genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8424293--8424662	40	9.4	40	72	8	238	29	23	17	29	1.97
8424025--8424428	192	2.1	193	85	3	546	29	23	18	28	1.97
8424333--8424740	194	2.1	198	82	5	484	28	22	18	30	1.97
8424145--8424665	234	2.2	231	85	3	715	29	22	18	29	1.97
8424836--8425353	40	13.2	40	68	9	235	27	22	19	30	1.98
8424417--8425098	309	2.2	313	80	9	827	27	22	19	30	1.98
8424740--8425138	195	2.1	194	87	1	575	27	22	19	29	1.98
8424876--8425285	155	2.6	154	88	1	597	28	22	19	29	1.98
8430306--8430339	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8433090--8433130	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8435036--8435069	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8439530--8439560	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
8439594--8439653	31	2.0	31	90	3	95	31	3	6	58	1.40
8440814--8440868	27	2.0	27	82	6	67	34	0	3	61	1.13
8441055--8441095	9	4.3	9	84	9	55	26	0	0	73	0.84
8451204--8451252	25	2.0	25	92	4	82	42	8	14	34	1.75
8455803--8455852	20	2.5	20	83	3	57	48	2	4	46	1.32
8473012--8473054	23	1.9	22	85	4	59	27	2	0	69	1.00
8473318--8473382	26	2.5	26	84	0	94	30	6	24	38	1.80
8473335--8473379	13	3.5	13	75	0	54	24	6	28	40	1.80
8479232--8479450	46	4.7	47	75	11	164	25	29	19	26	1.98
8481487--8481632	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8481596--8481798	46	4.3	46	88	7	289	28	21	14	35	1.92
8481596--8481798	98	2.1	99	93	0	345	28	21	14	35	1.92
8483318--8483521	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
8483402--8483520	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
8483411--8483501	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
8484774--8484919	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
8484883--8485085	46	4.3	46	88	7	289	28	21	14	35	1.92
8484883--8485085	98	2.1	99	93	0	345	28	21	14	35	1.92
8504122--8504438	46	7.0	46	88	2	426	42	14	23	19	1.88
8505053--8505079	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
8506893--8506925	13	2.4	14	85	5	50	60	0	0	39	0.97
8510176--8510211	18	2.1	18	89	5	56	33	2	13	50	1.57
8517666--8517713	24	1.9	24	83	8	60	6	8	18	66	1.39
8518950--8518991	19	2.2	19	83	8	50	76	4	2	16	1.07
8521650--8521714	29	2.3	26	78	19	69	63	1	6	29	1.28
8525752--8525786	2	17.0	2	94	5	61	48	0	48	2	1.16
8528138--8528167	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
8532182--8532242	31	2.0	31	96	0	113	47	6	9	36	1.63
8533180--8533218	20	2.0	19	85	5	51	28	2	0	69	1.02
8533520--8533565	23	2.0	23	86	0	65	56	8	13	21	1.63
8534175--8534213	21	1.9	20	94	5	69	56	5	12	25	1.57
8538341--8538386	19	2.4	19	100	0	92	30	4	28	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8538663--8538746	41	2.1	40	84	6	107	54	3	2	39	1.31
8543224--8543269	24	1.9	24	95	0	83	45	41	0	13	1.43
8544659--8546209	389	4.0	389	94	0	2652	33	16	19	30	1.94
8548772--8548826	24	2.3	24	83	0	74	36	30	1	30	1.68
8553574--8553629	19	3.1	19	73	17	64	67	1	1	28	1.10
8553575--8553654	37	2.2	36	82	6	99	68	3	1	26	1.13
8553575--8553652	36	2.2	36	84	9	97	69	3	1	25	1.13
8568888--8568922	6	5.8	6	89	0	52	37	0	42	20	1.52
8568888--8568922	18	1.9	18	94	0	61	37	0	42	20	1.52
8568889--8568928	18	2.2	18	86	0	53	42	0	37	20	1.52
8569117--8569199	41	2.0	41	95	0	148	44	16	2	36	1.61
8573481--8573528	12	4.0	12	83	0	60	35	8	35	20	1.83
8576635--8576681	18	2.6	19	83	12	55	59	4	0	36	1.17
8576643--8576681	19	2.1	18	85	4	51	58	5	0	35	1.20
8578299--8578410	25	4.5	25	92	2	172	31	24	20	24	1.98
8582007--8582112	40	2.7	40	80	2	124	34	16	2	45	1.63
8582090--8582120	14	2.2	14	94	0	53	25	9	0	64	1.24
8591020--8591090	24	2.9	25	87	2	108	28	22	18	30	1.97
8593518--8593555	19	2.0	20	84	5	51	28	2	18	50	1.61
8595017--8595065	19	2.4	19	86	10	62	46	2	0	51	1.12
8595035--8595118	36	2.5	32	79	14	80	47	4	0	47	1.23
8595221--8595265	11	3.8	13	77	19	53	11	13	2	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8595231--8595261	16	1.9	16	93	0	53	9	16	0	74	1.07
8595349--8595413	25	2.6	25	76	9	62	29	3	4	63	1.30
8597040--8597086	22	2.1	23	84	11	62	34	2	0	63	1.06
8598380--8598437	28	1.9	30	83	13	75	41	1	25	31	1.66
8599626--8600034	132	3.1	132	80	7	447	35	18	19	26	1.95
8602888--8603232	45	7.8	45	69	9	199	27	26	18	27	1.98
8602811--8603251	133	3.3	133	90	2	685	26	26	19	27	1.99
8606236--8606489	133	1.9	133	93	0	436	26	24	20	28	1.99
8607714--8607762	8	6.1	8	80	15	57	0	14	0	85	0.59
8607710--8607754	4	11.8	4	83	11	51	0	17	0	82	0.68
8610303--8610340	19	2.0	19	94	0	67	44	15	18	21	1.86
8611898--8612178	132	2.1	132	81	6	320	35	18	18	27	1.94
8611905--8612224	132	2.4	131	80	8	319	34	18	19	28	1.95
8613171--8613413	24	10.0	24	89	3	335	27	20	22	29	1.98
8613190--8613413	98	2.3	96	91	1	349	27	19	22	30	1.98
8613462--8613508	20	2.3	20	92	0	76	36	21	8	34	1.84
8613545--8613594	25	2.0	25	88	0	73	26	16	24	34	1.95
8615023--8615099	34	2.3	34	97	0	145	14	32	22	31	1.93
8623621--8623677	16	3.4	16	78	9	60	29	1	3	64	1.20
8624563--8624659	28	3.4	28	88	1	131	49	7	16	26	1.71
8624620--8625123	126	4.0	126	93	0	855	37	17	17	27	1.92
8626876--8627235	46	7.8	46	89	1	445	20	23	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8626871--8627225	137	2.6	138	86	2	482	20	22	15	41	1.89
8626876--8627225	183	1.9	184	86	1	497	20	22	15	42	1.89
8630487--8630519	13	2.5	13	95	0	57	36	6	27	30	1.81
8632457--8632536	30	2.7	30	82	0	97	13	13	40	32	1.84
8633036--8633065	7	4.3	7	100	0	60	56	16	0	26	1.40
8633991--8634043	24	2.2	23	83	12	63	67	3	0	28	1.07
8639051--8639098	6	8.3	6	88	2	64	81	2	2	14	0.88
8650948--8651010	32	2.0	30	82	11	74	47	1	7	42	1.42
8650948--8651010	31	2.0	31	82	11	76	47	1	7	42	1.42
8653259--8653574	134	2.4	132	81	5	370	31	19	21	27	1.97
8660072--8660104	14	2.3	15	85	15	52	51	6	3	39	1.42
8667082--8667149	34	2.0	35	97	2	129	45	1	20	32	1.60
8668321--8668437	59	2.0	58	89	1	180	44	8	5	41	1.57
8670762--8670832	31	2.3	30	90	4	106	23	2	9	63	1.39
8671744--8671970	90	2.5	90	80	7	219	25	19	15	39	1.91
8673236--8673279	23	2.0	23	86	4	63	45	6	15	31	1.73
8680121--8680485	46	8.0	46	85	1	446	41	13	22	21	1.88
8680132--8680503	137	2.7	138	85	0	460	42	14	22	20	1.88
8680766--8680798	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
8684271--8684321	16	3.1	17	80	5	61	45	3	1	49	1.32
8684920--8684953	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
8688301--8688349	20	2.5	20	82	0	53	53	6	8	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8689102--8689133	15	2.2	15	94	5	57	25	0	3	71	1.00
8694953--8695021	34	2.0	34	94	0	120	55	4	5	34	1.44
8694960--8695028	34	2.0	34	97	0	129	50	4	5	39	1.46
8696056--8696080	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8698392--8698480	45	2.0	45	86	0	124	14	30	11	43	1.80
8706957--8707021	13	5.1	13	74	10	62	36	21	7	33	1.82
8714481--8714568	46	1.9	46	92	0	149	34	3	23	38	1.72
8717250--8717306	29	2.0	29	89	6	89	40	0	5	54	1.23
8717251--8717319	29	2.4	28	79	13	77	40	0	4	55	1.20
8729347--8729384	6	6.5	6	96	3	69	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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