genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22573519--22573629	53	2.1	54	91	1	179	60	4	1	33	1.27
22574399--22574466	10	6.5	10	75	11	57	69	2	0	27	1.03
22574398--22574466	11	6.5	11	74	15	65	69	2	0	27	1.02
22574400--22574467	21	3.3	20	82	12	84	67	2	0	29	1.05
22574408--22574470	21	3.0	20	86	6	90	65	3	0	31	1.09
22580996--22581026	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
22582107--22582131	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
22583814--22583871	20	2.9	20	84	7	73	53	17	13	15	1.73
22583955--22583993	20	2.0	20	94	0	69	51	15	10	23	1.73
22584865--22584956	45	2.0	45	95	0	166	36	17	13	32	1.88
22587693--22587722	15	2.0	15	93	0	51	26	16	6	50	1.70
22596212--22596266	16	3.4	16	82	7	76	29	0	0	70	0.87
22596205--22596294	32	2.8	33	82	11	100	30	1	0	68	0.96
22596681--22596723	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
22596711--22596747	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
22603964--22604006	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
22604961--22604998	6	6.3	6	87	0	58	18	13	18	50	1.78
22613673--22613713	16	2.6	16	96	0	73	39	4	21	34	1.75
22614446--22614553	26	4.2	26	91	0	171	34	7	22	36	1.82
22617668--22617784	7	16.4	7	81	3	117	49	33	0	17	1.47
22617668--22617784	21	5.5	21	83	2	144	49	33	0	17	1.47
22622212--22622241	9	3.4	9	95	4	53	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22640648--22640694	22	2.1	22	84	7	60	59	4	8	27	1.45
22644389--22644459	34	2.1	34	86	0	97	35	28	5	30	1.80
22645705--22645735	13	2.4	13	100	0	62	45	22	0	32	1.53
22645911--22646024	34	3.4	34	82	2	122	35	28	14	21	1.93
22652346--22652389	17	2.5	17	82	10	54	31	15	2	50	1.57
22652609--22652913	46	6.6	46	88	1	369	20	24	14	40	1.89
22652609--22652911	138	2.2	138	85	1	410	20	24	14	40	1.89
22655076--22655112	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
22659064--22659395	72	4.6	72	99	0	648	42	24	6	27	1.78
22659396--22659430	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
22660692--22660855	81	2.0	81	96	0	301	56	8	10	25	1.61
22670057--22670128	25	3.0	24	81	4	74	43	19	20	16	1.89
22672987--22673076	45	2.0	45	97	0	171	34	11	14	40	1.81
22684085--22684194	57	1.9	57	98	0	211	40	22	18	18	1.91
22684085--22684216	57	2.3	57	92	0	210	40	23	18	17	1.91
22686645--22686687	16	2.7	15	79	10	50	41	23	0	34	1.55
22686880--22687015	41	3.4	41	76	9	138	33	24	16	25	1.95
22697700--22697730	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22713792--22713851	31	1.9	31	86	6	86	31	10	15	43	1.79
22716448--22716574	3	42.7	3	78	1	130	29	6	1	62	1.29
22716737--22716795	3	19.3	3	86	10	84	32	1	1	64	1.13
22721700--22721724	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22721697--22721765	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
22721978--22722045	30	2.3	30	82	10	77	27	17	7	47	1.74
22724752--22724785	17	1.9	18	94	5	61	20	5	11	61	1.50
22727466--22727517	9	5.8	9	86	0	59	30	9	15	44	1.78
22728007--22728040	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
22738055--22738111	28	2.0	28	96	0	105	24	24	14	36	1.92
22741472--22741497	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
22744649--22744682	17	1.9	18	88	5	52	70	17	0	11	1.16
22747710--22748269	44	12.6	44	70	8	292	32	17	20	29	1.95
22747710--22747912	89	2.3	88	81	4	221	28	17	22	32	1.96
22747708--22747956	133	1.9	133	88	3	376	29	17	21	31	1.96
22747562--22748231	314	2.1	312	83	3	828	32	16	20	30	1.95
22748064--22748269	45	4.7	44	76	4	200	33	20	19	26	1.97
22748507--22748543	19	1.9	19	88	0	56	51	43	2	2	1.30
22749545--22749664	3	40.0	3	76	6	109	28	5	3	62	1.34
22749824--22749879	3	18.0	3	75	14	51	30	1	5	62	1.28
22750023--22750074	18	2.9	18	77	8	61	17	13	1	67	1.32
22753375--22753417	9	4.8	9	82	0	59	25	2	18	53	1.56
22753703--22753743	17	2.4	16	88	8	55	0	12	2	85	0.70
22755385--22755415	13	2.4	13	94	0	53	41	19	3	35	1.67
22764639--22764679	18	2.3	18	86	0	55	46	17	17	19	1.85
22764657--22764769	45	2.5	45	92	0	190	45	17	15	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22764992--22765056	19	3.3	19	69	21	53	43	20	6	30	1.76
22764969--22765055	40	2.2	40	85	4	113	40	18	8	33	1.80
22766001--22766058	31	1.9	31	82	6	75	51	5	0	43	1.24
22767817--22767891	29	2.6	29	83	12	84	49	12	9	29	1.71
22774584--22774610	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22775641--22775693	25	2.1	25	96	0	97	32	1	11	54	1.47
22777854--22777882	14	2.1	14	100	0	58	24	6	0	68	1.13
22794136--22794178	22	2.0	22	86	4	61	46	6	0	46	1.30
22794663--22794687	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22796321--22796715	199	2.0	200	93	0	684	34	13	17	34	1.89
22797559--22797602	20	2.3	20	84	7	56	68	2	2	27	1.14
22798295--22798483	91	2.1	91	87	4	265	38	11	17	32	1.85
22802101--22802144	3	14.7	3	95	0	52	22	0	9	68	1.18
22803383--22803418	13	2.8	13	91	0	54	2	36	44	16	1.63
22804233--22804399	52	3.2	52	79	10	178	32	25	14	26	1.95
22805251--22805288	15	2.6	15	87	4	60	36	7	0	55	1.29
22807387--22807450	28	2.3	28	72	0	65	50	9	1	39	1.44
22812045--22812074	15	2.0	15	100	0	60	13	13	40	33	1.83
22814358--22814412	23	2.4	24	82	11	62	63	0	1	34	1.05
22814668--22814692	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22824579--22824973	195	2.0	195	100	0	790	29	17	25	27	1.98
22833873--22833943	20	3.6	20	76	14	76	35	0	5	59	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22833878--22833937	19	2.9	22	80	12	81	36	0	5	58	1.20
22835756--22835807	20	2.5	20	84	6	68	26	15	30	26	1.96
22836594--22836674	42	1.9	42	87	0	117	24	29	23	22	1.99
22838476--22838537	29	2.2	29	97	2	117	32	17	16	33	1.92
22839247--22839362	57	2.0	57	100	0	232	25	10	21	42	1.85
22846600--22846662	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
22852033--22852095	28	2.2	28	88	0	90	33	6	28	31	1.82
22865517--22865562	24	1.9	24	90	0	74	52	8	10	28	1.66
22873703--22873734	16	2.0	16	93	0	55	65	3	6	25	1.31
22875535--22875574	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
22875971--22876057	43	2.0	43	93	0	147	35	32	14	17	1.90
22876867--22877313	46	9.5	46	76	12	260	24	29	17	29	1.97
22876867--22877316	140	3.2	141	80	8	386	24	29	17	28	1.97
22879990--22880053	27	2.4	27	92	2	103	51	1	3	43	1.26
22880448--22880502	26	2.2	26	84	12	71	65	1	0	32	1.03
22899112--22899164	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
22907526--22907915	207	1.9	207	95	0	699	32	15	17	34	1.91
22907811--22908003	103	1.9	103	89	2	298	36	16	16	30	1.91
22912385--22912444	31	2.0	31	83	3	77	53	5	5	36	1.45
22913470--22913561	47	2.0	47	95	0	166	60	11	11	15	1.58
22914085--22914109	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
22916589--22916658	30	2.3	31	80	7	81	34	20	2	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22916901--22916961	21	2.8	22	75	12	63	49	0	0	50	1.00
22921459--22921483	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
22921644--22921713	9	7.8	9	96	0	113	38	28	10	22	1.87
22923148--22923188	16	2.7	15	85	10	57	46	0	9	43	1.36
22926679--22926725	22	2.1	22	100	0	94	36	12	8	42	1.74
22938296--22938329	10	3.4	10	91	0	59	29	11	20	38	1.88
22943024--22943089	28	2.4	28	84	2	80	31	27	21	19	1.97
22943247--22943298	27	1.9	27	84	0	68	32	21	23	23	1.98
22943468--22943558	27	3.4	27	82	0	101	27	21	17	32	1.96
22947258--22947391	66	2.0	66	82	2	162	21	11	14	51	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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