genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6099014--6099055	3	13.7	3	85	5	57	66	2	0	30	1.04
6099274--6099330	16	3.7	16	75	13	57	56	3	1	38	1.27
6099382--6099417	12	3.0	12	91	0	54	52	11	0	36	1.37
6099382--6099418	16	2.3	16	90	0	56	51	10	0	37	1.37
6099387--6099418	12	2.7	12	95	0	55	50	9	0	40	1.35
6099526--6099582	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
6100309--6100333	13	1.9	13	100	0	50	8	56	32	4	1.47
6101104--6101374	44	6.2	44	86	3	379	22	30	15	31	1.95
6123103--6123156	23	2.3	23	90	6	83	35	0	1	62	1.06
6123040--6123164	52	2.4	52	80	9	132	31	1	2	64	1.15
6124357--6124404	19	2.6	18	77	6	51	45	2	0	52	1.12
6126050--6126105	27	2.1	27	96	0	103	44	17	10	26	1.82
6128275--6128323	25	2.1	23	88	11	73	32	0	0	67	0.91
6130022--6130167	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
6130131--6130497	46	7.6	46	82	10	428	28	22	14	34	1.94
6130174--6130491	52	6.3	52	81	9	390	28	22	14	34	1.93
6130142--6130497	98	3.6	98	96	0	631	28	21	15	34	1.94
6133624--6133827	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
6133708--6133826	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
6133717--6133807	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
6135079--6135224	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
6135188--6135554	46	7.6	46	82	10	428	28	22	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6135231--6135548	52	6.3	52	81	9	390	28	22	14	34	1.93
6135199--6135554	98	3.6	98	96	0	631	28	21	15	34	1.94
6138906--6138949	22	2.0	22	86	4	63	36	0	0	63	0.95
6147570--6147639	31	2.3	31	87	5	97	34	4	10	51	1.55
6153603--6153647	15	2.7	17	83	10	58	6	26	4	62	1.39
6153942--6153968	14	1.9	14	100	0	54	44	7	25	22	1.79
6154647--6154694	15	3.3	14	74	8	51	60	6	0	33	1.22
6165581--6165627	21	2.3	20	85	3	58	34	4	2	59	1.29
6165589--6165627	21	1.9	21	89	5	62	35	5	2	56	1.35
6169556--6169616	26	2.4	26	76	17	67	55	0	13	31	1.38
6169610--6169651	22	1.9	22	85	9	59	69	0	4	26	1.08
6169837--6169877	17	2.4	17	88	12	57	65	0	9	24	1.22
6169870--6169919	14	3.2	15	86	11	57	64	0	6	30	1.18
6169870--6169927	15	3.7	16	82	15	68	65	0	5	29	1.14
6170469--6170532	11	6.2	10	76	8	58	75	3	1	20	1.03
6170469--6170532	5	12.4	5	76	12	58	75	3	1	20	1.03
6170472--6170531	26	2.3	25	81	13	68	75	3	1	20	1.04
6170889--6171478	84	6.9	86	85	4	403	18	22	22	35	1.96
6171118--6171343	44	5.3	44	61	21	113	16	23	24	35	1.94
6171030--6171478	84	5.3	84	91	0	682	17	22	23	36	1.94
6171547--6171738	64	3.0	64	95	1	330	34	14	20	30	1.92
6172815--6172858	21	2.1	21	83	8	54	0	11	6	81	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6178069--6178147	37	2.1	39	81	9	92	64	1	8	25	1.30
6178324--6178364	17	2.4	17	88	12	57	65	0	9	24	1.22
6178357--6178421	29	2.4	24	76	20	58	66	1	4	27	1.20
6184110--6184134	11	2.3	11	100	0	50	60	28	0	12	1.32
6188972--6189105	14	8.9	15	67	17	64	57	0	8	33	1.34
6199796--6200013	116	1.9	116	87	3	305	44	11	15	28	1.81
6199800--6200048	116	2.1	116	82	4	288	45	11	14	28	1.79
6204193--6204233	21	2.0	20	85	4	55	63	4	2	29	1.28
6205188--6205221	11	3.2	11	91	4	52	0	29	0	70	0.87
6209019--6209075	17	3.4	16	75	20	55	40	0	0	59	0.97
6211387--6211515	40	3.2	40	80	3	114	41	20	18	19	1.91
6211394--6211759	41	9.0	41	83	3	398	34	23	22	18	1.96
6215748--6215999	133	1.9	133	100	0	504	19	10	18	51	1.74
6224422--6224839	44	9.6	43	76	6	191	25	22	23	28	1.99
6224555--6224659	46	2.3	46	90	4	162	20	21	24	32	1.98
6225666--6225754	29	3.1	28	81	9	99	39	19	2	39	1.64
6228434--6228482	25	2.0	25	87	0	71	36	6	8	48	1.58
6228706--6228748	22	2.0	22	86	9	61	25	4	11	58	1.52
6228810--6228859	25	2.0	25	100	0	100	44	4	0	52	1.20
6240523--6240689	73	2.3	73	85	1	228	28	14	17	39	1.89
6240668--6240703	14	2.5	15	91	8	58	22	13	5	58	1.56
6240609--6240825	87	2.4	89	88	3	312	28	16	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6240688--6241120	147	3.1	141	84	8	522	27	15	18	38	1.91
6240917--6241024	54	2.0	54	98	0	207	27	13	18	39	1.89
6240688--6241118	127	3.1	140	85	8	550	27	15	18	38	1.91
6241227--6241401	58	3.1	55	88	5	271	32	15	17	35	1.91
6242948--6243398	47	9.6	47	94	0	776	29	29	8	33	1.87
6247400--6247448	25	2.0	25	87	0	71	36	6	8	48	1.58
6247669--6247711	22	2.0	22	86	9	61	25	4	11	58	1.52
6247773--6247824	26	2.0	26	100	0	104	42	3	0	53	1.19
6248914--6248978	29	2.3	29	97	2	123	38	9	3	49	1.51
6259814--6259870	25	2.3	25	93	3	98	33	21	24	21	1.97
6261399--6261446	20	2.5	19	83	6	53	22	2	8	66	1.29
6262588--6262629	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
6265253--6265351	53	1.9	51	84	12	130	64	5	0	30	1.15
6265310--6265358	25	2.0	24	84	4	62	69	4	0	26	1.06
6265327--6265365	21	1.9	20	89	5	60	66	0	0	33	0.92
6267133--6267250	37	3.2	37	81	0	119	37	16	5	40	1.72
6267151--6267252	37	2.8	37	82	5	125	40	15	6	37	1.74
6270147--6270210	26	2.4	27	82	10	78	25	4	4	65	1.31
6275185--6275275	30	2.8	33	80	15	111	26	4	13	56	1.56
6275334--6275373	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
6279945--6279979	14	2.5	13	90	9	52	0	22	0	77	0.78
6283330--6283376	19	2.5	19	96	0	85	12	8	21	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6288579--6288639	22	3.0	20	79	18	63	39	3	1	55	1.26
6295676--6295703	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
6309261--6309390	58	2.2	58	82	6	156	40	16	7	36	1.77
6312798--6312862	33	1.9	34	81	3	78	32	10	21	35	1.88
6313717--6313746	13	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
6324097--6324137	20	2.2	20	87	12	61	0	31	0	68	0.90
6324189--6324264	28	2.6	27	78	12	71	26	5	0	68	1.11
6328445--6328489	23	2.0	23	86	0	63	33	2	0	64	1.06
6328505--6328591	40	2.1	41	87	2	122	22	1	9	66	1.27
6328836--6328891	23	2.4	24	82	5	71	42	3	1	51	1.29
6329698--6329722	13	1.9	13	100	0	50	40	44	0	16	1.47
6330218--6330259	23	2.0	22	86	13	61	23	4	0	71	1.05
6330576--6330673	38	2.6	38	85	9	123	33	7	2	57	1.38
6330618--6330675	3	19.0	3	92	3	98	32	3	0	63	1.11
6335043--6335086	11	3.9	11	78	3	52	79	0	4	15	0.89
6341348--6341392	16	2.8	16	86	6	56	44	4	8	42	1.56
6344780--6344862	43	2.0	42	85	2	112	49	7	7	36	1.58
6351485--6351521	18	2.0	20	89	10	60	45	0	5	48	1.25
6351495--6351528	18	2.0	16	88	11	50	44	0	2	52	1.16
6353604--6353639	16	2.2	16	95	0	63	55	0	0	44	0.99
6358881--6358923	4	10.8	4	100	0	86	23	0	0	76	0.78
6360752--6360776	11	2.3	11	100	0	50	36	28	20	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6367702--6367735	17	1.9	17	88	5	50	52	5	2	38	1.41
6369047--6369089	16	2.7	16	96	0	77	9	25	34	30	1.87
6372562--6372602	12	3.3	13	80	6	50	51	0	4	43	1.23
6379716--6379918	52	4.0	51	86	8	290	34	14	22	28	1.93
6379702--6380061	98	3.7	98	89	5	563	34	15	22	28	1.94
6379866--6379956	39	2.4	39	96	1	166	32	16	21	28	1.95
6379905--6380061	52	3.1	52	82	11	218	36	14	22	27	1.92
6379715--6380061	189	1.8	190	93	0	597	34	14	22	28	1.94
6379957--6380172	37	5.3	44	87	9	199	37	14	21	26	1.92
6380025--6380170	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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