Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  257  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82499406--82499443
19
2.0
19
100
0
76
26
10
10
52
1.68
82513104--82513166
20
3.2
20
69
13
58
12
6
46
34
1.68
82513951--82514003
16
3.2
16
89
5
88
26
0
35
37
1.57
82513984--82514074
45
2.0
45
85
2
121
27
4
28
39
1.76
82514126--82514442
157
2.0
157
93
1
546
43
2
5
47
1.40
82514376--82514417
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13
82514385--82514426
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
82514379--82514671
120
2.4
121
94
2
502
50
4
3
41
1.39
82514505--82514546
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
82516312--82516378
35
1.9
35
90
0
107
53
16
7
22
1.67
82521175--82521324
27
5.5
27
80
6
144
28
28
16
26
1.97
82529189--82529338
27
5.5
27
80
6
144
28
28
16
26
1.97
82538551--82538634
25
3.4
25
86
3
91
46
22
11
19
1.82
82538569--82538634
25
2.6
25
92
0
105
50
21
9
19
1.75
82541666--82541730
31
2.1
31
86
8
89
21
9
18
50
1.74
82547447--82547493
19
2.3
20
82
10
60
36
0
14
48
1.44
82547845--82548237
50
7.8
50
77
5
360
26
17
25
31
1.97
82547999--82548082
28
3.2
28
65
25
83
23
16
29
29
1.96
82547896--82548077
101
1.8
101
91
0
301
25
18
26
30
1.98
82547845--82548237
151
2.6
151
87
2
529
26
17
25
31
1.97
82548047--82548236
101
1.9
101
86
2
274
27
17
24
30
1.97
82548439--82548470
16
2.0
16
93
0
55
46
0
18
34
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82548794--82549133
180
1.9
180
91
0
554
39
8
19
32
1.82
82551301--82551463
28
5.8
28
77
9
122
33
17
20
28
1.95
82551299--82551465
84
2.0
84
83
4
212
34
17
19
28
1.95
82553388--82553416
13
2.2
13
100
0
58
27
20
20
31
1.98
82556917--82556986
27
2.6
27
76
0
77
30
22
27
20
1.98
82558402--82558573
45
3.8
45
85
3
211
25
16
30
26
1.97
82563305--82563335
9
3.4
9
95
0
53
45
25
6
22
1.76
82564043--82564117
6
11.7
6
78
13
78
74
1
1
22
0.97
82565337--82565376
21
2.0
20
90
5
62
62
2
10
25
1.39
82566172--82567163
496
2.0
496
94
0
1761
25
18
22
33
1.97
82572653--82572809
43
3.7
43
78
7
167
29
24
20
24
1.99
82577427--82577455
14
2.0
15
93
6
51
27
0
20
51
1.47
82578570--82578640
34
2.1
34
91
0
115
30
14
25
29
1.94
82580579--82580751
46
3.7
45
80
7
195
23
29
19
27
1.98
82580579--82580750
94
1.8
92
84
7
231
23
29
19
27
1.98
82585751--82585879
46
2.8
46
95
2
224
20
19
28
31
1.97
82590971--82591143
46
3.7
46
81
9
176
23
29
19
27
1.98
82590918--82591193
94
2.9
91
76
9
263
23
28
19
28
1.98
82595533--82595759
6
37.8
6
99
0
364
71
0
11
16
1.14
82595593--82595780
24
8.0
22
96
1
178
67
0
14
18
1.24
82597344--82597383
3
13.3
3
89
0
62
62
2
2
32
1.22
82602128--82602261
62
2.1
63
97
1
252
41
10
16
32
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82602722--82602858
50
2.7
50
90
0
211
28
19
23
28
1.98
82605623--82605714
48
1.9
48
91
4
150
28
17
27
27
1.98
82606867--82606917
11
4.6
11
85
7
59
72
3
5
17
1.20
82606867--82606918
12
4.6
12
88
9
65
73
3
5
17
1.19
82606887--82606925
13
3.1
13
96
3
71
69
0
7
23
1.14
82613031--82613208
40
4.5
40
90
2
261
24
28
23
23
1.99
82614448--82614493
24
1.9
24
82
8
58
23
15
0
60
1.34
82618528--82618661
62
2.1
63
97
1
252
41
10
16
32
1.82
82619122--82619258
50
2.7
50
90
0
211
27
19
24
28
1.99
82624123--82624178
29
1.9
29
100
0
112
42
19
16
21
1.89
82627098--82627205
3
38.0
3
71
14
68
1
30
2
64
1.18
82627097--82627187
29
3.4
26
74
12
78
2
31
3
62
1.23
82627153--82627203
16
3.3
15
78
10
50
0
23
3
72
1.01
82627103--82627205
11
9.4
11
69
14
54
0
31
2
65
1.14
82627586--82627627
22
1.9
22
95
0
75
38
4
42
14
1.66
82628565--82628612
24
2.0
24
96
4
89
54
0
16
29
1.43
82629671--82629776
45
2.4
45
93
0
185
33
5
10
50
1.60
82633442--82633497
22
2.5
22
82
0
67
25
26
28
19
1.99
82640268--82640327
29
2.1
29
96
0
111
33
25
20
21
1.97
82641168--82641207
19
2.1
19
86
9
55
62
2
0
35
1.09
82641302--82641342
18
2.3
18
87
4
57
60
4
12
21
1.50
82641582--82641665
14
5.9
14
70
20
57
64
2
5
27
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82641605--82641639
17
2.1
17
89
10
54
68
5
0
25
1.11
82641589--82641669
43
1.9
41
85
5
108
65
2
4
27
1.26
82641582--82641669
15
6.1
15
74
13
69
64
2
5
27
1.28
82641706--82641733
3
9.3
3
100
0
56
67
0
0
32
0.91
82642904--82642946
22
2.0
22
85
0
59
9
0
37
53
1.33
82643658--82643765
30
3.6
30
76
3
94
28
25
14
31
1.95
82645397--82645438
12
3.7
12
87
6
61
76
7
4
11
1.15
82646362--82646418
5
11.0
5
77
17
55
77
3
17
1
1.00
82646362--82646428
16
4.3
14
78
17
62
74
2
20
1
1.03
82646466--82646497
12
2.7
12
100
0
64
46
12
15
25
1.81
82646490--82646533
18
2.4
18
80
0
52
68
2
13
15
1.31
82646559--82646597
18
2.1
19
85
4
53
66
2
23
7
1.30
82648690--82648776
30
2.9
31
77
5
90
28
25
16
29
1.96
82650188--82651061
45
19.5
45
68
12
349
28
20
17
33
1.95
82650240--82651117
179
4.9
179
84
2
1125
28
20
17
33
1.95
82650631--82650887
137
1.9
135
80
3
300
28
21
16
32
1.96
82650286--82651117
359
2.3
359
91
0
1333
29
20
17
33
1.95
82651155--82651271
44
2.7
44
81
2
128
26
23
18
30
1.98
82672950--82673034
12
7.1
12
73
14
50
68
1
5
24
1.19
82673182--82673217
17
2.1
17
90
10
56
66
2
2
27
1.19
82673284--82673348
3
21.0
3
75
6
58
58
4
6
30
1.43
82675027--82675076
22
2.3
22
86
6
66
30
32
24
14
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82676582--82676672
45
2.0
45
95
0
164
29
19
8
41
1.82
82677125--82677163
19
2.0
20
90
5
62
17
2
7
71
1.21
82677144--82677189
25
1.9
23
86
8
65
28
0
8
63
1.24
82683619--82683659
21
2.0
21
90
0
64
36
21
12
29
1.90
82692932--82692980
18
2.7
18
81
6
55
59
10
0
30
1.31
82699689--82699761
31
2.3
31
80
2
83
36
6
4
52
1.48
82703504--82703569
9
7.2
9
77
14
64
34
1
3
60
1.21
82703532--82703644
20
5.8
20
69
17
58
37
1
2
58
1.23
82703540--82703574
18
1.9
19
88
11
56
34
0
0
65
0.93
82703531--82703644
50
2.3
49
79
4
122
37
1
2
57
1.23
82703518--82703645
50
2.6
49
72
10
116
37
2
3
57
1.28
82705589--82705639
26
2.0
26
84
7
68
39
23
13
23
1.91
82722320--82722369
26
1.9
26
100
0
100
38
26
4
32
1.75
82723094--82723139
24
1.9
24
86
8
67
21
6
0
71
1.08
82723094--82723137
13
3.9
11
83
13
54
20
6
0
72
1.07
82723564--82723593
14
2.1
14
100
0
60
33
0
13
53
1.40
82726378--82726403
12
2.2
12
100
0
52
61
0
7
30
1.24
82733117--82733164
21
2.3
21
92
0
78
8
43
12
35
1.73
82733227--82733400
86
2.0
86
90
0
276
24
20
17
37
1.93
82740668--82740715
15
3.3
15
82
5
53
27
12
2
58
1.46
82745859--82746034
56
3.1
56
99
0
343
44
9
23
22
1.81
82747143--82747407
40
6.6
39
83
6
291
24
21
27
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82747143--82747440
80
3.8
80
83
4
338
25
20
27
26
1.99
82747198--82747407
40
5.3
40
90
1
316
25
20
28
26
1.99
82753398--82753517
56
2.1
56
100
0
240
44
9
24
22
1.82
82754622--82754921
119
2.5
120
82
6
351
25
21
27
25
2.00
82754622--82754886
40
6.7
40
85
4
322
24
22
27
25
2.00
82762376--82762934
133
4.2
133
92
0
940
29
21
22
26
1.99
82762385--82762856
43
10.7
43
68
14
223
29
20
23
26
1.99
82764252--82764299
15
3.3
15
82
5
53
27
12
2
58
1.46
82764319--82764347
13
2.1
14
93
6
51
17
6
0
75
1.01
82764340--82764394
24
2.3
25
79
14
62
32
3
0
63
1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295