genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80774064--80774130	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
80774064--80774119	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
80776056--80776188	66	2.0	66	97	0	248	32	16	23	27	1.96
80781757--80781797	20	2.0	20	100	0	82	46	14	14	24	1.82
80782483--80782511	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
80782731--80782855	37	3.4	36	77	4	117	20	12	28	37	1.90
80782757--80782881	37	3.4	36	80	7	137	18	12	30	38	1.88
80783281--80783321	18	2.3	18	100	0	82	46	4	17	31	1.69
80783864--80783930	33	2.0	33	100	0	134	17	29	8	43	1.80
80787777--80787806	15	2.0	15	93	0	51	56	20	13	10	1.65
80788486--80788514	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
80793988--80794047	13	4.6	13	78	14	52	35	6	20	38	1.79
80794672--80794697	12	2.2	12	100	0	52	30	42	0	26	1.56
80796079--80796338	72	3.7	72	89	2	375	55	13	5	26	1.59
80796763--80796832	18	3.9	18	90	0	104	41	12	11	34	1.79
80798261--80798300	10	3.8	10	86	6	53	22	17	0	60	1.37
80802514--80802575	31	2.0	31	96	0	115	37	19	27	16	1.93
80806038--80806260	40	5.6	40	85	3	227	26	27	21	25	1.99
80806192--80806269	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
80810836--80810893	28	2.1	27	96	3	107	37	18	8	34	1.82
80811922--80812172	45	5.6	45	82	3	312	27	18	15	38	1.90
80811919--80812172	90	2.8	90	86	2	352	27	18	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80811922--80812203	90	3.2	88	80	8	304	26	18	16	38	1.92
80822633--80822676	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
80826160--80826184	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
80831467--80831533	34	2.0	34	85	11	93	43	1	11	43	1.50
80831496--80831567	22	3.0	24	84	10	94	37	0	18	44	1.50
80831475--80831645	88	1.9	91	87	3	258	37	0	18	43	1.55
80831535--80831797	34	8.3	33	70	20	170	34	1	20	43	1.60
80831584--80831645	25	2.5	26	86	5	92	33	1	22	41	1.64
80831559--80831743	59	3.1	59	85	7	262	36	1	19	42	1.61
80831580--80831752	30	5.6	31	70	22	116	36	1	20	41	1.62
80831539--80831797	64	4.1	63	82	7	285	34	1	20	43	1.60
80831853--80832309	126	3.6	126	89	1	655	38	15	17	27	1.91
80831853--80832309	253	1.8	253	87	2	695	38	15	17	27	1.91
80832301--80832338	18	2.1	18	100	0	76	55	5	13	26	1.59
80837446--80837513	19	3.6	18	69	20	57	63	4	1	30	1.23
80837444--80837519	39	1.9	39	97	0	143	64	6	1	27	1.26
80839375--80839742	54	6.8	54	76	1	335	40	14	16	28	1.88
80839400--80839742	108	3.2	108	81	2	420	41	13	16	28	1.87
80839375--80839741	162	2.3	162	82	0	455	40	14	16	28	1.87
80845066--80845105	21	2.0	21	90	5	64	52	0	0	47	1.00
80845795--80845843	21	2.3	21	85	0	62	46	22	2	28	1.63
80847249--80847433	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80847249--80847433	79	2.3	82	82	8	229	25	27	22	24	2.00
80855152--80855253	36	2.8	36	83	8	136	23	28	19	28	1.98
80856854--80857074	39	5.6	39	82	6	205	26	27	21	24	1.99
80856854--80857021	79	2.1	78	82	5	196	26	27	21	24	1.99
80856890--80857074	79	2.3	79	80	8	198	26	28	21	24	1.99
80871299--80871357	29	2.0	30	96	3	111	32	20	23	23	1.98
80876021--80876085	27	2.4	27	84	5	69	32	9	23	35	1.86
80879834--80879894	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80881710--80881750	13	3.4	13	80	19	61	51	14	0	34	1.43
80882215--80882400	41	4.6	40	78	9	178	35	14	27	22	1.93
80882211--80882401	82	2.3	81	82	5	222	36	14	27	21	1.93
80891066--80891115	25	2.0	25	100	0	100	36	24	8	32	1.84
80900699--80900751	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
80903863--80904111	48	5.2	48	84	1	259	27	27	17	28	1.97
80912970--80913009	16	2.6	16	92	4	64	20	10	2	67	1.31
80916496--80916574	31	2.5	31	91	0	131	26	25	17	30	1.97
80916598--80916689	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
80917681--80917758	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
80917889--80918028	54	2.6	54	86	4	201	31	7	21	39	1.82
80917775--80918028	27	9.3	27	75	8	176	32	9	19	38	1.84
80918006--80918185	27	6.6	27	86	1	216	41	8	21	29	1.82
80918007--80918189	54	3.4	54	84	1	240	39	8	22	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80918007--80918191	82	2.3	82	84	1	221	40	8	22	28	1.82
80918197--80918286	27	3.3	26	84	6	117	33	10	16	40	1.82
80918170--80918283	54	2.1	54	80	6	124	32	10	19	37	1.86
80918197--80918301	27	3.9	26	82	7	111	35	9	16	39	1.81
80932799--80932875	9	8.6	9	84	8	86	44	20	7	27	1.79
80932897--80932935	6	6.2	6	82	11	51	17	0	5	76	0.96
80933556--80933595	21	1.9	21	85	10	55	17	12	0	70	1.18
80934487--80934527	13	3.1	14	75	10	50	21	19	14	43	1.87
80943514--80943563	26	2.0	25	84	4	64	58	0	4	38	1.17
80943544--80943599	17	3.4	17	75	25	57	60	0	1	37	1.07
80944084--80944253	18	9.5	18	90	3	247	36	13	11	38	1.80
80944084--80944253	88	1.9	90	92	3	290	36	13	11	38	1.80
80949215--80949295	25	3.2	25	71	13	76	18	22	19	39	1.92
80949215--80949333	50	2.4	50	81	6	127	19	21	20	38	1.93
80951855--80952008	42	3.6	43	73	13	138	24	16	25	32	1.96
80951855--80952026	43	4.0	44	72	13	151	23	17	26	32	1.97
80953338--80953595	41	6.5	41	77	6	190	38	21	17	22	1.93
80953380--80953529	77	2.0	76	82	1	183	41	20	16	21	1.90
80953339--80953575	118	2.0	118	80	2	271	37	21	17	23	1.93
80954172--80954240	8	9.3	7	74	16	50	18	1	33	46	1.58
80954600--80954783	41	4.5	41	87	1	237	32	17	21	28	1.96
80956887--80957004	43	2.7	43	89	3	184	35	21	14	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80959952--80959979	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
80965226--80965316	45	2.0	45	89	0	137	25	12	24	38	1.90
80967116--80967191	21	3.5	21	65	16	55	21	11	26	40	1.87
80967120--80967210	45	2.0	45	89	0	137	24	13	24	38	1.91
80968100--80968124	13	1.9	13	100	0	50	56	8	12	24	1.62
80975481--80975550	21	3.2	21	62	18	52	22	15	25	35	1.94
80975483--80975569	45	1.9	45	92	0	147	26	13	25	34	1.93
80980484--80980722	101	2.4	100	85	4	304	33	26	13	26	1.94
80982803--80982976	26	6.8	26	90	1	255	28	22	22	27	1.99
80983026--80983072	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
80983108--80983155	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
80990378--80990482	47	2.2	47	93	3	176	27	30	6	35	1.83
80997597--80997636	20	2.0	20	100	0	80	35	35	10	20	1.86
80997715--80997868	83	1.9	83	94	0	272	33	11	25	29	1.91
80997990--80998289	133	2.2	134	90	5	498	40	12	4	43	1.62
80998920--80999217	133	2.3	133	88	4	448	40	11	3	44	1.56
80999171--80999210	18	2.0	20	86	13	57	42	7	0	50	1.30
81010991--81012246	42	29.6	42	83	7	408	18	33	32	15	1.92
81011261--81011330	23	3.2	23	64	15	67	18	27	31	22	1.97
81010985--81012249	85	14.9	86	83	4	1425	18	33	32	15	1.92
81010985--81012249	127	9.9	129	83	4	1425	18	33	32	15	1.92
81012756--81012787	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81017879--81017910	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
81018640--81018758	58	2.0	59	90	1	186	24	21	22	31	1.98
81019365--81019410	5	9.2	5	97	0	65	21	26	39	13	1.90
81022694--81023718	42	24.2	42	81	7	540	18	33	32	15	1.92
81023030--81023099	23	3.2	23	62	15	58	18	25	31	24	1.98
81022739--81023768	85	12.1	87	82	6	1059	18	33	32	16	1.93
81022753--81023768	127	8.0	129	81	4	1029	18	33	32	16	1.93
81023954--81024007	24	2.2	24	96	0	99	14	37	40	7	1.74
81024403--81024523	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
81024559--81024611	24	2.2	24	82	0	61	16	30	39	13	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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