Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  281  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89269390--89269446
29
1.9
30
89
3
89
29
1
14
54
1.50
89269585--89269660
31
2.5
30
87
6
100
43
6
9
40
1.63
89269840--89269900
20
2.8
22
82
12
72
52
3
1
42
1.27
89269846--89269922
23
3.5
22
79
13
70
48
1
1
49
1.17
89284182--89284225
22
2.0
22
90
0
70
54
0
0
45
0.99
89284249--89284285
16
2.3
16
86
13
58
62
2
0
35
1.10
89284553--89284615
29
2.2
29
94
0
108
49
7
7
34
1.61
89285018--89285059
18
2.3
18
88
8
59
47
4
0
47
1.23
89293910--89293950
16
2.6
16
84
3
57
56
14
7
21
1.63
89296941--89297022
19
4.3
19
79
0
83
20
24
21
32
1.98
89302966--89303046
10
8.8
9
70
17
51
41
4
0
53
1.22
89302959--89303035
28
2.8
27
71
13
66
38
6
0
54
1.26
89303513--89303552
19
2.1
19
85
0
53
25
17
5
52
1.64
89308453--89308490
19
2.0
19
100
0
76
31
10
10
47
1.72
89316289--89316330
20
2.1
20
100
0
84
30
14
23
30
1.94
89320122--89320185
32
2.0
32
100
0
128
31
25
9
34
1.87
89320597--89320630
17
1.9
18
88
5
52
5
20
8
64
1.43
89323641--89323680
16
2.4
17
83
12
55
80
7
10
2
1.00
89323794--89323837
9
4.7
9
79
20
54
56
11
0
31
1.35
89324677--89324730
23
2.3
23
96
0
99
46
16
3
33
1.65
89324677--89324740
23
2.8
23
90
4
85
46
15
3
34
1.62
89325487--89325537
15
3.3
15
79
12
50
49
13
0
37
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89340252--89340295
13
3.4
13
80
0
52
38
25
0
36
1.56
89340378--89340728
46
7.9
46
80
11
349
20
23
14
41
1.89
89342781--89342839
11
5.2
11
76
15
57
64
1
0
33
1.04
89345597--89345631
11
3.0
11
91
8
52
71
2
0
25
1.00
89357482--89357719
66
3.5
66
93
3
379
41
9
13
35
1.77
89358865--89358937
31
2.4
31
88
0
101
34
19
27
19
1.96
89368001--89368042
12
3.2
13
83
10
50
45
35
4
14
1.66
89368008--89368042
12
2.8
12
91
4
52
42
34
5
17
1.73
89368099--89368157
13
4.7
13
68
8
50
15
49
15
20
1.80
89368079--89368165
37
2.3
38
94
4
158
18
50
11
19
1.77
89368988--89369035
12
3.8
12
76
10
51
27
6
4
62
1.38
89369118--89369179
3
20.7
3
100
0
124
32
0
0
67
0.91
89369241--89369282
22
1.9
22
90
0
66
23
7
2
66
1.28
89375741--89375788
12
3.8
12
76
10
51
27
4
4
64
1.30
89375955--89375995
21
2.0
21
90
0
64
24
7
2
65
1.30
89375957--89376002
21
2.2
21
84
0
56
28
6
4
60
1.40
89381310--89381482
91
1.9
89
85
2
238
35
12
21
30
1.91
89387886--89387923
20
1.9
20
89
10
60
55
5
18
21
1.62
89398606--89398641
15
2.4
15
90
9
56
25
66
8
0
1.19
89401005--89401041
19
1.9
19
88
0
56
27
5
5
62
1.39
89401403--89401473
36
2.0
36
97
0
133
46
11
11
30
1.75
89406615--89406743
9
14.1
9
70
13
86
65
1
2
31
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89406675--89406743
19
3.7
19
78
7
88
68
2
2
26
1.18
89406656--89406754
18
5.4
18
73
13
69
66
4
3
26
1.24
89406656--89406744
36
2.5
35
80
7
106
67
2
2
28
1.14
89406951--89407101
9
15.6
10
68
13
68
32
3
1
62
1.19
89406940--89407002
19
3.2
19
76
13
56
28
6
3
61
1.36
89406928--89407053
38
3.2
38
78
10
123
28
5
2
63
1.29
89406951--89407053
19
5.4
18
69
17
75
29
4
1
64
1.25
89407058--89407120
30
2.1
29
85
2
81
38
0
0
61
0.96
89407026--89407120
49
1.9
49
85
10
131
38
0
1
60
1.04
89407061--89407120
10
6.0
10
69
7
50
40
0
0
60
0.97
89408228--89408301
37
2.0
37
100
0
148
35
18
18
27
1.95
89414373--89414400
12
2.3
12
100
0
56
28
39
14
17
1.89
89416068--89416101
9
3.8
9
100
0
68
55
0
0
44
0.99
89416043--89416101
27
2.1
27
81
3
64
50
0
3
45
1.18
89416680--89416709
12
2.5
12
100
0
60
66
23
10
0
1.21
89417160--89417196
19
1.9
19
100
0
74
59
2
5
32
1.34
89426135--89426160
1
26.0
1
100
0
52
100
0
0
0
0.00
89434463--89434513
20
2.6
20
70
14
52
43
0
3
52
1.19
89434594--89434683
39
2.2
40
88
3
128
40
3
4
52
1.38
89446335--89446374
20
2.1
19
86
13
55
35
42
2
20
1.65
89446768--89446879
3
36.7
3
81
13
115
31
3
0
65
1.10
89450860--89450903
20
2.1
21
87
4
63
38
22
22
15
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89458596--89459066
135
3.5
135
90
1
712
28
20
23
28
1.99
89471367--89471439
33
2.2
33
82
2
83
27
2
6
63
1.34
89482243--89482351
42
2.6
41
78
11
105
42
15
27
14
1.86
89483127--89483261
71
1.9
71
87
3
200
28
14
22
35
1.93
89483314--89483744
73
5.9
73
84
4
507
28
16
21
32
1.96
89483314--89484114
145
5.2
144
78
13
730
28
16
21
33
1.95
89483732--89483766
14
2.5
14
95
0
61
17
14
8
60
1.58
89483585--89484079
162
3.0
162
86
4
649
27
16
21
34
1.95
89483910--89484114
75
2.7
76
90
3
310
31
15
20
32
1.94
89484827--89484954
30
4.3
30
95
0
229
27
49
3
19
1.66
89484827--89485001
60
2.9
60
88
3
237
26
48
4
21
1.68
89484827--89485001
30
5.8
29
86
4
206
26
48
4
21
1.68
89484827--89485001
90
1.9
90
83
4
228
26
48
4
21
1.68
89485561--89485718
25
6.1
25
71
12
81
31
6
3
57
1.43
89485550--89485687
27
5.3
27
72
10
81
31
7
3
57
1.43
89485565--89485618
15
3.5
16
73
19
51
33
3
0
62
1.12
89485639--89485729
23
3.9
24
75
11
73
32
6
5
54
1.49
89485853--89485900
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
89485853--89485904
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
89488676--89488718
23
1.9
23
85
4
61
48
0
4
46
1.22
89488685--89488729
23
1.9
23
86
4
63
46
0
4
48
1.22
89492472--89492552
34
2.4
33
77
2
81
43
9
23
23
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89492559--89492644
30
2.8
32
75
10
88
56
5
11
25
1.57
89493413--89493462
23
2.2
22
82
3
55
64
4
4
28
1.30
89495466--89495509
19
2.2
20
88
4
63
40
0
6
52
1.28
89498345--89498394
10
5.0
10
81
13
59
22
8
2
68
1.26
89506305--89506364
10
6.0
10
84
11
79
21
8
1
68
1.25
89510746--89510834
44
2.0
44
100
0
178
53
15
11
19
1.71
89519476--89519621
68
2.2
68
92
1
240
51
3
10
34
1.53
89520015--89520042
13
2.2
13
100
0
56
39
28
7
25
1.82
89527050--89527099
15
3.4
15
86
5
66
18
30
26
26
1.98
89528952--89529153
104
1.9
104
97
0
386
33
20
15
30
1.94
89533775--89533810
18
2.0
18
100
0
72
38
22
16
22
1.93
89540837--89540891
26
2.1
26
96
0
101
40
16
16
27
1.89
89541285--89541330
22
2.1
22
83
0
56
36
19
26
17
1.94
89542035--89542128
47
2.0
47
100
0
188
36
14
21
27
1.93
89547206--89547239
18
1.9
17
88
5
50
11
23
47
17
1.81
89547422--89547511
47
1.9
47
93
0
153
26
12
21
40
1.88
89551372--89551826
227
2.0
227
99
0
892
33
9
18
39
1.82
89554941--89555033
36
2.6
37
79
8
102
41
30
11
16
1.84
89556589--89556672
7
11.9
7
79
2
87
16
2
35
45
1.61
89557013--89557142
61
2.1
60
83
4
161
23
28
23
24
2.00
89558135--89558194
26
2.4
24
83
8
75
68
3
0
28
1.05
89558157--89558220
21
3.1
22
78
10
64
68
4
0
26
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89558270--89558302
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
89562468--89562596
44
3.0
44
82
6
167
32
34
16
16
1.91
89576142--89576190
15
3.5
15
72
16
50
12
57
0
30
1.36
89576636--89576698
23
2.7
23
77
18
85
55
6
0
38
1.25
89576636--89576725
46
2.0
46
84
8
121
55
4
2
37
1.32
89577864--89577968
7
14.7
7
67
11
52
38
38
0
22
1.61
89578009--89578106
7
13.4
7
72
8
61
46
25
1
26
1.59
89578014--89578098
21
3.9
21
77
11
98
44
27
1
27
1.62
89577998--89578091
46
2.0
46
97
0
179
42
26
2
28
1.67
89578263--89578552
41
7.1
40
87
3
312
20
23
22
34
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295