274	46	3.7	47	75	10	183	24	28	19	27	1.98
70886105--70886271	91	1.8	92	85	6	241	25	28	17	28	1.98
70901784--70902055	47	5.7	47	96	1	463	30	8	31	30	1.87
70902173--70902251	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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