genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15479915--15479967	13	4.1	12	76	23	54	49	0	3	47	1.19
15479912--15479984	12	5.9	11	76	19	56	53	1	2	42	1.23
15479932--15479982	25	2.0	25	85	7	68	50	1	1	45	1.24
15486949--15487095	43	3.4	43	79	10	167	27	15	28	28	1.96
15489871--15489901	2	15.5	2	100	0	62	48	51	0	0	1.00
15489901--15489932	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
15492578--15492639	31	2.0	31	81	6	72	40	11	6	41	1.66
15515663--15515697	17	2.1	17	88	0	52	74	2	2	20	1.08
15520762--15521740	488	2.0	488	91	0	1602	32	12	18	36	1.88
15522598--15522631	17	2.0	17	88	0	50	26	8	5	58	1.51
15529200--15529283	11	7.5	11	67	24	50	46	1	1	51	1.16
15529240--15529280	19	2.1	20	86	4	57	41	0	2	56	1.13
15533887--15533934	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
15536522--15536649	24	5.2	24	91	5	211	27	20	20	32	1.97
15536697--15536754	11	5.6	11	72	15	61	32	18	12	36	1.88
15536697--15536765	20	3.5	20	93	0	120	33	20	11	34	1.89
15544759--15544905	24	6.0	24	87	7	206	27	21	20	31	1.98
15544955--15545021	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
15551238--15551298	30	2.0	30	87	0	86	31	24	3	40	1.71
15554668--15554726	19	3.3	19	82	15	72	69	3	0	27	1.04
15554658--15554726	10	7.9	9	75	13	56	69	2	0	27	1.02
15574104--15574365	120	2.2	119	93	0	434	32	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15576331--15576449	13	9.1	13	72	17	72	32	5	1	60	1.28
15579554--15579650	48	2.0	48	96	4	178	19	22	18	39	1.93
15579656--15579685	15	2.0	15	100	0	60	26	46	0	26	1.53
15582981--15583005	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
15582929--15583071	65	2.3	63	78	15	156	23	0	13	61	1.37
15582954--15583086	65	2.0	66	87	7	191	27	1	14	57	1.46
15583019--15583210	98	2.1	91	83	9	237	26	2	16	54	1.53
15584771--15584824	21	2.6	22	85	8	69	33	1	1	62	1.16
15584894--15584971	31	2.5	30	79	8	77	26	5	0	67	1.11
15585014--15585038	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
15588931--15588957	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
15588981--15589017	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
15588981--15589030	15	3.5	15	79	15	52	22	24	12	42	1.87
15596935--15597636	204	3.4	205	88	3	1065	30	18	21	29	1.97
15599622--15599677	12	4.3	12	75	20	51	32	7	1	58	1.35
15600912--15601092	97	1.9	95	90	4	292	30	0	16	53	1.43
15601136--15601195	27	2.2	27	84	0	75	30	21	28	20	1.98
15602270--15602358	39	2.2	42	84	9	114	32	17	24	24	1.97
15602478--15602690	116	1.8	115	85	1	300	24	20	21	33	1.97
15605424--15605552	50	2.5	51	88	5	190	36	16	21	25	1.94
15605528--15605699	31	5.5	31	92	0	272	27	19	27	25	1.99
15605734--15605854	46	2.6	46	88	2	163	28	14	26	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15607753--15607781	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
15608205--15608254	21	2.4	21	100	0	100	36	22	42	0	1.54
15608519--15608584	31	2.1	31	91	0	105	16	7	21	54	1.66
15622820--15623065	131	1.9	130	86	2	350	25	19	20	34	1.96
15623985--15624046	31	2.0	31	100	0	124	29	3	3	64	1.25
15626157--15626396	132	1.8	132	85	0	336	37	21	16	24	1.93
15627358--15627397	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
15628308--15628376	26	2.6	27	90	6	113	17	27	0	55	1.43
15628308--15628379	27	2.7	26	93	4	117	18	26	0	55	1.42
15629820--15629864	22	1.9	25	86	13	69	22	4	2	71	1.15
15630012--15630111	32	3.2	30	73	8	83	46	7	4	43	1.49
15631157--15631196	21	1.9	21	84	0	53	35	12	5	47	1.63
15631449--15631495	23	2.0	23	87	0	67	31	0	0	68	0.90
15631462--15631526	17	3.8	18	69	18	50	35	1	0	63	1.04
15631459--15631506	6	8.2	6	80	13	55	31	0	0	68	0.90
15631523--15631603	40	2.0	40	85	0	108	24	2	9	62	1.38
15634314--15634682	131	2.8	131	78	5	316	34	19	18	27	1.95
15637281--15637322	15	2.9	15	82	13	52	14	0	14	71	1.15
15637592--15638030	44	10.0	44	89	1	585	24	29	15	30	1.96
15652806--15653288	44	11.0	44	87	1	628	25	29	15	29	1.96
15659022--15659056	16	2.2	16	100	0	70	45	5	17	31	1.71
15673700--15673741	13	3.4	12	78	15	50	7	7	14	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15674291--15674352	29	2.1	30	82	8	74	35	4	3	56	1.37
15675524--15675564	12	3.4	12	81	18	50	24	0	9	65	1.22
15678381--15678735	133	2.7	132	75	7	308	34	20	18	26	1.96
15681130--15681158	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
15683371--15683458	19	4.9	19	90	9	134	36	14	11	37	1.83
15683364--15683458	36	2.8	36	80	16	112	35	15	10	37	1.82
15683805--15684004	45	4.5	45	84	1	249	25	28	15	32	1.95
15684018--15684234	78	2.8	78	90	2	339	24	23	20	32	1.98
15684315--15684598	78	3.7	78	88	1	419	26	25	16	32	1.96
15683934--15684747	364	2.2	365	88	6	1189	26	23	17	32	1.96
15691278--15691359	41	2.0	41	92	0	137	26	26	20	25	1.99
15692930--15692964	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
15693254--15693344	19	4.9	19	93	5	152	36	15	10	37	1.83
15693269--15693342	17	4.4	15	83	12	60	36	17	10	35	1.85
15693267--15693339	36	2.1	35	97	2	137	36	16	10	35	1.84
15693463--15693501	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
15694093--15694131	19	2.1	19	100	0	78	43	0	5	51	1.24
15694194--15694292	19	5.0	19	72	20	62	61	0	3	35	1.11
15694205--15694282	19	3.8	20	75	17	70	62	0	2	34	1.09
15694229--15694287	24	2.4	25	78	13	70	64	0	3	32	1.10
15695912--15696359	44	10.2	44	88	1	587	27	26	14	31	1.95
15707690--15707757	23	3.0	23	65	8	57	44	17	4	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15708046--15708101	22	2.4	24	82	14	64	50	1	1	46	1.22
15708195--15708223	8	3.8	8	90	9	51	41	0	0	58	0.98
15708195--15708223	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
15708228--15708381	7	23.3	7	69	22	61	60	0	5	34	1.19
15708303--15708371	15	4.9	14	75	15	61	59	0	5	34	1.21
15714019--15714070	20	2.5	20	81	9	61	69	1	5	23	1.20
15733204--15733250	3	16.0	3	95	4	87	68	0	0	31	0.90
15733768--15733805	14	2.6	14	84	15	51	68	2	0	28	1.03
15742403--15742463	30	2.0	30	84	6	79	62	3	1	32	1.21
15742419--15742454	16	2.2	16	95	0	63	66	0	2	30	1.06
15756914--15757032	59	2.0	59	98	0	229	19	20	26	34	1.96
15761736--15761813	39	2.0	39	100	0	156	43	17	15	23	1.87
15764106--15764143	20	1.9	20	94	0	67	28	0	21	50	1.49
15764411--15764450	20	2.0	20	100	0	80	30	10	10	50	1.69
15765404--15765460	3	19.0	3	96	0	96	63	0	3	33	1.12
15765947--15767014	534	2.0	533	90	2	1696	32	18	15	34	1.92
15767283--15767341	30	2.0	30	86	3	84	44	0	6	49	1.29
15767981--15768026	20	2.3	20	100	0	92	52	0	19	28	1.47
15768034--15768069	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
15768224--15768270	15	3.3	14	75	16	51	34	0	4	61	1.15
15780203--15780794	44	12.9	44	70	13	189	28	18	18	34	1.95
15780363--15780783	88	4.6	89	75	11	363	28	19	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15780202--15780758	233	2.4	231	83	5	708	28	18	19	34	1.95
15780528--15780801	44	6.1	44	78	8	266	28	17	18	34	1.94
15788655--15788784	55	2.4	55	83	5	172	14	28	29	27	1.95
15797816--15797878	6	10.3	6	78	10	65	15	4	1	77	1.01
15800766--15800798	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
15801485--15801513	13	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
15806842--15806900	23	2.6	23	91	0	91	15	37	30	16	1.90
15807245--15807295	25	2.0	25	96	0	93	23	19	13	43	1.87
15808730--15808761	17	1.9	16	93	6	55	31	28	9	31	1.88
15814627--15814784	43	3.7	43	83	5	178	30	25	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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