genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92970992--92971030	21	1.9	21	89	5	62	17	0	41	41	1.50
92978357--92978424	33	2.1	33	100	0	136	11	27	11	48	1.75
92981089--92981120	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
92981922--92981958	15	2.5	15	87	12	51	62	0	0	37	0.96
92981908--92981946	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
92985847--92985895	15	3.0	15	78	21	62	38	6	12	42	1.67
92985856--92985894	19	2.0	20	95	5	71	35	5	12	46	1.65
92990631--92990655	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
92999657--92999696	21	1.9	21	89	0	62	17	10	5	67	1.37
93015668--93015708	13	3.0	14	85	7	57	46	0	2	51	1.14
93018480--93018564	30	2.8	29	77	7	89	32	30	10	25	1.90
93023801--93023849	22	2.3	22	89	6	75	24	2	6	67	1.24
93025824--93025958	61	2.2	61	97	1	252	14	28	6	50	1.68
93041853--93041890	19	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
93043708--93043755	24	2.0	24	84	8	62	54	2	0	43	1.12
93052260--93052309	19	2.6	20	90	9	86	24	4	20	52	1.63
93054569--93054668	49	2.0	50	90	1	157	48	8	5	39	1.55
93054847--93054877	16	1.9	16	93	0	53	64	0	3	32	1.09
93058685--93058935	3	83.0	3	70	14	133	28	6	2	62	1.32
93058874--93058936	26	2.3	29	75	8	69	26	4	3	65	1.28
93065936--93066001	19	3.5	20	69	10	57	71	1	1	25	1.04
93072694--93072766	31	2.5	30	84	6	87	57	9	4	28	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93079962--93079999	18	2.1	19	90	5	60	28	0	5	65	1.14
93080524--93080566	9	4.8	9	94	0	77	37	30	9	23	1.86
93082564--93082594	9	3.4	9	100	0	62	12	0	9	77	0.99
93082637--93082688	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
93087084--93087132	23	2.1	23	88	7	73	34	12	10	42	1.76
93104803--93104835	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
93119783--93119860	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
93119838--93120111	145	1.9	145	94	0	485	30	14	23	31	1.94
93122414--93122485	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
93122443--93122485	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
93122495--93122528	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
93122495--93122528	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
93123463--93123577	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
93123463--93123596	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
93125357--93125448	29	3.2	29	93	3	150	31	47	2	18	1.60
93125431--93125466	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
93125752--93125883	64	2.1	64	81	11	155	27	3	7	61	1.40
93125864--93125894	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
93126203--93126252	13	4.1	12	78	14	57	30	4	0	66	1.10
93126351--93126594	126	1.9	126	94	0	425	29	16	14	38	1.89
93128508--93128569	27	2.3	26	91	8	99	50	16	1	32	1.55
93138390--93138438	21	2.3	21	89	6	73	63	4	0	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93138397--93138443	21	2.5	18	78	21	60	59	4	0	36	1.17
93138401--93138473	25	3.0	26	77	15	68	50	4	1	43	1.29
93138907--93138945	18	2.1	19	90	4	62	17	2	41	38	1.64
93141074--93141107	18	1.9	17	88	5	50	61	0	14	23	1.33
93148537--93148704	44	3.8	43	82	3	174	23	21	20	34	1.97
93149623--93149664	19	2.2	19	95	0	75	30	33	21	14	1.93
93158829--93158864	16	2.2	16	95	0	63	25	0	33	41	1.55
93158987--93159303	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
93159237--93159278	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
93159246--93159287	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
93159240--93159532	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
93159366--93159407	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
93168037--93168080	17	2.4	18	85	7	63	18	2	13	65	1.36
93187373--93187400	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
93188881--93188949	27	2.4	27	77	15	68	17	5	37	39	1.74
93194570--93195923	686	2.0	672	87	3	1964	29	15	21	34	1.94
93200151--93200327	40	4.5	40	88	4	227	24	27	22	25	2.00
93200184--93200331	40	3.7	40	90	5	237	25	27	22	25	2.00
93200184--93200331	79	1.9	80	90	4	237	25	27	22	25	2.00
93204846--93205033	40	4.7	40	92	3	317	24	27	22	25	2.00
93209164--93209232	35	2.0	35	82	0	84	30	31	1	36	1.67
93209248--93209308	25	2.4	25	80	0	77	14	37	19	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93218016--93218080	34	1.9	34	84	6	87	33	15	9	41	1.79
93218417--93218455	18	2.1	18	85	9	51	28	12	0	58	1.34
93222101--93222187	16	5.1	17	71	24	60	58	3	2	35	1.27
93223828--93224092	87	3.1	87	90	5	386	28	19	19	32	1.96
93223828--93224092	83	3.1	82	89	6	395	28	19	19	32	1.96
93224077--93224199	62	2.0	62	98	0	237	35	18	16	29	1.93
93224139--93224436	119	2.5	118	92	1	490	30	19	17	32	1.95
93246055--93246176	57	2.1	59	84	3	158	31	18	4	45	1.68
93248958--93249093	34	4.0	34	100	0	272	20	29	17	32	1.96
93257047--93257150	48	2.2	46	93	3	172	34	9	18	37	1.83
93264664--93264727	8	8.4	8	84	5	71	20	0	32	46	1.51
93264033--93264754	355	2.0	360	91	3	1186	34	12	25	28	1.92
93264668--93264727	22	2.6	24	86	7	88	20	0	30	50	1.49
93264676--93264718	15	2.9	15	80	13	52	20	0	27	51	1.48
93265990--93266085	50	1.9	50	82	4	122	32	22	12	32	1.92
93266065--93266113	25	2.0	25	83	0	62	36	18	14	30	1.90
93266018--93266163	75	1.9	75	81	0	175	33	19	14	32	1.92
93266096--93266167	25	2.9	25	71	19	69	38	16	12	31	1.86
93267781--93268013	12	19.7	12	67	13	72	27	10	3	58	1.45
93267781--93267845	24	2.7	24	85	0	85	27	15	3	53	1.56
93267974--93268012	20	2.0	20	94	0	69	30	7	2	58	1.39
93268179--93268393	3	71.7	3	74	8	152	30	6	0	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93268339--93268420	43	1.9	43	82	0	101	28	7	3	60	1.40
93271100--93271151	23	2.2	24	83	10	63	53	3	3	38	1.37
93273856--93273898	20	2.2	20	91	0	68	13	20	11	53	1.71
93275954--93275993	20	2.0	20	100	0	80	35	15	25	25	1.94
93294249--93294335	45	1.9	45	88	4	131	35	12	6	44	1.69
93298869--93298907	14	2.6	16	88	8	55	46	15	2	35	1.60
93301409--93301469	17	3.4	17	72	27	63	40	9	1	47	1.46
93301393--93301475	37	2.3	37	95	2	150	38	9	4	46	1.58
93301393--93301452	20	3.2	20	68	31	60	38	11	3	46	1.57
93302560--93302601	20	2.0	23	86	13	63	35	0	7	57	1.26
93302706--93302749	23	1.9	24	86	9	65	34	2	6	56	1.38
93303385--93303426	22	1.9	22	85	9	59	40	2	0	57	1.12
93303887--93303935	23	2.1	23	85	7	64	12	4	8	75	1.16
93306306--93306371	20	3.4	20	80	12	75	40	1	1	56	1.18
93306659--93306705	13	3.5	14	82	5	62	76	0	8	14	1.01
93306663--93306717	18	3.1	18	81	2	58	74	1	10	12	1.15
93307772--93307878	45	2.4	45	87	6	155	20	19	18	41	1.91
93308937--93309000	27	2.4	27	87	7	87	54	7	1	35	1.39
93319403--93319446	23	1.9	23	81	9	54	40	22	6	29	1.80
93321802--93321842	6	6.8	6	94	0	55	39	51	9	0	1.35
93321802--93321842	12	3.4	12	89	0	64	39	51	9	0	1.35
93326780--93326814	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93326772--93326827	15	3.5	15	75	20	60	46	0	0	53	1.00
93336036--93336061	7	3.7	7	100	0	52	38	0	0	61	0.96
93343627--93343677	22	2.3	23	80	16	63	47	0	29	23	1.52
93346174--93346211	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
93346502--93346528	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
93349329--93349361	15	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
93350004--93350050	21	2.2	21	100	0	94	38	14	12	34	1.85
93354165--93354273	53	2.1	53	96	0	200	23	13	20	42	1.88
93354270--93354318	16	3.1	16	77	16	57	2	18	0	79	0.83
93354264--93354316	27	1.9	28	88	3	81	3	18	0	77	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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