genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36838488--36838637	51	3.0	51	83	3	180	26	20	23	30	1.98
36839306--36839381	38	2.0	38	97	0	143	38	10	17	34	1.84
36841537--36841580	5	9.6	5	80	14	51	15	0	0	84	0.63
36841537--36841575	13	3.0	13	85	14	62	15	0	0	84	0.62
36845967--36845998	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
36845967--36845997	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
36855300--36855545	49	5.0	49	81	4	278	29	27	17	25	1.98
36855314--36855545	100	2.3	98	86	5	315	30	27	17	25	1.97
36856193--36856252	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
36859874--36859987	42	2.7	42	89	1	167	24	24	28	21	1.99
36864087--36864129	19	2.2	20	91	4	70	48	0	6	44	1.29
36864353--36864388	18	2.0	18	100	0	72	16	5	16	61	1.53
36867037--36867154	42	2.7	43	84	7	150	30	19	22	27	1.98
36867448--36867495	21	2.3	21	96	0	87	0	58	20	20	1.40
36871176--36871201	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
36872532--36872612	40	2.0	40	95	0	144	25	27	9	37	1.88
36873089--36873163	18	4.0	18	84	5	87	32	1	21	45	1.60
36873090--36873142	27	2.0	27	92	7	90	32	1	20	45	1.62
36873074--36873145	9	7.7	9	76	14	74	30	1	22	45	1.61
36874513--36874773	39	6.6	39	84	8	284	26	27	20	25	1.99
36874513--36874770	118	2.2	119	82	10	307	26	27	20	25	1.99
36882533--36882681	40	3.8	40	85	6	180	23	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36882539--36882683	39	3.7	40	88	4	190	25	26	22	24	2.00
36882659--36882707	23	2.2	22	96	3	89	22	28	26	22	1.99
36882580--36882784	101	2.0	103	84	9	269	23	27	22	25	2.00
36884383--36884428	9	5.1	9	81	0	56	32	0	17	50	1.47
36885118--36885146	10	2.9	10	100	0	58	31	20	0	48	1.50
36885336--36886401	183	5.8	183	97	0	1988	42	14	15	27	1.86
36885336--36886401	367	2.9	366	97	0	1988	42	14	15	27	1.86
36887410--36887707	149	2.0	148	96	0	542	35	15	14	34	1.88
36890831--36890903	14	5.4	14	72	18	64	45	23	1	30	1.61
36891075--36891168	41	2.3	40	92	1	152	23	24	20	31	1.98
36891066--36891232	40	4.1	40	82	3	165	19	20	21	38	1.94
36893070--36893112	22	2.0	22	90	0	68	30	4	11	53	1.57
36898809--36898847	18	2.2	18	95	0	69	38	0	12	48	1.42
36902008--36902148	65	2.2	65	81	2	167	26	26	24	21	1.99
36903248--36903357	44	2.5	44	82	7	127	35	24	17	22	1.95
36906147--36906176	12	2.5	12	94	0	51	0	20	46	33	1.51
36919567--36919837	49	5.6	49	73	11	220	23	28	19	28	1.98
36919537--36919834	93	3.1	96	76	10	281	23	28	19	28	1.98
36919567--36919841	142	1.9	142	87	2	401	23	29	19	27	1.98
36928824--36928910	43	2.0	43	97	0	165	39	6	19	34	1.79
36931033--36931159	56	2.3	56	78	5	132	27	17	24	30	1.97
36954063--36954235	49	3.6	49	82	7	176	24	31	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36954063--36954280	50	4.5	48	78	9	189	24	29	18	27	1.98
36957860--36957980	61	2.0	60	84	6	156	51	5	2	40	1.39
36961037--36961076	21	1.9	21	85	10	55	52	10	0	37	1.35
36967405--36969157	875	2.0	875	100	0	3506	38	17	10	32	1.85
36971921--36972012	28	3.3	28	89	3	141	32	27	8	31	1.87
36972118--36972199	28	3.0	27	78	7	85	20	24	23	31	1.98
36974633--36974707	28	2.6	28	87	10	100	26	13	28	32	1.94
36986063--36986340	97	2.9	94	76	12	273	30	18	28	23	1.98
36986023--36986341	47	6.8	47	74	14	243	29	18	27	23	1.98
36988154--36988236	43	1.9	43	95	0	148	20	20	30	28	1.98
36991006--36991084	38	2.1	38	95	0	140	39	35	6	18	1.77
36992559--36992821	68	3.9	68	83	0	301	24	20	16	38	1.93
36998496--36998601	24	4.4	24	89	1	149	18	37	5	37	1.75
37004643--37004695	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
37005947--37006023	24	3.2	24	81	7	102	19	37	5	37	1.74
37011697--37011808	56	2.0	56	85	3	154	31	25	14	28	1.95
37011781--37011840	31	1.9	32	89	3	95	23	28	18	30	1.98
37019961--37020022	22	2.7	23	87	7	90	59	3	4	32	1.34
37020167--37020221	29	1.9	28	85	3	74	61	0	7	30	1.23
37020371--37020409	19	2.0	18	85	14	51	61	0	2	35	1.10
37022196--37022550	45	7.9	45	74	6	229	30	19	20	29	1.97
37022123--37022550	89	4.8	89	72	6	276	31	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37022123--37022529	134	3.0	133	87	1	582	30	19	20	29	1.97
37022612--37022825	44	4.8	43	69	12	110	24	25	19	29	1.98
37022613--37023050	132	3.3	132	86	1	556	24	24	19	30	1.98
37024311--37024376	12	5.7	11	74	15	62	15	0	3	81	0.80
37024323--37024376	24	2.2	24	90	6	83	16	0	1	81	0.78
37024309--37024364	9	5.9	9	76	17	51	14	0	3	82	0.81
37029064--37029123	22	2.6	22	89	5	84	60	3	6	30	1.39
37029501--37029568	26	2.6	27	83	6	77	60	2	7	29	1.39
37037038--37037083	18	2.6	18	100	0	92	36	23	19	19	1.95
37038842--37038892	20	2.5	21	78	12	61	58	0	0	41	0.98
37039119--37039169	21	2.6	19	84	9	59	66	0	5	27	1.14
37043899--37043967	16	4.2	16	92	3	120	26	1	36	36	1.66
37043899--37043967	33	2.1	32	94	2	120	26	1	36	36	1.66
37043948--37044038	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
37044203--37044237	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
37044323--37044357	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
37044483--37044679	66	3.2	66	67	20	206	46	6	3	44	1.43
37044186--37045402	359	3.4	360	97	0	2302	47	5	2	44	1.40
37044922--37044955	17	2.0	17	88	0	50	50	0	2	47	1.16
37044186--37045402	120	10.2	120	98	0	2275	47	5	2	44	1.40
37051682--37051707	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
37051672--37051750	36	2.2	36	93	0	131	54	13	24	7	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37052332--37052363	14	2.3	14	100	0	64	43	0	6	50	1.27
37062454--37062631	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
37062455--37062610	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
37062451--37062631	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
37064063--37064145	30	2.8	30	84	10	109	32	16	16	33	1.92
37069054--37069208	43	3.6	44	75	12	126	25	15	25	34	1.95
37073228--37073301	31	2.4	31	100	0	148	21	36	28	13	1.91
37077358--37077439	28	2.9	28	68	0	74	34	19	19	26	1.96
37082688--37082791	52	2.0	52	98	0	199	40	11	22	25	1.87
37096108--37096157	25	2.0	24	92	3	82	22	22	16	40	1.91
37098160--37098279	43	2.8	42	86	2	168	29	16	25	29	1.97
37100952--37101123	46	3.7	46	79	10	206	28	26	20	23	1.99
37100956--37101127	93	1.8	93	93	0	299	27	27	20	23	1.99
37107712--37107791	38	2.1	38	97	0	151	28	13	30	27	1.94
37115855--37115965	25	4.4	25	83	2	134	27	23	24	24	2.00
37122026--37122058	14	2.3	15	94	5	59	54	0	18	27	1.44
37127383--37127476	45	2.1	45	95	0	170	25	19	3	52	1.61
37128341--37128531	55	3.5	54	83	6	235	22	24	18	35	1.96
37128516--37128684	47	3.6	47	96	0	284	26	26	13	34	1.93
37128511--37128819	47	6.6	47	81	6	143	22	25	18	33	1.96
37132671--37132848	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
37132692--37132847	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37140844--37141021	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
37140865--37141020	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
37148951--37149137	27	6.6	27	76	11	142	28	28	15	26	1.96
37148975--37149136	28	5.6	28	76	13	125	29	28	16	26	1.97
37148973--37149136	30	5.7	28	77	12	127	28	28	15	26	1.96
37162474--37162503	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
37162579--37162625	18	2.6	18	81	15	53	63	6	0	29	1.19
37162844--37162929	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
37162849--37162929	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
37163260--37163331	21	3.2	23	74	18	62	61	27	1	9	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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