genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--8378	7	1201.7	7	91	6	12395	42	42	1	13	1.52
8007--8110	18	5.8	18	80	12	117	36	38	6	18	1.77
8028--8139	32	3.4	32	87	7	143	38	35	6	19	1.77
17196--17261	31	2.1	31	94	0	114	27	22	18	31	1.97
29652--29706	16	3.5	16	75	5	58	25	21	27	25	2.00
29825--29921	42	2.3	42	81	0	122	30	11	31	25	1.91
30329--30354	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
34681--34743	31	2.0	31	96	0	117	57	4	31	6	1.45
39885--39911	13	2.1	13	100	0	54	18	14	22	44	1.86
40476--40507	16	2.0	16	100	0	64	25	25	6	43	1.77
43803--43853	21	2.4	21	100	0	102	45	31	17	5	1.72
49732--49805	11	6.6	11	79	6	60	20	2	4	72	1.13
49745--49808	19	3.3	19	82	8	67	18	3	4	73	1.14
49732--49814	22	3.9	22	79	3	89	20	2	4	72	1.15
61474--61508	18	1.9	18	94	0	61	34	0	20	45	1.51
63151--63252	33	3.2	33	68	13	106	47	14	6	31	1.71
63131--63256	61	2.1	61	98	0	243	45	14	6	34	1.70
75813--75857	22	2.0	22	95	0	81	42	15	26	15	1.87
78651--78683	15	2.3	15	89	5	50	48	0	9	42	1.35
82277--82347	15	4.7	15	74	10	56	30	2	2	63	1.23
82755--82789	18	2.0	18	88	5	54	71	0	11	17	1.14
85212--85299	29	3.0	29	100	0	176	20	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89678--89721	22	2.0	21	82	4	52	9	20	0	70	1.14
90600--90633	7	4.7	7	85	7	50	0	11	0	88	0.52
90600--90624	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
92177--92250	32	2.3	31	80	13	87	45	4	20	29	1.69
92177--92249	16	4.6	16	70	17	53	45	4	20	30	1.70
92450--92482	17	1.9	17	93	0	57	63	0	3	33	1.10
92993--93027	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
93035--93239	40	5.1	40	88	0	302	33	15	9	41	1.79
93035--93239	80	2.6	80	94	0	356	33	15	9	41	1.79
93178--93239	20	3.2	19	67	24	56	35	11	6	46	1.65
97800--97867	30	2.3	30	82	5	75	48	5	17	27	1.70
100279--100552	46	6.0	46	93	0	415	37	15	24	22	1.93
101320--101357	16	2.5	15	86	4	58	15	0	26	57	1.38
101443--101569	34	3.8	32	83	8	164	41	0	14	42	1.52
102340--102529	39	4.9	39	88	0	281	37	22	25	14	1.92
105149--105185	16	2.3	16	100	0	74	29	24	24	21	1.99
105307--105413	28	3.8	28	89	0	151	29	26	10	33	1.89
107826--108236	126	3.3	126	87	2	574	36	17	17	28	1.93
112171--112234	30	2.1	30	88	0	92	42	3	28	26	1.70
129190--129233	15	2.9	15	100	0	88	25	20	6	47	1.74
131114--131432	167	1.9	166	80	4	374	30	10	21	36	1.88
132141--132209	33	2.2	31	85	10	95	55	2	2	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134865--135126	133	2.0	133	98	0	506	20	14	17	46	1.83
141065--141095	12	2.6	12	100	0	62	16	16	6	61	1.54
149677--149717	10	3.9	11	78	21	52	65	0	0	34	0.93
158012--158149	40	3.5	40	83	0	168	30	13	21	34	1.92
158114--158265	78	1.9	78	89	0	232	33	13	21	31	1.92
175538--175576	10	3.8	10	86	3	51	53	0	46	0	1.00
184925--185367	75	5.9	75	94	0	778	43	16	27	12	1.83
192434--192485	14	3.5	14	75	14	50	55	0	1	42	1.10
194325--194374	25	2.0	26	84	4	66	32	2	2	64	1.16
195928--196028	49	2.1	49	96	0	184	28	14	17	38	1.90
198769--198805	18	2.1	18	90	10	58	51	2	16	29	1.58
206193--206370	53	3.7	48	80	12	136	28	28	17	24	1.98
206228--206334	53	2.0	55	87	7	157	30	27	14	27	1.95
206283--206370	45	2.0	45	93	0	149	26	28	20	25	1.99
207788--207876	30	3.0	30	96	0	169	16	22	35	24	1.95
226025--226055	14	2.2	14	100	0	62	19	12	25	41	1.87
226447--226472	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
228626--228678	27	2.0	28	85	7	74	66	7	5	20	1.38
238145--238174	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
239176--239206	3	10.0	3	93	6	53	64	3	0	32	1.09
254578--254611	17	2.0	17	88	0	50	44	2	8	44	1.50
260424--260489	27	2.3	29	82	5	82	34	4	3	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264966--265009	23	2.0	22	86	4	61	38	13	0	47	1.43
265380--265430	22	2.4	22	96	3	95	35	9	9	45	1.71
270383--270475	18	5.2	18	89	0	141	31	13	22	32	1.93
270385--270479	36	2.6	36	93	0	163	30	14	23	31	1.94
284392--284499	15	7.2	15	69	12	78	44	7	21	26	1.78
284385--284499	30	3.8	30	86	4	169	45	6	21	26	1.77
284388--284508	60	2.0	60	91	3	199	44	6	22	26	1.77
289088--289195	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
289081--289195	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
290147--290194	5	8.8	5	80	15	51	43	0	0	56	0.99
290162--290195	12	2.8	12	95	4	59	41	0	0	58	0.98
291509--291547	18	2.1	19	85	4	53	38	0	10	51	1.36
291787--291921	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
292044--292084	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
292032--292071	13	3.2	13	80	19	50	50	0	25	25	1.50
303836--303903	33	2.1	33	86	8	95	52	11	4	30	1.57
305493--305572	18	4.4	18	93	0	133	26	23	17	32	1.97
314361--314397	18	2.1	18	94	0	65	10	24	35	29	1.89
314900--314931	15	2.3	15	89	10	50	6	12	6	75	1.19
322168--322303	70	1.9	70	89	5	213	39	11	9	39	1.73
338156--338190	18	1.9	18	88	0	52	37	5	2	54	1.39
347454--347494	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349591--350070	46	11.0	46	84	10	641	22	23	15	37	1.93
349591--350058	130	3.6	130	90	4	673	22	24	15	37	1.93
349635--350057	84	4.9	82	82	14	427	23	24	15	36	1.94
352987--353046	30	2.0	30	87	6	86	40	5	26	28	1.77
353468--353644	47	3.8	47	77	12	202	22	20	27	29	1.98
359748--359893	73	2.0	73	100	0	292	30	15	10	43	1.80
370076--370107	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
370514--370551	19	2.0	19	85	10	51	39	0	10	50	1.37
371945--371973	15	1.9	15	100	0	58	27	17	34	20	1.95
377185--377213	15	1.9	15	100	0	58	62	6	10	20	1.50
378662--378703	18	2.3	18	100	0	84	50	26	0	23	1.50
378636--378736	51	2.0	51	84	3	132	49	16	5	27	1.69
378680--378789	33	3.3	33	82	3	150	47	13	7	31	1.70
381819--382801	120	8.2	120	98	0	1867	44	2	5	47	1.39
382630--382664	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
382750--382783	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
382949--383039	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
383020--383088	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
383020--383088	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
386299--386335	18	2.1	18	89	0	56	37	32	16	13	1.87
394839--394926	45	2.0	45	93	0	149	25	20	28	26	1.99
394875--394981	53	2.0	55	87	7	157	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
402345--402432	45	2.0	45	90	0	140	25	20	27	27	1.99
405065--405109	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
405320--405359	20	2.0	20	100	0	80	45	5	0	50	1.23
422883--422935	27	2.0	27	82	14	65	47	11	1	39	1.50
426563--426622	31	1.9	31	86	0	84	43	20	13	23	1.86
428762--428826	26	2.6	25	73	22	64	49	3	10	36	1.53
429840--429879	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
430358--430646	44	6.7	43	71	12	202	26	21	20	32	1.97
430604--431160	88	6.5	85	89	5	348	23	21	23	30	1.99
430677--430823	43	3.4	43	65	20	108	21	19	24	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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