genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  45  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13204648--13204688	19	2.2	19	86	4	57	43	4	7	43	1.53
13209741--13210017	48	5.8	48	80	1	288	27	17	27	27	1.98
13213462--13213495	17	2.1	17	89	10	54	67	0	0	32	0.91
13215249--13215587	121	2.8	121	87	3	477	21	15	19	43	1.88
13224571--13224776	25	8.3	25	69	13	90	20	24	18	36	1.95
13224680--13224786	25	4.4	25	74	7	94	22	25	20	31	1.98
13226579--13226683	51	2.0	50	82	15	126	50	5	17	26	1.68
13226593--13226697	51	2.1	49	81	12	115	52	5	15	26	1.65
13228532--13228564	15	2.2	15	94	0	57	27	33	15	24	1.95
13233823--13233862	21	1.9	21	84	0	53	45	7	2	45	1.45
13237491--13237547	20	2.9	19	74	20	64	50	0	0	49	1.00
13245727--13245790	26	2.5	26	90	5	96	37	0	26	35	1.57
13249397--13249464	31	2.2	31	86	0	100	45	7	11	35	1.69
13256366--13256399	17	1.9	18	94	5	61	35	0	38	26	1.57
13258822--13258874	19	2.8	19	94	2	90	26	0	15	58	1.37
13266159--13266192	16	2.1	16	88	5	50	32	14	0	52	1.42
13266480--13266789	138	2.2	138	86	0	422	21	24	13	40	1.89
13266487--13266791	46	6.6	46	84	0	369	21	24	13	41	1.88
13268578--13268625	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
13269737--13269858	54	2.3	54	92	0	199	29	8	23	38	1.84
13290573--13290624	8	6.4	8	78	12	61	61	0	3	34	1.14
13290586--13290620	18	1.9	18	88	11	54	62	0	5	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13296472--13296559	25	3.5	26	79	4	108	23	20	22	32	1.98
13313322--13313360	17	2.3	17	86	0	51	58	2	2	35	1.25
13314531--13314564	16	2.1	17	88	5	52	47	2	5	44	1.42
13316973--13317957	178	5.6	177	86	2	1251	27	23	18	30	1.97
13317763--13317863	43	2.3	43	79	6	105	27	24	16	30	1.97
13320447--13320566	46	2.6	47	83	2	152	27	20	15	36	1.92
13327801--13327921	46	2.6	47	81	2	136	25	21	16	36	1.94
13336466--13336505	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
13338461--13338636	46	3.8	46	76	4	174	22	19	28	29	1.98
13338457--13338628	93	1.8	93	88	0	263	22	20	29	28	1.98
13351956--13352043	3	30.0	3	73	4	54	30	9	3	56	1.47
13351956--13352028	20	3.6	21	75	5	69	31	9	4	54	1.51
13352023--13352060	15	2.7	15	84	8	53	21	5	2	71	1.19
13352146--13352187	20	2.0	20	90	4	66	23	4	0	71	1.05
13353384--13353424	20	2.0	20	90	0	64	21	7	7	63	1.45
13353455--13353489	18	1.9	18	88	11	54	57	2	0	40	1.14
13358785--13358819	17	2.1	17	100	0	70	31	5	22	40	1.78
13361168--13361216	16	3.2	16	66	16	50	16	30	0	53	1.43
13361158--13361216	29	2.0	29	100	0	118	13	30	0	55	1.38
13363117--13363162	24	1.9	24	95	0	83	50	4	28	17	1.65
13379782--13379848	31	2.2	31	83	0	80	25	16	20	37	1.93
13379968--13380138	60	2.9	58	82	5	173	45	13	12	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13387251--13387275	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
13392976--13393014	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
13406217--13406390	69	2.5	70	84	7	205	28	13	22	35	1.92
13406709--13406737	15	1.9	15	100	0	58	13	6	0	79	0.93
13421500--13421724	40	5.7	40	88	2	303	28	27	20	23	1.99
13425242--13425340	49	2.0	49	100	0	198	59	4	10	26	1.47
13425266--13425347	23	3.5	22	68	22	67	60	3	9	25	1.44
13431327--13431387	25	2.4	26	83	10	81	4	22	1	70	1.15
13434419--13434568	46	3.1	45	72	15	138	30	28	16	26	1.96
13435650--13435714	23	3.0	21	82	12	87	38	24	20	16	1.93
13435900--13435977	28	2.7	29	84	4	104	47	33	5	14	1.66
13439193--13439259	31	2.2	31	82	12	77	37	14	16	31	1.89
13447157--13447198	22	1.9	22	85	9	59	40	16	16	26	1.90
13455979--13456071	18	5.2	18	89	0	132	33	16	22	27	1.95
13455979--13456071	36	2.6	36	91	0	150	33	16	22	27	1.95
13470710--13470756	23	2.0	23	95	0	85	27	17	19	36	1.93
13471253--13471323	18	3.9	18	77	14	83	36	16	5	40	1.73
13472265--13472317	26	2.0	26	82	13	65	49	13	1	35	1.53
13472733--13472770	18	2.1	18	85	9	51	36	15	5	42	1.70
13472842--13472912	18	3.9	18	77	14	83	40	7	16	35	1.76
13482659--13482792	66	2.0	66	92	0	223	47	9	19	23	1.79
13483162--13483225	18	3.5	18	68	18	51	32	0	3	64	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13495713--13495747	18	1.9	18	88	0	52	45	22	5	25	1.74
13500523--13500632	23	4.8	22	78	9	80	23	21	20	34	1.97
13500523--13500647	45	2.7	46	77	12	121	23	21	19	36	1.95
13500545--13500661	23	5.0	23	76	13	96	23	20	20	35	1.96
13500815--13500904	40	2.2	40	80	3	101	33	10	17	38	1.83
13500808--13500904	20	4.9	19	78	10	88	32	9	17	40	1.81
13502437--13502486	20	2.5	20	87	9	68	48	0	16	36	1.46
13518697--13518736	16	2.5	16	95	0	71	20	20	7	52	1.70
13522098--13522343	120	2.0	120	94	0	429	36	19	8	35	1.82
13522114--13522371	120	2.2	119	88	2	369	36	18	7	37	1.79
13528565--13528619	6	10.2	5	81	18	58	78	0	3	18	0.90
13528570--13528617	6	8.3	6	84	6	64	79	0	4	16	0.89
13528570--13528616	18	2.7	18	93	6	80	78	0	4	17	0.90
13528570--13528617	11	4.2	11	86	7	69	79	0	4	16	0.89
13534548--13534572	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
13539752--13539797	24	1.9	25	86	8	69	60	0	39	0	0.97
13539752--13539837	10	8.4	10	73	22	56	63	0	36	0	0.94
13539763--13539837	15	4.9	15	79	9	73	65	0	34	0	0.93
13539774--13539837	19	3.3	19	79	18	69	65	0	34	0	0.93
13551653--13551696	6	7.5	6	87	10	56	72	2	0	25	0.96
13559444--13559522	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
13559641--13559950	47	6.6	47	93	0	503	29	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13562669--13562865	40	4.9	40	82	0	232	25	28	21	23	1.99
13562669--13562906	80	3.0	80	81	4	214	25	28	21	24	1.99
13563248--13563321	29	2.6	28	87	8	96	27	31	16	25	1.96
13563307--13563448	43	3.3	43	98	0	275	27	33	14	23	1.94
13565314--13565392	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
13565511--13565914	47	8.6	47	94	0	682	29	29	8	33	1.87
13579508--13579560	24	2.1	26	93	6	92	33	28	11	26	1.91
13599030--13599431	47	8.6	47	91	0	579	35	12	27	25	1.92
13599445--13599535	46	2.0	46	84	0	119	34	7	31	26	1.85
13605852--13606077	40	5.7	40	88	4	305	26	26	21	24	1.99
13605817--13606077	120	2.2	121	82	6	309	26	26	20	26	1.99
13618159--13618584	47	9.1	47	93	0	701	32	9	29	28	1.88
13618703--13618781	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
13620631--13620733	43	2.4	43	98	0	197	22	14	35	27	1.93
13620715--13620788	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
13621178--13621334	40	3.9	40	88	0	224	26	23	26	24	2.00
13621152--13621328	80	2.2	80	82	2	203	26	23	25	23	2.00
13621099--13621329	120	1.9	120	81	5	279	25	23	25	24	2.00
13624636--13625061	47	9.1	47	93	0	701	31	9	30	28	1.88
13625180--13625258	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
13627934--13627983	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
13628813--13628851	13	3.1	13	88	3	62	17	33	33	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13629895--13629938	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
13631850--13631921	30	2.4	30	86	4	92	30	5	15	48	1.67
13632470--13632570	25	4.0	25	84	2	132	21	21	17	38	1.93
13635395--13635511	42	2.8	42	76	5	119	29	17	23	29	1.97
13637421--13637447	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
13639541--13639658	55	2.1	55	85	3	157	15	29	31	23	1.95
13644897--13645098	43	4.7	43	86	6	266	24	18	28	28	1.98
13644897--13645098	86	2.3	86	89	1	298	24	18	28	28	1.98
13645103--13645405	56	5.4	56	84	2	394	28	12	22	35	1.91
13645103--13645391	112	2.6	111	90	2	438	27	12	23	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295